View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19312_low_1 (Length: 707)

Name: NF19312_low_1
Description: NF19312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19312_low_1
NF19312_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (4-703)||(38480342-38481045)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 703
Target Start/End: Original strand, 38480342 - 38481045
Alignment:
Q  4 cgaagaatatcaaccaaaacaaaacgagcaggatacgtatgtgctcaaatattaacatatttgatagtttcttttatgaattaacatatgtgatagttaa 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480342 cgaaaaatatcaaccaaaacaaaacaagcaggatacgtatgtgctcaaatattaacatatttgatagtttcttttatgaattaacatatgtgatagttaa 38480441  T
Q  104 accaaacaaccaaacagacggaaataatctgacaacgatctttgagaagctcatttgctgccaaataaggttttaaaaatcaataaacaactgcaaattt 203  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38480442 accaaacaaccaaacagaaggaaataatctgacaacgatctttgagaagctcatttgctgccaaataaggttttaaaaatcgataaacaactgcaaattt 38480541  T
Q  204 tggtcgcattataaaggnnnnnnnacatctcttcaacatatttgcaagcttgcaaccacaattacggccacccaaaagcacttggatgagatggtaagtg 303  Q
    |||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480542 tggtcgcattataaaggtttttttacttctcttcaacatatttgcaatcttgcaaccacaattacggccacccaaaagcacttggatgagatggtaagtg 38480641  T
Q  304 ctctcttcccctaggaatgcaaaaatgttgaggaagcgttgtgccacccattgcgattctacccagttcgaggg-ttagtctctgcagttgcccgcagat 402  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38480642 ctctcttcctctgggaatgcaaaaatgttgaggaagcgttgtgccacccattgcgattctactcagttcgagggattagtctctgcggttgcccgcagat 38480741  T
Q  403 ga-acacaagtcaaacaaacaaac--nnnnnnnncacaattacgaccaaatcagccatatttggcggtaattctccacaatatcaagaattttgacttaa 499  Q
    || || ||| ||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  38480742 gatactcaattcaaacaaacaaacaaaaaaaaaacacaattacgaccaaatcagccatatttggcggtaattttccacaatatcaagaatcttgacttaa 38480841  T
Q  500 aagcatgctatttatggaaagaatacgcttaacgacaagnnnnnnnnggtcgtagcctagttctctctaaaatatagtatatagtatgaaataatgaaaa 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480842 aagcatgctatttatggaaagaatacgcttaacgacaagaaaaaaaaagtcgtagcctagttctctctaaaatatagtatatagtatgaaataatgaaaa 38480941  T
Q  600 actcttgattagaatccaacattcaagtccaccaattccattttccttgattttatgtaaaattatgtaccaaacccaaaccaccacagaatgaaggaga 699  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38480942 actcttgactagaatccaacattcaagtccaccaattcaattttccttgattttatgtaaaattatgtaccaaacccaaaccaccacagaatcaaggaga 38481041  T
Q  700 ttgt 703  Q
    ||||    
T  38481042 ttgt 38481045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University