View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19292_high_10 (Length: 255)

Name: NF19292_high_10
Description: NF19292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19292_high_10
NF19292_high_10
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (21-207)||(37701591-37701777)
chr5 (23-202)||(37383400-37383579)
chr5 (21-216)||(37393946-37394141)
chr5 (21-216)||(37532005-37532200)
chr5 (21-216)||(37593109-37593304)
chr5 (20-242)||(37434614-37434838)
chr5 (21-216)||(37638651-37638846)
chr5 (23-216)||(37710414-37710607)
chr5 (21-216)||(37402058-37402253)
chr5 (22-224)||(37427956-37428163)
chr5 (23-216)||(37822811-37823004)
chr5 (20-216)||(37695499-37695695)
chr5 (24-224)||(37439978-37440178)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (20-242)||(16846695-16846919)
chr4 (23-245)||(24218760-24218984)
chr4 (23-216)||(16844056-16844249)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 207
Target Start/End: Original strand, 37701591 - 37701777
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701591 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 37701690  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  37701691 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccgcgggaatctcacccgtcaaacggttcctggagaggtccaaccactccaa 37701777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 37383579 - 37383400
Alignment:
Q  23 aatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 122  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37383579 aatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 37383480  T
Q  123 tcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccac 202  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  37383479 tcaagaaagagagaaaattcaaatttgtcaaagccaaaggaatctcacccttcaattggttccttgagaggtctaaccac 37383400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 37394141 - 37393946
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37394141 ggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttgtgaaag 37394042  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  37394041 gtttaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccacgggaatctcacccttcaattggttccttgagaggtccaaccactctaaatttctcaa 37393946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Original strand, 37532005 - 37532200
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532005 ggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 37532104  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
     || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37532105 gtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37532200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Original strand, 37593109 - 37593304
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593109 ggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 37593208  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
     || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37593209 gtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37593304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Original strand, 37434614 - 37434838
Alignment:
Q  20 gggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaa 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| | |||||    
T  37434614 gggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaattgttgacccgtaggtatgactccctcaaggtggttgtttgaaa 37434713  T
Q  120 gattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaattt 219  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  37434714 ggttcaagaatgataggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatttcacccgtcaactggttttttgagaggtctaaccactccaaatgtctcaattt 37434813  T
Q  220 actc--agatattggaatggtacct 242  Q
    ||||  ||||  |||||||||||||    
T  37434814 actcaaagattgtggaatggtacct 37434838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Original strand, 37638651 - 37638846
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37638651 ggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaag 37638750  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
     || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37638751 gtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37638846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 216
Target Start/End: Original strand, 37710414 - 37710607
Alignment:
Q  23 aatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  37710414 aatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggt 37710513  T
Q  123 tcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37710514 ttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37710607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 37402253 - 37402058
Alignment:
Q  21 ggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37402253 ggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaag 37402154  T
Q  121 attcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
     || |||| ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37402153 gtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagcctcaggaatctcacccgtcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37402058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Original strand, 37427956 - 37428163
Alignment:
Q  22 gaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaga 121  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37427956 gaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgagaga 37428055  T
Q  122 ttcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc--att---tggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||  | ||||||||||| |||  |||   |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||     
T  37428056 ttcaagaatgataggaaattcaaattttccaaagcggtgggaatctcacctgtcaaattaaatggttccttgagaggtccaaccactccaagtttctcag 37428155  T
Q  217 tttactca 224  Q
     |||||||    
T  37428156 attactca 37428163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 216
Target Start/End: Original strand, 37822811 - 37823004
Alignment:
Q  23 aatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 122  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  37822811 aatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggt 37822910  T
Q  123 tcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37822911 ttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 37823004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 216
Target Start/End: Original strand, 37695499 - 37695695
Alignment:
Q  20 gggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaa 119  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695499 gggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaa 37695598  T
Q  120 gattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
    | || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  37695599 gttttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcaattggttacatgagaggtccaaccactccaattttctcaa 37695695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 37439978 - 37440178
Alignment:
Q  24 atccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagatt 123  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  37439978 atccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgcaggtatgattccctcatggtggttttgtgaaaggtt 37440077  T
Q  124 caagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaatttactc 223  Q
     ||||  |||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||    
T  37440078 taagacagagaggaaattcaaatttgtcaaagtcacgggaatttcaccggtcaattggtttcttgagaggtccgaccactctaaatttctcaatttactc 37440177  T
Q  224 a 224  Q
    |    
T  37440178 a 37440178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 16846919 - 16846695
Alignment:
Q  20 gggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  16846919 gggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtagaaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttttgaaa 16846820  T
Q  120 gattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaattt 219  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16846819 ggttcaagaaagaaaggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcatttggttccttgagaggtccaaccactccaaatgtctcaattt 16846720  T
Q  220 actc--agatattggaatggtacct 242  Q
    ||||  ||||  |||||||||||||    
T  16846719 actcaaagattgtggaatggtacct 16846695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 24218984 - 24218760
Alignment:
Q  23 aatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 122  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| |    
T  24218984 aatccacataacattgcatttccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgttggccggtaggtatgattcccttgagatggttttgtgaaaggt 24218885  T
Q  123 tcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaatttact 222  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||  | ||| |||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||    
T  24218884 ttaaaaaagagaggaaattcaaatttgtcaaagccataggaatcttaccactcaagttgtttcttgagaggtccaaccactccaaatttcgcaaattact 24218785  T
Q  223 c--agatattggaatggtacctatg 245  Q
    |  ||||  ||||||||||||||||    
T  24218784 caaagattgtggaatggtacctatg 24218760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 16844249 - 16844056
Alignment:
Q  23 aatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagat 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |    
T  16844249 aatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttgacctgtaggtatgattcctttaaagtggttttgtgaaaggt 16844150  T
Q  123 tcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttgagaggtccaaccaccccaaatgtctcaa 216  Q
    | ||||| || |||||||||||||||| ||||||   | ||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  16844149 ttaagaaagaaaggaaattcaaatttgccaaagcctcaagaatctctcccgtcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaa 16844056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University