View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19292_low_1 (Length: 975)

Name: NF19292_low_1
Description: NF19292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19292_low_1
NF19292_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-967)||(36341908-36342865)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (685-919)||(39865270-39865504)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 779; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 779; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 967
Target Start/End: Complemental strand, 36342865 - 36341908
Alignment:
Q  18 gattaagggtgttcgaacacttgagtttcaattatttgttcaatattatagnnnnnnnnn--atggctttatctaattcttatcataatatgttctgttt 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36342865 gattaagggtgttctaacacttgagtttcaattatttgttcaatattatagtttttttttttatgtctttatctaatttttatcataatatgttctgttt 36342766  T
Q  116 cttataatgaactaatgtactcaaaattttaattaatgtgatcttcatttgattctaataaaatnnnnnnnnctgaacagaaactataagcatgcatact 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36342765 cttataatgaactaatgtactcaaaattttaattaatgtgatcttcatttgattctaatataataaaaaaaactgaacagaaactataagcatgcatact 36342666  T
Q  216 tgatctctacttccccttgcttgtatgtgacttagaggtgtcaaagttaagagggtgatggtatttctatgagcatgtgctcaggtagtgttcatttgtc 315  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36342665 tgatctttacttccccttgcttgtatgtgacttagaggtgtcaaagttaagagggtgatggcatttcaatgagcatgtgctcaggtagtgttcatttgtc 36342566  T
Q  316 caatctaaacacatgtgcattgttgggagaaagattttatttagaattttcttcatgtttgcagcaaaatttgggttgccatgtttgcattagtgtgtgc 415  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36342565 caatctgaacacatgtgcattgttgggagaaagattttatttaaaattttcttcttgtttgcagcaaaatttgggttgccatatttgcattagtgtgtgc 36342466  T
Q  416 agaattcgatgatttgtcaggttggattttcaaaaacatcgtatttttgcgtcttgacttgaataatagttaagagtagttgaatcattgtggcttgatg 515  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  36342465 ggaattcgatgatttgtcaggttggattttcaaaaacatcgtatttttgcgtcttgacttgaataatagttaagagtagttgaatcatattggcttgatg 36342366  T
Q  516 tcatttatttgtgcttgtttctatgatctacatatatgttgcttgcatctattaagttgagtttgtgacttgcattcttattttaaataggttatgtatg 615  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36342365 tcatttatttgtgcttg-ttctatgatctacatatatgttgcttgcatctattaagttgagtttgtgacttgcattcttattttaaataggttatgtatg 36342267  T
Q  616 catctagctccctgaacaaacgaattgccttgatattcttaaagtctaaacactaatgaagatggaagagatgccttgatatatcaatatgtgtaagatc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36342266 catctagctccctgaacaaacgaattgccttgatattcttaaagtctaatcactaatgaagatggaagagatgccttgatatatcaatatgtgtaagatc 36342167  T
Q  716 agtgaactgattgctgcaattattgtgcagatattcgtctaacaatatttaactttcaattagagaattcaattgc-------tcatcactgatgcaatt 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||    
T  36342166 agtgaactgattgctgcaattattgtgcagatattcatctaacaatatttaactttgaattagagaattcaattgctcatcagtcatcactgatgcagtt 36342067  T
Q  809 tttctatagattttcggttagtaatatttgaatttgaattgagaatatctctctgaatcagtgctgactttaatttgtgatcagccaagttattgttgta 908  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36342066 tttctatagattttcagttagcaatatttgaatttgaattgagaatatctctctgaatcagtgctgactttaatttgtgatcagccaagttattgttgta 36341967  T
Q  909 acctgtatataattgagaatatcgcatgcttcctctttgtttccaatttggcctatgct 967  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36341966 acctgtatataattgagaatatcacatgcttcctctttgtttccaatttggcctatgct 36341908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 4e-84; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 685 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 39865504 - 39865270
Alignment:
Q  685 gatgccttgatatatcaatatgtgtaagatcagtgaactgattgctgcaattattgtgcagatattcgtctaacaatatttaactttcaattagagaatt 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||| ||||||| ||||    
T  39865504 gatgccttgatatatcaatatgtgtaagatcagtgaactgatttctgcaattattgtgcagatattcatctaacagaatttgtctttgaattagataatt 39865405  T
Q  785 caattgctcatcactgatgcaatttttctatagattttcggttagtaatatttgaatttgaattgagaatatctctctgaatcagtgctgactttaattt 884  Q
    |||||||   | ||||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39865404 caattgccggttactgatgcagttattgtatagattttcagttagcgatatttgaatttgaattgagaatatctctctgaatcagtgctgactttaattt 39865305  T
Q  885 gtgatcagccaagttattgttgtaacctgtatata 919  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39865304 gcgatcagccaagttattgttgtaacctgtatata 39865270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University