View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19380_high_1 (Length: 779)

Name: NF19380_high_1
Description: NF19380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19380_high_1
NF19380_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-763)||(33300261-33301021)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 763
Target Start/End: Original strand, 33300261 - 33301021
Alignment:
Q  3 ggtagattatcctgtatcatatgtgttctatagttcatgttttattattgacatagcatgtaacctaatccacttggttgattccacatcaaaaagtttt 102  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33300261 ggtacattattctgaatcatatgtgttctatagttcatgttttattattgacatagcatgtaacctaatccacttggttgattccacatcaaaaagtttt 33300360  T
Q  103 atgtcacaagaatgaaaaacttgatacatcaccacttttgggtctaaaaatatgaactagacaacaaaaaactagattttaaattaatagaggaccaact 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33300361 atgtcacaagaatgaaaaacttgacacatcaccactttcgggtctaaaaatatgaactagacaacaaaaaactagattttaaattaatagaggaccaacc 33300460  T
Q  203 ccgttagtaattaaaaataggcggaccgaaactgcaattaaagttttttctaaagaaacgttgcaacaatgattttattacatgatataaaagtaaaact 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33300461 ccgttagtaattaaaaataggcggaccgaaactgcaattaaatttttttctaaagaaacgttgcaacaatgattttattacatgatataaaagtaaaatt 33300560  T
Q  303 cattgattttgacaggaaaaagctagctttctttgctggagaagtgaattcgccggtacggataaatctcgtggagacatggaaaaatgatagagaaatc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33300561 cattgattttgacaggaaaaagctagctttctttgctggagaagtgaattcgccggtacggataaatcttgtggagacatggaaaaatgatacagaaatc 33300660  T
Q  403 tttgttcacaatggaagactaaaaacaccatatggtgatgagttattaggaagcaagttctgttttcatgttagaggctatgaagtgaacacagcacgta 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33300661 tttgttcacaatggaagactaaaaacaccatatggtgatgagttattaggaagcaagttctgttttcatgttagaggctatgaagtgaacacagcacgta 33300760  T
Q  503 ttggagattcattatactatggttgtgttccagtgatcattgccaactattatgaccttccatttgaagatgtgttgaattggaagagcttttctgttgt 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33300761 ttggagattcattatactatggttgtgttccagtgatcattgccaactattatgaccttccatttgcagatgtgttgaattggaagagcttttctgttgt 33300860  T
Q  603 tgttactactttagatatacctttattgaaaaagattctgaaaggtatagtaaattctggtgagtatttgatgctacagaagaatgtgttgaaggtgagg 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33300861 tgttactactttagatatacctttattgaaaaagattctgaaaggtatagtaaattctggtgagtatttgatgctacagaagaatgtgttgaaagtgagg 33300960  T
Q  703 gagcattttcagtggcattcacctcccattgactttgatgcattctacatggttatgtatg 763  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33300961 gagcattttcagtggcattcacctcccattgactttgatgcattctacatggttatgtatg 33301021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University