View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19358_low_12 (Length: 552)

Name: NF19358_low_12
Description: NF19358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19358_low_12
NF19358_low_12
[»] chr2 (31 HSPs)
chr2 (16-537)||(15007518-15008051)
chr2 (78-537)||(14528446-14528911)
chr2 (78-537)||(14542672-14543137)
chr2 (78-467)||(14512066-14512461)
chr2 (84-528)||(14533689-14534133)
chr2 (72-452)||(14519921-14520301)
chr2 (71-470)||(15004050-15004448)
chr2 (71-536)||(31968846-31969311)
chr2 (73-470)||(14546886-14547283)
chr2 (98-536)||(15012929-15013367)
chr2 (78-536)||(15019421-15019879)
chr2 (73-248)||(14552318-14552493)
chr2 (70-246)||(14567359-14567535)
chr2 (78-248)||(14850513-14850683)
chr2 (73-248)||(15023744-15023919)
chr2 (18-62)||(14534164-14534208)
chr2 (201-254)||(14476142-14476195)
chr2 (492-535)||(14546839-14546882)
chr2 (16-55)||(14850439-14850478)
chr2 (492-535)||(15004452-15004495)
chr2 (216-254)||(14144908-14144946)
chr2 (216-254)||(14162259-14162297)
chr2 (16-66)||(14512485-14512535)
chr2 (217-251)||(14524886-14524920)
chr2 (16-66)||(14528935-14528985)
chr2 (16-66)||(14543161-14543211)
chr2 (216-253)||(14485237-14485274)
chr2 (216-264)||(14481339-14481387)
chr2 (216-250)||(14165319-14165353)
chr2 (216-254)||(14502177-14502215)
chr2 (16-62)||(14547306-14547352)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (172-535)||(17357019-17357382)
chr4 (201-251)||(49553376-49553426)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (84-204)||(38524890-38525010)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 15008051 - 15007518
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgatatggac------------acgttgaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatcct 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |            || ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15008051 actccaaaaccagttatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgggctaataataaacgacattgaatgtcgaagtaagcaaacaatgatatcct 15007952  T
Q  104 tgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15007951 tgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaac 15007852  T
Q  204 aatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15007851 aatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatg 15007752  T
Q  304 atgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgttgttga 403  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15007751 atgatgcgtatgttttcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgttgttga 15007652  T
Q  404 aagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtgagtgttggattctgatgttgatgttgtggtgct 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15007651 aagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcagcgaatgggtgagtgttggattctgatgttgatgttgtggtgct 15007552  T
Q  504 gaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtgt 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15007551 gaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtgt 15007518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 78 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14528911 - 14528446
Alignment:
Q  78 tcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaag------ctacttcgt 171  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||      |||||||||    
T  14528911 tcgaattaagcaaagaatgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgt 14528812  T
Q  172 aaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggtt 271  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  14528811 aaaattctagggtttgtagttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggtt 14528712  T
Q  272 gtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttc 371  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || ||    
T  14528711 gtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatc 14528612  T
Q  372 aagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtga 471  Q
       ||||||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||     
T  14528611 tgcggtattgaaacgaacttgcttgaggttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttgatgagataagatgcagcgaatggatgt 14528512  T
Q  472 gtgttggattctgatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtgt 537  Q
    |||   ||||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14528511 gtgactgattcagattgagatgttgtggtgcagaatcttgtgagtgaaaatgggaatgagaagtgt 14528446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 78 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 14543137 - 14542672
Alignment:
Q  78 tcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaag------ctacttcgt 171  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||      |||||||||    
T  14543137 tcgaattaagcaaagaatgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgt 14543038  T
Q  172 aaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggtt 271  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  14543037 aaaattctagggtttgtagttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggtt 14542938  T
Q  272 gtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttc 371  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || ||    
T  14542937 gtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatc 14542838  T
Q  372 aagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtga 471  Q
       ||||||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||     
T  14542837 tgcggtattgaaacgaacttgcttgaggttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttgatgagataagatgcagcgaatggatgt 14542738  T
Q  472 gtgttggattctgatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtgt 537  Q
    |||   ||||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14542737 gtgactgattcagattgagatgttgtggtgcagaatcttgtgagtgaaatttggaatgagaagtgt 14542672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 78 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 14512461 - 14512066
Alignment:
Q  78 tcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgttt------gcccaagctacttcgt 171  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||      | ||||||||||||||    
T  14512461 tcgaattaagcaaagaatgatatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaagctacttcgt 14512362  T
Q  172 aaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggtt 271  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  14512361 aaaattctagggtttgtagttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggtt 14512262  T
Q  272 gtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttc 371  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || ||    
T  14512261 gtgatgaaagtaaccatggtgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatc 14512162  T
Q  372 aagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgg 467  Q
       ||||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||| |||| | ||| |||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||    
T  14512161 tgcggtattgaaacgaacatgcttgtagttgaaagatttgagagctgattcatgtgtgaaaccaaaattgttgatgagataagatgcagcgaatgg 14512066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 84 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 14534133 - 14533689
Alignment:
Q  84 taagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtaggg 183  Q
    |||||||| ||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||  ||||    
T  14534133 taagcaaataatggcatccctgttggtttttaagcacctacttaataattgaaaaagagggattatttgtttctccaagctacttcgtaaaattcgaggg 14534034  T
Q  184 tttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagta 283  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14534033 tttgtagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaactttggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagta 14533934  T
Q  284 accatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggtattgaa 383  Q
    |||| ||| | |||   |||||||||||||||||   ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||  || ||  ||||||||||    
T  14533933 accaaggtgccttttggatgatgatgcgtatgttggagtttggaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcagcattatctggggtattgaa 14533834  T
Q  384 acgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtgagtgttggattct 483  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||  |||||| || ||||| ||||||    
T  14533833 acgaacctgcttgttgttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaatccaaaattgttgatgaggtatgatacagagaatggatgtgtgtttgattct 14533734  T
Q  484 gatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaat 528  Q
    || || | |||| |||||| ||| | | || ||||||||||||||    
T  14533733 gaagtggctgttatggtgcagaaacgtctgggtgaaattgggaat 14533689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 72 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 14520301 - 14519921
Alignment:
Q  72 tgaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgt 171  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||    
T  14520301 tgaatttcgaattaagcaaacaatggtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttctccaaactactttgt 14520202  T
Q  172 aaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggtt 271  Q
    |||||| |||| |||||||||||||    || ||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14520201 aaaattttaggatttgcagttaacaggcgaataatatcagaggaagaagcacctttggagagtaaaaattgaaactttggcaataccattttgtggggtt 14520102  T
Q  272 gtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttc 371  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| || ||    
T  14520101 gtgatgaaagtaaccatggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgtgtgaaaagccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatc 14520002  T
Q  372 aagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggta 452  Q
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||| |||| || ||||||    
T  14520001 tggggtattgaaacgaacctgtctgttgttgaaagctttgagagccgattcatgtgagaaaccaaatttgttgacgaggta 14519921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 71 - 470
Target Start/End: Original strand, 15004050 - 15004448
Alignment:
Q  71 ttgaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcg 170  Q
    |||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |    
T  15004050 ttgaatatcgaattaagccaacaatggtatccttgttggtttcgaa-aacctatttaacaattcaaaaagagggattattcgattctccaagctactttg 15004148  T
Q  171 taaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggt 270  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||    
T  15004149 taaaattcgagggtttgaagttaacaatgaaacaatatcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgacaataaacctttgtggggt 15004248  T
Q  271 tgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggctttt 370  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| || |    
T  15004249 tgcgatgaaagtaaccaaggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgagtgaaaaaccatgattttgaaagaaggtgataacagaatcaggattat 15004348  T
Q  371 caagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtg 470  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| ||  ||||| ||| || ||||||||||    
T  15004349 ctggggtattgaaacgaacctgcttgttgttgaaagctttgagagttgattcagttgagaaaccaaaattgttgacaaggtatgatacagcgaatgggtg 15004448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 71 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 31969311 - 31968846
Alignment:
Q  71 ttgaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcg 170  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  31969311 ttgaatgtcgaattaagtaaacaatagtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttgtccaagctactttg 31969212  T
Q  171 taaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggt 270  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  31969211 taaaatgtgagggtttgcagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggt 31969112  T
Q  271 tgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggctttt 370  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| || |    
T  31969111 tgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatgaagatgcgtatgtcagagtttgaaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattat 31969012  T
Q  371 caagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtg 470  Q
    |   |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||| |||| || ||||||| ||||||||| ||| || || ||| || | || || ||    
T  31969011 ctgaggtattgaaacgaacctgcttgaggttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataagataagatacagcaaaaggttg 31968912  T
Q  471 agtgttggattctgatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtg 536  Q
     ||| | |||||||||   ||||||||| |||||   | | ||||||||| |||||||||||||||    
T  31968911 tgtgattgattctgattgagatgttgtgatgctgctgcatttgagtgaaaatgggaatgagaagtg 31968846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 73 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 14547283 - 14546886
Alignment:
Q  73 gaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgta 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |    
T  14547283 gaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgtttctccaagctacttcgca 14547184  T
Q  173 aaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggttg 272  Q
    |||||  ||||||| | ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  || |||||||||||    
T  14547183 aaattcgagggttttctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatattgtggggttg 14547084  T
Q  273 tgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttca 372  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    || ||||||  || ||||||  |||||  ||| |||||||||||| |||||     
T  14547083 taatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttct 14546984  T
Q  373 agggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtg 470  Q
      ||  |||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| || ||||||||||    
T  14546983 gcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatgatacagcgaatgggtg 14546886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 98 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 15013367 - 15012929
Alignment:
Q  98 tatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtagggtttgcagttaacaa 197  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  15013367 tatccttgttggttttcaaaaacctatttaataattgaaaaagagggattatccgtttgtccaagctactttgtaaaatgtgagggtttgcagttaacaa 15013268  T
Q  198 tgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggttctttt 297  Q
    || ||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15013267 tggaacaatatcagataaagaagcaccgttggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgctttt 15013168  T
Q  298 ctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgt 397  Q
     | ||||||||||||||||    || |||||| ||||| |||||||||||| |||  ||||| | ||| || ||  |||||||||||||||| ||  ||     
T  15013167 ttgatgatgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggattatctggggtattgaaacgaacttgcctga 15013068  T
Q  398 tgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtgagtgttggattctgatgttgatgttgt 497  Q
     |||||||||||| ||||| |||| || ||||||| ||||||||| ||| || || ||| || | || || || ||| | |||||||||   ||||||||    
T  15013067 ggttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataagataagatacagcaaaaggttgtgtgattgattctgattgagatgttgt 15012968  T
Q  498 ggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtg 536  Q
    | |||||   | | ||||||| | |||||||||||||||    
T  15012967 gatgctgctgcatttgagtgagaatgggaatgagaagtg 15012929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 78 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 15019879 - 15019421
Alignment:
Q  78 tcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaatt 177  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||    
T  15019879 tcgaattaagcaaacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaataattcaaaaaaagggattattcgtctctccaagctaccttgtaaaatt 15019780  T
Q  178 gtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatg 277  Q
     |||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||| ||| | | |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019779 ctagggtgtgcagttaacaatggaataatatcagaggaataagaagcatcagatagaaagaattgaaactttggcaataacattttgtggggttgtgatg 15019680  T
Q  278 aaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttcaagggt 377  Q
    |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||||   ||||||||||||||   |||  |||||| |||  ||||| | |||| | ||  ||||    
T  15019679 aaagtaaccaaggtgcttttttgatgatgatgcgaatgttggagtttgaaaagccatagctttttaagaagttgatgactgagtcaggcctatctggggt 15019580  T
Q  378 attgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtgagtgttg 477  Q
    |||||||||||| ||  ||  |||||||||||| ||||| |||| || ||||||| ||||||||| ||| || || ||| || | || || || ||| |     
T  15019579 attgaaacgaacgtgcctgaggttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataagataagatacagcaaaaggttgtgtgatt 15019480  T
Q  478 gattctgatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagtg 536  Q
    |||||||||   ||||||||| |||||   | | ||||||||| |||||||||||||||    
T  15019479 gattctgattgagatgttgtgatgctgctgcatttgagtgaaagtgggaatgagaagtg 15019421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 73 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14552493 - 14552318
Alignment:
Q  73 gaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgta 172  Q
    |||||||||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||    
T  14552493 gaatgtcgaattaagcaaacaattgtatccttgttagttttaaagaacattcttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgtccaggctactttgta 14552394  T
Q  173 aaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactt 248  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14552393 aaatttgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14552318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 14567535 - 14567359
Alignment:
Q  70 gttgaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttc 169  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |      
T  14567535 gttgaatgccgaattaagcaaataatgatatctttgttggttttcaagaacttacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttctccaaactaatat 14567436  T
Q  170 gtaaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaac 246  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14567435 gcaaaattatagggtttgaagttaacaatgaaacaatctcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaagtgaaac 14567359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 78 - 248
Target Start/End: Original strand, 14850513 - 14850683
Alignment:
Q  78 tcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaatt 177  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  | ||||||||    
T  14850513 tcgaattaagcagagaatggtatccttgctggatttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattattcgtttgtctaagctatattgtaaaatt 14850612  T
Q  178 gtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactt 248  Q
      |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14850613 tgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagaggaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14850683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 73 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 15023919 - 15023744
Alignment:
Q  73 gaatgtcgaagtaagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgta 172  Q
    |||||| ||| |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||| ||  | |||||| || |||    
T  15023919 gaatgttgaattaagcaaacaatagtatccttgttagttttaaagaaccttgttagcaatttaaaaagagggattattcgattctcaaagctagtttgta 15023820  T
Q  173 aaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactt 248  Q
    |||||  ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15023819 aaatttgagggtatgtagttaacaatgaaacaatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 15023744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 14534208 - 14534164
Alignment:
Q  18 tccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata 62  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14534208 tccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata 14534164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 254
Target Start/End: Original strand, 14476142 - 14476195
Alignment:
Q  201 aacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaa 254  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14476142 aacaatgtcagatgtagaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaa 14476195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 492 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 14546882 - 14546839
Alignment:
Q  492 tgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagt 535  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14546882 tgttgtggtgcagaatcttgtgagtgaaattgggaacgagaagt 14546839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 55
Target Start/End: Original strand, 14850439 - 14850478
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataa 55  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14850439 actccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataa 14850478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 492 - 535
Target Start/End: Original strand, 15004452 - 15004495
Alignment:
Q  492 tgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagt 535  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15004452 tgttgtggtgcagaatcttgtgagtgaaattgggaacgagaagt 15004495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14144946 - 14144908
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaa 254  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14144946 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaa 14144908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 216 - 254
Target Start/End: Original strand, 14162259 - 14162297
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaa 254  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14162259 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaa 14162297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 14512535 - 14512485
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgga 66  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  14512535 actccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgataggga 14512485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 14524920 - 14524886
Alignment:
Q  217 gaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgg 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14524920 gaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgg 14524886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 14528985 - 14528935
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgga 66  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  14528985 actccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgataggga 14528935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 14543211 - 14543161
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgga 66  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  14543211 actccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgataggga 14543161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 216 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 14485274 - 14485237
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggca 253  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14485274 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggca 14485237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 264
Target Start/End: Original strand, 14481339 - 14481387
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttg 264  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  14481339 agaagcacctttggagagacaaaattgaaactttggcaacaacgttttg 14481387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 216 - 250
Target Start/End: Original strand, 14165319 - 14165353
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttg 250  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14165319 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttg 14165353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 216 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14502215 - 14502177
Alignment:
Q  216 agaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaa 254  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  14502215 agaagcacctttggagagaaaaaattgaaacttcggcaa 14502177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 14547352 - 14547306
Alignment:
Q  16 actccaaaaccagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata 62  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  14547352 actccaaaatcagtcatcaaattgatattagcggcaacaaggtgata 14547306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 172 - 535
Target Start/End: Original strand, 17357019 - 17357382
Alignment:
Q  172 aaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttggcaataacattttgtggggtt 271  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  || ||||||| ||    
T  17357019 aaaattgtagggtttgcagttacgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactttggcaaaattatattgtgggatt 17357118  T
Q  272 gtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtttgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattaggcttttc 371  Q
    || ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||| || ||||    || || |||  || ||||||  |||||  ||| |||||||||||| |||||    
T  17357119 gtaatgaaacaaaccatggtgcttttctattgatgattcgaatgtcggagtgtgcaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattagg-ttttc 17357217  T
Q  372 aagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcaga-ttgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggtaggatgcaccgaatgggtg 470  Q
           |||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| || ||| || | |||||  |    
T  17357218 tgcaaatttgaaaagaacatgtttgttgttgaaagctttgaaagcagatttcaggagtgaaaccaaaattgtcgatgagatacgatacagcaaatggtgg 17357317  T
Q  471 agtgttggattctgatgttgatgttgtggtgctgaatcttgtgagtgaaattgggaatgagaagt 535  Q
     |||    |||||||   |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17357318 tgtgactaattctgactctgatgttgtggtggagaatcttgtgagtgaaattgggaacgagaagt 17357382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 201 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 49553426 - 49553376
Alignment:
Q  201 aacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgg 251  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  49553426 aacaatatcagaagtagaagcacctttggagagtaaaaattgaaactttgg 49553376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 84 - 204
Target Start/End: Original strand, 38524890 - 38525010
Alignment:
Q  84 taagcaaagaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagctacttcgtaaaattgtaggg 183  Q
    |||||||||||||  || ||| |||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||  |||| | | |  | ||||||||||||    
T  38524890 taagcaaagaatggcattcttcttggttttcagaaacctacttaacgattcaaaaagagggattgttcttttcgccaaacaaatctgcaaaattgtaggg 38524989  T
Q  184 tttgcagttaacaatgaaaca 204  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  38524990 tttgcaattaacaatgaaaca 38525010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University