View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19295_low_5 (Length: 398)

Name: NF19295_low_5
Description: NF19295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19295_low_5
NF19295_low_5
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (110-385)||(30224173-30224449)
chr8 (108-385)||(5567367-5567645)
chr8 (110-385)||(25248955-25249225)
chr8 (112-385)||(3375446-3375709)
chr8 (112-363)||(31032038-31032285)
chr8 (124-383)||(6428699-6428958)
chr8 (146-341)||(3379172-3379366)
chr8 (195-306)||(36535924-36536035)
chr8 (166-228)||(14935576-14935638)
chr8 (110-163)||(5567676-5567729)
chr8 (343-385)||(36535863-36535905)
chr8 (196-259)||(29274786-29274849)
chr8 (284-363)||(19473649-19473728)
chr8 (284-363)||(19544574-19544653)
chr8 (284-363)||(19588043-19588122)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (110-385)||(7040304-7040580)
chr4 (110-385)||(23564687-23564963)
chr4 (110-385)||(18656051-18656327)
chr4 (110-383)||(23566383-23566628)
chr4 (110-385)||(52520542-52520821)
chr4 (110-385)||(52518700-52518979)
chr4 (166-294)||(3529251-3529379)
chr4 (166-294)||(23985773-23985901)
chr4 (193-355)||(54296454-54296617)
chr4 (166-363)||(52545137-52545333)
chr4 (110-299)||(3274538-3274728)
chr4 (166-266)||(24807423-24807522)
chr4 (278-363)||(56074680-56074766)
chr4 (166-216)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (110-385)||(29758063-29758339)
chr2 (255-341)||(8759121-8759207)
chr2 (121-289)||(20516053-20516227)
chr2 (112-178)||(8759203-8759269)
chr2 (265-363)||(18612074-18612174)
chr2 (117-167)||(31155713-31155763)
chr2 (166-226)||(18739671-18739730)
chr2 (267-304)||(17149025-17149062)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (112-385)||(44963108-44963382)
chr7 (110-385)||(20046507-20046787)
chr7 (110-385)||(28124599-28124878)
chr7 (110-385)||(28126426-28126705)
chr7 (110-385)||(4895525-4895803)
chr7 (166-289)||(37405559-37405682)
chr7 (265-385)||(28014285-28014406)
chr7 (112-198)||(44962228-44962314)
chr7 (265-383)||(25471785-25471904)
chr7 (288-374)||(8405628-8405715)
chr7 (231-306)||(4880267-4880343)
chr7 (216-278)||(36989570-36989632)
chr7 (223-299)||(4571066-4571144)
chr7 (109-155)||(6322930-6322976)
chr7 (174-214)||(25471955-25471995)
chr7 (112-144)||(36989612-36989644)
chr7 (109-153)||(41966676-41966720)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (112-385)||(19645312-19645586)
chr6 (110-385)||(5376818-5377097)
chr6 (118-385)||(5378681-5378952)
chr6 (110-377)||(1088673-1088945)
chr6 (112-324)||(15149112-15149331)
chr6 (166-289)||(15868391-15868514)
chr6 (166-289)||(33866098-33866221)
chr6 (166-289)||(15866579-15866702)
chr6 (166-289)||(33869245-33869368)
chr6 (194-275)||(9415095-9415176)
chr6 (110-180)||(9414962-9415032)
chr6 (166-294)||(14611083-14611210)
chr6 (110-167)||(9415050-9415107)
chr6 (166-237)||(32079909-32079980)
chr6 (174-293)||(28884359-28884479)
chr6 (269-379)||(8915570-8915681)
chr6 (269-374)||(20985831-20985937)
chr6 (218-294)||(14618975-14619050)
chr6 (166-226)||(14620510-14620570)
chr6 (110-150)||(30376225-30376265)
chr6 (305-365)||(24544757-24544818)
chr6 (346-374)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (109-385)||(17402794-17403074)
chr3 (112-385)||(1139958-1140220)
chr3 (110-385)||(6789563-6789839)
chr3 (179-299)||(20302639-20302760)
chr3 (179-258)||(20327181-20327259)
chr3 (209-266)||(41874441-41874497)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (116-385)||(17449260-17449529)
chr1 (110-290)||(16808687-16808869)
chr1 (166-289)||(9312028-9312151)
chr1 (166-289)||(3282800-3282923)
chr1 (166-289)||(3284501-3284624)
chr1 (166-289)||(9310411-9310534)
chr1 (107-217)||(48940616-48940726)
chr1 (166-258)||(37664695-37664787)
chr1 (166-258)||(37674417-37674509)
chr1 (166-258)||(37702185-37702277)
chr1 (213-372)||(48941646-48941810)
chr1 (174-266)||(902084-902175)
chr1 (166-226)||(5924946-5925006)
chr1 (248-332)||(5924852-5924935)
chr1 (110-149)||(51020570-51020609)
chr1 (343-385)||(16808590-16808632)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (166-363)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (166-289)||(6225-6348)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (166-289)||(39787168-39787291)
chr5 (166-340)||(25076173-25076348)
chr5 (166-340)||(25134142-25134317)
chr5 (222-266)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (166-341)||(39144-39318)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (284-385)||(19063-19164)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 30224173 - 30224449
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224173 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 30224272  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224273 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 30224372  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224373 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 30224449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 108 - 385
Target Start/End: Original strand, 5567367 - 5567645
Alignment:
Q  108 tatgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5567367 tatgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaagtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtag 5567466  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 307  Q
    ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5567467 cttagttagaagttagttggagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttct 5567566  T
Q  308 acaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567567 acaatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 5567645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 25248955 - 25249225
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataa---gtaaactagagttagta 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  25248955 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttaattgataataagtaaactagagttagta 25249045  T
Q  207 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25249046 gcttggttagaagttagttaaaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttatcaatctattcatttc 25249145  T
Q  307 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25249146 tacaatgagttactttgagtatctccctcatgagtacccttatgcttgctatcttgcttacatatatgacttttctccct 25249225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 112 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3375709 - 3375446
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375709 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttctgttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 3375610  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 311  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3375609 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaactctattgtacccattcattatctttt-tcaatctattcatttctacaa 3375511  T
Q  312 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||          |||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3375510 tgag----------tatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttacttacatctatgacctttctccct 3375446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 112 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 31032285 - 31032038
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032285 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 31032186  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 311  Q
    ||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  31032185 gttagaag----ttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacattactacactcattcatgatcttttatcaatctattca-ttctataa 31032091  T
Q  312 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  31032090 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 31032038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 124 - 383
Target Start/End: Original strand, 6428699 - 6428958
Alignment:
Q  124 gaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttag 223  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  6428699 gaagttatgtggagttagtta--gtagttagacaagagttagtaatcaactataattagttgataagtaaactagagttagtaccttagttaaaagttag 6428796  T
Q  224 ttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttctacaatgagttactt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  6428797 ttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtaatcattcatcatcttttaatcaaatctattca-ctctacaatgagtttctt 6428895  T
Q  322 tgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 383  Q
    ||| |||||| | |||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  6428896 tgagtatctctcacatgagtactcttatgtttgctatcttacttacatctatgacttctctcc 6428958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 146 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 3379366 - 3379172
Alignment:
Q  146 ggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaacta 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3379366 ggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagttaaactagagttagtagtttagttagaagttagttagagttagttactcaaacta 3379267  T
Q  246 atctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 341  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||    
T  3379266 atctctatattaaggaaaactattgtactcattcatcattttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagt 3379172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 195 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 36536035 - 36535924
Alignment:
Q  195 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaa 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36536035 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatagcaatactgttgtactcattcatcatcttttatcaa 36535936  T
Q  295 tctattcatttc 306  Q
    ||||||||||||    
T  36535935 tctattcatttc 36535924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 166 - 228
Target Start/End: Original strand, 14935576 - 14935638
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaga 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14935576 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtaacttggttagaagttagttaga 14935638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 5567729 - 5567676
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtt 163  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567729 tgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagtt 5567676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 343 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 36535905 - 36535863
Alignment:
Q  343 tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36535905 tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccct 36535863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 29274849 - 29274786
Alignment:
Q  196 tagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatatag 259  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| || |||||| |||||||||    
T  29274849 tagagttagtagcttggttacgggttagttagagttaattactccaattaatctttatatatag 29274786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 284 - 363
Target Start/End: Original strand, 19473649 - 19473728
Alignment:
Q  284 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19473649 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19473728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 284 - 363
Target Start/End: Original strand, 19544574 - 19544653
Alignment:
Q  284 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19544574 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19544653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 284 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19588122 - 19588043
Alignment:
Q  284 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  19588122 tcttctatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 7040304 - 7040580
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040304 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 7040403  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040404 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 7040503  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040504 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 7040580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 23564963 - 23564687
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564963 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 23564864  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564863 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 23564764  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23564763 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctattttgcttacatctatgacttttctccct 23564687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 18656051 - 18656327
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    |||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18656051 tgttaaaatagccggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagct 18656150  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18656151 tagttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctac 18656250  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656251 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 18656327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 110 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 23566628 - 23566383
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566628 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagacttagtagct 23566538  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  23566537 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatc------------- 23566451  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 383  Q
           |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566450 -------tactttgagtatctccctcatgggtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 23566383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 52520542 - 52520821
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520542 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52520641  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 305  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||    
T  52520642 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattt 52520741  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||    
T  52520742 c-aatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctctttcttacatctatgatctttctccct 52520821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 52518700 - 52518979
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518700 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52518799  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 305  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  52518800 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactgttgtactcaatcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 52518898  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  52518899 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagttctcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccct 52518979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 166 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 3529379 - 3529251
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529379 taatcaactgtagttagttgataggtaaactaaagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3529280  T
Q  266 tattgtactcattcattatcttttatcaa 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529279 tattgtactcattcattatcttttatcaa 3529251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 166 - 294
Target Start/End: Original strand, 23985773 - 23985901
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985773 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataggaacac 23985872  T
Q  266 tattgtactcattcattatcttttatcaa 294  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23985873 tattgtactcattcaccatcttttatcaa 23985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 193 - 355
Target Start/End: Original strand, 54296454 - 54296617
Alignment:
Q  193 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-at 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54296454 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttaat 54296553  T
Q  292 caatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgct 355  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  54296554 caatcaattcattt-tataatgagtttctatgagtatctccctcatcagtactcttatgcttgct 54296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 166 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 52545333 - 52545137
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  52545333 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttggttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 52545235  T
Q  266 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||| |||||||    
T  52545234 tcatgta-tcattttattatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgct 52545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 110 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3274728 - 3274538
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  3274728 tgttaaaatagttggaagttatatgaagttagttaaggtagtaaaactatagttagtaatcaactataattagttgataggtaaacaagagttagtggct 3274629  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatat-aggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctat 299  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| |  | ||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3274628 tgattagaagttagttagagttaattactcaaattaatttctatatataaacatcatcatggtaatcattcatcatcttttatcaatctat 3274538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 166 - 266
Target Start/End: Original strand, 24807423 - 24807522
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||||| | ||||||  |||||||||||||||||    
T  24807423 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagaagcttggttaagagttaggaagagttagttacac-aactaaaatctatatataggaacac 24807521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 278 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 56074766 - 56074680
Alignment:
Q  278 tcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  56074766 tcatcatcttttatcattctattcatttctataacgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 56074680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18395866 - 18395816
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttag 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  18395866 taatcaactatagttagttgataggtaaactatagttaataggttggttag 18395816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 29758063 - 29758339
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758063 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagacttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 29758162  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758163 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 29758262  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758263 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 29758339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 255 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 8759207 - 8759121
Alignment:
Q  255 tataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8759207 tataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctgttcatttctacaatgagtttctttgagtatctccctcatgagt 8759121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 121 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 20516227 - 20516053
Alignment:
Q  121 ttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagt 220  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||||||| |||     
T  20516227 ttggaagttatgtgcagttagttaaggtaattaaactggagttagtaattaactatagttagt---taagttagctagggttagtagcttggttaaaaga 20516131  T
Q  221 tagttagag-----gtagttact----caaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt 289  Q
    |||||||||      ||||||||    ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20516130 tagttagagttagtttagttactcaaacaaactaatttttatatataagaacactattgtactcattcattatttttt 20516053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8759269 - 8759203
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatag 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8759269 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatag 8759203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 265 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 18612174 - 18612074
Alignment:
Q  265 ctattgtactcattcattat-cttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgc 362  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  | | |||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  18612174 ctattgtactcaatcattatacttttatcaatctattcatttctataatgagtttttgtaaatatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgc 18612075  T
Q  363 t 363  Q
    |    
T  18612074 t 18612074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 31155763 - 31155713
Alignment:
Q  117 atagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 167  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31155763 atagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttaaactagagttagta 31155713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 166 - 226
Target Start/End: Original strand, 18739671 - 18739730
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 226  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  18739671 taatcaattatagttagttgatacgttaactagagttagtagtctggttag-agttagtta 18739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 17149062 - 17149025
Alignment:
Q  267 attgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 304  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17149062 attgtactctatcattatcttttatcaatctattcatt 17149025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 112 - 385
Target Start/End: Original strand, 44963108 - 44963382
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963108 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 44963207  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 311  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963208 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 44963307  T
Q  312 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||| || |||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44963308 tgaatttctttgagtatctccctcatgaatactcttatgcttgctatcttacttacatctatgacttttctccct 44963382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 20046787 - 20046507
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046787 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 20046688  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatc-ttttatcaatctattcattt 305  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20046687 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatctttttatcaatctattcattt 20046588  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20046587 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctcgcttacatctatgacttttctccct 20046507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28124878 - 28124599
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124878 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28124779  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 305  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  28124778 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 28124680  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  28124679 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccct 28124599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28126705 - 28126426
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126705 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28126606  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 305  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||| ||    
T  28126605 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttca-tt 28126507  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    | |  |||  |  || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  28126506 ccaatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccct 28126426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 4895525 - 4895803
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895525 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagattagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 4895624  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atcaatctattcatttc 306  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||    
T  4895625 tttggttagaagttagttagagttatttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaatatattca-ttc 4895723  T
Q  307 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
     |  |||  |  || ||| ||||||||  ||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  4895724 caatatggatctctatgagtatctcccagatgagtactcttatgtttgctctcttgcttacatctatgatctttctccct 4895803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 37405682 - 37405559
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37405682 taatcaactatagttagttgatagataaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 37405583  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  37405582 tattgtactcattcactatctttt 37405559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 265 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28014406 - 28014285
Alignment:
Q  265 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag-tttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  28014406 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagcactcttatgcttgctatcttgct 28014307  T
Q  364 tacatctatgacttttctccct 385  Q
    |||||||||||  |||||||||    
T  28014306 tacatctatgatctttctccct 28014285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 112 - 198
Target Start/End: Original strand, 44962228 - 44962314
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactag 198  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44962228 ttaacatagttggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagacttgagtgagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag 44962314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 25471904 - 25471785
Alignment:
Q  265 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | | |||||||| | ||| |  |||||||||||||||||| ||    
T  25471904 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttatataatgagtttctattagtatctcccacgtgaataatcttatgcttgctatctttct 25471805  T
Q  364 tacatctatgacttttctcc 383  Q
    |||||||||||  |||||||    
T  25471804 tacatctatgatctttctcc 25471785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 374
Target Start/End: Original strand, 8405628 - 8405715
Alignment:
Q  288 ttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatga 374  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8405628 ttatcaatctagtcatttctacaatgagtttctacgattatctcccccatgaatactcttatgcttgctattttgcttacatatatga 8405715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 231 - 306
Target Start/End: Original strand, 4880267 - 4880343
Alignment:
Q  231 tagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatct-attcatttc 306  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4880267 tagttacttcaattaatctcgatatatatgaacaccattatactcattcatcatcttttatcaatctaattcatttc 4880343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 36989632 - 36989570
Alignment:
Q  216 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcatt 278  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  36989632 gaagttatgtagagttagttattcaaactaatctctatatatagaaacattattgtagtcatt 36989570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 299
Target Start/End: Original strand, 4571066 - 4571144
Alignment:
Q  223 gttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgtactca--ttcattatcttttatcaatctat 299  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4571066 gttagagttaattacttcaactaatctctatatatatgaacactcattgta-tcattttcattatcttttatcaatctat 4571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 155
Target Start/End: Original strand, 6322930 - 6322976
Alignment:
Q  109 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttaga 155  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  6322930 atgttaaaatagttggaagttatatggagttaattacggtagttaga 6322976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 25471995 - 25471955
Alignment:
Q  174 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtt 214  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  25471995 tatagttagttgataggttaactagagttagtaggttggtt 25471955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 112 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 36989644 - 36989612
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagtta 144  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36989644 ttaagatagttggaagttatgtagagttagtta 36989612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 153
Target Start/End: Original strand, 41966676 - 41966720
Alignment:
Q  109 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  41966676 atgttaagatagttggaagttatgtcgtgttaattaaagtagtta 41966720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 112 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 19645586 - 19645312
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19645586 ttaagatagttagaagatatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactaaagttagtagcttg 19645487  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 311  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19645486 gttagaaattagtcagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctatttatttctacaa 19645387  T
Q  312 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19645386 tgaatttctttgagtatctccctcatgagtactcttatacttgctatcttggttacatctatgacttttctccct 19645312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 5376818 - 5377097
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376818 tgttaaaatagttggaagttatatgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 5376917  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 306  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5376918 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttc 5377017  T
Q  307 tacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377018 tacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 5377097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 118 - 385
Target Start/End: Original strand, 5378681 - 5378952
Alignment:
Q  118 tagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5378681 tagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagtttggtta 5378780  T
Q  216 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatga 314  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378781 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttctacaatga 5378880  T
Q  315 gttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||| || ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378881 gtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 5378952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 110 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1088945 - 1088673
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtg----gagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagt 205  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||     |||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1088945 tgttaaaatacttggaagttatgtgaagttagttagttaaagtagttaaattagagttagtgatcaactatagttagttgataagtaaattagagttagt 1088846  T
Q  206 agcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  1088845 agctttgttagaagttagttagagttagttagtcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattca-tt 1088747  T
Q  306 ctacaatgagttac-tttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgactt 377  Q
    ||| |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1088746 ctataatgagtttcttttgagtatctcccatatgagtactcttatgtttgctatcttgcttacatctatgactt 1088673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 112 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 15149331 - 15149112
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15149331 ttaagatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggtcagtagcttg 15149232  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaac--ac-----tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 304  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149231 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatttctatatataggaacgtactgttgtactgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 15149132  T
Q  305 tctacaatgagttactttga 324  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  15149131 tctacaatgagtttctttga 15149112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 15868391 - 15868514
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15868391 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 15868490  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15868491 tattgtactcattcattatctttt 15868514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 33866098 - 33866221
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33866098 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacac 33866197  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  33866198 tattgtactcattcactatctttt 33866221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 15866579 - 15866702
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15866579 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttgggtagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatttaggaacac 15866678  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15866679 tattgtactcattcattatctttt 15866702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 33869245 - 33869368
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33869245 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacttaaactaatctctatatataggaacac 33869344  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  33869345 tattgtacgcattcactatctttt 33869368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 275
Target Start/End: Original strand, 9415095 - 9415176
Alignment:
Q  194 actagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactc 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9415095 actagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttagtgaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 9415176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Original strand, 9414962 - 9415032
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagtt 180  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  9414962 tgttaaaatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagactagagttagtgatcaactatagtt 9415032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 166 - 294
Target Start/End: Original strand, 14611083 - 14611210
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  14611083 taatcaactatggttagttgataggtaaattagagttagtagcttcgttaagagttatttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 14611181  T
Q  266 tattgtactca-ttcattatcttttatcaa 294  Q
    |  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14611182 tcgtgta-tcatttcattatcttttatcaa 14611210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 167
Target Start/End: Original strand, 9415050 - 9415107
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 167  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9415050 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggaagttagactagagttagta 9415107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 166 - 237
Target Start/End: Original strand, 32079909 - 32079980
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttac 237  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  32079909 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagaagcttggttaagagttagttagagttagttac 32079980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 28884479 - 28884359
Alignment:
Q  174 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgta 272  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||   |||| |||||||   ||||||  || |||||| |||||| ||||||| | ||||||    
T  28884479 tatagttagttgataggttaactagagttagaagctttgtttatagttggttagagtcggttacttcaattaatctgtatataaaggaacaatcattgta 28884380  T
Q  273 ctcattcattatcttttatca 293  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  28884379 ctcattcattatcttttatca 28884359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 269 - 379
Target Start/End: Original strand, 8915570 - 8915681
Alignment:
Q  269 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttaca 367  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| || ||| ||||| || || ||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  8915570 tgtactcatttagcatcttttattaatctattcatttctataataagtttctatgagtatcttccacacgagtactcttatgcttgctctcttgcttaca 8915669  T
Q  368 tctatgactttt 379  Q
    ||||||| ||||    
T  8915670 tctatgattttt 8915681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 20985937 - 20985831
Alignment:
Q  269 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttaca 367  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | | | ||||| || |||||||  |||||||||||| | |||| |||||    
T  20985937 tgtactcatttgctatcttttatcaatctattcatttctataatgaatttttataagtatctaccacatgagtactcttatgcttgcaaacttgattaca 20985838  T
Q  368 tctatga 374  Q
    |||||||    
T  20985837 tctatga 20985831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 218 - 294
Target Start/End: Original strand, 14618975 - 14619050
Alignment:
Q  218 agttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactca-ttcattatcttttatcaa 294  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14618975 agttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacactcatgta-tcatttcattatcttttatcaa 14619050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 226
Target Start/End: Original strand, 14620510 - 14620570
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 226  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14620510 taatcaactatgattagttgataggtaaactacagttagtagcttggttaagagttagtta 14620570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 150
Target Start/End: Original strand, 30376225 - 30376265
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtag 150  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376225 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaacgtag 30376265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 365
Target Start/End: Original strand, 24544757 - 24544818
Alignment:
Q  305 tctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgctta 365  Q
    ||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  24544757 tctactatgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgctta 24544818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 346 - 374
Target Start/End: Original strand, 31528957 - 31528985
Alignment:
Q  346 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528957 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 31528985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 109 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 17403074 - 17402794
Alignment:
Q  109 atgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagta 206  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17403074 atgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 17402975  T
Q  207 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 305  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17402974 gtttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcattt 17402875  T
Q  306 ctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402874 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 17402794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 112 - 385
Target Start/End: Original strand, 1139958 - 1140220
Alignment:
Q  112 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||            |    
T  1139958 ttaagatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag------------g 1140045  T
Q  212 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaa 311  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140046 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 1140145  T
Q  312 tgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140146 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 1140220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 6789563 - 6789839
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 209  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6789563 tgttaaaatagttggaagtaatgtgtagttagttaaggtagttagactagagttggtaatcatgtatagttagtggataagtgaactagagttagtagct 6789662  T
Q  210 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 309  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6789663 tggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaatactattgtactcattcactatcttttttcaatctattca-ttctac 6789761  T
Q  310 aatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatc-ttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    |||||||| || ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  6789762 aatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctttgcttacatctatgacttctctccct 6789839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 179 - 299
Target Start/End: Original strand, 20302639 - 20302760
Alignment:
Q  179 ttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact-attgtactcat 277  Q
    |||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||    
T  20302639 ttagttgaaaggttaactagacttagtagattggtta-aagtaagttatagttggttattcaaactaatctctatatataagaacactcatcgtac-cat 20302736  T
Q  278 t--cattatcttttatcaatctat 299  Q
    |  ||||||||||||| |||||||    
T  20302737 ttccattatcttttataaatctat 20302760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 179 - 258
Target Start/End: Original strand, 20327181 - 20327259
Alignment:
Q  179 ttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 258  Q
    |||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  20327181 ttagttgaaaggttaactagacttagtagcttggtta-aagtaagttatagttggttactcaaactaatctctctatata 20327259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 266
Target Start/End: Original strand, 41874441 - 41874497
Alignment:
Q  209 ttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 266  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  41874441 ttggttaagagttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacact 41874497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 116 - 385
Target Start/End: Original strand, 17449260 - 17449529
Alignment:
Q  116 gatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17449260 gatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttcgtta 17449359  T
Q  216 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgag 315  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  17449360 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-tcaatctattcatgtctacaatgag 17449458  T
Q  316 ttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
     | || ||| |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17449459 attctatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccct 17449529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 110 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 16808869 - 16808687
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtag 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808869 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 16808770  T
Q  208 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttta 290  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16808769 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatatgaacactattgtactcattcatcatctttta 16808687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 9312028 - 9312151
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312028 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 9312127  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9312128 tattgtactcattcattatctttt 9312151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 3282800 - 3282923
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282800 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3282899  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3282900 tattgtactcattcactatctttt 3282923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 3284501 - 3284624
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284501 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3284600  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3284601 tattgtactcattcactatctttt 3284624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 9310411 - 9310534
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9310411 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaattaatatctatatataggaacac 9310510  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310511 tattgtactcattcattatctttt 9310534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 107 - 217
Target Start/End: Original strand, 48940616 - 48940726
Alignment:
Q  107 atatgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagta 206  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48940616 atatgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacaagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 48940715  T
Q  207 gcttggttaga 217  Q
    | |||||||||    
T  48940716 gtttggttaga 48940726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 166 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 37664787 - 37664695
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37664787 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37664695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 166 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 37674509 - 37674417
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37674509 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37674417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 166 - 258
Target Start/End: Original strand, 37702185 - 37702277
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37702185 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaaattagttagagttagttattcaaactaatctctatatata 37702277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 213 - 372
Target Start/End: Original strand, 48941646 - 48941810
Alignment:
Q  213 ttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttc--ta 308  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||  ||    
T  48941646 ttagaagttagttagagttggttactcaaactaatctctatacatataaacactattgtactcattcagtatcttttaatcaaatctattcatttctata 48941745  T
Q  309 caatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgcttacatctat 372  Q
     ||||||||  | ||| |||||| | ||||| |  |||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48941746 taatgagtttatatgagtatctctcacatgaatactcttatacttgctctcttgcttacatctat 48941810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 266
Target Start/End: Original strand, 902084 - 902175
Alignment:
Q  174 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 266  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||| ||||||||||||||    
T  902084 tatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacac-aattaaactctctatataggaacact 902175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 166 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 5925006 - 5924946
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 226  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5925006 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagtagtttggttagaagttagtta 5924946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5924935 - 5924852
Alignment:
Q  248 ctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctcc 332  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||    
T  5924935 ctctatatataagaacactcgtgtattatttcatcatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcc 5924852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 110 - 149
Target Start/End: Original strand, 51020570 - 51020609
Alignment:
Q  110 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggta 149  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51020570 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttggttaaggta 51020609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 343 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 16808632 - 16808590
Alignment:
Q  343 tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccct 385  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  16808632 tcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccct 16808590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 166 - 363
Target Start/End: Original strand, 58785 - 58982
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  58785 taatcaactatagttagttagtaggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 58884  T
Q  266 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt-ttcttatgcttgctatcttgct 363  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  58885 tattgtactcattcatcatcttttatcaatctattca-ttctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 58982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Original strand, 6225 - 6348
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6225 taatcaactatagttaattgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 6324  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  6325 tattgtactcattcactatctttt 6348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 166 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 39787291 - 39787168
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787291 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 39787192  T
Q  266 tattgtactcattcattatctttt 289  Q
    |||| |||||||||| | ||||||    
T  39787191 tattttactcattcactgtctttt 39787168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 166 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 25076348 - 25076173
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaaca- 264  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| |||||||||||     
T  25076348 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25076249  T
Q  265 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag 340  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  25076248 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttctataatgagtttctatgaatatctctctcatgag 25076173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 166 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 25134317 - 25134142
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaaca- 264  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| |||||||||||     
T  25134317 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25134218  T
Q  265 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgag 340  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  25134217 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttctataatgagtttctatgaatatctctctcatgag 25134142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 266
Target Start/End: Original strand, 6569888 - 6569932
Alignment:
Q  222 agttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacact 266  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  6569888 agttagagttagttagtccaactaatctctatatataggaacact 6569932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 166 - 341
Target Start/End: Original strand, 39144 - 39318
Alignment:
Q  166 taatcaattatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacac 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  39144 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaaagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 39242  T
Q  266 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagt 341  Q
    |  |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||| |||||||    
T  39243 tcatgta-tcatttcatcatcttttatcaatctattcatttctataatgagtttttatgagtatctcccacatgagt 39318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 284 - 385
Target Start/End: Original strand, 19063 - 19164
Alignment:
Q  284 tcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttgaatatctccctcatgagtt-tcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctc 382  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||  ||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19063 tcttttatcaatctattcatt-ctataatgagtttctatgagcatctcccacatgagtactcctatgctttctatcttgcttacatctatgatttttctc 19161  T
Q  383 cct 385  Q
    |||    
T  19162 cct 19164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University