View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19371_low_13 (Length: 299)

Name: NF19371_low_13
Description: NF19371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19371_low_13
NF19371_low_13
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (20-236)||(22809335-22809551)
chr7 (20-247)||(22885308-22885532)
chr7 (23-249)||(22880272-22880495)
chr7 (55-289)||(22814668-22814902)
chr7 (48-229)||(22805019-22805200)
chr7 (23-247)||(22858142-22858366)
chr7 (45-229)||(22913375-22913559)
chr7 (45-288)||(22893595-22893838)
chr7 (55-229)||(22875623-22875797)
chr7 (55-229)||(22888993-22889167)
chr7 (45-235)||(22897967-22898157)
chr7 (23-289)||(22830672-22830935)
chr7 (23-289)||(22839693-22839956)
chr7 (45-229)||(22825959-22826143)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-250)||(21150807-21151034)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22809551 - 22809335
Alignment:
Q  20 actttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgt 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  22809551 actttagctccaattaatgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgt 22809452  T
Q  120 atgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  22809451 atgttggattctcatcttcaacaggttctattctatcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgatatctc 22809352  T
Q  220 tgaacttcctgagctaa 236  Q
    | |||||||||||||||    
T  22809351 taaacttcctgagctaa 22809335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 22885532 - 22885308
Alignment:
Q  20 actttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  | ||||| ||||    
T  22885532 actttagctccaattagtgttggttttagtgat---aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaatgt 22885436  T
Q  120 atgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||    
T  22885435 atgttggattctcatcttcaacagggttaattgtagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaatctc 22885336  T
Q  220 tgaacttcctgagctaacagtatttgct 247  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||    
T  22885335 tgaacttcctgagccaagaatatttgct 22885308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22880495 - 22880272
Alignment:
Q  23 ttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatg 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |   ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  22880495 ttagctccgattagtgttggttttaataat---aaaccaacacgacatttgttgtcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatg 22880399  T
Q  123 ttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctga 222  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  22880398 ttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctga 22880299  T
Q  223 acttcctgagctaacagtatttgctga 249  Q
     |||| ||||| || ||||||||||||    
T  22880298 gcttcatgagccaatagtatttgctga 22880272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 55 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22814902 - 22814668
Alignment:
Q  55 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 154  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||    
T  22814902 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgta 22814803  T
Q  155 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgagnnnn 254  Q
     ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||        
T  22814802 gcttctcattatattcttgggtggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttcctaagctaacagtatttgctgaggtaa 22814703  T
Q  255 nnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 289  Q
        ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  22814702 aaaagtctaaatttttaactgttgggttgcctttg 22814668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 48 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22805200 - 22805019
Alignment:
Q  48 atgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtc 147  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22805200 atgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtt 22805101  T
Q  148 aattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 229  Q
    | ||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  22805100 acttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctcaatttcct 22805019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 22858366 - 22858142
Alignment:
Q  23 ttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatg 122  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||    
T  22858366 ttagctccaattaattttggttgtaatgttgttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatg 22858267  T
Q  123 ttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctga 222  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||| || |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |    
T  22858266 ttggattctcatcttcaaccggggtaattgtagcttcccattatattcttggttggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctaa 22858167  T
Q  223 acttcctgagctaacagtatttgct 247  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    
T  22858166 acttcctgagctaagaatatttgct 22858142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22913559 - 22913375
Alignment:
Q  45 ttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 144  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913559 ttaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaagatctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 22913460  T
Q  145 gtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 229  Q
     |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22913459 ttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttcct 22913375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22893838 - 22893595
Alignment:
Q  45 ttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 144  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||  | || ||    
T  22893838 ttaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactgg 22893739  T
Q  145 gtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtattt 244  Q
     ||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||     
T  22893738 ttcatttctaacttctcattatattcttggttggagttttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcctgagttaccagtatta 22893639  T
Q  245 gctgagnnnnnnnngtcaaaacttttaactgttgggttgccttt 288  Q
    ||||||         |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22893638 gctgagaaaacgaaatcaaattttttaactgttgggttgccttt 22893595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22875797 - 22875623
Alignment:
Q  55 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 154  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  22875797 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaatttta 22875698  T
Q  155 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 229  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  22875697 gcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcct 22875623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22889167 - 22888993
Alignment:
Q  55 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 154  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||    
T  22889167 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggta 22889068  T
Q  155 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 229  Q
     ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22889067 gcttctcagtatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 22888993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 22898157 - 22897967
Alignment:
Q  45 ttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 144  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| |||||  | || ||    
T  22898157 ttaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactgg 22898058  T
Q  145 gtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagcta 235  Q
     ||| || |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22898057 ttcagttttcacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagcta 22897967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22830935 - 22830672
Alignment:
Q  23 ttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatg 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |  |   |||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||    
T  22830935 ttagctccagttagtgttggttttagtcat---aaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatg 22830839  T
Q  123 ttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||    
T  22830838 ttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctga 22830739  T
Q  223 acttcctgagctaacagtatttgctgagnnnnnnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 289  Q
     |||||||    || |||||||||||||        ||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22830738 ccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaaaaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttg 22830672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22839956 - 22839693
Alignment:
Q  23 ttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatg 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |  |   |||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||    
T  22839956 ttagctccatttagtgttggttttagtcat---aaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatg 22839860  T
Q  123 ttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||    
T  22839859 ttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctga 22839760  T
Q  223 acttcctgagctaacagtatttgctgagnnnnnnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 289  Q
     |||||||    || |||||||||||||        ||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22839759 ccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaaaaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttg 22839693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22826143 - 22825959
Alignment:
Q  45 ttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 144  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||  | || ||    
T  22826143 ttaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctactgg 22826044  T
Q  145 gtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 229  Q
     ||| || |  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  22826043 ttcagttttcacttctcattatattcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatttctgaacttcct 22825959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 250
Target Start/End: Original strand, 21150807 - 21151034
Alignment:
Q  20 actttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||      |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  21150807 actttagctccaattagtgttggttttaataaa---aaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgt 21150903  T
Q  120 atgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| | ||||||    
T  21150904 atgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctc 21151003  T
Q  220 tgaacttcctgagctaacagtatttgctgag 250  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  21151004 tgaacttcctgaagtaacagtattttctgag 21151034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University