View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19316_low_1 (Length: 621)

Name: NF19316_low_1
Description: NF19316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19316_low_1
NF19316_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (11-599)||(27223714-27224302)
chr8 (11-602)||(27227905-27228508)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (72-571)||(11547030-11547535)
chr1 (42-575)||(48652889-48653428)
chr1 (72-575)||(48618027-48618536)
chr1 (65-521)||(48628658-48629114)
chr1 (130-571)||(48661406-48661856)
chr1 (127-577)||(48666998-48667457)
chr1 (130-244)||(48639754-48639868)
chr1 (42-537)||(48656337-48656832)
chr1 (345-520)||(48585399-48585574)
chr1 (127-244)||(48585178-48585295)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (42-586)||(19665372-19665922)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (373-521)||(44044499-44044647)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 599
Target Start/End: Original strand, 27223714 - 27224302
Alignment:
Q  11 caaaggagatgtaaaccacagatgatggtgactttgagttcaaccactctataatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223714 caaaggagatgtaaaccacagatgatggtggctttgagttcaaccactctatgatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgc 27223813  T
Q  111 atttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223814 atttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatac 27223913  T
Q  211 gtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27223914 gtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttcttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatccg 27224013  T
Q  311 ggatctcgttgtacttaagaactactgaagacaattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagta 410  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27224014 ggatctcattgtacttaagaactacagaagacaattgaacatcaatatatggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagta 27224113  T
Q  411 agccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatg 510  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27224114 agcggcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatg 27224213  T
Q  511 atacaagaaatcggtgtatttgactcattcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagctgaaggtgtggtaagtaggtagt 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27224214 atacaagaaatcggtgtatttgactcattcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagctcgaggtgtggtaagtaggtagt 27224302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 602
Target Start/End: Original strand, 27227905 - 27228508
Alignment:
Q  11 caaaggagatgtaaaccacagatgatggtgactttgagttcaaccactctataatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgc 110  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27227905 caaatgagatgtataccacagatgattgtggccttgagtttaaccactctataatacaatcatcatcactcttaactaaatcaccacagatattacttgc 27228004  T
Q  111 atttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatac 210  Q
    | ||||  ||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||  ||| |||| ||| |||| ||| |  |||||||||||||| | |||||||||     
T  27228005 agtttttgtttttgggttttgaaataaaggaccaatgggtcttattaagacagaatattttgaaatataatttatgaaatcatgttccaattcctcatag 27228104  T
Q  211 gtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctg 310  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || || |||||||| || | |  |||||||||  ||||  |||||||    
T  27228105 gtatccaccaatacacaaaacactttagacaagttcttaatctgttccaataagagtgacccaagaaatggatacttactaaaacaatgaaggaaatctg 27228204  T
Q  311 ggatctcgttgtacttaagaactactgaagacaattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagta 410  Q
    | || || ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27228205 gtatttcattgtatttaaggactagagaagacaattgaacatcaatataaggttctgcattcgaagggaaacgtaccagtttgtgaaaatagttatagta 27228304  T
Q  411 agccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatg 510  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27228305 agctgcgaaaacagcaccggattgaatccataataaagcagaaggaatctcgagttcagcagctacatcactaacccatggaagaaaaggattgtttatg 27228404  T
Q  511 atacaagaaatcggtgtatttgactc------------attcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagctgaaggtgtggtaagtaggtag 598  Q
    |||||||||||| |||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  27228405 atacaagaaatcagtgtatttgactcatcagcagcatgattcttgatcatttgagaaagaaactttttcccaacgagctcgaggtgtggtaagtaggtag 27228504  T
Q  599 taag 602  Q
    ||||    
T  27228505 taag 27228508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 72 - 571
Target Start/End: Original strand, 11547030 - 11547535
Alignment:
Q  72 atcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaattttta 171  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  || |||||     
T  11547030 atcatcactcttaacaaaatctccacgaatattacttgcacctttaatatttggatttttaaacaatggaccaataggtcttatgtggatggattttttt 11547129  T
Q  172 gaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcc 271  Q
    | || |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || || ||||||||||||||||| || || ||||  ||||| |  |||| |||||    
T  11547130 gtaatatagtcaatgaaatcatgttctagttcttcataggtttctactaaaacacaaaacactttagataaattcttaaactgttctaagatgagtgtcc 11547229  T
Q  272 caagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaagacaattgaacatcaatataaggttcttcaac 371  Q
    | |||| || | ||| |||||||   |||| |||||||||||| || ||||| ||||| |||    |||  |||||||||||||||||||||||||   |    
T  11547230 ctagaaatggatatggactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcattgtatttaaggacttgaaaaggtaattgaacatcaatataaggttctttttc 11547329  T
Q  372 cgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaaca 471  Q
    | |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||  |    
T  11547330 caaaggaaaatgtaccagtttgttgaaatagttatagtaagcagcaaaaactgcagtggattgaacccataataaaacagaaggaataccatgttcatga 11547429  T
Q  472 gctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactc------attcttgatcatttgagaaagaaactgtt 565  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||      |||||||||||||||||| | |||  |||    
T  11547430 gctacatcacaaacccaaggaacaaaaggattgtttatgatacaagaaattggtttgtttgactcaacatgattcttgatcatttgagacaaaaaaggtt 11547529  T
Q  566 tcccaa 571  Q
    ||||||    
T  11547530 tcccaa 11547535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 42 - 575
Target Start/End: Original strand, 48652889 - 48653428
Alignment:
Q  42 ctttgagttcaaccactctataatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaagga 141  Q
    ||||||||| | |||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||  |||||| | || ||| |||||||| |||    
T  48652889 ctttgagtttagccactctataatattacaatcatcactcttaacaaaatcaccacggatattgtttgcacctttaatgtttgagttgttaaacaatgga 48652988  T
Q  142 ccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagaca 241  Q
    ||||| ||||||||   || ||| || || |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || || |||||||| |||||||| |    
T  48652989 ccaatgggtcttatgaggattgatttgtttgaaatatagtcaatgaaatcatgctctagttcttcataggtttctactaaaacacaaaatactttagata 48653088  T
Q  242 agttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaaga 341  Q
    | || ||||||||||| |  | || ||||||||    |  |||||||||||||   || | |||||||||||| || || |  |||||||||||  |||     
T  48653089 aattcttaatttgttctaagacgagtgtcccaaatgatagaaatgtactaaaaggatgcagaaaatctgggatttcattatgtttaagaactacaaaagg 48653188  T
Q  342 caattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccat 441  Q
     |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  | ||||||  | ||||||||||||    
T  48653189 taattgaacatcaatataaggttcttcatttgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttgtagtaagcggtaagaacagcggtggattgaacccat 48653288  T
Q  442 aataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactc----- 536  Q
    |||||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||         
T  48653289 aataaaacagaaggaataccatgttcatcagctacatcacaaacccaaggaagaaagggattatttatgagacatgaaattggtttgtttgactcagcat 48653388  T
Q  537 -attcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaag 575  Q
     |||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  48653389 gattcttgatcatttgagaaacaaagggttttccaacaag 48653428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 72 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 48618536 - 48618027
Alignment:
Q  72 atcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaattttta 171  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||||  |||||  |||||| | ||| || | |||||| |||||||| |||||||     | ||  |||||     
T  48618536 atcatcactcttaacaaaatctccacgaatattttttgcacctttaatatttggattgtgaaacaatggaccaatgggtcttacgaaaattgtttttttt 48618437  T
Q  172 gaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcc 271  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||||||||| || ||||  ||||| |  |||| |||||    
T  48618436 gaaatatagtcaatgaaatcatgctctagttcttcataggtttctactaaaacacaaaatactttagacaaattcttaaactgttctaagatgagtgtcc 48618337  T
Q  272 caagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaagacaattgaacatcaatataaggttcttcaac 371  Q
    | |||| || ||||  |||||||   |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||    |||  ||||||||||||||||||||||||         
T  48618336 ctagaaatggaaattgactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcattgtatttaagaacttgaaaaggtaattgaacatcaatataaggttctgtttg 48618237  T
Q  372 cgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaaca 471  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| |||| ||    
T  48618236 tgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagcagaaaaaacagcagttgattgaatccataacaaagcagaaggaataccatgttcatca 48618137  T
Q  472 gctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactc------attcttgatcatttgagaaagaaactgtt 565  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||| ||      |||||||||||||||||||| |||  |||    
T  48618136 gctacatcacaaacccatggaacaaaaggattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttgaatcagcatgattcttgatcatttgagaaacaaagggtt 48618037  T
Q  566 tcccaacaag 575  Q
    | ||||||||    
T  48618036 ttccaacaag 48618027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 65 - 521
Target Start/End: Original strand, 48628658 - 48629114
Alignment:
Q  65 tacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactga 164  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||   ||| |||  |||||| || |||| ||||||||| ||||| ||   ||||||    
T  48628658 tacaatcatcatcgctcttaacaaaatcacctcgaatattgcttgctgcttttattgttgggttcttgaacagaggaccaatgggtctaatgaggactga 48628757  T
Q  165 atttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatg 264  Q
     ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | ||||||||||| | ||| |||||||| || || |||  | | |||    
T  48628758 ttttttggaaagataatcgatgaaatcatgctctagttcttcataggtatccgctaatacacaaaatattttggacaagttattcatatgtgacgtgatg 48628857  T
Q  265 attgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaagacaattgaacatcaatataaggtt 364  Q
    | |||||| ||||||| | | | | |||||   ||    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||   ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  48628858 agtgtccctagaattggatagggattaaaaggatgtgttaaatctgggatttcattgtatttaaggactataaaaggcaaatgaacatcaatataaggtt 48628957  T
Q  365 cttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcatt 464  Q
    ||    | ||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||| |||||||||||||||| ||||     
T  48628958 ctgtttctgaaggaaaaggtacaagtttgtggacatagttatagtaagtggcgaaaacagcactagaattattccatgataaagcagaaggaatgtcatg 48629057  T
Q  465 ttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaat 521  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  48629058 ttcaaaagctacatcgcaaacccatggaagaaaaggattgtatatgatacatgaaat 48629114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 130 - 571
Target Start/End: Original strand, 48661406 - 48661856
Alignment:
Q  130 ttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaa 229  Q
    |||||||||||||||| | |||||||  ||| ||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||| || ||||||||||    
T  48661406 ttaaacaaaggaccaacatgtcttatggtgattgatttttttgaaatataatcgatgaaatcatgctctaattcttcaaaggtatccactaatacacaaa 48661505  T
Q  230 acactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaag 329  Q
    |||||||||||| ||  || |||||| || |  | | |||||| ||||||| ||||| | |||||   || | | |||||||||| |||||||| |||||    
T  48661506 acactttagacatgtcctttatttgtgccgtggtaagtgtccctagaattggaaatggattaaaaggatgtatataatctgggatttcgttgtatttaag 48661605  T
Q  330 aactactgaagac---aattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagca 426  Q
    |||||  |||||    | |||||||||||| ||||||||||||   || |||||| |||||| |||||||| ||||| |||| || | || ||||| |||    
T  48661606 aactatagaagagttgagttgaacatcaatgtaaggttcttcatttgatgggaaaggtaccaatttgtggacatagtcatagcaaacggcaaaaactgca 48661705  T
Q  427 ctagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtg 526  Q
    || || | |  ||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||     
T  48661706 ctggaattagtccataataaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcacaaacccatggaagaaatggattgtttatgacacatgaaattggtt 48661805  T
Q  527 tatttgactc------attcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaa 571  Q
    | ||||| ||      |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  48661806 tgtttgaatcagcatgattcttgatcatttgagaaacaaactgtctcccaa 48661856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 127 - 577
Target Start/End: Original strand, 48666998 - 48667457
Alignment:
Q  127 tttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacac 226  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||   || ||| ||||  |||| ||| |||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||| || |||||||    
T  48666998 tttttaaacaaaggaccaacgggtcttatggcgattgatttttccgaaatataatcgatgaaatcatgctctaattcttcaaaggtatccactaatacac 48667097  T
Q  227 aaaacactttagacaagttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtactt 326  Q
    ||||||||||||||| ||  || || ||| || |  ||| |||||| ||||||| | || ||| ||||   || | |||||||||||| || ||||| ||    
T  48667098 aaaacactttagacatgtcctttatctgtgccgtggtgagtgtccctagaattggatatctacaaaaaggatgtataaaatctgggatttcattgtattt 48667197  T
Q  327 aagaactactgaagac---aattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaaca 423  Q
    ||||||||  |||||    | |||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||| || |||||||| ||| | |||| ||   | |||||||    
T  48667198 aagaactatagaagagttgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgaagggaaaggtaacaatttgtggacataatcatagcaaatggtgaaaaca 48667297  T
Q  424 gcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcg 523  Q
    |||||||| | |  |||||| |||||||||||||| |  | ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||| |    
T  48667298 gcactagaattagtccataacaaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcactaacccatggaaaaaaagggttgtttataatacatgaaattg 48667397  T
Q  524 gtgtatttgactc------attcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagct 577  Q
    || | || || ||      |||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  48667398 gtttgttcgaatcagcatgattctttatcatttgagaaataaattgtctcccaacaagct 48667457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 244
Target Start/End: Original strand, 48639754 - 48639868
Alignment:
Q  130 ttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaa 229  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||    
T  48639754 ttaaacgaaggaccaataggtcttatggtgattgatttttttgaaatataatctatgaaatcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaa 48639853  T
Q  230 acactttagacaagt 244  Q
    |||||||||||||||    
T  48639854 acactttagacaagt 48639868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 537
Target Start/End: Original strand, 48656337 - 48656832
Alignment:
Q  42 ctttgagttcaaccactctataatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaagga 141  Q
    ||||||||| | |||||||||||||     ||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||  | | || | |||||| || ||||  |||    
T  48656337 ctttgagtttagccactctataatagtagaatcatcagtcttaacaaaatcacgacgaatattacttgcacctattatgtttgggttgttgaacaccgga 48656436  T
Q  142 ccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagaca 241  Q
    ||||| ||||||||  ||| ||| ||||  |||| ||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||    
T  48656437 ccaattggtcttatgatgattgacttttccgaaatataatcgataaaatcaggctctagttcttcataggtatccacaaatacacacaatgctttagaca 48656536  T
Q  242 agttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaaga 341  Q
    | || ||||||||| | |  |||| ||  || ||||  | | ||||| || ||   || | || | | || || ||  |||  ||||| ||||| ||||     
T  48656537 aattcttaatttgtcctaaaatgagtgggcctagaaagggatatgtattagaaggatgcagaagaacaggaatttcactgtgtttaaggactacagaagg 48656636  T
Q  342 caattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccat 441  Q
    |||||||||||||||| ||||||||      ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| |    |     
T  48656637 caattgaacatcaatacaaggttctgtttttgaagggaaaggcaccagtttgtggaaatagttatagtaacaagtgaaaacagcactagattcattaaac 48656736  T
Q  442 aataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaa-gaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactca 537  Q
    || | |||| ||||||| |  | |||    ||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  48656737 aaaatagcaaaaggaattttgtgttctgtggctacatcacaaacccatgaaatgaaaatg-ttgtttatgatgcaagaaattggtgtttttgactca 48656832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 345 - 520
Target Start/End: Original strand, 48585399 - 48585574
Alignment:
Q  345 ttgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccataat 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | ||||||| ||   | |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||   || | |  |||| ||    
T  48585399 ttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgat 48585498  T
Q  445 aaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaa 520  Q
    ||| |||||||||| |  | ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  48585499 aaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggaaaaaaataattgtttatgatacatgaaa 48585574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 244
Target Start/End: Original strand, 48585178 - 48585295
Alignment:
Q  127 tttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacac 226  Q
    ||||||||  ||||||||| || ||||||   || ||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  48585178 tttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttcgaaatataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacac 48585277  T
Q  227 aaaacactttagacaagt 244  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  48585278 aaaacactttagataagt 48585295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 42 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 19665922 - 19665372
Alignment:
Q  42 ctttgagttcaaccactctataatacactcatcatcactcttaacaaaatcaccacagatattacttgcatttttaatttgtgggtttttaaacaaagga 141  Q
    ||||||||| | |||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |  |||| ||| |||  |||||| | ||| || |||||||| |||    
T  19665922 ctttgagtttagccactctataatattacaatcatcactcttaacaaaatcaccgcgaatatcactcgcacatttaatctttggattattaaacaatgga 19665823  T
Q  142 ccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacacaaaacactttagaca 241  Q
    || || || ||| |   || ||| ||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  19665822 ccgattggccttgtaaggattgattttttcgaaatatagtcgatgtaatcatgctctagttcatcataactatccaccaatacacaaaacactttagata 19665723  T
Q  242 agttgttaatttgttccattatgattgtcccaagaattgaaaatgtactaaaaccttgaacaaaatctgggatctcgttgtacttaagaactactgaaga 341  Q
    | || ||||  ||||| |  |||| |||||| |||| |||| || ||||||||   || | |||||| || || ||||| |  |||||| ||||  |||     
T  19665722 aattcttaaactgttctaaaatgagtgtccctagaaatgaatatttactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaagg 19665623  T
Q  342 caattgaacatcaatataaggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccat 441  Q
     |||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||| ||||    
T  19665622 taattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccat 19665523  T
Q  442 aataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactc----- 536  Q
    || |||||||||||||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||         
T  19665522 aacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatgcaagaaataggtttgtttgactcattat 19665423  T
Q  537 -attcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagctgaaggtgtg 586  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||    
T  19665422 gattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaagctgtg 19665372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 373 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 44044647 - 44044499
Alignment:
Q  373 gaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagccgcgaaaacagcactagattgaacccataataaagcagaaggaatctcattttcaacag 472  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||| || | |||||||  ||||| |||||| |||||||  ||| |||| |||    
T  44044647 gaagggaaacataccagtttgtgaaaatagttatagttagcagcaaaaacaacagtggattgaattcataacaaagcataaggaataccatgttcatcag 44044548  T
Q  473 ctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaat 521  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  44044547 ctacgtcacaaacccatggaacaaaaggaatgtttatgatacatgaaat 44044499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University