View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19378_low_1 (Length: 478)

Name: NF19378_low_1
Description: NF19378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19378_low_1
NF19378_low_1
[»] chr3 (34 HSPs)
chr3 (13-463)||(10580550-10581000)
chr3 (13-458)||(11769183-11769628)
chr3 (13-458)||(10126877-10127322)
chr3 (28-455)||(10433722-10434149)
chr3 (13-458)||(10663475-10663920)
chr3 (13-458)||(9838810-9839255)
chr3 (13-458)||(10363473-10363918)
chr3 (13-458)||(9849688-9850133)
chr3 (13-458)||(10088739-10089184)
chr3 (13-458)||(10195622-10196067)
chr3 (15-458)||(10184193-10184636)
chr3 (13-458)||(10031952-10032397)
chr3 (13-458)||(10375520-10375965)
chr3 (13-458)||(10260647-10261092)
chr3 (28-458)||(10077233-10077663)
chr3 (28-381)||(13332868-13333221)
chr3 (28-381)||(13170995-13171348)
chr3 (28-381)||(11130778-11131131)
chr3 (28-381)||(13160944-13161297)
chr3 (28-381)||(13344053-13344406)
chr3 (28-381)||(11148606-11148959)
chr3 (28-381)||(11159769-11160122)
chr3 (26-381)||(13289627-13289982)
chr3 (196-458)||(10527490-10527752)
chr3 (28-381)||(8861250-8861603)
chr3 (28-381)||(10889270-10889623)
chr3 (195-455)||(11781660-11781920)
chr3 (195-458)||(10517616-10517879)
chr3 (163-381)||(11153526-11153743)
chr3 (199-455)||(10500709-10500965)
chr3 (28-180)||(10500520-10500672)
chr3 (40-164)||(10527313-10527437)
chr3 (17-180)||(11781956-11782119)
chr3 (40-182)||(10517440-10517582)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-458)||(26906846-26907291)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (28-381)||(135640-135993)
scaffold0002 (28-381)||(145691-146044)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-458)||(31679408-31679837)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (196-458)||(17852598-17852860)
chr4 (40-180)||(17852897-17853037)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (196-455)||(11485170-11485429)
chr8 (196-293)||(44957528-44957625)
chr8 (409-458)||(44957363-44957412)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (121-314)||(29836700-29836893)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (43-150)||(825887-825994)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (427-463)||(58090-58126)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 34)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 463
Target Start/End: Original strand, 10580550 - 10581000
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||      
T  10580550 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgaca 10580649  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||| |||||||||||||||    
T  10580650 tgaaggcgtgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttcggaaagcaataatct 10580749  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10580750 tgatgtccttcgtgttgagttaaagaaaatctcaagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattgtaatgattgggatgag 10580849  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  10580850 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacacatgtttgctgtacata 10580949  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaactatg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10580950 atttagaacctctatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaactatg 10581000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 11769183 - 11769628
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  11769183 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtctacaatgataaagaagttcaacaatattttgatt 11769282  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  11769283 tgaaggcatgggcttgcgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaggtctctccttgaatcggtcacttcaagaacttgggatagcaataatct 11769382  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  11769383 tgatatccttcgagttgagttaaagaaaaacttgagggagaaaagatttttgtttgtgttagatgatatgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 11769482  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  || |||||| |   ||| || |||||     
T  11769483 ctagtaagtcccttcagtaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacacgccaacgaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacatg 11769582  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11769583 aattaaaacttctatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaa 11769628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10126877 - 10127322
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10126877 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttgggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatt 10126976  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  10126977 tgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttgggatagcaataatct 10127076  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||  |||| ||||| || |||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10127077 tgatgtccttcgagttgcgttaaagaaaatctcgagggaaaaaagatttttgtttgtgttggacgatctatggaatgacaattgtaatgattgggatgag 10127176  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||   ||| || |||||     
T  10127177 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacgcacatttcctatacatg 10127276  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |  || ||   |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  10127277 aactaaaagtactatcagatgaagattgttggtctttactatcaaa 10127322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 28 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 10434149 - 10433722
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||  |    
T  10434149 gcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcctgggctt 10434050  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  10434049 gtgtgtctcaggattttgatattttgaaagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccagaacttgggatagcaataatcttgatgtccttcgtgt 10433950  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  10433949 tgagttaaagaaaaactcgagggagaaaagatttttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttc 10433850  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctat 427  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||||| |||||    
T  10433849 attgatggaaaacccggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagaacttctat 10433750  T
Q  428 caaatgaagattgctggtctttactctc 455  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10433749 caaatgaagattgttggtctttactctc 10433722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10663475 - 10663920
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10663475 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatt 10663574  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||||||| |||||  ||||    
T  10663575 tgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttgggatagcaaagatct 10663674  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||  |||     
T  10663675 tgatgtccttcgagttgagttaaagaaaatctcgagggagaaaagatttttgtttgtgttcgatgatctgtggaatgacaattataatgattggagtgaa 10663774  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||| |   ||| || ||||||    
T  10663775 ctagcaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgcgaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacata 10663874  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  10663875 aattagaacttctatcaaatgaagattgttggtccttactttcaaa 10663920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 9838810 - 9839255
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  9838810 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgata 9838909  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||| ||| ||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||  ||||||| | | | ||||| |||||||||||    
T  9838910 tgagggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccataacatgggatagcaataatct 9839009  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  9839010 tgatgtccttcgagttgcgttaaagaaaaactcaagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 9839109  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| |  ||||||    
T  9839110 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttccaatacata 9839209  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9839210 aattagatcttctatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaa 9839255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 10363918 - 10363473
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10363918 aatataggtgttgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatt 10363819  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||  |||||| | | ||| |||||||||||||||    
T  10363818 tgaaggcatgggtttgtgtctctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgccacttccataacttcggaaagcaataatct 10363719  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  10363718 tgatgtccttcgagttgagttaaagaaaatctcgagggagaaaagatatttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 10363619  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||    
T  10363618 ctagtaagccccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacata 10363519  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10363518 aattagatcttctatcaaatgaagattgttggactttactctcaaa 10363473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 9849688 - 9850133
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  9849688 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgata 9849787  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||| ||| ||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||  ||||||| | | | ||||| |||||||||||    
T  9849788 tgagggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccataacatgggatagcaataatct 9849887  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  9849888 tgatgtccttcgagttgcgttaaagaaaaactcaagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 9849987  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| |  ||||||    
T  9849988 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatggtgattataacaacacgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttccaatacata 9850087  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9850088 aattagatcttctatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaa 9850133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10088739 - 10089184
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  10088739 aatataggtgttgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatt 10088838  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||||| ||||    
T  10088839 tgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttcgacaacttcggatagcaatgatct 10088938  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    || | |||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||      
T  10088939 tggtgtccttcaagttgagttaaagaaaaactcgagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggattgca 10089038  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||    
T  10089039 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacata 10089138  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10089139 aattagaacttctgtcaaatgaagattgttggactttactctcaaa 10089184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10195622 - 10196067
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  10195622 aatataggtgttgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatt 10195721  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||||| ||||    
T  10195722 tgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttcgacaacttcggatagcaatgatct 10195821  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    || | |||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||      
T  10195822 tggtgtccttcaagttgagttaaagaaaaactcgagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggattgca 10195921  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||    
T  10195922 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacata 10196021  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10196022 aattagaacttctgtcaaatgaagattgttggactttactctcaaa 10196067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 10184193 - 10184636
Alignment:
Q  15 tataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttg 114  Q
    |||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10184193 tataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatatg 10184292  T
Q  115 aaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttg 214  Q
    | ||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||||||| |||||||||||||    
T  10184293 agggcgtgggcttgtgtgtccgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttgggatagcaataatcttg 10184392  T
Q  215 atttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagct 314  Q
    || ||||||||||||| |||| |||| | |  |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  10184393 atgtccttcgagttgagttaaagaaacattcaagggagaaaagatttttgtttgtattggatgatctgtggaatgacagttatgatgattgggatgagct 10184492  T
Q  315 agtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataat 414  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||| |     
T  10184493 agtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacatgaa 10184592  T
Q  415 ttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
     || ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10184593 ctaaaacttctatcaaatgaagattgttggtcgttactctcaaa 10184636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10031952 - 10032397
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10031952 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatt 10032051  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||||  ||||    
T  10032052 tgaaggcctgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttcggatagcaaagatct 10032151  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  10032152 tgatgtccttcgagttgagttaaagaaaatctcgagggagaaaagatttttgtttgttttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 10032251  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  || ||||| ||   ||| || |||||     
T  10032252 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacacgccaacgaaaagttgctgaggtggcatgcacatttcctatacatg 10032351  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10032352 aactaaaacttctatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaa 10032397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 10375965 - 10375520
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  10375965 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatt 10375866  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  10375865 tgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatct 10375766  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||  |||| |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||     
T  10375765 tgatgtccttcgagttgcgttaaagaaaaaatcaagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattattatgattggggtgaa 10375666  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||| ||   ||| || |||||     
T  10375665 ctagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatggtgattataacaacgcgccaacgaaaagttgctaaggtagcatgcacatttcctatacatg 10375566  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |  || ||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  10375565 aactaaaacttctatcgaatgaagactgttggtctttactctcaaa 10375520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 10260647 - 10261092
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||      
T  10260647 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgaca 10260746  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||  |||||| | |||||||||    
T  10260747 tgaaggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatcagtcacttctagaaattgggatatcaataatct 10260846  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||  ||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  10260847 tgacatccttcgagttgagttaaagaaaatctcgagggagaaaagatttttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaa 10260946  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  || ||||| ||   ||| || |||||     
T  10260947 ctagtaagccccttcgttgatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcggcaacaaaaagttgctgaggtggcatgcacatttcctatacatg 10261046  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |  || ||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  10261047 aactaaaacttctatcgaatgaagactgttggtctttactctcaaa 10261092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 28 - 458
Target Start/End: Original strand, 10077233 - 10077663
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||| |  |||||| | | |||||||||||| |||||||||  |    
T  10077233 gcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgattataaagttcgataccattttgatttgcaggcatgggctt 10077332  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| | |||| |||||||| ||||||||||    
T  10077333 gtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatcgatcacttctagaacttgggataacaatgatcttgatgtccttcgagt 10077432  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    ||| ||||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||||||||||    
T  10077433 tgagttaaaaaaaaactcgagggataaaagatttttgtttgtgttagatgatatgtggaatgacaattatagtgattgggatgaacttgtaagtcccttc 10077532  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctat 427  Q
    ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||   ||| || ||||||  ||||||||| |||    
T  10077533 attgatggaaagcatggaagcatggtgattataacaacacgccaacaaaaagttgcagaggtggcacgcacatttcctatacatatattagaacctttat 10077632  T
Q  428 caaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  10077633 caaatgaagattgttggtatttactttcaaa 10077663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 13332868 - 13333221
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  13332868 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 13332967  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  13332968 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcgagt 13333067  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||||| |  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||  |     
T  13333068 tgaattgaataaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgttggatgacctgtggaatgacaattataatgattgggatgagttagtaactccactg 13333167  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || |||   ||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13333168 attaacggcaaaaaaggaagtagggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13333221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 13170995 - 13171348
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  13170995 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 13171094  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  13171095 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcgagt 13171194  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||||| |   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| ||     
T  13171195 tgaattgaatcaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattg 13171294  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || ||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13171295 attaacggcaaaacgggaagtatggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13171348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11131131 - 11130778
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||| |||||| || ||||||||||||| |||||| | || |||||||  |    
T  11131131 gcaattttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggctt 11131032  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || ||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  11131031 gtgtatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttgattttcttcgagt 11130932  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||| | | |||||  ||||| || || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| ||     
T  11130931 tgaactgaagaaaactttgagagacaaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttg 11130832  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    |||||||||||   |||||||| ||| ||  | ||||| |||||||||||||||    
T  11130831 attaatggaaacaatggaagcagggtcatcgtcacaacacgccaacaaaaagtt 11130778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 13160944 - 13161297
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  13160944 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 13161043  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||| |||||| || | |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13161044 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacctcaagagctggcgaaagcaataatcttgattctcttcgagt 13161143  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    ||| || |  |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| ||     
T  13161144 tgagttgaataaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattg 13161243  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || ||| | ||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13161244 attaacggcaaaacgggaagtagggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13161297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 13344053 - 13344406
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  13344053 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 13344152  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  13344153 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtcactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcgagt 13344252  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||||| |   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| ||     
T  13344253 tgaattgaatcaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattg 13344352  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || ||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13344353 attaacggcaaaacgggaagtatggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13344406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11148959 - 11148606
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||| |||||| || ||||||||||||| |||||| | || |||||||  |    
T  11148959 gcaattttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggctt 11148860  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || ||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  11148859 gtgtatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttgattttcttcgagt 11148760  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||| | | |||||  ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||  || ||     
T  11148759 tgaactgaagaaaactttgagagccaaaagatttttgtttgtgttggatgacttatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaacacctttg 11148660  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    |||||||||||   |||||||| ||| ||  | ||||| |||||||||||||||    
T  11148659 attaatggaaacagtggaagcagggtcatcgtcacaacacgccaacaaaaagtt 11148606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11160122 - 11159769
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| ||| || || |||||||||| ||||||||||| || |||||||  |    
T  11160122 gcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaataatgaaaaagttcaagatcattttgatttcaaagcatgggctt 11160023  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || ||||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  11160022 gtgtatctgaggattttgatattttatctgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaccaataatcttgattttcttcgagt 11159923  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| ||     
T  11159922 tgaactaaagaaaactttgagcgacaaaagatttttgtttgtgttggatgacctttggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttg 11159823  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    |||||||||||   |||||||| ||| ||  | ||||| |||||||||||||||    
T  11159822 attaatggaaacagtggaagcagggtcatcgtcacaacacgccaacaaaaagtt 11159769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 381
Target Start/End: Original strand, 13289627 - 13289982
Alignment:
Q  26 tcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggt 125  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||    
T  13289627 tcgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggt 13289726  T
Q  126 gtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcga 225  Q
     ||||| || |||||||| |||||| |||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||||||||||||||||||  ||||||    
T  13289727 ttgtgtatcggaggatttcgatattttgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaagcaataatcttgattctcttcga 13289826  T
Q  226 gttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtccct 325  Q
    |||||| | |   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  13289827 gttgaactgaatcaaaacttgagggataaaagatttttgttggtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccat 13289926  T
Q  326 tcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    | ||||| || ||| | ||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13289927 tgattaacggcaaaacaggaagtagggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13289982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 196 - 458
Target Start/End: Original strand, 10527490 - 10527752
Alignment:
Q  196 tgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaact 295  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  10527490 tgggaaagcaataatcttgatatccttcgagttcagttaaagaaaatctcaagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatctatggaatgacaatt 10527589  T
Q  296 gtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacg 395  Q
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |  || |||||||    
T  10527590 acaatgattgggatgagctagtaagtccactcattgatggaaaacctggaagtatggtgattataacaacccaccaacgaaaagttgctgaggtggcacg 10527689  T
Q  396 cgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |   ||| || |||||||  || ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10527690 cacatttcctatacataaactaaaacttttatcaaatgaagattgttggtctttactctcaaa 10527752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 8861250 - 8861603
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||| || |||||||||| || |||||| | || |||||||  |    
T  8861250 gcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgggctt 8861349  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||||||||||   |  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  8861350 gtgtatcagaggattttgatatttcaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaacaataatcttgattttcttcgagt 8861449  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | |||||| |||||||| || |||| ||| ||     
T  8861450 tgaactaaagaaaacattgagagacaaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgagtgggatgaacttgtaactcctttg 8861549  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    |||||||||||   |||||||| ||| ||  | ||||| |||||||||||||||    
T  8861550 attaatggaaacagtggaagcagggtcatcgtcacaacacgccaacaaaaagtt 8861603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Original strand, 10889270 - 10889623
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||| || |||||||||| || |||||| | || |||||||  |    
T  10889270 gcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgggctt 10889369  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || ||||||||||||||| | |  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  10889370 gtgtatctgaggattttgatattttaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtgacttcaagagcttgggaaaacaataatctagattttcttcgagt 10889469  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||| ||| |||||  ||||| || || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| ||     
T  10889470 tgaactaaagaaaactttgagagacaaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttg 10889569  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    |||||||||||   |||||||| |||  | || ||||| ||||| |||||||||    
T  10889570 attaatggaaacagtggaagcagggtcgtcatcacaacacgccagcaaaaagtt 10889623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 195 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 11781920 - 11781660
Alignment:
Q  195 ttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaac 294  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |  || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |     
T  11781920 ttgggaaagcgataatcttgatatccttcgagttgaattgaaaaagaactcgagggagaaaagatttttgtttgtgttagatgatttgtggaatgatgat 11781821  T
Q  295 tgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcac 394  Q
    |  |||||||||  |||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||    
T  11781820 tacaatgattggcttgagctagtaagtccactcaatgatggaaaacctggaagttcggtgattataacaactcgccaacaaaaagttgcagaggtggcac 11781721  T
Q  395 gcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctc 455  Q
     |   ||| || | |||   ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  11781720 acacatttcctattcatgcattagaacctctatctcatgaagattgttggtctttactctc 11781660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 195 - 458
Target Start/End: Original strand, 10517616 - 10517879
Alignment:
Q  195 ttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaac 294  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |  || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |     
T  10517616 ttgggaaagcgataatcttgatatccttcgagttgaattgaaaaagaactcgagggagaaaagatttttgtttgtgttagatgatttgtggaatgatgat 10517715  T
Q  295 tgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcac 394  Q
    |  |||||||||  ||| |||||||||||  ||| | |||||||||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  10517716 tacaatgattggcttgaactagtaagtccactcaatgatggaaaacccgggagttcggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgcagaggtggcac 10517815  T
Q  395 gcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
     |   ||| || | ||  | ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10517816 acacatttcctattcaggaattagaacctctatctcatgaagattgttggtctttactctcaaa 10517879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 163 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11153743 - 11153526
Alignment:
Q  163 aaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttt 262  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| | |  ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||   |||| || || |||||||    
T  11153743 aaaactctccttgaatctgtcacttcaagagcatatgaaagtaacaatcttgattttcttcgagttgagttaaagaaaattctgagagacaa-agatttt 11153645  T
Q  263 tgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataac 362  Q
    |  ||||||||||||| || |||||||| || | ||| ||||  ||||| || |||| ||| || ||| ||||||||  ||||||||  ||||| || ||    
T  11153644 ttgttgtgttggatgacttatggaatgataattataacgattcagatgaacttgtaactccattgatttatggaaaaagtggaagcagagtgatcatcac 11153545  T
Q  363 aacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||| |||||| ||||||||    
T  11153544 aacacgccaagaaaaagtt 11153526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 199 - 455
Target Start/End: Original strand, 10500709 - 10500965
Alignment:
Q  199 gaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgta 298  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||| | |||| ||| |  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  | |     
T  10500709 gaaagcaataatcttgatatccttcaagttgagttaatgaaacatttgatggatagaagatttttgtttgtgttggacgacatgtggaatgacagttatg 10500808  T
Q  299 atgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgt 398  Q
     ||| ||||||||| || ||| |||||| | |||  || || | ||| |||  ||||| |||||||| ||| ||||||||||| || || | ||| ||      
T  10500809 ttgactgggatgagttaataactcccttgactaacagagaaacaggaggcaaagtgataataacaacacgcgaacaaaaagttgcagaggtcgcatgcac 10500908  T
Q  399 gtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctc 455  Q
     ||| || | ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  10500909 atttcctattcataaattagaacctctatctgatgatgattgttggactttactctc 10500965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 180
Target Start/End: Original strand, 10500520 - 10500672
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || |||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| || ||  |  || || |||||||||||||| ||||||||||| | |    
T  10500520 gcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacaacacttgctcaacttgtttacaacgacgataaaattgaagaacattttgatctgaaggcatggattt 10500619  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatct 180  Q
    ||||  | |||||||| ||| || ||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  10500620 gtgtaccggaggatttcgatgttgtgagaataaccaaatctctccttgaatct 10500672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 164
Target Start/End: Original strand, 10527313 - 10527437
Alignment:
Q  40 atgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgtgtgtgtccgagg 139  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||| || | ||| || | ||||||||| | ||||| ||||| | ||| || ||||    
T  10527313 atgggaggtgtcggtaaaacaacccttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaggttgaacaccattttgatctcaaggcctgggtttatgtatcagagg 10527412  T
Q  140 attttgatattctgagagtaaccaa 164  Q
    |||| ||| || |||||||||||||    
T  10527413 atttcgatgttgtgagagtaaccaa 10527437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 11782119 - 11781956
Alignment:
Q  17 taggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaa 116  Q
    |||||||  |||||||||| || |||||||| || || ||||| |||||||| || ||| |||| ||||||    ||||| || ||||||||||||| ||    
T  11782119 taggtgttgtcgcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgtgaaagttgaacaacattttgatttcaa 11782020  T
Q  117 ggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatct 180  Q
     |  ||||| ||||| || |||||||| ||| || | ||| |||||||  |||| |||||||||    
T  11782019 agtctgggtttgtgtatcggaggatttcgatgttgttagaataaccaagtctctccttgaatct 11781956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 182
Target Start/End: Original strand, 10517440 - 10517582
Alignment:
Q  40 atgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgtgtgtgtccgagg 139  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||| ||  || |||| ||||||  | ||||| || ||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||    
T  10517440 atgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagtttgtttacaatgatgcaaaagttgaacaacattttgatttcaaagcctgggtttgtgtatctgagg 10517539  T
Q  140 attttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctat 182  Q
    |||||||| || | |||| ||||||  || | |||||||||||    
T  10517540 attttgatgttattagagcaaccaagtctatccttgaatctat 10517582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 26906846 - 26907291
Alignment:
Q  13 aatataggtgtcatcgcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatt 112  Q
    |||||||||||  | |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  26906846 aatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttctttacaatgataaagaagttcaacggcattttgatt 26906945  T
Q  113 tgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatct 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||| | |||||||||    
T  26906946 tgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaaatctctccttgaatcggtcacttccagaacttgggataccaataatct 26907045  T
Q  213 tgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgag 312  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| | || ||||||||| ||     
T  26907046 tgatgtccttcgagttgagttaaggaaaaactcaagggagaaaagatttttgtttgtgttggatgacctgtggaacgacaattatagtgattgggaagaa 26907145  T
Q  313 ctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacata 412  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||     ||| || ||||||    
T  26907146 cttgtaagtcccttcattcatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgcagaggtggcacatacatttcctatacata 26907245  T
Q  413 atttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  26907246 aattagaacctctatcaactgaagattgttggtctttactctcaaa 26907291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 135993 - 135640
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  135993 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 135894  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  135893 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcgagt 135794  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||||| |   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| ||     
T  135793 tgaattgaatcaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattg 135694  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || ||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  135693 attaacggcaaaacgggaagtatggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 135640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 28 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 146044 - 145691
Alignment:
Q  28 gcaatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgt 127  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||| |    
T  146044 gcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggttt 145945  T
Q  128 gtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  145944 gtgtatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcgagt 145845  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
    |||||| |   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| ||     
T  145844 tgaattgaatcaaaacttgagggataaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattg 145745  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 381  Q
    ||||| || ||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  145744 attaacggcaaaacgggaagtatggtgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 145691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 31679837 - 31679408
Alignment:
Q  29 caatttttggcatgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgtg 128  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| | || || ||||| ||    
T  31679837 caattttcggcatgggaggtgtcggtaaaacagccctagctcaacttctttacaatgataaagatgttcaagaacgttttgatgtaaaagcttgggtttg 31679738  T
Q  129 tgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatctt-gggaaagcaataatcttgatttccttcgagt 227  Q
    | ||||||| || |||||| || |||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  31679737 tctgtccgaagagtttgatgttttgagggtaaccagaactttacttgaatctatcacttcaa-atgttcaggaaagtgataatcttgattttcttcgagt 31679639  T
Q  228 tgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttc 327  Q
      |||||| | ||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || |||||||||| || | ||||| | |||||||    
T  31679638 caaattaaagcaaaacttgaagggaaaaagatttttgtttgtgttggatgacatgtggaatgatagctataatgattggcatcatctagtcactcccttc 31679539  T
Q  328 attaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctat 427  Q
    ||| ||||| || ||||||| | ||||||||| ||||| || ||| |||||||| |  || |  | |     ||| || |  |||| |||||||||||||    
T  31679538 attgatggagaatctggaagtagggtgattatcacaacacgtcaataaaaagttgccgagttcacccatacctttcctatctataaattagaacctctat 31679439  T
Q  428 caaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  31679438 cagatgatgattgctggtctttactctcaaa 31679408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 196 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 17852860 - 17852598
Alignment:
Q  196 tgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaact 295  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| | |||| ||| |  |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |    
T  17852860 tgggaaagcgataatcttgatatcctccgagttgaattaatgaaacaattgatggatagaagatttttgtttgtgttggacgacttatggaatgacaatt 17852761  T
Q  296 gtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacg 395  Q
        |||||||  ||||||||||| ||||||  |||| |||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||| | |||||||| |  || | |||||    
T  17852760 acgttgattggagtgagctagtaactcccttgtttaagggaaaagctggaagcaaggtcatcataacaacacgcctaaaaaaagttgcggaggttgcacg 17852661  T
Q  396 cgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    |   ||| |  | ||||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  17852660 cacatttccaattcataaattagaacctatatccgatgaagattgttggtctttgctctcaaa 17852598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 17853037 - 17852897
Alignment:
Q  40 atgggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgtgtgtgtccgagg 139  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||| |||| |||||| || | ||| || | ||||||||| | || || ||||| ||||| || || |    
T  17853037 atgggaggtgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgaaaaggttgaacatcattttgatctcaaagcctgggtttgtgtatcagaag 17852938  T
Q  140 attttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatct 180  Q
    |||||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||    
T  17852937 attttgatgttgtgagagtaaccaagtctctccttgaatct 17852897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 196 - 455
Target Start/End: Original strand, 11485170 - 11485429
Alignment:
Q  196 tgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaact 295  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |||| ||| |  ||| |||||||||||||||| ||  | ||||| ||||| |    
T  11485170 tgggaaagcaataatcttgatatccttcaagttgaattaatgaagcatttgaaggatagaagaattttgtttgtgttggacgacatatggaacgacaatt 11485269  T
Q  296 gtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacg 395  Q
     |  ||||||||||  | || ||| |||||| ||||||||| || ||| ||||| |||||| |||||||| ||| || | |||||| || || | ||| |    
T  11485270 atcttgattgggatcggttaataactcccttgattaatggagaaactgtaagcaaggtgatcataacaacacgcgaagagaaagttgcagaggtcgcatg 11485369  T
Q  396 cgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctc 455  Q
    ||  ||| || | ||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  11485370 cgcatttcctattcataaattagaacctctatctgatgaagattgttggtctttactctc 11485429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 44957625 - 44957528
Alignment:
Q  196 tgggaaagcaataatcttgatttccttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaa 293  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| | |||| ||| |  |||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  44957625 tgggaaagcgataatcttgatatccttcaagttgaattaatgaaacatttgatggatagaagatttttgtttgtgttggacgacatatggaatgacaa 44957528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 409 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 44957412 - 44957363
Alignment:
Q  409 cataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaa 458  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  44957412 cataaattagaacctctatctgatgaagattgttggtctttactctcaaa 44957363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 29836700 - 29836893
Alignment:
Q  121 tgggtgtgtgtgtccgaggattttgatattctgagagtaaccaaaactcttcttgaatctatcacttcaagatcttgggaaagcaataatcttgatttcc 220  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||  | |||||||||||   ||| | | |||||| |||||| | |    
T  29836700 tgggtttgtgtgtctgaagattttgatatgttgagagtaaccaaatctctccttgaagttgtcacttcaagagaatggaataccaataaccttgatcttc 29836799  T
Q  221 ttcgagttgaattaaggaaaaacttgagggagaagagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagct 314  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||   | || ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  29836800 ttcgagttgaattgaagaaaaatttgaacaacaaaagatttttgattgtattggatgatgtttggaatgaaaacggttgtgattgggatgagct 29836893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 150
Target Start/End: Original strand, 825887 - 825994
Alignment:
Q  43 ggaggtgttggaaaaacaacccttgctcaacttctttataatgataaagaagttcaagaacattttgatttgaaggcatgggtgtgtgtgtccgaggatt 142  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| |||| |||| ||||||||  ||||| | || |||||||||||||| |  ||||| |||||  |||||||||    
T  825887 ggaggtgttggtaaatcgacacttgctcgacttgtttacaatgataagaaagttgatgagcattttgatttgaaagtctgggtttgtgtcaccgaggatt 825986  T
Q  143 ttgatatt 150  Q
    ||||||||    
T  825987 ttgatatt 825994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 427 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 58126 - 58090
Alignment:
Q  427 tcaaatgaagattgctggtctttactctcaaactatg 463  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  58126 tcaaatgaagattgttggtctttactctcaaactatg 58090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University