View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19305_low_4 (Length: 756)

Name: NF19305_low_4
Description: NF19305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19305_low_4
NF19305_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-744)||(43302944-43303693)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 744
Target Start/End: Original strand, 43302944 - 43303693
Alignment:
Q  1 tcgctgcactgcttcacattgatggtggatgggacacgtggagagtttgggagcaaaatcttgggatttcgtggacatgcacaatttgtgctcaacatgt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43302944 tcgctgcactgcttcactttgatggtggatgggacacgtggagagtttgggagcaaaatcttgggatttcgtggacatgcacaatttgtgctcaacatgt 43303043  T
Q  101 gcatgtttctttgaccgctactttctgctacatgaagtggaaaacatgataaagatgagagggnnnnnnn-tgtgagaaattttgcttaatcgttact-- 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |      
T  43303044 gcatgtttctttgaccgctactttctgctacatgaagtggaaaacatgataaagatgagagggaaaaaaaatgtgagaaattttgcttaatcgttattgc 43303143  T
Q  198 ---aactgttcttacttcttactattcatgataattaaggtaactactgttaagtacattgacatgatctggaacattttatttttgatacattcagtac 294  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43303144 acaaactgttcttacttcttactattcatgataattaaggtaactactgttaagtacattgacatgatctggaacattttatttttgatacattcagtac 43303243  T
Q  295 tagtaacaaactaggatactgaatacaaattcctagttcttgccatattctttctcaagttcttcttgccaccacagcttaagaagcagtgtctcacata 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43303244 tagtaacaaactaggatactgaatacaaattcctagttcttgccatattctttctcaagttcttcttgccactacagcttaagaagcagtgtctcacata 43303343  T
Q  395 attaagttatcatttcttctgctaagttctttagccagatgtgcttctgctttctagttaagagagctcacattcannnnnnnctcacatttatttgaaa 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  43303344 attaagttatcatttcttctgctaagttctttagccagatgtgcttctgctttctagttaagagagctcacattcatttttttctcacatttatttgaaa 43303443  T
Q  495 cactctattataccaaattgagtgaagggtcatgtgaaagaggtcgtacttcaaaggtttagtatgccaaagaaaatgtttctgaactcttctgacacca 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43303444 cactctattataccaaattgagtgaagggtcatgtgaaagaggtcgtacttcaaaggtttagtatgccaaagaaaatgtttctgaactcttctgacacca 43303543  T
Q  595 agttgtagcttgagatacttctcttcaggcactgaaagaagtatttgtttcaagtttggaatatctttctctgcaaggattaatgagaatgcatcccaat 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43303544 agttgtagcttgagatacttctcttcaggcactgaaagaagtatttgtttcaagtttggaatatctttctctgcaaggattaatgagaatgaatcccaat 43303643  T
Q  695 ttaaaacctcaaaatatggcggcacaaaattgtcagatatgatcacaggt 744  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43303644 ttaaaacctcaaaaaatggcggcacaaaattgtcagatatgatcacaggt 43303693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University