View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19305_high_1 (Length: 887)

Name: NF19305_high_1
Description: NF19305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19305_high_1
NF19305_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (24-871)||(35409851-35410697)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 35410697 - 35409851
Alignment:
Q  24 tgctgtagatgaaacctctaaatggctctggcaattaggcaaagctcacgtttgcgctaatgatgctggcgttcatacacttgtgcaccattggtatgaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410697 tgctgtagatgaaacctctaaatggctctggcaattaggcaaagctcacgtttgcgctaatgatgctggcgttcatacacttgtgcaccattggtatgaa 35410598  T
Q  124 ttactatttccatgcaaatatatgtatttgagaaaaacttgaccaaaacttttgttttagaaatttagtaatgacatttgacctatgataaccgaacagg 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410597 ttattatttccatgcaaatatatgtatttgagaaaaacttgcccaaaacttttgttttagaaatttagtaatgacatttgacctatgataaccgaacagg 35410498  T
Q  224 ttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410497 ttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgat 35410398  T
Q  324 acacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactacactcccgggagatactgtatgcaaattac 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410397 acacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactacactcccgggagatactgtatgcaaattac 35410298  T
Q  424 gtgtgctgcctataaagattggtggcgatttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttct 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410297 gtgtgctgcctataaagattggtggcggtttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttct 35410198  T
Q  524 gtgcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactatttattctttcnnnnnnnncagaggtttg 623  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||    
T  35410197 gctcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactatttattctttc-tttttttcagaggtttg 35410099  T
Q  624 gcggttccagatgccactcagccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatggactcctcatatggactagtatagagaagt 723  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35410098 gcggttccagatgccactcggccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatggactcctcatatggtctagtatagagaagt 35409999  T
Q  724 tggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccgtttcttctgacaatgaactccagtcctggtacaaagaattcatcaacatggggca 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409998 tggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccatttcttctgacaatgaactccagtcctggtacaaagaattcatcaacatggggca 35409899  T
Q  824 ccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 871  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409898 ccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 35409851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University