View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19291_low_8 (Length: 428)

Name: NF19291_low_8
Description: NF19291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19291_low_8
NF19291_low_8
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-413)||(30007275-30007687)
chr5 (1-413)||(30001159-30001571)
chr5 (1-413)||(29964995-29965407)
chr5 (1-413)||(30009391-30009803)
chr5 (1-413)||(30043311-30043723)
chr5 (1-413)||(30067828-30068240)
chr5 (1-413)||(29995486-29995897)
chr5 (1-412)||(29953727-29954138)
chr5 (1-413)||(29946766-29947178)
chr5 (1-413)||(29944794-29945206)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 30007275 - 30007687
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30007275 atgaagtaggaaataaaagaatggttgaagagaaggatctgaagaagtttaattacttagatatggttgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 30007374  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30007375 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 30007474  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30007475 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaattttacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 30007574  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30007575 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 30007674  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
30007675 tccacataatatt 30007687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 30001159 - 30001571
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||     
30001159 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagaaaaggatttgaagaattttaattacctagatatggtggttgatgaaaccttaagactttatcctgttgc 30001258  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
30001259 acctttattaatccctcgtgaatgtagagagaacataacaattgatgattattctataaaagaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggcaattggg 30001358  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||  | | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
30001359 agagatcctgatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttacccagagagatttattgagaaaaaaatgaattatctcggacaagagtttgaatctatac 30001458  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
30001459 catttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattcaattgggtatgattacggttaagttggttatagctcaattcgtgcattgctttaactgggaact 30001558  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
30001559 tccacataatatt 30001571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 29964995 - 29965407
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||||||    
29964995 atgaagtaggaaataaaagaatggtcgaagagaatgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttgg 29965094  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
29965095 acccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctataggg 29965194  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    |||||||  ||  |||||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
29965195 agagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctatac 29965294  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||  ||||  || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
29965295 catttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaact 29965394  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
29965395 tccacataatatt 29965407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30009803 - 30009391
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||||||    
30009803 atgaagtaggaaataaaagaatggtcgaagagaatgatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttgg 30009704  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
30009703 acccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctataggg 30009604  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    |||||||  ||  |||||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
30009603 agagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagttttatccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctatac 30009504  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||  ||||  || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
30009503 catttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaact 30009404  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
30009403 tccacataatatt 30009391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30043723 - 30043311
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || || |     
30043723 atgaagtaggaaataaaagaatggttaacgagaaggatctaaagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccccgtagc 30043624  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    ||| ||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||    
30043623 accgttactagtccctcgtgaatctagagagagcacaacaattgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaataggg 30043524  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
30043523 agagatcctaatgtttggtcagaaaatgctaaagaattttacccagagagatttgtagagaaaaaaatgaattatcttggacaagagtttgaatctatac 30043424  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
30043423 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattactgttaaattggttatagctcaatttatccattgttttaactgggaact 30043324  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
30043323 tccacataatatt 30043311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30068240 - 30067828
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||     
30068240 atgaagtaggaaataaaagaatggttgaagagaaggatttgaagaagttgaattacttagatatggtggttgatgaaaccttaagactgtatcctgttgc 30068141  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    ||||||| || |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| | |||||||  || |||| |||||||||||||| || |||    
30068140 acccttactagtccctcctaaatgtagagagaacataacaattgatgattattttataaaggaaaagacgagaattatggtaaatgcatgggcaataggg 30068041  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  | |||    
30068040 agagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttatccaaagagatttattgaaaagaaaatgaattatcaaagacaagagtttgaaagtttac 30067941  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    |||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
30067940 catttgattatggtcgtagacgttgccctggaattcaattgggtttaactactgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaact 30067841  T
401 tccacataatatt 413  Q
    | |||||||||||    
30067840 ttcacataatatt 30067828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 29995486 - 29995897
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||     
29995486 atgaagtaggaaataaaagaaagattgaggagaaagatatgaagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccctgttgc 29995585  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    ||| ||| || |||||||||| | ||||||||||| || ||||||||| |||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||    
29995586 accattactagtccctcgtgagtctagagagagcacaataattgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaataggg 29995685  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||  ||| ||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
29995686 agagatcctaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttatccagagagatttattgagaa-aaactgaattatctcggacaagagtttgaatctatac 29995784  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
29995785 catttggttctagtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattacgattaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaact 29995884  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||||||||||||    
29995885 tccacataatatt 29995897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 29953727 - 29954138
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||| |  |||| || | ||||||||| ||| | ||| ||||||| ||||||||||| |||||||     
29953727 atgaagtaggaaatgaaagaatgattgaagagaaagatttagagaacttaagttacttagagatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgc 29953826  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
29953827 acccttattactccctcgtgaatgtagagagagtgtaacaattgatggatattttataaaggaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctataggg 29953926  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    |||||||  || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
29953927 agagattcaaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttacccagagagattcattggcaagaaaatgaattatcaaggacaagagtttgaatctctac 29954026  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||||||    
29954027 catttggttctggccgcagacgttgtcctggaattcaatcgggtttagtgaccgttaagttggttattgcccaattggtgcattgttttgattgggaact 29954126  T
401 tccacataatat 412  Q
    |||| |||||||    
29954127 tccatataatat 29954138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 29946766 - 29947178
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |  |||| || | ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||| |||||||     
29946766 atgaagtaggaaataaaagaatggtcgaagagaaagatttagagaagttaagttacttagatatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgc 29946865  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |    
29946866 acccttgttactccctcgtgaatgtagagagagtataacaattgatggatattttataatggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagag 29946965  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
29946966 agagattctagtgtttggtcagaaaattatgaagaatttcatccagaaagatttattgacatgaaaatgaattatgaaggacataagtttaaatctatac 29947065  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| || |   ||||  | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
29947066 catttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattgaaatgggtttgatcacaattaaaatggttatagctcaattggtacattgctttaattgggaact 29947165  T
401 tccacataatatt 413  Q
    ||||  |||||||    
29947166 tccatgtaatatt 29947178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 29944794 - 29945206
Alignment:
1 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagagaaggatctgaagaattttaattacttagatatgattgttgatgaaaccttaagactttatcctgttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||| |||      
29944794 atgaagtaggaaataagagaatggttgaagaaaaggatttgaagaattttaattacttagatatggtggttgatgaaactttaagacttcatccagtttc 29944893  T
101 acccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattggg 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||   | || | |    
29944894 acccttcttactccctcgtgaatgtagagagaacataacaattgatggttattttgtaaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatttacaatagcg 29944993  T
201 agagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttcacccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctatac 300  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||| |||||||||  |||||    
29944994 agagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttgtccagagaggtttattaataagaaattgaattatgaaggacaagagtttgaaagtatac 29945093  T
301 catttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggtttaattatcgttaagttagttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaact 400  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  |  |||| ||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
29945094 catttggatttggtcgtaggcgttgccctggaattcaattggctttgaggactgttaggttaagcatagctcaattggtgcattgctttaattggaaact 29945193  T
401 tccacataatatt 413  Q
    |||| ||||||||    
29945194 tccatataatatt 29945206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University