View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19303_low_7 (Length: 475)

Name: NF19303_low_7
Description: NF19303
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19303_low_7
NF19303_low_7
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (15-458)||(26179326-26179769)
chr7 (15-458)||(26088025-26088468)
chr7 (15-458)||(26111813-26112256)
chr7 (21-458)||(26242646-26243086)
chr7 (21-458)||(26251094-26251534)
chr7 (15-458)||(19103008-19103451)
chr7 (18-447)||(26128813-26129242)
chr7 (21-458)||(26297694-26298134)
chr7 (29-442)||(26302059-26302479)
chr7 (15-458)||(26191508-26191951)
chr7 (240-458)||(26278167-26278382)
chr7 (15-340)||(26186485-26186810)
chr7 (15-458)||(26204137-26204571)
chr7 (15-458)||(26223775-26224208)
chr7 (18-149)||(26155449-26155580)
chr7 (185-458)||(26155601-26155874)
chr7 (376-458)||(26186853-26186934)
chr7 (389-447)||(26260489-26260547)
chr7 (396-458)||(26227596-26227658)
chr7 (199-340)||(26260299-26260440)
chr7 (396-458)||(26208035-26208097)
chr7 (25-132)||(26227249-26227356)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-442)||(44903500-44903923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26179326 - 26179769
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26179326 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgaaaaattaagtaacactacaatggggatcaaaacttggag 26179425  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26179426 tgtaggaccagtttcagcttggactaacaaggatggtgaaaaaaaggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggctaaattgg 26179525  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179526 cttaactcaaagcaaaatgagtctgtattatatgtaagttttggtagccttgttaggtttccgcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 26179625  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179626 actcaggtcaaaattttatctgggttataaaaaaatatgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 26179725  T
Q  415 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179726 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 26179769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26088025 - 26088468
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||||| |||||||    
T  26088025 cagagaaaattagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggag 26088124  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||       |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26088125 tgtagggccagtttcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattgg 26088224  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||    
T  26088225 cttaactcaaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaa 26088324  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 414  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |         ||| |  |||||   || | |   |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26088325 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaa 26088424  T
Q  415 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26088425 aaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatat 26088468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26111813 - 26112256
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||||| |||||||    
T  26111813 cagagaaaattagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttggaagcactacaatggggatcaaatcttggag 26111912  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||       |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26111913 tgtagggccagtttcagcttggaccaacaagaatgatgaaaaaaaggccaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggaagagtggctaaattgg 26112012  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||    
T  26112013 cttaactcaaaggaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaattaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaa 26112112  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 414  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |         ||| |  |||||   || | |   |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26112113 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaa 26112212  T
Q  415 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26112213 aaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatat 26112256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 458
Target Start/End: Original strand, 26242646 - 26243086
Alignment:
Q  21 aaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtagg 120  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| || |||| ||| ||||| || || |||||| | |||||||| ||    
T  26242646 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaatcttagtaaaactacaatcggaatcaaatcatggagtgtcgg 26242745  T
Q  121 accagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaac---ttggaaaagaggaagaatggttaaattggctt 217  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||| |        ||| || ||||||||||  ||| ||    | |||||| ||  ||||| | |||||||||||    
T  26242746 accagtttcagcctgggctaacaaggatgataaaagaaaggcgaataggggacacacggagaaaagcataggaaaacagacagaattgctaaattggctt 26242845  T
Q  218 aactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaact 317  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  26242846 aacctgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccagactaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgctcacgggcttgaaaatt 26242945  T
Q  318 caggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaa 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||||         |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  26242946 caggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagttgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaa 26243045  T
Q  418 gggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  26243046 gggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatat 26243086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 458
Target Start/End: Original strand, 26251094 - 26251534
Alignment:
Q  21 aaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtagg 120  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| | |||| |||||| || || |||  ||| | ||| || || |||||| | |||||||| ||    
T  26251094 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaaatgattacgagaagctttgtaaaagtacaattggaatcaaatcatggagtgtcgg 26251193  T
Q  121 accagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaa--ctt-ggaaaagaggaagaatggttaaattggctt 217  Q
    ||||||||| || ||| | |||||||||| ||       ||| || ||||||||||| ||| ||  ||| |||||| ||  ||||| | | |||||||||    
T  26251194 accagtttctgcctgggctaacaaggatgatgaaagaaaggcgaataggggacacatggagaaaagcttaggaaaacagacagaattgcttaattggctt 26251293  T
Q  218 aactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaact 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  26251294 aactcgaagcaaaatgagtcagtattgtatgtaagttttggcagccttactaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaatt 26251393  T
Q  318 caggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaa 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||||         |||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  26251394 caggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagatgaggatggagaaggttttttgcaaaaatttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaa 26251493  T
Q  418 gggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  26251494 gggctatatcatctggaattgggcaccacaacttctgatat 26251534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 19103451 - 19103008
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  ||| |||||  ||||||||||| ||||| |    
T  19103451 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgtaaaacttggtaagactacattggggatcaaatcttggtg 19103352  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||       |||||  ||||| ||| |||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  19103351 tgtaggaccagtttcagctagggctaacaaggatgatgaaaaaaaggccagtagggggcacgtagaggagatcggaaaagaggaagagtggctaaattgg 19103252  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |||| ||    ||| |||| |||||||||| || ||||| |||||||    
T  19103251 cttaactcaaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgaaaatgatcagattgtagaaatcgcacacggtcttgaaa 19103152  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 414  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |         ||| | ||||||   || | |  |||| || ||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  19103151 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaagaaagcaa 19103052  T
Q  415 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19103051 aaagggatatatcatatggaattgggcaccgcaacttctgatat 19103008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 447
Target Start/End: Original strand, 26128813 - 26129242
Alignment:
Q  18 agaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  26128813 agaaaagaagttatggaacactatgcaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaacatttgtaacactaccttggggatcaaatcttggagtgt 26128912  T
Q  118 aggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattggctt 217  Q
    ||||||||||||| | ||| | |||||||||| ||       ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  26128913 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatgatgaaaacaaggggaataggggacacatagaggagcttggaaaagaggcagactggttaaattggctt 26129012  T
Q  218 aactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaact 317  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||   |||| ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| |    
T  26129013 aactcaaagcaaaatgagtccgtactgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtctcgaaaatt 26129112  T
Q  318 caggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaa 417  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |          || |  |||||   || | |   |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  26129113 caggtcataattttatatgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagaaaaaa 26129212  T
Q  418 gggctatatcatatggaattgggcatcaca 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26129213 gggctatatcatatggaattgggcaccaca 26129242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 458
Target Start/End: Original strand, 26297694 - 26298134
Alignment:
Q  21 aaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtagg 120  Q
    ||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| ||||| || || |||||  | |||||||| ||    
T  26297694 aaagaagctatgggtcactatacaacagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaactttttaaaactacaatcggaatcaagtcatggagtgtcgg 26297793  T
Q  121 accagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaa--ctt-ggaaaagaggaagaatggttaaattggctt 217  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||||| ||       ||| || ||||||||||| ||| ||  ||| |||||| |   ||||| | |||||||||||    
T  26297794 accagtttcagcctgggctaacaaggatgatgaaagaaaggctaataggggacacattgagaaaagcttaggaaaacatacagaattgctaaattggctt 26297893  T
Q  218 aactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaact 317  Q
    || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |    
T  26297894 aattcgaaggaaaatgaatctgtattgtatgtaagttttggcagctttactaggcttccttatgctcagcttgtagaaattgttcatgggcttgaaaatt 26297993  T
Q  318 caggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaa 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||||         ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||    
T  26297994 caggtcataattttatctgggttataaaaagggatgatacagatgaggatggagaaggttttctgcaagaatttgaggaaaggattaaagaaagcagcaa 26298093  T
Q  418 gggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||    
T  26298094 gggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatat 26298134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 29 - 442
Target Start/End: Original strand, 26302059 - 26302479
Alignment:
Q  29 tatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtaggaccagttt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| | | || || ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  26302059 tatggaacactatacaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgtgaaacttagtcaaacaacaatgggaatcaaatcttggaatgtaggaccagttt 26302158  T
Q  129 cagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacat------agaggaactt-ggaaaagaggaagaatggttaaattggcttaact 221  Q
    | | |||| | |||||| | | ||       | |  | |||||||||        ||| |||||| ||||||||   ||||| | |||||||||||||||    
T  26302159 ctgtttgggctaacaagaaggatgaaagcaagactcataggggacacgcgcgcggagaagaactttggaaaagaaacagaattggtaaattggcttaact 26302258  T
Q  222 cgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactcagg 321  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26302259 caaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggcagccttgtttggcatcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcagg 26302358  T
Q  322 tcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggc 421  Q
    ||| | |||||| |||||  |         ||||| | |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  26302359 tcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagaaatgaggatgaagaaggtttcctgcaagtatttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaaaggc 26302458  T
Q  422 tatatcatatggaattgggca 442  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  26302459 tatatcatatggaattgggca 26302479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26191508 - 26191951
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    ||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||| | |||||||||| |||||||    
T  26191508 cagaggaaaaaagctatggcacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgaatatgagaaactttgtaatactacaagggggatcaaatcttggag 26191607  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||       ||   | | ||| |||||||||||   |||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  26191608 tgtaggaccagtttcagcttgggctaaaaaggatgatgaaaagaagggtgataaggggcacatagaggagaatggaaaagtggcagagtggctaaattgg 26191707  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||  |   |||| |  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  26191708 cttaactcaaagcaaaatgagtctgtactttatgtaagctttggaagtttaactaggctaactcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaa 26191807  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaa 414  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |         |||||  |||||   || | |  ||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  26191808 attcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaagaaagcaa 26191907  T
Q  415 aaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||    
T  26191908 aaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttcagatat 26191951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 240 - 458
Target Start/End: Original strand, 26278167 - 26278382
Alignment:
Q  240 tattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactcaggtcaaaattttatctgggt 339  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  26278167 tattgtatgtaagctttggcagccttattaggcttcctcatgctcagcttgtagaaattgcacacgggcttgaaaattcaggtcataattttatctgggt 26278266  T
Q  340 tatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgg 439  Q
    |||         | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  26278267 tat---aaaaaataataaagatgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgg 26278363  T
Q  440 gcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||| ||||||| |||||||    
T  26278364 gcaccacaactgctgatat 26278382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 340
Target Start/End: Original strand, 26186485 - 26186810
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||| | |||||    
T  26186485 cagagaaaaaaagttacggaacactatacaatagttttcatgaactggagagtgattataaaaaacttagtaacactatcttggggatcaaatcatggag 26186584  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaacttggaaaagaggaagaatggttaaattgg 214  Q
    |||||||||||||||| | | | | |||||||||| ||       ||  || ||||||||||| ||||| |||| | |||||||||| ||| ||||||||    
T  26186585 tgtaggaccagtttcatcattggctaacaaggatgatgaaaagaagggtaataggggacacatggaggagcttgcagaagaggaagagtggctaaattgg 26186684  T
Q  215 cttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaa 314  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||| ||  |   |||| ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26186685 cttaactcaaagcaaattgagtccgtactgtatttaagttttggaagtgtaactaggcttgataatgctcagattgtagaaattgcacacggtcttgaaa 26186784  T
Q  315 actcaggtcaaaattttatctgggtt 340  Q
    | |||| ||| |||||||||||||||    
T  26186785 attcagatcataattttatctgggtt 26186810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26204137 - 26204571
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| || ||||||||| |||||||    
T  26204137 cagagaaaagaagctttggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggag 26204236  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaac-ttggaaaagaggaagaatggttaaattg 213  Q
    | ||||||| |||||||| ||||  ||||| || | ||            |||||  ||||  | | |||| ||||||||||  |||||| | |||||||    
T  26204237 tataggaccggtttcagcatggattaacaaagacgatgat----------aaaggatacacggaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattg 26204326  T
Q  214 gcttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaa 313  Q
    |||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||  ||| |||  ||||| || || || ||||||    
T  26204327 gcttaattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaa 26204426  T
Q  314 aactcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagca 413  Q
    || || ||||| ||||| || |||||| |          ||||||||||| | || ||||||||| |||  ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  26204427 aattctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgatagattttgagaaaaggatgaaagaaagca 26204526  T
Q  414 aaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  26204527 aaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatat 26204571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 26223775 - 26224208
Alignment:
Q  15 cagagaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggag 114  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| || ||||||||| |||||||    
T  26223775 cagagaaaagaagctttggaacactatacaatagttttcatgaactagaaagtgattatgagaaacttggtaaaactacaatagggatcaaatcttggag 26223874  T
Q  115 tgtaggaccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagaggaac-ttggaaaagaggaagaatggttaaattg 213  Q
    | ||||||| |||||||| ||||  ||||| || | ||            |||||  ||||| | | |||| ||||||||||  |||||| | |||||||    
T  26223875 tataggaccggtttcagcatggattaacaaagacgatgat----------aaaggatacacagaaaagaacattggaaaagatcaagaattggtaaattg 26223964  T
Q  214 gcttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaa 313  Q
    |||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||| || ||||||  ||| |||  ||||| || || || ||||||    
T  26223965 gcttaattctaaggaaaacgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaggctttctcatgaacagattgctgaaatagctcatggtcttgaa 26224064  T
Q  314 aactcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagca 413  Q
    || || ||||| ||||| || |||||| |          ||||||||||| | || ||||||||| |||  || ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  26224065 aattctggtcataatttcatttgggttgttagagaaaaggataaagatgatggtgaagaaggttttctgatag-atttgagaaaaggatgaaagaaagca 26224163  T
Q  414 aaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  26224164 aaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatat 26224208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 149
Target Start/End: Original strand, 26155449 - 26155580
Alignment:
Q  18 agaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155449 agaaaagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaactggaaagtgattatgaaaaacttagtaacactaccatggggatcaaaacttggagtgt 26155548  T
Q  118 aggaccagtttcagcttggaccaacaaggatg 149  Q
    ||||||||||||| | ||| | ||||||||||    
T  26155549 aggaccagtttcatcatgggctaacaaggatg 26155580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 185 - 458
Target Start/End: Original strand, 26155601 - 26155874
Alignment:
Q  185 cttggaaaagaggaagaatggttaaattggcttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctc 284  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||   |||| ||  | ||||||    
T  26155601 cttggaaaagaggccgagtggttaaattggcttaacacaaagcaaaatgagtccgtattgtatgtaagttttggaagtctaactaggcttgataatgctc 26155700  T
Q  285 agcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactcaggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgca 384  Q
    || ||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| |          || |  |||||   || | |   |||||| ||    
T  26155701 agattgtagaaattgcacacggtctcgaaaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttca 26155800  T
Q  385 agaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26155801 agattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatat 26155874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 376 - 458
Target Start/End: Original strand, 26186853 - 26186934
Alignment:
Q  376 tttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26186853 tttcctacaagattttgag-aaagaatgaaagaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatat 26186934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 389 - 447
Target Start/End: Original strand, 26260489 - 26260547
Alignment:
Q  389 tttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcaca 447  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26260489 tttgagcaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccaca 26260547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 396 - 458
Target Start/End: Original strand, 26227596 - 26227658
Alignment:
Q  396 aaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  26227596 aaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacaacttctcatat 26227658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 199 - 340
Target Start/End: Original strand, 26260299 - 26260440
Alignment:
Q  199 agaatggttaaattggcttaactcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaatt 298  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |   |||| || || |||||||| |||| |||||     
T  26260299 agaattgttaaattggcttaactctaaccctaatgattctgtgttgtatgtaagttttggaagcttgactaggctttcttatgctcaggttgttgaaata 26260398  T
Q  299 gcgcacgggcttgaaaactcaggtcaaaattttatctgggtt 340  Q
    || || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||    
T  26260399 gctcatggacttgaaaattcaggtcataatttcatttgggtt 26260440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 396 - 458
Target Start/End: Original strand, 26208035 - 26208097
Alignment:
Q  396 aaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatat 458  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  26208035 aaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatat 26208097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 132
Target Start/End: Original strand, 26227249 - 26227356
Alignment:
Q  25 aagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtaggacca 124  Q
    ||||||||||||  ||| |||||| ||||| ||| | ||| |||||||||| || |||   || |  || |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26227249 aagttatggaactttatgcaatagctttcacgaacttgaaggtgattatgagaatctttacaagagcacaatggggatcaaagcatggagtgtaggacca 26227348  T
Q  125 gtttcagc 132  Q
    ||||||||    
T  26227349 gtttcagc 26227356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 7e-81; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 22 - 442
Target Start/End: Original strand, 44903500 - 44903923
Alignment:
Q  22 aagaagttatggaacactatacaatagttttcatgaattagaaagtgattatgaaaaacttattaacactaccatggggatcaaaacttggagtgtagga 121  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  44903500 aagaagttatgggacaatatgcaatagttttcatgaacttgaaagtgattatgagaaagttagtaaaactacaatggggattaagtcttggagtgtagga 44903599  T
Q  122 ccagtttcagcttggaccaacaaggatggtgnnnnnnnggccaaaaggggacacatagag--gaac-ttggaaaagaggaagaatggttaaattggctta 218  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||| || ||       || ||| ||||||||| | |||  |||| ||| |||||||  ||||| | ||||||||||||    
T  44903600 ccagtttcaacttgggctaacaagggtgatgaacggaagggcaataggggacacgtggagaagaacgttgaaaaagagagagaattgctaaattggctta 44903699  T
Q  219 actcgaagcaaaatgagtctgtattgtatgtaagttttggtagccttgttaggtttcctcatgctcagcttgtagaaattgcgcacgggcttgaaaactc 318  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || | ||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  44903700 actcaaagcaaaatgagtctgtgttgtatgtaagttttggaagccttactaagctttttcatgctcagcttgtagaaattgcacatgggcttgaaaagtc 44903799  T
Q  319 aggtcaaaattttatctgggttatnnnnnnnnntgataaagatgaagatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaag 418  Q
    |||||| ||||||||||||||| |         ||||| ||| ||  | |  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  44903800 aggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatagagacgagaacgaggaaggtttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaacaag 44903899  T
Q  419 ggctatatcatatggaattgggca 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  44903900 ggctatatcatatggaattgggca 44903923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University