View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19296_high_4 (Length: 460)

Name: NF19296_high_4
Description: NF19296
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19296_high_4
NF19296_high_4
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (12-460)||(37634040-37634488)
chr3 (12-460)||(37648155-37648603)
chr3 (11-460)||(37645241-37645690)
chr3 (12-460)||(37636954-37637402)
chr3 (11-460)||(37651066-37651515)
chr3 (12-460)||(37639868-37640316)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (284-442)||(32387661-32387819)
chr4 (303-412)||(32381410-32381519)
chr4 (11-94)||(32387388-32387471)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 37634040 - 37634488
Alignment:
Q  12 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634040 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggaccttttcggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 37634139  T
Q  112 gtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634140 gtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 37634239  T
Q  212 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634240 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacggagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 37634339  T
Q  312 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634340 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 37634439  T
Q  412 aaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634440 aaccgacaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 37634488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 37648155 - 37648603
Alignment:
Q  12 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648155 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggaccttttcggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 37648254  T
Q  112 gtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648255 gtgcgatggtgatggccttgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 37648354  T
Q  212 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648355 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacggagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 37648454  T
Q  312 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648455 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 37648554  T
Q  412 aaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648555 aaccgacaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 37648603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 460
Target Start/End: Original strand, 37645241 - 37645690
Alignment:
Q  11 gaagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacatta 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37645241 gaagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatttcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacatta 37645340  T
Q  111 ggtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37645341 ggtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaacaccgtagtactcagcaagcttca 37645440  T
Q  211 caggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37645441 caggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacggagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaat 37645540  T
Q  311 gttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagcc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37645541 gttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagcc 37645640  T
Q  411 caaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37645641 caaccgacaggtgcagatggtagcaaaggtgaagcgggaccttttccgtt 37645690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 37636954 - 37637402
Alignment:
Q  12 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37636954 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggaccttttcggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 37637053  T
Q  112 gtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37637054 gtgcgatggtgatggccttgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 37637153  T
Q  212 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37637154 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacagagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 37637253  T
Q  312 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37637254 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 37637353  T
Q  412 aaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37637354 aaccgacaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 37637402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 460
Target Start/End: Original strand, 37651066 - 37651515
Alignment:
Q  11 gaagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacatta 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37651066 gaagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatttcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacatta 37651165  T
Q  111 ggtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttca 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37651166 ggtgcaatggtgatggccctgagatcgattgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaacaccgtagtactcagcaagcttca 37651265  T
Q  211 caggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37651266 caggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacggagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaat 37651365  T
Q  311 gttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagcc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37651366 gttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagcc 37651465  T
Q  411 caaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37651466 caaccgacaggtgcaggtggtagcataggtgaagcgggaccttttccgtt 37651515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 37639868 - 37640316
Alignment:
Q  12 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639868 aagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggaccttttcggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagtagtttgcatgacattag 37639967  T
Q  112 gtgcgatggtgatggccctgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatcggcaacaccgtagtactcagcaagcttcac 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37639968 gtgcgatggtgatggccttgagatcggttgggggttcatcggagatgatgttgtacttgaacaccttatccgcaataccgtagtactcagcaagcttcac 37640067  T
Q  212 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacgaagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640068 aggagtttcaggatcaacatgggaaacaccgttaatagcataacagagtttaccgttaacattgctaacagagttaacaaacttgattgtgcgggtaatg 37640167  T
Q  312 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640168 ttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtcttgcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagagaccaagccc 37640267  T
Q  412 aaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 460  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640268 aaccgacaggtgcaggtggtagcacaggtgaagcgggaccttttccgtt 37640316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 284 - 442
Target Start/End: Original strand, 32387661 - 32387819
Alignment:
Q  284 gttaacaaacttgattgtgcgggtaatgttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaat 383  Q
    |||||| | |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||     
T  32387661 gttaacgagcttgatggtacgggtgatgttgatctgtccgtaatggtaagaaccttgaggattgggcctagcagcactagcggttaagttccagcggaaa 32387760  T
Q  384 gatcggaactggttgagagaccaagcccaaccggcaggtgcaggtggtagcacaggtga 442  Q
    || || | |||||| | |||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||    
T  32387761 gaacgaacctggttcaaagaccaagcccaaccaactggtgcaggtgggagaacaggtga 32387819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 303 - 412
Target Start/End: Original strand, 32381410 - 32381519
Alignment:
Q  303 cgggtaatgttgatctgaccgtaatggtaagatccctgagggttgggtctagcagcagaagcggttaagttccaacggaatgatcggaactggttgagag 402  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||| || | ||    
T  32381410 cgggtgatgttgatctgaccgtaatggtaagaaccttgtgggttgggcctagcagcactagcggtcaagttccaacggaaagaacggaactgattcaaag 32381509  T
Q  403 accaagccca 412  Q
    |||| |||||    
T  32381510 accatgccca 32381519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 94
Target Start/End: Original strand, 32387388 - 32387471
Alignment:
Q  11 gaagaaagaataaccacccaaattgtaagattggaggacctttccggggttctcgaagatgatctcaatgaaggtacggaaagt 94  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  32387388 gaagaaagagtaaccatccaaattgtaagactggatgacctttgtagggttctcgaagatgatctcaacgaaggtgcggaaagt 32387471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University