View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1930_low_9 (Length: 348)

Name: NF1930_low_9
Description: NF1930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1930_low_9
NF1930_low_9
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (12-335)||(16874059-16874382)
chr6 (12-335)||(16580199-16580522)
chr6 (12-335)||(16614858-16615181)
chr6 (73-305)||(16572274-16572506)
chr6 (135-335)||(16977493-16977692)
chr6 (221-278)||(16691581-16691638)
chr6 (52-99)||(16977712-16977759)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (12-335)||(11198-11521)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (52-329)||(21628996-21629274)
chr2 (77-329)||(233679-233932)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (83-329)||(48298795-48299042)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (77-329)||(7391563-7391816)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 12 - 335
Target Start/End: Original strand, 16874059 - 16874382
Alignment:
Q  12 catcacttttgtaaattgttgcttagctaagcatgtgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagcc 111  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16874059 catctcttttgtaatttgttgcttagctaagcatgcgtttatttaacgtaacaattaactctttattttcttatctttccggaaaggttggaaagaagcc 16874158  T
Q  112 gacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  16874159 gacagatgccatatcatatgcacataaatctttagctactggaatcagtgtatctaatatctgttatgctattggaagttttcaatattgcagccaatgt 16874258  T
Q  212 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaac 311  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16874259 tcctgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatcagtgacaaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggatc 16874358  T
Q  312 atgtcatggttgtcacaatgcttc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16874359 atgtcatggttgtcacaatgcttc 16874382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 12 - 335
Target Start/End: Original strand, 16580199 - 16580522
Alignment:
Q  12 catcacttttgtaaattgttgcttagctaagcatgtgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagcc 111  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||    
T  16580199 catctcttttgtaatttgttgctaagctaagcatgcgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttccggaaaggttgaaatcaagcc 16580298  T
Q  112 gacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |    
T  16580299 gacagatgccatatcatatgcacataaatctttagctactggaatcagtgtatctaatatctgttatgctattggaagttttcaatattgcagctaatgt 16580398  T
Q  212 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  16580399 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagtcgcttgctcgagatcagtgacaaaaaacattcaactgtcctcccgaaaatgttaaggatc 16580498  T
Q  312 atgtcatggttgtcacaatgcttc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16580499 atgtcatggttgtcacaatgcttc 16580522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 12 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 16615181 - 16614858
Alignment:
Q  12 catcacttttgtaaattgttgcttagctaagcatgtgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagcc 111  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||    
T  16615181 catctcttttgtaatttgttgctaagctaagcatgcgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttccggaaaggttgaaatcaagcc 16615082  T
Q  112 gacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |    
T  16615081 gacagatgccatatcatatgcacataaatctttagctactggaatcagtgtatctaatatctgttatgctattggaagttttcaatattgcagctaatgt 16614982  T
Q  212 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |    
T  16614981 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagtcgcttgctcgagatcagtgacaaaaaacattcaactgtcctcccgaaaatgttaaggatc 16614882  T
Q  312 atgtcatggttgtcacaatgcttc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16614881 atgtcatggttgtcacaatgcttc 16614858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 73 - 305
Target Start/End: Original strand, 16572274 - 16572506
Alignment:
Q  73 tttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16572274 tttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcgtatgcacataaatctttagctactggaatcagtgtatctaatatc 16572373  T
Q  173 tgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgac 272  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  16572374 tgatatgctattggaagttttcaatattgcagccaatattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagtcgcttgctcgagatcagtgac 16572473  T
Q  273 aaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgtta 305  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  16572474 aaaaaacattcaacggttctcccaaaaatgtta 16572506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 135 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 16977692 - 16977493
Alignment:
Q  135 ataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatca 234  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| || ||| || | ||| |||||||| | |||| |||| ||||| ||||||||    
T  16977692 ataaatcttgagctcctggaatcagtgtatataatatcttctatgctaatgcaag-ttcccataatgcagccaatgttcaagacgcgaagcataagatca 16977594  T
Q  235 tcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaacatgtcatggttgtcacaatgctt 334  Q
    ||| || |||||||     |||  |||||||| |||| ||| || ||||| |||||  || |||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  16977593 tcaatacgaatttccattgctttttcgagatcagtgataaacaaaattcagcggtctaccagaaaatgttaaggatcatgtcatggttgtaacaaggctt 16977494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 221 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 16691638 - 16691581
Alignment:
Q  221 gaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaaaaa 278  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |||||||||||    
T  16691638 gaagcataagatcatcagtaagaatttccatcgcttgctcgagatcggtgacaaaaaa 16691581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 16977759 - 16977712
Alignment:
Q  52 atttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggt 99  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16977759 atttaaaataaaagttaactctttatttacttatcttttaggaaaggt 16977712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 12 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 11521 - 11198
Alignment:
Q  12 catcacttttgtaaattgttgcttagctaagcatgtgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagcc 111  Q
    |||| ||||||||| | |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11521 catctcttttgtaattcgttgctaacctaagcatgcgtttatttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagca 11422  T
Q  112 gacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattat 211  Q
      |||||||||||||||||||| ||||||||  | || || | |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| | |    
T  11421 tgcagatgccatatcatatgcatataaatctcgatctcctaggatcagtgtatctagtatctgctatgctactggaagttcccaatattgcagccaatgt 11322  T
Q  212 tcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgac-aaaaaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaa 310  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||   | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||     
T  11321 tcatgatgcgaagcataagatcatcagtaacaatttccttcgcttgctcgagatcagtgacaaaaaaacattcaacggtcctcctg-aaatgttaaggat 11223  T
Q  311 catgtcatggttgtcacaatgcttc 335  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  11222 catgtcatggttgtcacaaggcttc 11198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 52 - 329
Target Start/End: Original strand, 21628996 - 21629274
Alignment:
Q  52 atttaacataacaattaactctttatttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctact 151  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||    
T  21628996 atttaacatcacaattaactctttttttccttatatttcaggaattgttggaaagaagccggctgatgccatatcatatgcatataaatcttgagctcct 21629095  T
Q  152 ggaatcagtgtatctaacatctgctatgctattggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagc 251  Q
     |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||       
T  21629096 tgaatcagtgtatctcatatctgctatggtattggaagttcccaatatggcagccaatattcatgacacgaagcgtaagatcatcagtaagaatttccat 21629195  T
Q  252 cacttgctcgagatccgtgacaaaa-aacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaacatgtcatggttgtcacaa 329  Q
    | ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||    
T  21629196 cgcttgctcgagataagtgacaaaagaacattcaacggtcctcctgaaaatgttagggatcatgttatggctgtcacaa 21629274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 77 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 233932 - 233679
Alignment:
Q  77 tttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgct 176  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  233932 tttaattatctttcaggaaaggttggaaagaagacggcagatgccatatcatatgcatataaatcttgagctcctggaatcagtgcatcttacatctgct 233833  T
Q  177 atgctattggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaa- 275  Q
    |||||  ||||||||   || || ||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| || |||| |||     
T  233832 atgctgctggaagttccaaacatggcagccaatgttcatgatgctaagcgtaagatcatcagtaagaatttccgccgcttgcttgaggtcagtgagaaac 233733  T
Q  276 aaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaacatgtcatggttgtcacaa 329  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| | ||| ||||| |||| || |||||    
T  233732 aaacattcaccggtcctcctgaaactgtcagggatcatgttatggctgccacaa 233679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 48299042 - 48298795
Alignment:
Q  83 tatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgctatgcta 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||     
T  48299042 tatctttcaggaaaggttggaaagaagacggcagatgccatatcatatgcatataaatcttgagctcctggaatcagtgcatcttacatctgctatgctg 48298943  T
Q  183 ttggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaa-aaacat 281  Q
     ||||||||  ||| || ||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| || |||| ||| ||||||    
T  48298942 ctggaagttcccaacatggcagccaatgttcatgatgctaagcgtaagatcatcagtaagaatttccgccgcttgcttgaggtcagtgagaaacaaacat 48298843  T
Q  282 tcaacggtcctcccgaaaatgttatggaacatgtcatggttgtcacaa 329  Q
    ||| ||||||||| |||| ||| | ||| ||||| |||| || |||||    
T  48298842 tcaccggtcctcctgaaactgtcagggatcatgttatggctgccacaa 48298795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 77 - 329
Target Start/End: Original strand, 7391563 - 7391816
Alignment:
Q  77 tttacttatctttcaggaaaggttggaaagaagccgacagatgccatatcatatgcacataaatctgtagctactggaatcagtgtatctaacatctgct 176  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  7391563 tttaattatctttcaggaaaggttggaaagaagacggcagatgccatatcatatgcatataaatcttgagctcctggaatcagtgcatcttacatctgct 7391662  T
Q  177 atgctattggaagttttcaatattgcagccattattcatgacgtgaagcgtaagatcatcagtaagaatttcagccacttgctcgagatccgtgacaaa- 275  Q
    |||||  ||||||||  ||| || ||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||| || | || |||     
T  7391663 atgctgctggaagttcccaacatggcagccaatgttcatgatgcaaagcgtaagatcatcagtaagaatttccgacgcttgcttgaggtcagcgagaaac 7391762  T
Q  276 aaacattcaacggtcctcccgaaaatgttatggaacatgtcatggttgtcacaa 329  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| | ||| ||||| |||| || |||||    
T  7391763 aaacattcaccggtcctcctgaaactgtcagggatcatgttatggctgccacaa 7391816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University