View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19372_low_24 (Length: 339)

Name: NF19372_low_24
Description: NF19372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19372_low_24
NF19372_low_24
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-324)||(2807488-2807811)
chr3 (5-324)||(2759439-2759758)
chr3 (1-321)||(5413107-5413427)
chr3 (5-324)||(2818782-2819101)
chr3 (1-324)||(2838194-2838517)
chr3 (1-324)||(2855404-2855727)
chr3 (2-323)||(2790542-2790863)
chr3 (5-323)||(2769294-2769612)
chr3 (2-323)||(2797583-2797904)
chr3 (1-320)||(2749216-2749535)
chr3 (217-318)||(3201381-3201482)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (1-324)||(5746-6069)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 2807488 - 2807811
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807488 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 2807587  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807588 ctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 2807687  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807688 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 2807787  T
Q  301 atgggaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  2807788 atgggaactcttctgcaagaaagt 2807811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Original strand, 2759439 - 2759758
Alignment:
Q  5 atgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgc 104  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  |||||||||  ||| || ||| ||||| |      
T  2759439 atgatggcgcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaagaagttacacaaaatggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctag 2759538  T
Q  105 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtaggat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2759539 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaacaaaggtagtaggat 2759638  T
Q  205 cataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgg 304  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759639 cataatcaccactagaattatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgg 2759738  T
Q  305 gaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2759739 gaactcttctgcaagaaagt 2759758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 5413107 - 5413427
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||  | | ||||| |||| ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5413107 aaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagactctcttccgcagatgttacacaaaatggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatac 5413206  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  5413207 ctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaacaagatttctctgaccaggttgaatttgcgatgcctaaaaacaataaaggtagta 5413306  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  5413307 ggatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcggattttttcaaaaaatcctttctagtatatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagc 5413406  T
Q  301 atgggaactcttctgcaagaa 321  Q
    ||||||||| | |||||||||    
T  5413407 atgggaactttactgcaagaa 5413427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Original strand, 2818782 - 2819101
Alignment:
Q  5 atgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgc 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  || | | |  ||||||||| |||||||||  | ||||||| |||| || ||| ||||| |      
T  2818782 atgatggagcaattttatcaggaagctgaagaccctgatctagagattttacgcaaaatggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctag 2818881  T
Q  105 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtaggat 204  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  2818882 aacataagaggtatttaatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttgccatgcccaataacaacaaaggtagtaggat 2818981  T
Q  205 cataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgg 304  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2818982 cataatcaccacaagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgg 2819081  T
Q  305 gaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2819082 gaactcttctgcaagaaagt 2819101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 2838517 - 2838194
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | | ||| | ||||  ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2838517 aaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaaaggatgaccagtcactgattgaagaagtgaggcaatac 2838418  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2838417 ctccaacataagaggtacttgatattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccagattgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagta 2838318  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2838317 ggatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagc 2838218  T
Q  301 atgggaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  2838217 atgggaactcttctgtaagaaagt 2838194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 2855727 - 2855404
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   | ||| | |||| |||||||| | ||||||||| || |||| |||||||||    
T  2855727 aaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccactgatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatac 2855628  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2855627 ctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagta 2855528  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2855527 ggatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagc 2855428  T
Q  301 atgggaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  2855427 atgggaactcttctgtaagaaagt 2855404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 2 - 323
Target Start/End: Original strand, 2790542 - 2790863
Alignment:
Q  2 aacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatact 101  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||||||| |||||||    | | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||     
T  2790542 aacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaggccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacc 2790641  T
Q  102 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtag 201  Q
    || ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| || || || |||||||||||| ||||    
T  2790642 tgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatggcaagaagatttttccgaccagattgaatttgccattccaaataacaataaaggttgtag 2790741  T
Q  202 gatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagca 301  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2790742 gatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcttttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaagca 2790841  T
Q  302 tgggaactcttctgcaagaaag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2790842 tgggaactcttctgcaagaaag 2790863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 323
Target Start/End: Original strand, 2769294 - 2769612
Alignment:
Q  5 atgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||| |||| |||||||||  |||||| |  |||| || ||| ||||| | |    
T  2769294 atgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaacctctgctaaagatgttacacaaaatggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctac 2769393  T
Q  105 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtaggat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  2769394 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgaccaggttgaattttccatgccaaataacaataaacgtagtaggat 2769493  T
Q  205 cataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgg 304  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2769494 cataataaccacaagaatgatgcatgttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcttaacatgcaacttttgcctcctaacaaagcatgg 2769593  T
Q  305 gaactcttctgcaagaaag 323  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2769594 gaactcttctgcaagaaag 2769612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 2 - 323
Target Start/End: Original strand, 2797583 - 2797904
Alignment:
Q  2 aacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatact 101  Q
    |||||||||||| ||||||||   |||||||||  |||||||    | | ||||| |||| |||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||     
T  2797583 aacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaagccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaatacc 2797682  T
Q  102 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtag 201  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  | |||    
T  2797683 tgcaacataaaaagtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagacttttctgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaacaaagcaaatag 2797782  T
Q  202 gatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagca 301  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  2797783 gatcatcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaatca 2797882  T
Q  302 tgggaactcttctgcaagaaag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2797883 tgggaactcttctgcaagaaag 2797904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Original strand, 2749216 - 2749535
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| |   ||| ||||| ||||||   | | ||||| |||| |||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  2749216 aaacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatac 2749315  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  2749316 ctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgacgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagta 2749415  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    |||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2749416 ggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagc 2749515  T
Q  301 atgggaactcttctgcaaga 320  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  2749516 atgggaacttttctgcaaga 2749535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 217 - 318
Target Start/End: Original strand, 3201381 - 3201482
Alignment:
Q  217 tagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgc 316  Q
    |||||||||||| || || || | ||| |||||||| ||||| |||||| ||||| || | |||| |||| ||||||||||||| |||||||| || |||    
T  3201381 tagaatgatgcatgtagctgaatattttaagaaatcttttcttgttcatattcaccacctacaacctttgcctccaaacaaagcgtgggaactgttttgc 3201480  T
Q  317 aa 318  Q
    ||    
T  3201481 aa 3201482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 6069 - 5746
Alignment:
Q  1 aaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | | ||||| |||| |||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||    
T  6069 aaacatgatggagcaattttgtcgggaaactgaagaccctcttccgcaaatgttacacaaaatggatgacaagtcattaattatagaagtgaggcaatac 5970  T
Q  101 ttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaagttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagta 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  5969 ctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagta 5870  T
Q  201 ggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagc 300  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||     
T  5869 ggattataatcaccacaagaatgatgcttgttgccgaatttttcaagaaatcctttatagttcatgttcacaaactgcaactcttgcctccaaacaaagt 5770  T
Q  301 atgggaactcttctgcaagaaagt 324  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  5769 atgggaactcttctgcaaaaaagt 5746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University