View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19349_low_3 (Length: 453)

Name: NF19349_low_3
Description: NF19349
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19349_low_3
NF19349_low_3
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (21-435)||(10814-11228)
scaffold0208 (20-311)||(29682-29980)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (21-435)||(12687505-12687919)
chr5 (21-435)||(32095538-32095952)
chr5 (24-435)||(28526711-28527123)
chr5 (28-435)||(19061052-19061460)
chr5 (24-435)||(41295684-41296104)
chr5 (20-426)||(26508592-26508989)
chr5 (30-238)||(30770905-30771112)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (24-435)||(42192559-42192970)
chr3 (21-435)||(10761982-10762396)
chr3 (24-435)||(49156101-49156513)
chr3 (24-435)||(10239545-10239956)
chr3 (24-435)||(38450402-38450811)
chr3 (129-426)||(24644893-24645191)
chr3 (24-434)||(11841064-11841482)
chr3 (24-105)||(24644809-24644890)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (24-435)||(13460450-13460861)
chr2 (24-435)||(35086005-35086415)
chr2 (24-415)||(23342025-23342400)
chr2 (19-270)||(35440701-35440957)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (24-435)||(25382874-25383285)
chr1 (24-431)||(31056471-31056879)
chr1 (82-435)||(38145262-38145615)
chr1 (24-170)||(24928097-24928243)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (24-429)||(5543497-5543906)
chr8 (21-420)||(10704244-10704655)
chr8 (24-435)||(32895436-32895846)
chr8 (28-431)||(14414372-14414773)
chr8 (24-435)||(39728577-39728983)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (24-432)||(6101921-6102329)
chr6 (24-435)||(32030800-32031212)
chr6 (24-435)||(8652142-8652552)
chr6 (28-429)||(21771918-21772326)
chr6 (24-319)||(17580163-17580457)
chr6 (24-429)||(21192206-21192620)
chr6 (24-169)||(13006367-13006512)
chr6 (112-310)||(12437115-12437315)
chr6 (373-428)||(17580095-17580150)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (24-431)||(3812495-3812903)
chr7 (24-403)||(350251-350631)
chr7 (28-431)||(35149322-35149734)
chr7 (112-435)||(8499377-8499710)
chr7 (112-435)||(8486311-8486644)
chr7 (112-383)||(8521172-8521453)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (28-431)||(3938-4339)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (32-435)||(48165598-48166005)
chr4 (24-435)||(10734685-10735095)
chr4 (24-435)||(10948454-10948864)
chr4 (20-311)||(26958149-26958444)
chr4 (162-429)||(5187249-5187521)
chr4 (36-308)||(32283300-32283571)
chr4 (371-431)||(26958812-26958872)
chr4 (219-279)||(3769180-3769240)


Alignment Details
Target: scaffold0208 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 11228 - 10814
Alignment:
Q  21 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaaca 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11228 catagtctgacaaactaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttaaaca 11129  T
Q  121 attcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagaca 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11128 attcaaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttatcatatacactatttcaaaatgcgtataataatattattcataaaaatcctatagaca 11029  T
Q  221 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 10929  T
Q  321 tgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 420  Q
    | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10928 tatgtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 10829  T
Q  421 aggtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||||    
T  10828 aggtgtccccaggat 10814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 29980 - 29682
Alignment:
Q  20 tcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagc--ataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
T  29980 tcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcgcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttca 29881  T
Q  118 acaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacata-----aaaatcc 212  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||     |||||||    
T  29880 acaattcaaactttaaattgctcaagtatctgccaaacaatcttattatatacgctatttccaaatgtgtataataaaatcatacataaaaaaaaaatcc 29781  T
Q  213 tatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtca 311  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29780 tataggcaaaatgtaggaaattacataaatttctgaattcataaattttctaatggacaatattcgagactgaaaagtctctctcggtgattgaagtca 29682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Original strand, 12687505 - 12687919
Alignment:
Q  21 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaaca 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12687505 catagtctgacaaactaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttaaaca 12687604  T
Q  121 attcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagaca 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12687605 attcaaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttatcatatacactatttcaaaatgcgtataataatattattcataaaaatcctatagaca 12687704  T
Q  221 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12687705 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 12687804  T
Q  321 tgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 420  Q
    | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12687805 tatgtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 12687904  T
Q  421 aggtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||||    
T  12687905 aggtgtccccaggat 12687919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Original strand, 32095538 - 32095952
Alignment:
Q  21 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  32095538 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttattctctttaatgatccttatggttgctttttaaaca 32095637  T
Q  121 attcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagaca 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  32095638 attcaaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaaatctatagaca 32095737  T
Q  221 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32095738 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaatttataaattttctaacgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 32095837  T
Q  321 tgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 420  Q
    | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32095838 tatgtaatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 32095937  T
Q  421 aggtgtccccaggat 435  Q
    | |||||||||||||    
T  32095938 atgtgtccccaggat 32095952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 28526711 - 28527123
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  28526711 agtctgacacactaatgatctccaaattatcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgtcttttcaacaatt 28526810  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaa-atcctatagacaaa 222  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  28526811 caaactttgaattgctcaagtatctgccaaacaatcttattatatacattattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaaatcctataggcaaa 28526910  T
Q  223 gtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  28526911 gtgtaggaaaatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcaatattcgagactggaaagtctttctcggtggttgaggtcatccaaaaatta 28527010  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    ||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28527011 tgtcatttcatttacaactttattaatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgtctaatacaaaagag 28527110  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||    
T  28527111 gtgtccccaggat 28527123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 28 - 435
Target Start/End: Original strand, 19061052 - 19061460
Alignment:
Q  28 tgacacactaatgatctccaaattgtca--tatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattca 125  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |  ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| || |||||     
T  19061052 tgacacataaatgatctccaaattgtgagatatatctcatgtgagcataaactctcttgttctctttaataatctttatggttgcattttcaataattct 19061151  T
Q  126 aaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtg 225  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| |    
T  19061152 aagtttgaattgctcaagtatctgacaaacaatcttattatatacactgttttcaaatgcgtataataagatcatacataagaatcctatagccaaagcg 19061251  T
Q  226 taggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcc-aaaaattgtg 324  Q
    || |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  19061252 tatgaaaatacttaattttctgaattcataaatttcctaatggacaatatttgagactg--aagtctctctcgatgattgaggtcatccaaaaaattatg 19061349  T
Q  325 tcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggt 424  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19061350 tcatttcattttcaactttattgatataagtcttttgcgatgtccgaataataccttgagaaaaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggt 19061449  T
Q  425 gtccccaggat 435  Q
    |||||||||||    
T  19061450 gtccccaggat 19061460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 41296104 - 41295684
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  41296104 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttccgtgagcataagctctcttgttctctttaataattcttatggttgccttttcaacaatt 41296005  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||| | |||||    
T  41296004 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatatgttatttctaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcttattggcaaag 41295905  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatt-- 321  Q
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||      
T  41295904 cata-gaaaatacttaaatttctgaattcataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattatggtcacccataacttat 41295806  T
Q  322 --------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaat 413  Q
             ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  41295805 taactttaatgtcaatttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctacgtaataaaatgcctaat 41295706  T
Q  414 acaaaagaggtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  41295705 acaaaagaggtgtccctaggat 41295684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 26508989 - 26508592
Alignment:
Q  20 tcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaac 119  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| | ||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||    
T  26508989 tcatagtctaacacactaatgaactctaaattgttagatttctggtgtgagtataaactctcttattctctttaataattcttatggttgccttttcaac 26508890  T
Q  120 aattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataa-taatattatacataaaaatcctataga 218  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||   |||||| |||||| ||||| ||| | |||||| || | | ||||||     
T  26508889 aattcaaattttgaattgctcaagtatctgccaaacaatatgattatataagttatttccaaatgcatataaataagactatacacaatatttctatagc 26508790  T
Q  219 caaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaa 318  Q
    |||    ||| ||||||||| | |||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||          | ||| |||| | || |||| ||| ||    
T  26508789 caagtcatagaaaaatacttgattttcagaatttataaattttctaaagggcaatatttgaga---------ttatcttggtgttcgatgtcacccataa 26508699  T
Q  319 attgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaa 418  Q
    ||| |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  26508698 attatgtcatttca-tttcaactttattaatataactcttttgtgatatttgaatgataccttgagaggaatctctaagtatcgaaaagcctaatacaaa 26508600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30771112 - 30770905
Alignment:
Q  30 acacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaaat 129  Q
    |||||||||||| |||||||||| || || ||| ||   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||  |||||||||| |    
T  30771112 acacactaatgacctccaaattgccagatctctaatc--agcataaactctcttgttctctttaataatccttatggctgcctttttcacaattcaaact 30771015  T
Q  130 ttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacata-aaaatcctatagacaaagtgtag 228  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  30771014 ttgaattgctcaagtatttgccaaacaatcttattatatacactattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaaattctatagacaaagtgtag 30770915  T
Q  229 gaaaatactt 238  Q
     |||||||||    
T  30770914 aaaaatactt 30770905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 42192559 - 42192970
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42192559 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttaaacaatt 42192658  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42192659 caaactttgaattgctaaaatatctgccaaacaattttattatatacaccatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 42192758  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  42192759 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattac 42192858  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42192859 gtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 42192958  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  42192959 tgtccctaggat 42192970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Original strand, 10761982 - 10762396
Alignment:
Q  21 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaaca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  10761982 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctgatgcgagcataagctgtcttgttctctttaataatcattatggttgttttttaaaca 10762081  T
Q  121 attcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagaca 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10762082 attcaaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgcataataatattatacataaaaatcctatagaca 10762181  T
Q  221 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10762182 aagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaatttcctaatgggctatatttgagactgcaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaat 10762281  T
Q  321 tgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 420  Q
    | ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10762282 tatgtcatttcatttacaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaag 10762381  T
Q  421 aggtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||||    
T  10762382 aggtgtccccaggat 10762396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 49156513 - 49156101
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  49156513 agtctgacacactaatgatctccaaattatcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgtcttttcaacaatt 49156414  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaa-tcctatagacaaa 222  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  49156413 caaactttgaattgctcaagtatctgccaaacaatcttattatatacattattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaaatcctataggcaaa 49156314  T
Q  223 gtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||     
T  49156313 gtgtaggaaaatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcaatattcgagactggaaagtctttctcggtggttgaggtcatccaaaaatta 49156214  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49156213 tgtcatttcatttacaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgtctaatacaaaagag 49156114  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    |||||||||||||    
T  49156113 gtgtccccaggat 49156101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 10239545 - 10239956
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  10239545 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcatgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 10239644  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||    
T  10239645 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcatataggcaaag 10239744  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcc-aaaaattg 322  Q
      || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |     
T  10239745 cata-gaaaatacttatatttttgaattcataaattttctaataggcaatatttgagactgaaaagtctctcttggtgattggggtcatccaaaaaaata 10239843  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239844 tgtcattttattttcaactttattgaaataactcttttgtgatattcaaataataccttgagaaaaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 10239943  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    ||||||| |||||    
T  10239944 gtgtcccaaggat 10239956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 38450402 - 38450811
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| || |||   |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  38450402 agtctgacatataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcgtgaacataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 38450501  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| | ||| |||||    
T  38450502 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcatttaggcaaag 38450601  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
      || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| | |    
T  38450602 cata-gaaaatacttatatttctgaattcataaattttctaataggcaatatttgagactgaaaagtctct-ttggtgattggggtcatccaaaaaatat 38450699  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38450700 gtcattttattttcaactttattgaaataactcttttgtgatattcgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 38450799  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  38450800 tgtcccaaggat 38450811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 129 - 426
Target Start/End: Original strand, 24644893 - 24645191
Alignment:
Q  129 tttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaat-cctatagacaaagtgta 227  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||  | |||| ||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  24644893 tttgaattgctcaaatatctgctaaacaatcttattataaacgttgtttccaaatgtgtataataaaatcatacataaaaattcctataggcaaagtgta 24644992  T
Q  228 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgtgtca 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  24644993 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgagatcatccaaaaattatgtca 24645092  T
Q  328 tttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgt 426  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  24645093 tttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaataatctataagtattgaaatgcttaatacaaaagaagtgt 24645191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 24 - 434
Target Start/End: Original strand, 11841064 - 11841482
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||    | | | ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  11841064 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgctttatcttaatctctcttgttctctttaataattcttatggttgccttttcaacaatt 11841163  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||| |||||    
T  11841164 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacattatttctaaatgtgtataataaaatcatacattaaaatcctataggcaaag 11841263  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatt-- 321  Q
      || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||      
T  11841264 ctta-gaaaatacttatatttctgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattatggtcacccataacttat 11841362  T
Q  322 --------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaat 413  Q
             ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11841363 taactttaatgtcaatttattttcaac-ttattgatataactcttttgtgatatttaaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaat 11841461  T
Q  414 acaaaagaggtgtccccagga 434  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  11841462 acagaagaggtgtccccagga 11841482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 105
Target Start/End: Original strand, 24644809 - 24644890
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatg 105  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24644809 agtctgacacataaatgatctccaaattatcagatctcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatg 24644890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 13460861 - 13460450
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13460861 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttaaacaatt 13460762  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13460761 caaactttgaattgctaaaatatctgccaaacaattttattatatacaccatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 13460662  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  13460661 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattac 13460562  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13460561 gtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 13460462  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  13460461 tgtccctaggat 13460450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 35086005 - 35086415
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  35086005 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 35086104  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  35086105 caaactttgaattgctcaagtatctgtcaaacaatcttattatatacgttattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 35086204  T
Q  224 tgtaggaaaatac-ttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattg 322  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  35086205 tgtaggaaaatactttaaatttatgaatacataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgaggtcatccaaaaatta 35086304  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35086305 tgtcattttattttcaactttattgatataactc--ttgtgatatccaaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 35086402  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    || ||||||||||    
T  35086403 gtctccccaggat 35086415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 24 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 23342400 - 23342025
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23342400 agtctaacacactaatgatctccaaattgtcagatctctgatgtgagcataaattctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttaaacaatt 23342301  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||| |||||||||| | ||||||||||||                ||||| | ||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||    
T  23342300 caaactttaaattgctcaagtttctgccaaacaa----------------atttccagatgcgtataataagatcatacataaaattcctataggcaaag 23342217  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
     |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  23342216 cgtaggaaaatacataaatttccgaattcataaattttctaatgggcaatatttaagagtgaaaagtctctctcgatgattgaggtcatccaaaaattat 23342117  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatac 415  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23342116 gtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatctgaataatacctttagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatac 23342025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 35440701 - 35440957
Alignment:
Q  19 atcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctg-----atgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgcttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |      |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  35440701 atcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttttttttttatgtgagcttaagctctcttgttatctttaataatccttatgattgcttt 35440800  T
Q  114 ttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcct 213  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35440801 ttcaacaattcaaactttgaattgctcaaatatctgtcaaacaatcttattatatacgctatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcct 35440900  T
Q  214 atagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35440901 atagacaaagtgtaggaaaatacttaagtttctgaattcataaattttctaatgggc 35440957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 25382874 - 25383285
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382874 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttaaacaatt 25382973  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25382974 caaactttgaattgctaaaatatctgccaaacaattttattatatacaccatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 25383073  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  25383074 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattac 25383173  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25383174 gtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 25383273  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  25383274 tgtccctaggat 25383285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 24 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 31056879 - 31056471
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  31056879 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 31056780  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  31056779 caaactttgaattgctcaagtatctgtcaaacaatcttattatatacattattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 31056680  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcca-aaaattg 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||     
T  31056679 tgtaggaaaatacttaaatttctgaatacataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgagatcatccaaaaaatta 31056580  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31056579 tgtcattttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 31056480  T
Q  423 gtgtcccca 431  Q
    | |||||||    
T  31056479 gcgtcccca 31056471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 82 - 435
Target Start/End: Original strand, 38145262 - 38145615
Alignment:
Q  82 ttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaa 181  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||    
T  38145262 ttgttctctttaataatatttatggttgccttttcaacaattcaaactttgaattgctcaaatatctgccatacaatcttattatatacgttatttctaa 38145361  T
Q  182 atgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgaga 281  Q
    |||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  38145362 atgtatataataaaatcatacataaaaatcctatagacaaagtgtatgaaaatacttaaatttatgaattcataaatttcttaatgggcaatatttgaga 38145461  T
Q  282 ctgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataatacctt 381  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  38145462 ctgaaaagtctctctcggtgattcagatcgtccaaaaattatgtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataatccctt 38145561  T
Q  382 gagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtccccaggat 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38145562 gagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtccccaggat 38145615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 170
Target Start/End: Original strand, 24928097 - 24928243
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| |||| |||||||    
T  24928097 agtctaacacattaatgatctccaaattgtcagatctctgatgtgagcataaactctcttgttctctttaaacatccttatggttgcattttcaacaatt 24928196  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatac 170  Q
    | || | ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24928197 ctaactatgaattgcttaagtatctgccaaacaatcttattatatac 24928243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 429
Target Start/End: Original strand, 5543497 - 5543906
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5543497 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatttctgatgtgagcataagccctcttgatctctttaataatccttatggttgctttttaaacaatt 5543596  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5543597 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacaccatttcaaaatgtgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 5543696  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  5543697 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctcttggtgattgaggtcatccaaaaattac 5543796  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataa----ctcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaa 419  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5543797 gtcatttcattttcaactttattgatatatatagctcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattaaaatgcctaatacaaaa 5543896  T
Q  420 gaggtgtccc 429  Q
    ||||||||||    
T  5543897 gaggtgtccc 5543906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 21 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 10704655 - 10704244
Alignment:
Q  21 catagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatt---------tctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgct 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||         | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10704655 catagtctgacacaataatgatctccaaattgtcagattattttttttttttatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgct 10704556  T
Q  112 ttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataat-attatacataaaaat 210  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  10704555 ttttcaacaattcaaattttgaattgctctaatatctgtcaaacaatcttactatatacgctatttcaaaatgcgtataataattattctacataaaaat 10704456  T
Q  211 cctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctc--ggtgattgagg 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  10704455 cctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttctgaattcataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctctcgatgattgagg 10704356  T
Q  309 tcatccaaaaattgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgc 408  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10704355 tcatccaaaaattatgtcattttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgc 10704256  T
Q  409 ctaatacaaaag 420  Q
    ||||||||||||    
T  10704255 ctaatacaaaag 10704244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 32895846 - 32895436
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  32895846 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 32895747  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  32895746 caaactttgaattgctcaagtatctgtcaaacaatcttattatatacgttattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 32895647  T
Q  224 tgtaggaaaatac-ttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattg 322  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  32895646 tgtaggaaaatactttaaatttatgaatacataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgaggtcatccaaaaatta 32895547  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32895546 tgtcattttattttcaactttattgatataactc--ttgtgatatccaaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 32895449  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    || ||||||||||    
T  32895448 gtctccccaggat 32895436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 28 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14414773 - 14414372
Alignment:
Q  28 tgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaa 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14414773 tgacacacaaatgatctccaaattgtcagatctctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttcaacaattcaaa 14414674  T
Q  128 atttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgta 227  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  14414673 ctttgaattactcaaatatctgccaaacaatcttatta-atacgctatttccaaatgcgtataataaaatcatacataaaaatcccataggaaaagtgta 14414575  T
Q  228 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgtgtca 327  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14414574 ggaaaatacttaaatatctgaattcattaattttctaatggacaatatttgagactagaaagtctcactcgatgattgaggtcatccaaaaattgtgtca 14414475  T
Q  328 tttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtc 427  Q
    ||| |||||  || ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  14414474 ttttattttgaactttattgatataactcttttgtgatgtctgaataataccttgagaagaatctctaagtatt-aaatgcataatacaaaagaggtgtc 14414376  T
Q  428 ccca 431  Q
    ||||    
T  14414375 ccca 14414372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 39728577 - 39728983
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||  ||||||    
T  39728577 agtctgacacataaatgatcttcaaattgtcagatctctgatgtgagcataaacactcttgttctttttaataattcttatggttgcctttttcacaatt 39728676  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||   || ||| ||| ||| ||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||      | ||||| |||||| |||||| ||||     
T  39728677 caaactttgaattgtgaaagtatttgcaaaataatcttattatatacgttattttcaaatgtgtata------tcatacacaaaaattctataggcaaaa 39728770  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcc-aaaaattg 322  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||     
T  39728771 cgtaggaaaatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgcaaagtctctgtcgatgattgaggtcatccaaaaaatta 39728870  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39728871 tgtcatttcattttcaactttattggtataactcttttgtgatgtctgaataataccttgataagaatctctaagtattgaaatgcataatacaaaagag 39728970  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    |||||| ||||||    
T  39728971 gtgtcctcaggat 39728983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 24 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 6102329 - 6101921
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6102329 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcgtgaccataagctctcttgttctctttaataatctttatggttgctttttcaacaatt 6102230  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  6102229 caaactttgaattgctcacatatctgccaaacaatcttattatatacgctatttccaaatgtgtataataaaatcaaacataaaaatcctataggcaaag 6102130  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6102129 tgtaggaaaatacttaaatttctgaattcatgaattttcttatggacaatatttgagattgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattat 6102030  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6102029 gtcatttcattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccgtgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 6101930  T
Q  424 tgtccccag 432  Q
    |||||||||    
T  6101929 tgtccccag 6101921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 32030800 - 32031212
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgcttttta-aacaat 122  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  32030800 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataatctttatggttgcttttttcaacaat 32030899  T
Q  123 tcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaa 222  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||  |||||| ||||| ||||||| | || ||||||||||| | ||||| ||||    
T  32030900 tcaaactttgaattgctcaagtatctgtcaaaccatcttattatatacgttatttccaaatgtgtataatgaaatcatacataaaaaacatataggcaaa 32030999  T
Q  223 gtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattg 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32031000 gtgtaggaaaatacttaaatttctgaattcataaatttcctaatgggaaatatttaagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatta 32031099  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32031100 tgtcattttattttcaactttattgatataactcttttgtgatgtctgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcataatacaaaagag 32031199  T
Q  423 gtgtccccaggat 435  Q
    ||||| |||||||    
T  32031200 gtgtctccaggat 32031212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 8652142 - 8652552
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  8652142 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcgtgagcataaactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 8652241  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||    
T  8652242 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcatataggcaaag 8652341  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
      ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |    
T  8652342 catag-aaaatacttatatttctgaattcataaattttctaataggcaatatttgagattgaaaagtctctcttggtgattggggtcatccaaaaaatat 8652440  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8652441 gtcattttattttcaactttattgaaataactcttttgtgatattcgaataataccttgagaaaaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 8652540  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  8652541 tgtcccaaggat 8652552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 28 - 429
Target Start/End: Original strand, 21771918 - 21772326
Alignment:
Q  28 tgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaa 127  Q
    |||||||  |||||||||||||||| || || |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  21771918 tgacacataaatgatctccaaattgccagatctcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataatctttatggttgccttttcaacaattcaaa 21772017  T
Q  128 atttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgta 227  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  21772018 ctttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatgcattatttctaaatgtgtataataaattcatacataaaaatcctataggcaaagcata 21772117  T
Q  228 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatt------ 321  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||          
T  21772118 -gaaaatacttatatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactaaaaagtctctctcggtgattatggtcacccataacttattaac 21772216  T
Q  322 ----gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaa 417  Q
         ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21772217 tttaatgtcaatttattttcaac-ttattgatataactcttttgtgatatttaaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgtctaa-acaa 21772314  T
Q  418 aagaggtgtccc 429  Q
    || |||||||||    
T  21772315 aacaggtgtccc 21772326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 24 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 17580457 - 17580163
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17580457 agtctgacacataaatgatctctaaattgttagatctctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataa-ccttatggttgctttttcaacaatt 17580359  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||  |||||    
T  17580358 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacgctatttccaaatgcgtataataaagtcatacataaaaatcctatatgcaaag 17580259  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaa 319  Q
    |||||||||||| ||| |||| | ||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17580258 tgtaggaaaatatttagatttttcaattcctaaatttgctaatgggaaatttttgagactgaaaagtctctctcagtgattgaggtcatctaaaaa 17580163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 429
Target Start/End: Original strand, 21192206 - 21192620
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||| || |||    | | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  21192206 agtctgacacataaatgatctcaaaattgtcagatctcttgcataaacataaactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 21192305  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  21192306 caaactttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 21192405  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatt-- 321  Q
      || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||      
T  21192406 cata-gaaaatacttatatttttgaattcataaattttctaatggacaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattatggtcacccataacttat 21192504  T
Q  322 --------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatg-cctaa 412  Q
             ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  21192505 taaccttaatgtcaatttattttcaac-ttattgatataactcttttgtgatatttaaataatatcttgagaagaatctctaagtattgaaatgttttaa 21192603  T
Q  413 tacaaaagaggtgtccc 429  Q
    |||||||||||||||||    
T  21192604 tacaaaagaggtgtccc 21192620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 13006512 - 13006367
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    ||||| ||||| ||||||| | |||||||||| || |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13006512 agtctaacacaataatgatattcaaattgtcagatctctgatatgagcataaactcttttgttctctttaaaaatccttatggttgccttttcaacaatt 13006413  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatata 169  Q
    | || ||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||||    
T  13006412 ccaattttgaattgctgaagtatatgccaaacaatctgattatata 13006367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 112 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 12437315 - 12437115
Alignment:
Q  112 ttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtat-aataatattatacataaaaat 210  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| || || | |||||| || | |    
T  12437315 ttttcaacaattcaaattttgaattactcaagtatttgctaaataatctgattatatacactatttccaaatgcatataaagaagactatacacaatatt 12437216  T
Q  211 cctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaa-ttttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggt 309  Q
     |||||| |||||  ||| ||||||||| | |||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||||||    
T  12437215 tctatagccaaagcatagaaaaatacttgatttttagaatttataaatttttctaacgggcaatattagagactaaatattctctcttggtgattgaggt 12437116  T
Q  310 c 310  Q
    |    
T  12437115 c 12437115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 373 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 17580150 - 17580095
Alignment:
Q  373 taataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtcc 428  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17580150 taataccttgagaagaatctctaaatattgaaatgtctaatataaaagaggtgtcc 17580095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 24 - 431
Target Start/End: Original strand, 3812495 - 3812903
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3812495 agtctgacacacaaatgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 3812594  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  3812595 caaactttgaattgctcaagtatctgccaaacaatcttattatatacattattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 3812694  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcc-aaaaattg 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||     
T  3812695 tgtaggaaaatacttaaatttctgaatacataaatttcctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgagatcatccaaaaaatta 3812794  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 422  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3812795 tgtcattttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagag 3812894  T
Q  423 gtgtcccca 431  Q
    | |||||||    
T  3812895 gcgtcccca 3812903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 24 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 350631 - 350251
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  350631 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataactctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaacaatt 350532  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| | |||  |||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  350531 caaactttgaattgctcaagtatctggcaaacaatcttattctctacgttattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggcaaag 350432  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcca-aaaattg 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||     
T  350431 tgtaggaaaatacttaaatttctgaatacataaatttccttatgggcaatatttgagactgaaaagtctctcttgatgattgaggtcatccaaaaaatta 350332  T
Q  323 tgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattga 403  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  350331 tgtcattttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattga 350251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 28 - 431
Target Start/End: Original strand, 35149322 - 35149734
Alignment:
Q  28 tgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaa 127  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35149322 tgacacataaatgatctccaaattgtcagatctcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttcaacaattcaaa 35149421  T
Q  128 atttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgta 227  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||| || || |||||||||||||||| |||||||||    
T  35149422 ctttgaattgctcaaatatctgccaaacaatcttattatatgcattatttccaaatgtgtatagtaaaatcatgcataaaaatcctataggcaaagtgta 35149521  T
Q  228 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaatt------ 321  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||          
T  35149522 ggaaaatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcactatttgagattgaaaagtctctctcggtgattgaggtcacctataatttataaac 35149621  T
Q  322 ----gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaa 417  Q
         ||||| || |||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35149622 tttaatgtcaatttattttcaactttattgatataactc-tttgtgatatctaaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaa 35149720  T
Q  418 aagaggtgtcccca 431  Q
    ||||||||||||||    
T  35149721 aagaggtgtcccca 35149734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 112 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 8499710 - 8499377
Alignment:
Q  112 ttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatc 211  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||| || || |||||||| ||||    
T  8499710 ttttcaacaattcaaactttgaattcctcaagtgtctgccaaacaatgttattatatacactattttcaaacgcgtataacaagatcatacataagaatc 8499611  T
Q  212 ctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtca 311  Q
    | ||   |||||  || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||    
T  8499610 cgatgagcaaagcatatgaatatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagacttaaaagtccttctcggtgattgacgtca 8499511  T
Q  312 tccaaaaatt----------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtatt 401  Q
    |||| || ||           ||||| || |||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  8499510 tccataatttattaactttaatgtcaatttattttcaactttactgatataactcttttgtgatatccgaataataacttgagaagaatctctaggtaat 8499411  T
Q  402 gaaatgcctaatacaaaagaggtgtccccaggat 435  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8499410 gaaatgcctaatacaaaagaggtatccccaggat 8499377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 112 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 8486644 - 8486311
Alignment:
Q  112 ttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatc 211  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  8486644 ttttcaacaattcaaactttgaattcctcaagtgtctgccaaacaatgttattatatacactattttcaaatgcgtataacaagatcatacataagaatc 8486545  T
Q  212 ctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtca 311  Q
    | ||   |||||  || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||    
T  8486544 cgatgagcaaagcatatgaatatacttaaatttctgaattcataaattttctaatgggcaatattttagacttaaaagtccttctcggtgattgacgtca 8486445  T
Q  312 tccaaaaatt----------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtatt 401  Q
    |||| || ||           ||||| || |||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  8486444 tccataatttattaactttaatgtcaatttattttcaactttactgatataactcttttgtgatatccgaataataacttgagaagaatctctaggtaat 8486345  T
Q  402 gaaatgcctaatacaaaagaggtgtccccaggat 435  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  8486344 gaaatgcctaatacaaaagaggtatccctaggat 8486311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 112 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8521453 - 8521172
Alignment:
Q  112 ttttaaacaattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatc 211  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  8521453 ttttcaacaattcaaactttgaattgctcaagtatctgccaaacaatcttattatatacgctattttcaaatgcgtataataacatcatacataagaatc 8521354  T
Q  212 ctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtca 311  Q
    | |||  |||||  || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  8521353 ccataagcaaagcatatgaatatacttaaatttctgaattcataaatttcctaatgggcaatatttgagacttaaaagtttttctcggtgattgacgtca 8521254  T
Q  312 tccaaaaatt----------gtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttga 383  Q
    |||| || ||           ||||| || |||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8521253 tccataatttattaactttaatgtcaatttattttcaactttactgatataactcttttgtgatatccggataataccttga 8521172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 28 - 431
Target Start/End: Original strand, 3938 - 4339
Alignment:
Q  28 tgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaa 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3938 tgacacacaaatgatctccaaattgtcagatctctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgctttttcaacaattcaaa 4037  T
Q  128 atttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgta 227  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  4038 ctttgaattactcaaatatctgccaaacaatcttatta-atacgctatttccaaatgcgtataataaaatcatacataaaaatcccataggaaaagtgta 4136  T
Q  228 ggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgtgtca 327  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4137 ggaaaatacttaaatatctgaattcattaattttctaatggacaatatttgagactagaaagtctcactcgatgattgaggtcatccaaaaattgtgtca 4236  T
Q  328 tttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtc 427  Q
    ||| |||||  || ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  4237 ttttattttgaactttattgatataactcttttgtgatgtctgaataataccttgagaagaatctctaagtatt-aaatgcataatacaaaagaggtgtc 4335  T
Q  428 ccca 431  Q
    ||||    
T  4336 ccca 4339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 32 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 48166005 - 48165598
Alignment:
Q  32 acactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaaattt 131  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||| |||    
T  48166005 acactaacgatctccaaattgtcagatttctaatgtgagtaataattctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaagaattcaaacttt 48165906  T
Q  132 gaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaa---tcctatagacaaagtgtag 228  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  48165905 gaattgctcaagtatctgtcaaacaatcttattatatacattattttcaaatgtgtataataaaatcatacataaaaaaaatcctataggcaaagtgtag 48165806  T
Q  229 gaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcca-aaaattgtgtca 327  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  48165805 gaaaatacttaaatttctgaattcataaatttcttaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcgatgattgaggtcatccaaaaaattatgtca 48165706  T
Q  328 tttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtc 427  Q
    ||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48165705 ttttattttcaactttattgatataactcttttgtgatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatataaaagaggtgtc 48165606  T
Q  428 cccaggat 435  Q
     |||||||    
T  48165605 tccaggat 48165598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 10734685 - 10735095
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  10734685 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagaactcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataacccttatggttgccttttcaacaatt 10734784  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||    
T  10734785 caaactttgaattgctcaaatatctgtcaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatatataaaaatcctataggcaaag 10734884  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
      ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |    
T  10734885 catag-aaaatacttatatttctgaattcataaattttctaataggcaatgtttgagagtgaaaagtctctcttggtgattggggtcatccaaaaaatat 10734983  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10734984 gtcattttattttcaactttattgaaataactcttttgtgatattcgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 10735083  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  10735084 tgtcccaaggat 10735095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 435
Target Start/End: Original strand, 10948454 - 10948864
Alignment:
Q  24 agtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaatt 123  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  10948454 agtctgacacataaatgatctccaaattgtcagaactcttgcgtgagcataagctctcttgttctctttaataacccttatggttgccttttcaacaatt 10948553  T
Q  124 caaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaag 223  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||    
T  10948554 caaactttgaattgctcaaatatctgtcaaacaatcttattatatacgttatttctaaatgtgtataataaaatcatatataaaaatcctataggcaaag 10948653  T
Q  224 tgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatccaaaaattgt 323  Q
      ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |    
T  10948654 catag-aaaatacttatatttctgaattcataaattttctaataggcaatgtttgagagtgaaaagtctctcttggtgattggggtcatccaaaaaatat 10948752  T
Q  324 gtcatttcattttcgacattattgatataactcttttgtaatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 423  Q
    ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10948753 gtcattttattttcaactttattgaaataactcttttgtgatattcgaataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagagg 10948852  T
Q  424 tgtccccaggat 435  Q
    |||||| |||||    
T  10948853 tgtcccaaggat 10948864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 20 - 311
Target Start/End: Original strand, 26958149 - 26958444
Alignment:
Q  20 tcatagtctgacacactaatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  26958149 tcatagtctgacacactaatgatctcgaaattgtcagatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttaataatccttatggttgccttttcaac 26958248  T
Q  120 aattcaaaatttgaattgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatac----ataaaaatcctat 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    |||||||||||||    
T  26958249 aattcaaaattggaattgctcaagtatctatcaaacaatcttattatatacgctatttccaaatgcgtataataaaatcatacataaataaaaatcctat 26958348  T
Q  216 agacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtca 311  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26958349 aggcaaagtgtaggaaattacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatattcgagactgaaaagtctctctcggtgattgaagtca 26958444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 162 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 5187521 - 5187249
Alignment:
Q  162 attatatacactatttcaaaatgcgtataataatattatacataaaaatcctatagacaaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaatttt 261  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5187521 attaaatacgctatttccaaatgtgtataataaaatcatacataaaaatcctataggtaaaatgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaatttt 5187422  T
Q  262 ctaa-tgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgaggtcatcc-aaaaattgtgtcatttcattttcgacattattgatataactcttt 359  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||    
T  5187421 ttaattgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgagatcatccaaaaaattatgtcatttcattttcaactttattgatataattcttt 5187322  T
Q  360 tgt---aatatccgaataataccttgagaagaatctctaagtat-tgaaatgcctaatacaaaagaggtgtccc 429  Q
    |||   |  ||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||   |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5187321 tgtgacatcatctgaaggataccttgagaagtatctctaagtatcaaaaatgcttaa-acaaaagaggtgtccc 5187249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 36 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 32283571 - 32283300
Alignment:
Q  36 taatgatctccaaattgtcatatttctgatgtgagcataagctctcttgttctctttactaatccttatggttgctttttaaacaattcaaaatttgaat 135  Q
    |||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||| ||||| |||  |||| ||| ||||||| |||||||    
T  32283571 taattatctccaaattgtcagatatgtgatgtgagcataaactcacttgttctcattaataatcgttatgattgtcttttcaacgattcaaa-tttgaat 32283473  T
Q  136 tgctcaaatatctgccaaacaattttattatatacactatttcaaaatgcgtataat-aatattatacataaaaatcctatagacaaagtgtaggaaaat 234  Q
     | | || ||||  ||||||||| |||| | |||| ||||||| ||||||||||||  || || |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||    
T  32283472 -gtttaagtatcacccaaacaatcttatgacatactctatttccaaatgcgtataaacaagatcatacataagaatcctatagccaatgcgtaggaaaat 32283374  T
Q  235 acttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttgagactgaaaagtctctctcggtgattgagg 308  Q
    |||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||    
T  32283373 acttaattttatgaatttataaatgttctaatggacaatatttgagactaaatagtctctcttgatgattgagg 32283300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 371 - 431
Target Start/End: Original strand, 26958812 - 26958872
Alignment:
Q  371 aataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgcctaatacaaaagaggtgtcccca 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  26958812 aataataccttgagaagaatctctaagtattgaaatgtctaatacaaaataggcgtcccca 26958872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 3769240 - 3769180
Alignment:
Q  219 caaagtgtaggaaaatacttaaatttatgaattcataaattttctaatgggcaatatttga 279  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3769240 caaagtgaagaaaaatacttaattttctaaatttataaattttctaaagggcaatatttga 3769180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University