View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19379_low_3 (Length: 609)

Name: NF19379_low_3
Description: NF19379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19379_low_3
NF19379_low_3
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (14-592)||(10652159-10652737)
chr5 (22-592)||(10660042-10660612)
chr5 (14-592)||(7192679-7193257)
chr5 (108-592)||(10604520-10605004)
chr5 (108-592)||(10763090-10763574)
chr5 (49-586)||(10558611-10559148)
chr5 (108-592)||(10588387-10588871)
chr5 (171-592)||(10740656-10741077)
chr5 (108-592)||(9836285-9836769)
chr5 (130-592)||(10564817-10565279)
chr5 (103-592)||(10716897-10717386)
chr5 (181-584)||(19605830-19606233)
chr5 (128-592)||(10611498-10611962)
chr5 (109-592)||(11048614-11049097)
chr5 (171-592)||(10746972-10747393)
chr5 (109-592)||(10216706-10217189)
chr5 (108-417)||(10580759-10581081)
chr5 (210-393)||(9824970-9825153)
chr5 (255-359)||(10550699-10550803)
chr5 (494-563)||(10581157-10581226)
chr5 (151-359)||(9850891-9851100)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (171-592)||(12948475-12948896)
chr6 (171-425)||(12907021-12907275)
chr6 (171-592)||(12932110-12932531)
chr6 (132-592)||(12899362-12899822)
chr6 (171-592)||(12957909-12958330)
chr6 (494-592)||(12907344-12907442)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (103-592)||(17923360-17923849)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (311-592)||(7264-7545)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (478-581)||(31467130-31467233)
chr3 (256-403)||(31467308-31467455)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (176-393)||(28605462-28605679)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (542-592)||(39875849-39875899)
chr1 (542-592)||(39883972-39884022)
chr1 (542-592)||(39890926-39890976)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (171-204)||(24661855-24661888)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10652737 - 10652159
Alignment:
Q  14 ttctcatggtgacaattattctaactatctaccaaatgaggaaaagaaacaagaaacaattgtatgatctaccaataattgacccgcttgctagggtttc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652737 ttctcatggtgacaattattctaactatctaccaaatgaggaaaagaaacaagaaacaattgtatgatctaccaataattgacccgcttgctagggtttc 10652638  T
Q  114 atacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652637 atacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttggattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaa 10652538  T
Q  214 gataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10652537 gataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcaaaaaaagggatctcacaagagcttcgttgttgaatgtaatgcactaaaaaatatgaggcatagaa 10652438  T
Q  314 atttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaaca 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652437 atttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaaca 10652338  T
Q  414 atggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattac 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652337 atggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattac 10652238  T
Q  514 cttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652237 cttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 10652159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10660612 - 10660042
Alignment:
Q  22 gtgacaattattctaactatctaccaaatgaggaaaagaaacaagaaacaattgtatgatctaccaataattgacccgcttgctagggtttcatacaaag 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |    ||||| ||   | ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||    
T  10660612 gtgacaattgttctaactatctatcaaatgaggaaaaaagttgagaaaaaaaattctgatccaccaataattgacccgcttgccagagtttcatatcaag 10660513  T
Q  122 accttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10660512 accttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaaccttgttggattaggaggttttggttctgtctacaaaggaaatcttgcatcagaagataaatt 10660413  T
Q  222 tgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggtt 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  10660412 tgttgccataaaggttctgaaccttcaaaataagggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatatgaggcatagaaatttggtc 10660313  T
Q  322 aaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctac 421  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  10660312 aaggttttgacatgttgttcaagtacagattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaatggaagcctagaacaatggctac 10660213  T
Q  422 atccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatca 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10660212 atccaggtataatgaatgcagggattcaaagattgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgctagtgtattacattaccttcatca 10660113  T
Q  522 tgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  10660112 cgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgacgatgacatggttg 10660042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 14 - 592
Target Start/End: Original strand, 7192679 - 7193257
Alignment:
Q  14 ttctcatggtgacaattattctaactatctaccaaatgaggaaaagaaacaagaaacaattgtatgatctaccaataattgacccgcttgctagggtttc 113  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||| ||  |||||||| || ||||  |||||    
T  7192679 ttctcacggcgacaattattttaactatctacaagatgaggaaaagaaacaagaaacaatattctgatttactaaatattgacccactagctaaagtttc 7192778  T
Q  114 atacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaa 213  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| | |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7192779 ataccaggaccttcaccagggaactgacgggttttctgctagaaacttagttggatcaggaagctttggttctgtgtacaaaggaaatcttgaatcagaa 7192878  T
Q  214 gataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaa 313  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||       ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||| |||    
T  7192879 gataaagttgttgccgtgaaggtcatgaaccttcaaaagaagggagctcacaagagtttcattgctgaatgtaatgcactaaaaaatattagacatcgaa 7192978  T
Q  314 atttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaaca 413  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  7192979 atttggttaagattttgacatgttgttccagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctttagtctttgaatacatgaacaacggaagcttagaaca 7193078  T
Q  414 atggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattac 513  Q
    ||||||||||||  |   | |||||| || || |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||    
T  7193079 atggctacatcctagatcagtgaatgtagagaatcaaagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattac 7193178  T
Q  514 cttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  7193179 cttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttg 7193257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 108 - 592
Target Start/End: Original strand, 10604520 - 10605004
Alignment:
Q  108 ggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgca 207  Q
    |||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||| || || | ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  10604520 ggtttcataccatgacttacaccaaggaaccgatgggttctcggatagaaacttgattggattaggaagttttggttctgtgtacagaggaaatcttgtg 10604619  T
Q  208 tcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggc 307  Q
    ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| |       |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| ||| || |    
T  10604620 tcagaagataatgtagttgctgtaaaggtcctgaacctccaaaagaagggagcacacaagaatttcattgttgaatgtaatgcactcaaaactataagac 10604719  T
Q  308 atagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacct 407  Q
    |  | ||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||| | |    
T  10604720 accggaatttagttcaagttttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgattacatgaaaaatggaagctt 10604819  T
Q  408 agaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtatta 507  Q
    |||||||||| | ||||| |  ||  | ||||||| |  || || || ||||||||||| | || || | || |||||| ||||  ||||||||| |||     
T  10604820 agaacaatggttgcatcctgagattttaaatgcagagcctccaacaacgttggaccttggtaaaagatttaacatcatttttgatgttgcttctgcattg 10604919  T
Q  508 cattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||    
T  10604920 cattatcttcatcaagaatgtgagcaattagtcattcattgtgatctaaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttg 10605004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 108 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10763574 - 10763090
Alignment:
Q  108 ggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgca 207  Q
    |||||||||| ||||  | | ||||||||| ||||| || || | || ||||||| | | || |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||      
T  10763574 ggtttcataccaagagttactccaaggaacagatgggttctcggataaaaacctgatcggatcaggaagttctggtgatgtgtacagaggaaatcttgtg 10763475  T
Q  208 tcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggc 307  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||| ||| | ||||| |        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    |    
T  10763474 tcagaagacaatattgttgctataaaagtcttcaacctccaaaacaatggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatattcaac 10763375  T
Q  308 atagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacct 407  Q
    |  | ||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| || |||| | |    
T  10763374 accggaatttagttaagattttaacatgttgttctagtactgattataaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgattacatgaaaaatggaagctt 10763275  T
Q  408 agaacaatggctacatcc-aggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtatt 506  Q
    ||||| |||||| || || ||| ||  | ||||||| || || || ||  ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||    
T  10763274 agaacgatggctgcaccctaggaatt-taaatgcagagactccaacaacattggatcttgatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcatt 10763176  T
Q  507 acattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10763175 acattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 10763090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 586
Target Start/End: Original strand, 10558611 - 10559148
Alignment:
Q  49 atgaggaaaagaaacaagaaacaattgtatgatctaccaataattgacccgcttgctagggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggatttt 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |  |||  ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||| ||||| |  | || | ||||||||| || |    
T  10558611 atgaggaaaagaaacaagaaaccatcttcagattcaccaataattgaccaacttgctatggtttcttaccaagacttgtatcaggcaactgatggcttct 10558710  T
Q  149 ctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcn 248  Q
    |  |||||||| || ||| || |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||  | ||||||||| |||||      
T  10558711 catctagaaacttgattggatcaggaggctttggttcggtgtataaaggaaatcttatgtcagaagataaagttattgctgtgaaggtcctggaccttga 10558810  T
Q  249 nnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtacc 348  Q
           |||||||||||||| || |||   ||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||| |||||||| |||| || |||||||| ||||      
T  10558811 aaagaatggagctcacaagagttttattaccgaatgtaatgcactaaaaaatattagacatcgaaatctggttaagattttaacttgttgttctagtatt 10558910  T
Q  349 gattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattc 448  Q
    |||||||||||||| || || || ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||| | ||| | ||| || | || ||||||| || |   |    
T  10558911 gattacaaaggtcaggaattcaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaaaactggttgcattcaaggatgatgaatgtagagcaac 10559010  T
Q  449 aaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattg 548  Q
     ||||   ||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||  |||| |||||||    
T  10559011 caagagcattggatcttaatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattg 10559110  T
Q  549 tgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgaca 586  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  10559111 tgatctaaagccaagcaatgtccttattgatgaagaca 10559148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 108 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10588871 - 10588387
Alignment:
Q  108 ggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgca 207  Q
    |||||||||| |||| || || ||||||||||||||||| || | | ||||| || ||| || |||||||||| |||| || |||||||||| ||| | |    
T  10588871 ggtttcataccaagaactacatcaaggaactgatggattctcagatggaaacttgattggatcaggaagtttttgttccgtatacaaaggaattctcgta 10588772  T
Q  208 tcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggc 307  Q
    ||| ||||||||  |||||| || ||||| |||||||||        ||||||| | ||||| || ||||  ||||||||||||||  | ||| | || |    
T  10588771 tcacaagataaatctgttgctatcaaggttctgaaccttaaaaagaagggagctgataagagttttattgccgaatgtaatgcactcaagaatgttagac 10588672  T
Q  308 atagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacct 407  Q
    || |||||||||  ||| |||| |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||   |    
T  10588671 atcgaaatttggccaagattttaacatgttgttctggtactgattataaaggtcaagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaatggaagttt 10588572  T
Q  408 agaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtatta 507  Q
    |||||||||||| |||||| | |   ||||| ||| |  || ||||| ||||||||||| |||  || | ||||||| | | || |||||||||| | ||    
T  10588571 agaacaatggcttcatccatggaatgtgaattcagagcatccaagaacgttggaccttgttcatagattaaatatcactatcgatattgcttctgcacta 10588472  T
Q  508 cattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  10588471 cattatcttcatcatgaatgtgagcaggtggtccttcattgtgatataaagccaagcaacgtccttcttgacgatgacatggttg 10588387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 171 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10741077 - 10740656
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||         |||||||||||||||     
T  10741077 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgtgacagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaagaagggagctcacaagagt 10740978  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||  ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||    
T  10740977 ttcattgttgaatgtaatgcactcaaaaatattagacaccgaaatttagttaagattttgacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaaactttta 10740878  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatca 470  Q
    | ||| | || ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||| | ||||  |  ||  | |||||||    || |||||  |||||||||| |||    
T  10740877 aagctcttgtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcttgagattttaaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtca 10740778  T
Q  471 acgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtc 570  Q
      || | || |||||    ||  | ||  ||| ||||||||| ||||| || |||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10740777 tagattaaacatcatgaacgatgtcgccactgcattacattatcttcaccaagaatgtgaacaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtc 10740678  T
Q  571 cttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  10740677 cttcttgatgatgacatggttg 10740656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 108 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 9836769 - 9836285
Alignment:
Q  108 ggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgca 207  Q
    |||||||||| |||| || || || ||||||||||  || || | ||||||  || ||| || ||||||||||||| | || |||||||||||| ||| |    
T  9836769 ggtttcataccaagaactacatcatggaactgatgagttctcagatagaaatttgattggatcaggaagttttggtaccgtatacaaaggaaatattgta 9836670  T
Q  208 tcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggc 307  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||         ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||  ||||||| || |    
T  9836669 tcacaagataaagttgttgctataaaggttctgaacctcaaaaagaagggagctcataagagttttattgctgaatgtaatgcactcaaaaatattagac 9836570  T
Q  308 atagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacct 407  Q
    || |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  ||||| ||||||  ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||| | |    
T  9836569 atcgaaatttggtcaaggttataacatgttgttctagtattgattataaaggtggagaatttaaagctttagtttttgattacatgaaaaatggaagctt 9836470  T
Q  408 agaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtatta 507  Q
    ||||||||||||  ||||  | | | || || ||| |  ||  ||||  ||| |||||| |||| |||| ||||||    |||| |||||||||| ||||    
T  9836469 agaacaatggctttatccctggacagtggattcagagtatcctagaacattgaaccttgttcaaagactaaatatctccattgatattgcttctgcatta 9836370  T
Q  508 cattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||| |||||  |||||||||    
T  9836369 cattatcttcattgtgaatgtgagcaagtggtcattcattgtgatatcaagccaagcaacatccttctcgatgataacatggttg 9836285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 130 - 592
Target Start/End: Original strand, 10564817 - 10565279
Alignment:
Q  130 caaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgcca 229  Q
    |||||||| ||||| || ||  |||||||| || | | || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||     
T  10564817 caaggaaccgatgggttctcaactagaaacttgataggatcaggaagttttggtcttgtgtacaaaggaaatcttgtgtcagaagataatgttgttgccg 10564916  T
Q  230 taaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggtttt 329  Q
    |||||||||||||||| |       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||  ||||||| |||||||||||    
T  10564917 taaaggtcctgaacctccaaaagaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactcaaaaatattcgacaccgaaatttagttaaggtttt 10565016  T
Q  330 gacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggt 429  Q
     || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| |||||||| || |||| | |||| |||||| | ||||| |      
T  10565017 aacctgttgttcaagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagctctggtttttgagtacatgaaaaatggaagcttagatcaatggttgcatcctgag 10565116  T
Q  430 ataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtg 529  Q
    ||  | |||||||     | || ||  |||||| ||| |||  || |  | || ||| | ||  ||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||    
T  10565117 attttaaatgcagaacccccaacaacattggactttgctcatagattatacattattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatagagaatgtg 10565216  T
Q  530 agcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||    
T  10565217 aagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttg 10565279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 103 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10717386 - 10716897
Alignment:
Q  103 gctagggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatc 202  Q
    |||| |||||||||  ||||| | |||| |||||| ||||| || || |  |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10717386 gctaaggtttcatatcaagacttacaccgaggaaccgatgggttctcagaaagaaacttgattggatcaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatc 10717287  T
Q  203 ttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatat 302  Q
    |||  |||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10717286 ttgtgtcagaagacaatgttgttgccgtaaaggtcttgaacctcaaaaagaagggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatat 10717187  T
Q  303 gaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacgga 402  Q
     || ||  ||||| | || ||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||    
T  10717186 cagacaccgaaatctagtgaagatattaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaaacttttaaagctctagtttttgattacatgaaaaatgga 10717087  T
Q  403 aacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctg 502  Q
    | | ||||||||||| | ||||  |  ||  | |||||||    || |||||  |||||||||| |||  || | || |||||  | ||  | ||  |||    
T  10717086 agcttagaacaatggttgcatcttgagattttaaatgcagatcatccaagaacattggaccttggtcatagattaaacatcatgatcgatgtcgccactg 10716987  T
Q  503 tattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
     ||||||||| ||||| || |||||||| |||    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10716986 cattacattatcttcaccaagaatgtgaacaattaatcattcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 10716897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 181 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 19606233 - 19605830
Alignment:
Q  181 ggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttg 280  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||        ||||||||||||||| || |||  ||    
T  19606233 ggttccgtgtataaaggaaatcttatgtcagaagataaagttattgctgttaaggtcctgaaccttgaaaagaagggagctcacaagagttttattactg 19606134  T
Q  281 aatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagt 380  Q
    |||||||||| ||  ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| || |||||||| ||||  ||| ||||||||| ||| || || ||| ||||    
T  19606133 aatgtaatgctctcaaaaatattagacatcgaaatttagttaagattttaacttgttgttctagtattgataacaaaggtctagaattcaaagctctagt 19606034  T
Q  381 gtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaat 480  Q
     ||||| |||||||  || |||| | ||||||||||| | ||||| || | |||||||||||    || |||||  ||| |  |||| ||| || | |||    
T  19606033 ttttgagtacatgagaaatggaagcttagaacaatggttgcatcccgggacaatgaatgcagatcatccaagaacattgaagtttgagcaaagattaaat 19605934  T
Q  481 atcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatg 580  Q
    ||| |||| ||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  19605933 atccttgtcgatgtttcttctgcattacattaccttcatcatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattgacg 19605834  T
Q  581 acga 584  Q
    ||||    
T  19605833 acga 19605830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 128 - 592
Target Start/End: Original strand, 10611498 - 10611962
Alignment:
Q  128 accaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgc 227  Q
    |||||||||| ||||| || || | ||||||| || | | || |||||||||||||  |||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||||||    
T  10611498 accaaggaaccgatgggttctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggtgatgtgtacagaggaaatcttgtgtcagaagacaatgttgttgc 10611597  T
Q  228 cataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggtt 327  Q
     ||||||||| | ||||| |        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||  ||||||| |||||| ||    
T  10611598 tataaaggtcttcaacctccaaaacaatggagctcacaagagtttcattgttgaatgtaatgcactaaaatttattagacaccgaaatttagttaagatt 10611697  T
Q  328 ttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatcc-- 425  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||| |||||||| || |||| | ||||||||||| | |||||      
T  10611698 ttaacatgttgttctagtacagattacaaaggtcaagaatttaaagccctagtttttgattacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatccca 10611797  T
Q  426 aggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaa 525  Q
    |||| |  | |||| || |  |  |  ||  ||||||||   |||  || | || |||||| | ||  ||| ||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  10611798 aggttt--taaatgaagagcatacagcaacattggacctcagtcatagattaaacatcattatggatgttggttctgcattacattatcttcataatgaa 10611895  T
Q  526 tgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||    
T  10611896 tgtgagcaattggtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttg 10611962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 109 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 11049097 - 11048614
Alignment:
Q  109 gtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcat 208  Q
    ||||||||| ||||  | || |||||||| |||||||| || | || |||| || ||| || |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||  |    
T  11049097 gtttcataccaagatttacatcaaggaaccgatggattctcagataaaaacttgattggatcaggaggtttcggttctgtgtacagaggaaatcttgtgt 11048998  T
Q  209 cagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggca 308  Q
    | |||| ||| ||||||||  | || ||| | ||||| |        ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || || ||    
T  11048997 cggaaggtaatgttgttgctgtgaaagtcttcaacctccaaaacaatggagctagcaagagtttcattgttgaatgtaatgcactcaaaaacattagaca 11048898  T
Q  309 tagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaaccta 408  Q
      |||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||  |||| ||||| |||||||| || |||| | ||    
T  11048897 ccgaaacttagttaaggttttaacctgttgttctagtacagattacaaaggtgaagaatttaaagcactagtttttgattacatgaaaaatggaagctta 11048798  T
Q  409 gaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattac 508  Q
    ||||||||| ||||||| |  ||  | ||| ||| |  || || ||  |||||||||| | |  |  | || |||||| | ||  ||||||||| |||||    
T  11048797 gaacaatggttacatcctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtgataggttaaacatcattatcgatgttgcttctgcattac 11048698  T
Q  509 attaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  11048697 attatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttg 11048614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 171 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10747393 - 10746972
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||| |||| | ||||||| |||| ||||| |||||||       |||||||||||||||     
T  10747393 aggaagttttggttcagtgtacaaaggaaatcttgtgtccgaaaataatgctgttgccgtaaaagtcctaaaccttcaaaagaagggagctcacaagagt 10747294  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | || || || ||  ||||||| |||||| |||| || |||||||| ||||  |||||||||| ||| |||||||    
T  10747293 ttcattgttgaatgtaatgtactcaagaacattagacaccgaaatttagttaagattttaacgtgttgttctagtatagattacaaagttcaggagttta 10747194  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatca 470  Q
    | ||| |||| ||| | ||||| || || |||| | ||||||||||| | ||||| |   |  | |||| || |  || || || ||| |||||||  ||    
T  10747193 aagctctagttttttattacataaaaaatggaagcttagaacaatggttgcatcctgagtttttaaatgaagagcatccaaaaacgttagaccttggcca 10747094  T
Q  471 acgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtc 570  Q
      || | || |||||| | ||  |||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  10747093 cagattaaacatcattatcgatgttgcttcaacattacattatcttcaccaagaatgtgagcaattagtcattcactgtgatctcaagccaagcaatgtc 10746994  T
Q  571 cttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  10746993 cttcttgatgatgacatggttg 10746972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 109 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 10217189 - 10216706
Alignment:
Q  109 gtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcat 208  Q
    ||||||||| ||||| | || |||||||||||||| || || | || |||| || ||| || |||||||||||||| |||||| |  || |||||||  |    
T  10217189 gtttcataccaagacttacatcaaggaactgatgggttctcggataaaaacttgattggatcaggaagttttggttgtgtgtatagcgggaatcttgtgt 10217090  T
Q  209 cagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggca 308  Q
    |||||| ||| ||||||||  | |||||||| ||||| |        ||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||  |||| || || ||    
T  10217089 cagaagttaatgttgttgctgtgaaggtcctaaacctccaaaagaatggagctagcaagagttttattgttgaatgtaatgcactcaaaaacattagaca 10216990  T
Q  309 tagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaaccta 408  Q
      |||| |  ||||||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||| | |||||||| || |||| | ||    
T  10216989 ccgaaactcagttaaggttttaacatgttgttctagtacaaactacaaaggtcaagaatttaaagctctagttttttattacatgaaaaatggaagctta 10216890  T
Q  409 gaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattac 508  Q
    ||||||||| | ||||| |  ||  | ||| ||| |  || || ||  |||||||||| |||  |  | || |||||| | ||  ||||||| | |||||    
T  10216889 gaacaatggttgcatcctgagattttaaattcagagcatccaaaaacattggaccttggtcataggttaaacatcattatcgatgttgcttcggcattac 10216790  T
Q  509 attaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||    
T  10216789 attatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagcaatgttcttctgaatgatgacatggttg 10216706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 108 - 417
Target Start/End: Original strand, 10580759 - 10581081
Alignment:
Q  108 ggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgca 207  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| || || | ||||||| || | |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  10580759 ggtttcatacaaagacttacacaaaggaactgatgggttctcggatagaaacatgatcgggtcaggaagttttggttccgtgtacaaaggaaatcttgtg 10580858  T
Q  208 tcagaagataaagttgttgc------------ca-taaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcacta 294  Q
    ||||||||||| ||||||||            || |||||||| ||||||| |        |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  10580859 tcagaagataatgttgttgcataatgttgttgcagtaaaggtcttgaacctccaaaagaaaggagctcacaagagttttattgttgaatgtaatgcactc 10580958  T
Q  295 taaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatga 394  Q
     ||||||| || ||   |||||| || |||||| | ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||    
T  10580959 aaaaatattagacaccaaaatttagtcaaggttctaacatgttgttctagtacaaattacaaaggccaagaatttaaagctttagttttttattacatga 10581058  T
Q  395 acaacggaaacctagaacaatgg 417  Q
    | || |||| | |||||||||||    
T  10581059 aaaatggaagcttagaacaatgg 10581081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 210 - 393
Target Start/End: Original strand, 9824970 - 9825153
Alignment:
Q  210 agaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcat 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||        ||||||||||||||| || |||   |||||||||| |||  ||||||| || |||    
T  9824970 agaagataaagttattgccataaaggtcttgaactttgaaaagaagggagctcacaagagttttattaccgaatgtaatgaactcaaaaatattagacat 9825069  T
Q  310 agaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatg 393  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| || || ||| |||| ||||| ||||||    
T  9825070 cgaaatttggttaagattttaacatgtttttctagtatcgattacaaagggcaagaattcaaagctctagtttttgagtacatg 9825153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 255 - 359
Target Start/End: Original strand, 10550699 - 10550803
Alignment:
Q  255 gggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattac 354  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | |||||  ||||||| |||||||| || || ||||||    
T  10550699 gggagttcacaagagtttcattgctgaatgtaatgcactaaaaaatattaggcacagaaatctagttaaaattttgacttgttgttccagcacagattac 10550798  T
Q  355 aaagg 359  Q
    |||||    
T  10550799 aaagg 10550803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 494 - 563
Target Start/End: Original strand, 10581157 - 10581226
Alignment:
Q  494 ttgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaag 563  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10581157 ttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcgttgtgatctaaagccaag 10581226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 9851100 - 9850891
Alignment:
Q  151 gctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnn 250  Q
    ||||||||| || ||| |||| || | |||||||||||||| ||||||| || ||    |||||||||| || || ||||||||||| ||||||||        
T  9851100 gctagaaacttgattggattaagaggctttggttctgtgtataaaggaattcctgtcagagaagataaaattatttccataaaggtcttgaaccttgaaa 9851001  T
Q  251 nnnn--gggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtacc 348  Q
          ||||| ||||||||| || |||   ||||||||||| ||  ||||||| || ||| |||||||||||||| |||| || | |||||| |||| |    
T  9851000 aaaaaagggagttcacaagagttttattacggaatgtaatgccctc-aaaatattagacatcgaaatttggttaagattttaacttcttgttctagtatc 9850902  T
Q  349 gattacaaagg 359  Q
    |||||||||||    
T  9850901 gattacaaagg 9850891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 101; Significance: 9e-50; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 171 - 592
Target Start/End: Original strand, 12948475 - 12948896
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||  ||||||||||| ||||||||  |||| ||| ||||||| |       |||||||||||||||     
T  12948475 aggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcagtaaaagtcttgaacctccagaaaaagggagctcacaagagt 12948574  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  || ||||||| ||||| ||||    
T  12948575 ttcattgttgaatgtaatgcactaaaaaatattagacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaataacaaaggccaagaattta 12948674  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatca 470  Q
    | ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||| ||| ||||||| |  |   ||||||||     || || ||  ||| |||||  ||     
T  12948675 aagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttcgtcg 12948774  T
Q  471 acgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtc 570  Q
      || | || |||||| | ||  ||||||||| ||||||||| |||||||   |||||||||||   ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12948775 tagattaaacatcattatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgataatgtgagcaattagtccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtc 12948874  T
Q  571 cttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  12948875 cttcttgatgatgacatggttg 12948896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 171 - 425
Target Start/End: Original strand, 12907021 - 12907275
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| |       ||| |||||||| ||     
T  12907021 aggaagttttggttccgtatacaaaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcagtaaaggtcttgaacctccaaacaaagggcgctcacaaaagt 12907120  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||    
T  12907121 ttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacacagaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaattta 12907220  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatcc 425  Q
    | ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||| ||| |||||||    
T  12907221 aagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcc 12907275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 171 - 592
Target Start/End: Original strand, 12932110 - 12932531
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| | |  ||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| || |       |||||||||||||||     
T  12932110 aggaagttttggttccgtttacaaaggaaatatagtgtcagaagataatgttgttgcagtaaaggtcttgaatctgcaaaaaaagggagctcacaagagt 12932209  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||    
T  12932210 ttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaattta 12932309  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatca 470  Q
    | ||  |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||| ||| ||||||| |  |   ||||||||     || || ||  ||| |||||| |||    
T  12932310 aagcactagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtca 12932409  T
Q  471 acgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtc 570  Q
      || | || |||||  | ||  ||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||     || |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12932410 tagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattgcattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtc 12932509  T
Q  571 cttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  12932510 cttcttgatgatgacatggttg 12932531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 132 - 592
Target Start/End: Original strand, 12899362 - 12899822
Alignment:
Q  132 aggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccata 231  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||| || | | || ||||||||||||||| || |||| ||||||| | |  ||||||||||| ||||||||  ||    
T  12899362 aggaaccgatggattctcagatagaaacttgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaatatagtttcagaagataatgttgttgcagta 12899461  T
Q  232 aaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttga 331  Q
    |||||| |||| || |       ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||| ||  | ||  ||||||||||||||||||| |    
T  12899462 aaggtcttgaatctgcaaaaaaagggtgctcacaagagtttcattttagaatgtaatgcactcaaaaacattcgacaccgaaatttggttaaggttttaa 12899561  T
Q  332 catgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtat 431  Q
    |||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||||||| ||||||| |  |     
T  12899562 catgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttagaacaatggttacatcccgagac 12899661  T
Q  432 aatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgag 531  Q
      ||||||||     || || ||  ||| |||||| |||  || | || |||||  | ||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||    
T  12899662 tttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgag 12899761  T
Q  532 caagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    |||   ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12899762 caattagtctttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 12899822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 171 - 592
Target Start/End: Original strand, 12957909 - 12958330
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagc 270  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| |       |||||||||||||||     
T  12957909 aggaagttttggttccgtatacagaggaaatattgtttcagaagataatgttgttgcaataaaagtcttgaacctccagaaaaagggagctcacaagagt 12958008  T
Q  271 ttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagttta 370  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||    
T  12958009 ttcattgttgaatgtaacgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttagggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaattta 12958108  T
Q  371 aggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatca 470  Q
    | ||| |||| |||||||||||| | || |||| | ||||||| ||| |||||||    ||  |||||||  |   || || ||  ||| |||||| |||    
T  12958109 aagctctagtttttgaatacatggaaaatggaagcttagaacagtggttacatcctcaaattttgaatgcgagtcctccaacaacattgaaccttggtca 12958208  T
Q  471 acgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtc 570  Q
      || | || |||||  | ||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||     || |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12958209 tagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcactgtgatctaaagccaagcaatgtc 12958308  T
Q  571 cttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||  ||||||||||    
T  12958309 cttcttgatggtgacatggttg 12958330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 494 - 592
Target Start/End: Original strand, 12907344 - 12907442
Alignment:
Q  494 ttgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||     || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12907344 ttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatcctccattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 12907442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 103 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 17923849 - 17923360
Alignment:
Q  103 gctagggtttcatacaaagaccttcaccaaggaactgatggattttctgctagaaacctggttgcattaggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatc 202  Q
    |||| |||||||||| ||||  | |||  |||||| |||||||| || | ||||||| || | | || ||||||||||||||| || |||| |||||||     
T  17923849 gctaaggtttcataccaagaattacacgtaggaaccgatggattctcagatagaaacatgatcggatcaggaagttttggttccgtatacagaggaaata 17923750  T
Q  203 ttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatat 302  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||  | || ||| ||||||| |       ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||  |||||||    
T  17923749 ttgtttcagaagataatgttgttgcagttaaagtcttgaacctccataaaaagggagctcacaagagtttcgttgttgaatgtaacgcactcaaaaatat 17923650  T
Q  303 gaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacgga 402  Q
     || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| || |||    
T  17923649 tagacaccgaaatttggttaaggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatgga 17923550  T
Q  403 aacctagaacaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctg 502  Q
    | | ||||||| ||| ||||||| |  |   ||||||||     || || ||  ||| |||||| |||  || | || |||||  | ||  |||||||||    
T  17923549 agcttagaacagtggttacatcctgagactttgaatgcaaatcctccaacaacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctg 17923450  T
Q  503 tattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
     ||| |||||||||||||  |||||||||||     || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17923449 cattgcattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 17923360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 311 - 592
Target Start/End: Original strand, 7264 - 7545
Alignment:
Q  311 gaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaaacctaga 410  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||    
T  7264 gaaatttggttagggttttaacatgttgttctagcacaaattacaaaggtcaagaatttaaagctctagtttttgaatacatgaaaaatggaagcttaga 7363  T
Q  411 acaatggctacatccaggtataatgaatgcagggattcaaagaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacat 510  Q
    ||| ||| ||||||| |  |   ||||||||     || || ||  ||| |||||| |||  || | || |||||  | ||  ||||||||| |||||||    
T  7364 acagtggttacatcctgagactttgaatgcaaatcctccaataacattgaaccttggtcatagattaaacatcatcatcgatgttgcttctgcattacat 7463  T
Q  511 taccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    || |||||||  ||||||||||||    |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7464 taacttcatcgagaatgtgagcaattaatacttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttg 7545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 478 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 31467233 - 31467130
Alignment:
Q  478 aatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttg 577  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| || || || |||||||    
T  31467233 aatattattattgacgttgcttcggcatttcattatcttcatcatgaatgtcagcaacctgtcattcattgtgatttaaagcctagcaacgttcttcttg 31467134  T
Q  578 atga 581  Q
    ||||    
T  31467133 atga 31467130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 31467455 - 31467308
Alignment:
Q  256 ggagctcacaagagcttcattgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattaca 355  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||  ||||||| || ||  |||||||||||||| |||| ||| | ||||| ||||| |||| ||    
T  31467455 ggagctcacaagagtttccttgctgaatgcaatgcactcaaaaatattagacaccgaaatttggttaagattttaacaagctgttccagtacagatttca 31467356  T
Q  356 aaggtcaagagtttaaggctttagtgtttgaatacatgaacaacggaa 403  Q
    ||| |||||| ||||| ||| | || || || |||||||| |||||||    
T  31467355 aagatcaagaatttaaagctcttgttttcgagtacatgaaaaacggaa 31467308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 176 - 393
Target Start/End: Original strand, 28605462 - 28605679
Alignment:
Q  176 gttttggttctgtgtacaaaggaaatcttgcatcagaagataaagttgttgccataaaggtcctgaaccttcnnnnnnngggagctcacaagagcttcat 275  Q
    ||||||| | ||| || ||||||| |||||  |||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||       |||||| |||||||| |||||    
T  28605462 gttttggatttgtatataaaggaattcttgagtcagaagaaagagttgttgctataaaggtcttgaaccttcaagtcaggggagcgcacaagagtttcat 28605561  T
Q  276 tgttgaatgtaatgcactataaaatatgaggcatagaaatttggttaaggttttgacatgttgttcgagtaccgattacaaaggtcaagagtttaaggct 375  Q
     | |||||| ||||||||  ||| |||  | ||||| ||| | || ||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||| | || || || |||    
T  28605562 cgctgaatgcaatgcactcaaaagtatccgtcataggaatcttgtcaagattttaacatgttgttcaagtatggattacaatggtaatgaattcaaagct 28605661  T
Q  376 ttagtgtttgaatacatg 393  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  28605662 ttagtttttgagtacatg 28605679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 542 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 39875899 - 39875849
Alignment:
Q  542 ttcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  39875899 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttg 39875849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 542 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 39884022 - 39883972
Alignment:
Q  542 ttcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  39884022 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttg 39883972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 542 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 39890976 - 39890926
Alignment:
Q  542 ttcattgtgatctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttg 592  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  39890976 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatgacatggttg 39890926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 204
Target Start/End: Original strand, 24661855 - 24661888
Alignment:
Q  171 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaaatctt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24661855 aggaagttttggttctgtgtacaaaggaactctt 24661888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University