View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19358_low_111 (Length: 271)

Name: NF19358_low_111
Description: NF19358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19358_low_111
NF19358_low_111
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (41-271)||(28381434-28381664)
chr1 (41-251)||(5597923-5598132)
chr1 (41-271)||(30713318-30713549)
chr1 (48-265)||(25388267-25388485)
chr1 (96-185)||(3873861-3873949)
chr1 (41-146)||(38225648-38225753)
chr1 (47-265)||(27800724-27800940)
chr1 (157-269)||(39584605-39584717)
chr1 (158-265)||(9990644-9990751)
chr1 (41-75)||(40703928-40703962)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (41-271)||(35836680-35836910)
chr5 (41-268)||(36255250-36255477)
chr5 (92-219)||(33018916-33019044)
chr5 (121-193)||(28449277-28449350)
chr5 (157-265)||(32239365-32239473)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (41-271)||(13415154-13415384)
chr2 (41-271)||(6728216-6728446)
chr2 (44-271)||(27951857-27952083)
chr2 (89-271)||(36930703-36930886)
chr2 (41-271)||(2208261-2208489)
chr2 (41-176)||(1467477-1467613)
chr2 (41-114)||(18828128-18828201)
chr2 (157-269)||(13059511-13059623)
chr2 (149-260)||(37532727-37532838)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (41-271)||(17874366-17874597)
chr4 (41-271)||(22877904-22878133)
chr4 (41-271)||(54684080-54684311)
chr4 (95-271)||(23131248-23131423)
chr4 (139-271)||(19163615-19163747)
chr4 (41-193)||(50016068-50016221)
chr4 (121-265)||(43128025-43128170)
chr4 (192-271)||(40687689-40687768)
chr4 (157-266)||(47129245-47129354)
chr4 (41-94)||(23131494-23131547)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (41-217)||(39297966-39298142)
chr8 (41-271)||(4311273-4311503)
chr8 (41-271)||(8565096-8565326)
chr8 (41-269)||(38732546-38732774)
chr8 (41-265)||(42648698-42648923)
chr8 (157-269)||(25890649-25890761)
chr8 (158-265)||(9445323-9445430)
chr8 (157-269)||(136505-136617)
chr8 (157-269)||(18309359-18309471)
chr8 (157-265)||(37322148-37322256)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (41-271)||(6985375-6985603)
chr3 (41-271)||(8129425-8129652)
chr3 (42-271)||(19982104-19982333)
chr3 (47-175)||(8440950-8441079)
chr3 (159-268)||(26535631-26535740)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (41-271)||(28633692-28633924)
chr6 (42-252)||(33820904-33821115)
chr6 (41-271)||(15601794-15602025)
chr6 (41-265)||(3550558-3550779)
chr6 (41-118)||(8809887-8809963)
chr6 (157-265)||(13649455-13649563)
chr6 (157-266)||(20013763-20013870)
chr6 (157-265)||(18587941-18588049)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (101-271)||(45247-45416)
[»] scaffold0351 (1 HSPs)
scaffold0351 (41-271)||(13431-13661)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (47-271)||(45165998-45166221)
chr7 (41-256)||(2317377-2317593)
chr7 (41-271)||(39693943-39694172)
chr7 (41-149)||(42964690-42964797)
chr7 (41-271)||(6344079-6344310)
chr7 (55-206)||(32937480-32937632)
chr7 (157-242)||(17507360-17507445)
chr7 (157-242)||(17545769-17545854)
[»] scaffold0750 (1 HSPs)
scaffold0750 (41-170)||(5688-5815)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (158-260)||(87651-87753)
[»] scaffold0161 (1 HSPs)
scaffold0161 (226-266)||(6453-6493)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 28381434 - 28381664
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28381434 aacaaataaaaatggattatattaacattgctaaagcagccctctcagcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 28381533  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28381534 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 28381633  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28381634 aatgaatgatattttactttatctaataatt 28381664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 41 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 5598132 - 5597923
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||    
T  5598132 aacaaacaaaaatggaatatattaacactgctaaagcagccccctcagcacaagatgtaccgaaaagactacttaaaacgatacaagcagttta-aaaat 5598034  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||    
T  5598033 tacaacaagtttttaaccaatacctaaacacaacaatgggttcgacaaccacatctgatcaccaaacataaaaacaaccttattggctttcagccaccac 5597934  T
Q  241 aatgaatgata 251  Q
    || ||||||||    
T  5597933 aaagaatgata 5597923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 30713549 - 30713318
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||  | || || ||||||||||||||||||  ||| || ||| || ||||||||||| ||| ||    
T  30713549 aacaaacaaaaatggattatattaacactaccatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaaagctattagaaaagatacaagcagttctcaagaa 30713450  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||   || ||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| ||||||    
T  30713449 ttacaagaagtggttatccaatgcctaaacacgacatgagactcgaccaccacaattgatcaccaaacataaaaacaaccttatgggctttcaaccacca 30713350  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30713349 taatgaataatattttactttatctaataatt 30713318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Original strand, 25388267 - 25388485
Alignment:
Q  48 aaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaa-attacaac 146  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| | ||| |  |||| |||||| ||||||||||||||| | |||||  ||||||||| |||||| | | ||||||    
T  25388267 aaaaatggattatattaacattgctataacagtctcctcagcacaaggtgtaccgaaaagactgcaaaaaaaaaaacaagcaattcacacagaatacaac 25388366  T
Q  147 aagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaa 246  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||  |  |||||||| | ||| |||||| ||||  |||||| |||||| || |||    
T  25388367 aagtggctagccaatgtctaaacacgacaaaggactcgaccaccacaaatattcaccaaatacaaagacaacctttttaactttcaaccaccataaagaa 25388466  T
Q  247 tgatattttactttatcta 265  Q
    | |||||||||||||||||    
T  25388467 taatattttactttatcta 25388485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 185
Target Start/End: Original strand, 3873861 - 3873949
Alignment:
Q  96 tgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcaca-aaattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcga 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3873861 tgtatcgaaaagactactaaaaa--aaacaagcagttcacataaaatacaacaagtggttagtcaatgcctaaacacgacaatggactcga 3873949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 146
Target Start/End: Original strand, 38225648 - 38225753
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||  ||||| |||| ||    
T  38225648 aacaagcaaaaatggattatattaacactgctaaaatagccctttcagcacaaggtgtaccgaaaaaactacttaacacgaaacacacagtttacaagat 38225747  T
Q  141 tacaac 146  Q
    ||||||    
T  38225748 tacaac 38225753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 265
Target Start/End: Original strand, 27800724 - 27800940
Alignment:
Q  47 caaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcaca-aaattacaa 145  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| | ||  | ||||| || ||| ||||||||||||||| || |||   ||||||||| ||||||   | |||||    
T  27800724 caaaaatggattatataaacactgctataacaatcttctcagcataaggtgtaccgaaaagactgctgaaa---aaacaagcaattcacacggaatacaa 27800820  T
Q  146 caagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatga 245  Q
    ||||||| ||  ||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||  || |||||||| | |||||||    | |||||||||| ||||||||| ||    
T  27800821 caagtggctagtcaatgcctaaataggacaaaggactcgaccaccacaaatgctcaccaaaaagaaatacacgtttattggctttcaaccaccacaaaga 27800920  T
Q  246 atgatattttactttatcta 265  Q
    || ||| |||| ||| ||||    
T  27800921 ataatactttattttgtcta 27800940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 269
Target Start/End: Original strand, 39584605 - 39584717
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| | | ||     
T  39584605 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacaaatgatcaccaaaaataaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaagaataaaactta 39584703  T
Q  256 actttatctaataa 269  Q
    ||||||||||||||    
T  39584704 actttatctaataa 39584717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 158 - 265
Target Start/End: Original strand, 9990644 - 9990751
Alignment:
Q  158 caatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttac 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||  || |||||||| | ||| | | || | || ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  9990644 caatgcctaaacacgacaatggactcgatcaccacaattgttcaccaaaaacaaagatagccttatttgctttcaaccaccacagagaataatattttac 9990743  T
Q  258 tttatcta 265  Q
    ||| ||||    
T  9990744 tttgtcta 9990751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 75
Target Start/End: Original strand, 40703928 - 40703962
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaa 75  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40703928 aacaaacaaaaatggattatattaacactgctaaa 40703962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 35836680 - 35836910
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  35836680 aacaaacaaaaatgaattatattaacactgctatagcagtcctctcagcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacggaacaagcatttcacaaaat 35836779  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35836780 tacaacaagtggttaaccaatgcctaagcacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 35836879  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35836880 attgaatgatattttactttatctaataatt 35836910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 268
Target Start/End: Original strand, 36255250 - 36255477
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||  |   |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||    
T  36255250 aacaagcaaaaatggattatattaacactgcacatatagccctttcagcacaaggtgtaccgaaaagactacttaaaacgaaccaaacagtttacaaaat 36255349  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||| |||||| ||| |||||| | || ||||||| |||||||    
T  36255350 tacaacaaaaagttaaccaatgcctaaacaggacaatggattcgacacccccatctaatcatcaaacacaaaaacaaccttattagctttcaaccaccac 36255449  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaata 268  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  36255450 aatgattgatactttactttatctaata 36255477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 33019044 - 33018916
Alignment:
Q  92 aagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatgga-ttcgacaac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  | ||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||    
T  33019044 aagatgtaccgaaaagactactataaaagaaataagttggtctaaataattacaagaagtggttaaccaatgcctaaacacgac-atggagctcgaccac 33018946  T
Q  190 cacatctgatcaccaaacataaatacaacc 219  Q
    ||||  |||||||||||| |||| ||||||    
T  33018945 cacaaatgatcaccaaacgtaaaaacaacc 33018916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 121 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 28449350 - 28449277
Alignment:
Q  121 aaacaagcagttcacaaaat-tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccaca 193  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  28449350 aaacaagcagttcacacaaggtacaaaaagtggttagtcaatgcctaaacacgacaatgggctcgaccaccaca 28449277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 265
Target Start/End: Original strand, 32239365 - 32239473
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa-cccttttggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||| || |||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||    
T  32239365 ccaacgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatgatcaccaaatacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaaaaataatacttt 32239463  T
Q  256 actttatcta 265  Q
    ||||| ||||    
T  32239464 actttgtcta 32239473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 13415154 - 13415384
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||    
T  13415154 aacaaacaaaaatggattatattaacactactaaagcagccctctcagcacaagatgtaccgaaaagactacttaaaacgatacaagcagtttaaaaaat 13415253  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  13415254 tacaacaagttgttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctattggctttcagccaccac 13415353  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  13415354 aaagaatgatactttactttgtctaataatt 13415384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6728446 - 6728216
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  6728446 aacaaacaaaaatggattatattaacactgctaaagcagccctttcagcataagatgtaccgaaaagactacttaaaacgaaacaagcagtttacaaaat 6728347  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||| |||||||    
T  6728346 tacaataaattgttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacacaaaaacaaccctattagctttcagccaccac 6728247  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6728246 aaagaatgatactttactttatctaataatt 6728216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 44 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27952083 - 27951857
Alignment:
Q  44 aaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaattac 143  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||| ||    
T  27952083 aaacaaaaatggattatattaccactgctaaagcagtcccctcggcataagatgtaccgaaaagactacttaaaacgatacaagcagtttaaaaaat-ac 27951985  T
Q  144 aacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaat 243  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||     
T  27951984 aacaagttgtcaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccccaatggctttcagccaccacaac 27951885  T
Q  244 gaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  27951884 gaataatattttactttgtctaataatt 27951857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 271
Target Start/End: Original strand, 36930703 - 36930886
Alignment:
Q  89 cacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgaca 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||  | ||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||     
T  36930703 cacaagatgtaccgaaaagactactataaaagatacaagttggtctaagtaattacaagaagtggttaaccaatgcctaaacacgacatagggctcgacc 36930802  T
Q  188 accacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    ||||||  |||||||||||| |||| |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  36930803 accacaaatgatcaccaaacgtaaaaacaaccttatgtgctttcaaccaccacaatgaatagtattttactttatctaataatt 36930886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 2208489 - 2208261
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||| ||| || ||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||  ||||| |||||||    
T  2208489 aacaagcaaaaatggaatatattaacactgcttaaatagccctttcagcataaggtgtaccgaaaa-actacttagcacgaaacacacagtttacaaaat 2208391  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
     ||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || | | |  | ||||||| ||| |||    
T  2208390 -acaaccaaaagttagccaatgcctaaacaagacaatggattcgacatccacatctgatcaccaaacacaaaaactatcttactagctttcagccatcac 2208292  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  2208291 aaagactgatactttactttatctaataatt 2208261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 176
Target Start/End: Original strand, 1467477 - 1467613
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttca--caaa 138  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||| | ||| |||||||||  ||||    
T  1467477 aacaaacaaaaatggattagattaacactgctataacagtcctctcaacacaaggtgtaccaaaaagactactagaaaag-aacgagcagttcagtcaaa 1467575  T
Q  139 attacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaa 176  Q
    | ||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  1467576 aatacaacaagaggtcagccaatgcataaacacgacaa 1467613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 41 - 114
Target Start/End: Original strand, 18828128 - 18828201
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactacta 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  18828128 aacaaacaaaaatggattatattaacactgcactagcagtcctctcaacacaagatgtactgaaaagacaacta 18828201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 269
Target Start/End: Original strand, 13059511 - 13059623
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| | | |||    
T  13059511 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatggtcaccaaaaacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaggaataaaacttt 13059609  T
Q  256 actttatctaataa 269  Q
    ||||||||||||||    
T  13059610 actttatctaataa 13059623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 149 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 37532838 - 37532727
Alignment:
Q  149 gtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatg 248  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||  || |||||||| | ||| | |  | |||||| ||||| ||||||||| ||||     
T  37532838 gtggttagtcaatgcctagacacgacaatgaactcgaccaccacaaatgttcaccaaatacaaagatagtctttttggttttcaaccaccacaaagaata 37532739  T
Q  249 atattttacttt 260  Q
    ||||||||||||    
T  37532738 atattttacttt 37532727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 17874366 - 17874597
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagacta-ctaaaaacgaaacaagcagttcacaaaa 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| ||    
T  17874366 aacaaacaaaaattgattatattaacactgctaaagcagccctctcagcacatgatgtaccgaaaagactaacttaaaacgaaacaaacagtttacataa 17874465  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  17874466 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctaatcaccaaacataagtacaaccctattggctttcagccacca 17874565  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17874566 caatgaatgatactttactttatctaataatt 17874597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22878133 - 22877904
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| | |||||    
T  22878133 aacaaacaaaaatggaatatattaacactgttaaagcagccccctcaacacaagatgtaccgaaaagactgcttaaaacgatacaagcagttta-aaaat 22878035  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  22878034 tacaacaagttgttaacctatgcctaaacacgacaatgggttcgacaaccatatctgatcaccaaacatgaatacaaccttattggctttcagccaccac 22877935  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || ||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  22877934 aaagaatgataccttactttgtctaataatt 22877904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 54684080 - 54684311
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| | ||| ||    
T  54684080 aacaagcaaaaatggattatattaacactgccatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaagactactagaaaagatacaagcagtcctcaagaa 54684179  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||    
T  54684180 ttacaagacgtggttaaccaatgcctaaatacgacatgggactcgaccaccataattgatcaccaaacataaaaacaaccttatgggctttcatccacca 54684279  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54684280 taatgaataatattttactttatctaataatt 54684311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 95 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 23131423 - 23131248
Alignment:
Q  95 atgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacat 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | | |||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23131423 atgtaccgaaaagactacttaaaacgatacaagcagatta-aaaattacaacaagttattaacttatgcctaaacacgacaatgggttcgacaaccacat 23131325  T
Q  195 ctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||  | |||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  23131324 ctgattaccaaacatgaatacaacattattggctttcagccaccacaaagaatgataccttactttgtctaataatt 23131248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19163747 - 19163615
Alignment:
Q  139 attacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacc 238  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |  | ||||||| |||||    
T  19163747 attacaacaaaatgttaaccaatgcctaaacaagacaatggattcgacacccacatctgatcaccaaacacaaaaacaaccttactagctttcagccacc 19163648  T
Q  239 acaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  19163647 acaaagactgatactttactttatctaataatt 19163615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 50016221 - 50016068
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||| ||| ||    
T  50016221 aacaagcaaaaatggattatattaacactgccatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaagactactataaaagatacaagctgttctcaataa 50016122  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccaca 193  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||    
T  50016121 ttacaagaagtggttaaccaatgcctaaacacgacatgggactcgaccaccaca 50016068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 121 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 43128170 - 43128025
Alignment:
Q  121 aaacaagcagttcacaa-aattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacc 219  Q
    |||||||||||||| |  || ||||| |||||| || |||||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||  || |||||||| | ||| ||| ||    
T  43128170 aaacaagcagttcatacgaaatacaataagtggctagccaatgcctaaatacgacaatagactcgaccaccgcagatgttcaccaaatacaaagacatcc 43128071  T
Q  220 cttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatcta 265  Q
     |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  43128070 tttttggctttcaaccaccacaaagaataatattttactttgtcta 43128025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 40687689 - 40687768
Alignment:
Q  192 catctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||| | || ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  40687689 catctgatcatcaaacacaaaaacaaccttattagctttcagccaccacaaagaatgatactttactttatctaataatt 40687768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 266
Target Start/End: Original strand, 47129245 - 47129354
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatatttta 256  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| | ||| | | || |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  47129245 ccaatgcttaaacacgacataggactagaccaccacatgtgttcaccaaaaacaaaaatagcctttttggctttcaaccaccacaaagagtgatatttta 47129344  T
Q  257 ctttatctaa 266  Q
    |||| |||||    
T  47129345 ctttgtctaa 47129354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 41 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 23131547 - 23131494
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaag 94  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  23131547 aacaaacaaaaatgaactatattaacactgctaaaacagccccctcagcacaag 23131494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 39298142 - 39297966
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  39298142 aacaaacaaaaatgaattatattaacactgctaaagcagccctctcagcacaagatgtaccgaaaagactacttaaaacgaaacaagcagtttacaaaat 39298043  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39298042 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatgaattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa 39297966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 4311503 - 4311273
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  4311503 aacaatcaaaaatggattatattaacactgctaaaatagccctttcagcacaaggtgtatcgaaaagactacttaaaacgaaacaagcagtttacaagat 4311404  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||   |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| | || ||||||| |||||||    
T  4311403 tacaacaaaatgttaaccaatgcttaaacaggacaatggattcgacacccacatctgatcaccaaacacaaaaacaaccttattagctttcagccaccac 4311304  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  4311303 aaagtctgatactttactttatctaataatt 4311273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 8565326 - 8565096
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||  |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||  ||    
T  8565326 aacaagcaaaaatggattatattaacacttcaaaaatagccctttcagcacaagatgtaccgaaaaaactactaaaaacgagaccagcagtttacacgat 8565227  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||| |  | ||||||| |||||||    
T  8565226 tacaacaaaatgttaaccaatgcctaaacaagacaatggattcgacacccacatctgatcaccaaaaacaaaaacaaccttactagctttcagccaccac 8565127  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  8565126 aaagactgatactttactttatctaataatt 8565096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 41 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 38732774 - 38732546
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||  |||||| |||||| || ||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||    
T  38732774 aacaaacaaaaatggattatattaacactgatatatcagttctctcagcacaaggtgcaccgagaagactcctaaaaatgaaagaagcagttcacaagaa 38732675  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||  | |||| || || | |    ||||||||||||||| |||||| |||| || |||| ||| ||    
T  38732674 ttacaacaggtggttatccaatgcataaatacgacatagaattcaaccacaaaaaacaatcaccaaacataaaaacaacctttttagc-ttcagccatca 38732576  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataa 269  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38732575 caatgaataatattttattttatctaataa 38732546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 41 - 265
Target Start/End: Original strand, 42648698 - 42648923
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttca--caaa 138  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||  ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||   |||    
T  42648698 aacaaacaaaaatggattattttaacattgttatagcaatcctctcagcataaggtgtaccgaaaagactactaaaaaag-aacaagcatttcagttaaa 42648796  T
Q  139 attacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacc 238  Q
    | || |||||| ||| |  |||||||||||||||||||  |  || || ||||||  || |||||||| | ||| |||  | | ||||| |||| |||||    
T  42648797 aatataacaagaggtcagtcaatgcctaaacacgacaaatggctcaaccaccacaaatggtcaccaaaaacaaaaacagtcttattggccttcagccacc 42648896  T
Q  239 acaatgaatgatattttactttatcta 265  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||    
T  42648897 acaaagaataatattttactttgtcta 42648923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 269
Target Start/End: Original strand, 25890649 - 25890761
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| | | |||    
T  25890649 ccaatgcctaaacacgacataggactggaccaccacatatgatcaccaaaaacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaagaataaaacttt 25890747  T
Q  256 actttatctaataa 269  Q
    ||||||||||||||    
T  25890748 actttatctaataa 25890761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9445430 - 9445323
Alignment:
Q  158 caatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttac 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  || |||| ||| | ||| |||| | | |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||    
T  9445430 caatgcctaaacacgacaatggactcgaccaccacaattgttcacaaaaaacaaagacaatcttattggctttcaaccaccacaaaaaataatattttac 9445331  T
Q  258 tttatcta 265  Q
    ||| ||||    
T  9445330 tttgtcta 9445323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 269
Target Start/End: Original strand, 136505 - 136617
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| | | |||    
T  136505 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatggtcaccaaaaacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaggaataaaacttt 136603  T
Q  256 actttatctaataa 269  Q
    ||||||||||||||    
T  136604 actttatctaataa 136617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 18309471 - 18309359
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| | | |||    
T  18309471 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatggtcaccaaaaacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaggaataaaacttt 18309373  T
Q  256 actttatctaataa 269  Q
    ||||||||||||||    
T  18309372 actttatctaataa 18309359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 265
Target Start/End: Original strand, 37322148 - 37322256
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttgg-ctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||| |||||| | |||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  37322148 ccaacgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatgatcaccaaatacaaa-acaagcctttttgactttcaaccaccacaaagaataatatttt 37322246  T
Q  256 actttatcta 265  Q
    ||||| ||||    
T  37322247 actttgtcta 37322256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 6985375 - 6985603
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||      
T  6985375 aacaaacaaaaatggaatatattaacactgctaaagcagcccactcaacacaagatgtaccgaaaagactacttaaaacgatacaagtagtttaaaaa-- 6985472  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||| |||||||    
T  6985473 tacaacaagttgttatccaatgcctaaacacgacaatggattcgatacccacatctgatcaccaaacataaatacaacattattgactttcagccaccac 6985572  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  6985573 aaagaatgatactttactttgtctaataatt 6985603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 8129425 - 8129652
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| || ||| ||||||| |||| ||||| | |||      
T  8129425 aacaaacaaaaatggaatatattaacactgctaaagcagcccactcagcacaaaatgtaccgaaaa-acaacttaaaacgatacaaacagtttaaaaa-- 8129521  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||    
T  8129522 tacaacaagttgttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacacccacatctgatcaccaaacataaatacaaccttactggctttcagccaccac 8129621  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  8129622 aaagagtgatactttactttatctaataatt 8129652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19982333 - 19982104
Alignment:
Q  42 acaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaatt 141  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||| | |||| |||| |||    
T  19982333 acaagcaaaaatggattatattaacattgctaaaatagccctttcaacacaaggagtaccgaaaaaactacttaaaacgaaacacgtagtttacaagatt 19982234  T
Q  142 acaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccaca 241  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |  | ||||||| ||||||||    
T  19982233 acaacaaaatgttaaccaatgcctaaacaggacaatggattcgatagccacatctgatcaccaaacacaaaaacaaccttactagctttcagccaccaca 19982134  T
Q  242 atgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
      || ||||| |||||||||||||||||||    
T  19982133 tagactgatactttactttatctaataatt 19982104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8441079 - 8440950
Alignment:
Q  47 caaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttc-acaaaattacaa 145  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||  | || |   ||||| ||    
T  8441079 caaaaatagaatatattaacactgccatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaagactactataaaagatacaagttggtctaagtaattaaaa 8440980  T
Q  146 caagtggttaaccaatgcctaaacacgaca 175  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8440979 gaagtggttaaccaatgcctaaacacgaca 8440950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 268
Target Start/End: Original strand, 26535631 - 26535740
Alignment:
Q  159 aatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaaccctttt-ggctttcatccaccacaatgaatgatattttac 257  Q
    |||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  26535631 aatgcctaaacacgacataggactagactaccacatatgatcaccaaatacaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaagaataatactttac 26535729  T
Q  258 tttatctaata 268  Q
    ||| |||||||    
T  26535730 tttgtctaata 26535740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 28633924 - 28633692
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaa- 139  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| | ||||  ||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||| || ||||||||||||| | |     
T  28633924 aacaagcaaaaatggattataataacactgccatagcaatcctctcagcacaagatgtaccaagaagaatactagaaaagatacaagcagttcaccagag 28633825  T
Q  140 ttacaacaa-gtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacc 238  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  28633824 ttacaaaaaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggactcaaccaccacatgtgatcaccaaacataaaaacacaccttttggctttcatccacc 28633725  T
Q  239 acaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  28633724 acaatgaataatactttactttatctaataatt 28633692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 252
Target Start/End: Original strand, 33820904 - 33821115
Alignment:
Q  42 acaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aat 140  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| || | |||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||| |||    
T  33820904 acaaacaaaaatgaattatattaacaccgccatagcagttctctcagcacaaggtgtaccgaaaagactactagaaaagatacaaacagttcacaagaat 33821003  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
     |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||  ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||    
T  33821004 gacaagaagtagttaaccaatgcctaaacacgacaatgaactcaaccaccacaaatgatcaccaaacataaaaacaataattttggctttcatccatcac 33821103  T
Q  241 aatgaatgatat 252  Q
    ||||||| ||||    
T  33821104 aatgaataatat 33821115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 15601794 - 15602025
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||  ||||  || ||    
T  15601794 aacaagcaaaaatagattatattaacactgccatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaagactactataaaagatacaagttgttctaaataa 15601893  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||| | |  ||||||| |||| |    
T  15601894 ttacaagaagtggttaaccaatgcctaaacacgacatggggctcgaccaccacaaatgaccaccaaacataaaaacaaccttatgtgctttcaaccacta 15601993  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
     |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  15601994 taatgaatagtattttactttatctaataatt 15602025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 265
Target Start/End: Original strand, 3550558 - 3550779
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||| || | ||| |  |||| |||||||||| || |||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||     
T  3550558 aacaagcaaaaattgat-atattaacactgttataccagtctcctcagcacaagatgtgccaaaaatactactaaaaa---aacaagcagttcacacaag 3550653  T
Q  141 -tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
     || || |||||  ||  ||||| |||||||||||||  || ||||| ||||||  || |||||||| | |||   | || |||||||||||| ||||||    
T  3550654 atataaaaagtgtctattcaatgtctaaacacgacaaaagactcgaccaccacaaatgttcaccaaatacaaagctagcctttttggctttcaaccacca 3550753  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatcta 265  Q
    ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  3550754 caaagaataatattttactttgtcta 3550779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 8809963 - 8809887
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  8809963 aacaagcaaaaatagattatattaacactactatagcagtctcctcagcacaagatgtgccgaaaa-actactaaaaa 8809887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 13649563 - 13649455
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa-cccttttggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| ||||| ||||||| |||||||||||   ||| |||| || |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  13649563 ccaacgcctaaacacgacataggactcgaccaccacatatgatcaccaaatgcaaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaaagaataatatttt 13649465  T
Q  256 actttatcta 265  Q
    ||||| ||||    
T  13649464 actttgtcta 13649455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 20013870 - 20013763
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatatttta 256  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| || |||||||| | ||| | | || |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  20013870 ccaatgcctaaacacgacagaggattagaccaccacatgtg-tcaccaaaaacaaa-agagcctttttggctttcaaccaccacaacgagtgatatttta 20013773  T
Q  257 ctttatctaa 266  Q
    |||| |||||    
T  20013772 ctttgtctaa 20013763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 265
Target Start/End: Original strand, 18587941 - 18588049
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa-cccttttggctttcatccaccacaatgaatgatatttt 255  Q
    |||| ||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||| || |||||| ||||| ||||||||| |||| ||| |||    
T  18587941 ccaacgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatgatcaccaaatacaaa-acaagcctttttggatttcaaccaccacaaagaataatacttt 18588039  T
Q  256 actttatcta 265  Q
    ||||| ||||    
T  18588040 actttgtcta 18588049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 101 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 45416 - 45247
Alignment:
Q  101 cgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaattacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45416 cgaaaagactacttaaaacgatacaagcagtttaaaaaat-acaacaagttgtcaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatc 45318  T
Q  201 accaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  45317 accaaacataaatacaaccccaatggctttcagccaccacaacgaataatattttactttgtctaataatt 45247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0351 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0351
Description:

Target: scaffold0351; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13661 - 13431
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| || | ||||| |||| ||    
T  13661 aacaagcaaaaatggattatattaacactgcaaaaatagccctttcagcacaagatgtaccgaaaaaactattaaaaacgagaccaacagtttacaagat 13562  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||| | |||| |  | ||||||| |||||||    
T  13561 tacaacaaaatgttaaccaatgcctaaacaagacaatgaattcgacacccacatctgatcaccaaaaacaaaaaaaaccttactagctttcagccaccac 13462  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  13461 aaagactgatactttactttatctaataatt 13431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 45166221 - 45165998
Alignment:
Q  47 caaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaattacaac 146  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||    
T  45166221 caaaaatggattatattaacattgctaaaatagccctttcagcacaaggtttaccgaaaaaactacttaaaacgaaacacgcagtttacaagat-acaac 45166123  T
Q  147 aagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaa 246  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |  | ||||||| |||||| || ||     
T  45166122 aaaatgttaaccaatgcctaaacaggacaatggattcgacatccacatctgatcaccaaacacaaaaacaaccttactagctttcagccaccataaagac 45166023  T
Q  247 tgatattttactttatctaataatt 271  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  45166022 tgatactttactttatctaataatt 45165998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 41 - 256
Target Start/End: Original strand, 2317377 - 2317593
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaa-aa 139  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||| | | ||||| | || || |||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| ||    
T  2317377 aacaaataaaaatggattatattaacactaccatagcagtcttcgcagcacaaggtgtaccgaaaagactactagaaaagatacaagcagttctcaagaa 2317476  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||    
T  2317477 ttacaagaagtggctaaccaatgcctaaacacgacaagagactcgaccaccacaattgatcaccaaacataaaaacaaccttatgggctttcatccacca 2317576  T
Q  240 caatgaatgatatttta 256  Q
     ||||||| ||| ||||    
T  2317577 taatgaataatacttta 2317593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 39693943 - 39694172
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||  ||||| |||||||    
T  39693943 aacaagcaaaaatggaatatattaacactgcttaaatagccctttcagcacaaggtgtaccgaaaaaactacttagcacgaaacacacagtttacaaaat 39694042  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccac 240  Q
     ||||| |   ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||| |  | ||||||| |||||||    
T  39694043 -acaaccaaaagttaggcaatgcctaaacaagacaatggattcgacatccacatctgatcaccaaacacaaaaaccaccttactagctttcagccaccac 39694141  T
Q  241 aatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  39694142 aaagattgatactttactttatctaataatt 39694172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 42964797 - 42964690
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||| | |||||    
T  42964797 aacaaacaaaaatggattatattaacactgctaaagcagccccctcagcacaagatgtaccgaaaagaatatttaaaacgatacaagcagttta-aaaat 42964699  T
Q  141 tacaacaag 149  Q
    |||||||||    
T  42964698 tacaacaag 42964690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6344310 - 6344079
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcaca-aaa 139  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||  | ||||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||   | ||  | |||    
T  6344310 aacaagcaaaaatggaatatattaacactgtcatagcaatcttcacagcacaagatgtaccgaaaagactactataaaagatacaaattggtctaagaaa 6344211  T
Q  140 ttacaacaagtggttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccacca 239  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||| ||||||  |||||||||||| |||| |||||| | |   |||||| ||||||    
T  6344210 ttacaagaagtggttacccaatgcctaaacacgacatagggctcgaccaccacaaatgatcaccaaacgtaaaaacaaccttatgtactttcaaccacca 6344111  T
Q  240 caatgaatgatattttactttatctaataatt 271  Q
     |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  6344110 taatgaatagtattttactttatctaataatt 6344079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 32937632 - 32937480
Alignment:
Q  55 gattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttca--caaaattacaacaagtgg 152  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||| ||||||| || ||| | |||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||  |||| ||||| |||| |     
T  32937632 gattatattaagagtgctatagcagtcctctcagcataaggtttaccaaaaagaccactaaaaaag-aacaagcagttcagtcaaagttacaccaagaga 32937534  T
Q  153 ttaaccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaa 206  Q
    | | |||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||  || ||||||||    
T  32937533 tcagccaatgcctaaacaagacaaaggactcgaccaccacaattggtcaccaaa 32937480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17507445 - 17507360
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa-cccttttggctttcatccaccacaa 242  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| ||||| |||| || |||||||||||| |||||||||    
T  17507445 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatggtcaccaaaaataaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaa 17507360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 242
Target Start/End: Original strand, 17545769 - 17545854
Alignment:
Q  157 ccaatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaa-cccttttggctttcatccaccacaa 242  Q
    |||||||||||||||||||  ||| | ||| ||||||| || |||||||| ||||| |||| || |||||||||||| |||||||||    
T  17545769 ccaatgcctaaacacgacataggactagaccaccacatatggtcaccaaaaataaa-acaagcctttttggctttcaaccaccacaa 17545854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0750 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0750
Description:

Target: scaffold0750; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 41 - 170
Target Start/End: Original strand, 5688 - 5815
Alignment:
Q  41 aacaaacaaaaatagattatattaacactgctaaagcagccctctcatcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgaaacaagcagttcacaaaat 140  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||     
T  5688 aacaaacaaaaatggaatatattaacactgctaaagcagcccactcagcacaagatgtaccgaaaagactactaaaaacgatacaagcaatt--caaaaa 5785  T
Q  141 tacaacaagtggttaaccaatgcctaaaca 170  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5786 tacaacaagttgttaaccaatgcctaaaca 5815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 87753 - 87651
Alignment:
Q  158 caatgcctaaacacgacaatggattcgacaaccacatctgatcaccaaacataaatacaacccttttggctttcatccaccacaatgaatgatattttac 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  || |||| ||| | ||| |||||| | |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  87753 caatgcctaaacacgacaatggactcgaccaccacaattgttcactaaaaacaaagacaaccttattggctttcaaccaccacaaagaataatattttac 87654  T
Q  258 ttt 260  Q
    |||    
T  87653 ttt 87651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0161 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:

Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 6493 - 6453
Alignment:
Q  226 gctttcatccaccacaatgaatgatattttactttatctaa 266  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  6493 gctttcaaccaccacaatgaataagattttactttatctaa 6453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University