View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19381_low_16 (Length: 442)

Name: NF19381_low_16
Description: NF19381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19381_low_16
NF19381_low_16
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-442)||(11485968-11486394)
chr8 (137-437)||(44956392-44956692)
chr8 (17-111)||(44956730-44956824)
[»] chr3 (53 HSPs)
chr3 (136-419)||(10678491-10678774)
chr3 (17-377)||(13853458-13853815)
chr3 (135-417)||(10501638-10501920)
chr3 (17-416)||(10127862-10128258)
chr3 (17-416)||(10032937-10033333)
chr3 (148-417)||(10664591-10664860)
chr3 (137-417)||(9850793-9851073)
chr3 (137-417)||(10261752-10262032)
chr3 (137-416)||(9839915-9840194)
chr3 (137-417)||(10581664-10581944)
chr3 (137-390)||(10185293-10185546)
chr3 (178-416)||(10362534-10362772)
chr3 (28-417)||(11780717-11781106)
chr3 (137-417)||(10374580-10374860)
chr3 (148-417)||(10089855-10090124)
chr3 (151-417)||(11770302-11770568)
chr3 (148-417)||(10196738-10197007)
chr3 (148-390)||(10078331-10078576)
chr3 (17-417)||(10432779-10433179)
chr3 (148-415)||(10518550-10518817)
chr3 (22-275)||(10528297-10528547)
chr3 (286-419)||(10529851-10529984)
chr3 (238-417)||(10078565-10078744)
chr3 (10-345)||(11158824-11159156)
chr3 (238-417)||(10185535-10185714)
chr3 (10-345)||(8862216-8862548)
chr3 (180-345)||(10890403-10890568)
chr3 (148-345)||(11147661-11147858)
chr3 (18-345)||(11245430-11245752)
chr3 (150-345)||(11129836-11130031)
chr3 (13-111)||(10501504-10501602)
chr3 (3-111)||(13345009-13345117)
chr3 (17-107)||(11130068-11130158)
chr3 (22-111)||(10672621-10672710)
chr3 (17-97)||(10518419-10518499)
chr3 (47-109)||(10374888-10374950)
chr3 (17-102)||(10261632-10261717)
chr3 (17-105)||(10362845-10362933)
chr3 (17-105)||(10664460-10664548)
chr3 (3-111)||(13161900-13162008)
chr3 (3-111)||(13333824-13333932)
chr3 (17-107)||(10890243-10890333)
chr3 (37-345)||(13396446-13396748)
chr3 (17-105)||(9839795-9839883)
chr3 (17-105)||(9850673-9850761)
chr3 (17-105)||(10089724-10089812)
chr3 (17-105)||(10196607-10196695)
chr3 (17-105)||(11770168-11770256)
chr3 (17-105)||(10581544-10581632)
chr3 (17-107)||(10078203-10078293)
chr3 (17-107)||(10185176-10185266)
chr3 (10-108)||(11147895-11147993)
chr3 (19-108)||(13171967-13172056)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-417)||(17851661-17852062)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (159-415)||(26907964-26908220)
chr2 (17-109)||(26907828-26907920)
[»] scaffold0083 (4 HSPs)
scaffold0083 (137-417)||(56337-56617)
scaffold0083 (137-417)||(57146-57426)
scaffold0083 (17-105)||(56649-56737)
scaffold0083 (17-105)||(57458-57546)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (149-442)||(29837706-29837999)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (22-345)||(31678540-31678860)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-112)||(826844-826934)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (3-111)||(144980-145088)
scaffold0002 (3-111)||(153285-153393)
scaffold0002 (19-108)||(134932-135021)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 442
Target Start/End: Original strand, 11485968 - 11486394
Alignment:
Q  13 aatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11485968 aatattcgtcatttgtcatataatcaagaagtgcgtgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattg 11486067  T
Q  113 atttctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatac 212  Q
    |||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11486068 atttctcggattttaata---ttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatac 11486164  T
Q  213 aaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  11486165 aaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcggtagcttgcctgatacaatatgc 11486264  T
Q  313 aacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgata 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11486265 aacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgtcagtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttacgtcaccttgata 11486364  T
Q  413 taagttctacggatataaaggagttgccaa 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11486365 taagttctacggatataaaggagttgccaa 11486394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 137 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 44956692 - 44956392
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||   ||||||| ||||||   |||| |||||||  | | |||||||||||    
T  44956692 acttatccctcaaggtggttgatgatttgatacccacactcaaaaggttgcgcatgttatcactatcagcttatagaaacatcaccaaactaccagattc 44956593  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||  || |  |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| || ||||| ||    
T  44956592 aattggaaatttggtgcatttgcggtatccggatctctcctttacaagaatcaaaagcttgcctgataccacatgtaacctttacaatctggaaaccctg 44956493  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagttctacggatataaaggagt 436  Q
     |||||      |||||   ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| |   || |||||||||||||    
T  44956492 attttagttgattgttgcaatctcactgaattgccagtgaatatgggaaatttaataaatttacgtcatcttgatataattggaactgatataaaggagt 44956393  T
Q  437 t 437  Q
    |    
T  44956392 t 44956392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 44956824 - 44956730
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccatt 111  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  44956824 ttcgccatttgtcatataaccaagaagagtatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatccttgcgaagcttcttacccatt 44956730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 53)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 136 - 419
Target Start/End: Original strand, 10678491 - 10678774
Alignment:
Q  136 cacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagatt 235  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||||| ||||    
T  10678491 cacttatccaccaaggtagtcgatgatttgctaccaacactcaaaaggttgcgtgtgttatcgctgtcaaagtatacaaatatcaccaagctacctgatt 10678590  T
Q  236 caattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaacctt 335  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||| || ||    
T  10678591 caattggcaatttggtgcagttgcggtatctagatctctctttcactgaaatcaaaagcttgcctgatacatcatgtaacctttataatttgcagacttt 10678690  T
Q  336 gcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagttc 419  Q
    | |||||||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10678691 gattttatcaagctgtaggaatctcactgaattaccagtacatatgggaaatttaatcaatttatgtcaccttgatataagttc 10678774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 13853815 - 13853458
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgattt 116  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||  |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  13853815 ttcgtcatttctcatataaccaagaagtgtatgacattttcagaaagtttgagaaaatctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattaatta 13853716  T
Q  117 ctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaac 216  Q
       |  |||| | |||  || ||||||||  ||||||||||   |||| |||||||||||||| | ||||| ||| ||||| || |||||||||||||||    
T  13853715 taagagttttcacaat--tc-cttatccataaaggtggttgacaatttcctaccaacactcaacatgttgcgtgtattatcactttcaaagtatacaaac 13853619  T
Q  217 atcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacc 316  Q
    |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13853618 atcaccaagctaccagatacaattggcaatttagtgcaactgcggtatctagatctctcctatactgaaatcaaaagcttgcatgatacaatatgtaacc 13853519  T
Q  317 tttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtaca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||    
T  13853518 tttacaatttgcaaaccttgattttatcaagttgtgagggtctcactgaattgccagtaca 13853458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 135 - 417
Target Start/End: Original strand, 10501638 - 10501920
Alignment:
Q  135 tcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagat 234  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||    
T  10501638 tcacttatccatgaaggtggttgatgatttgctaccaaaactcaaaaggttgcgtgtgttatcgctatccaagtatacaaacatcaccaagctaccagat 10501737  T
Q  235 tcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaacct 334  Q
    ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  10501738 tcaattggcaatttggtgcaaatgaggtatctagatctctccttaactagaatcaaaagcttgcctgatacgatatgcaacctttttaatttgcaaacct 10501837  T
Q  335 tgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
    |  ||||||   | |||||   |||   |||||||||||   ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  10501838 ttattttatttggttgttgcgatctttgtgaattgccagcgaatatgggaaatttaatcaatttacatcaccttgatataagt 10501920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Original strand, 10127862 - 10128258
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgattt 116  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |       
T  10127862 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatgaagtttgagaaattatacaatttcaaatgcttgcgaagctttctatccattaacac 10127961  T
Q  117 ctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaac 216  Q
      || |   ||| ||| |   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||| ||| ||||| ||||||  |||||  |||    
T  10127962 gacgaacaattacaattt---cttatcctccaaggtggttgatgatttgctaccatcacaaaaacggttgcgtgttttatcactatcatggtatatgaac 10128058  T
Q  217 atcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacc 316  Q
    |||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10128059 atcaccaagctaccagattcaattggaaatttggtgcagttacggtatctagatatctcctgcactaaaatcaaaagcttgcctgatacaacatgtaacc 10128158  T
Q  317 tttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataag 416  Q
    |||||||||| || ||||||  ||||||| | |||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |  ||| ||||||||||||||||    
T  10128159 tttacaatttacagaccttgaatttatcacgttgttcgagtctcactgaattaccagtacatattggaaatttagtaagtttacgtcaccttgatataag 10128258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Original strand, 10032937 - 10033333
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgattt 116  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |       
T  10032937 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatgaagtttgagaaattatacaatttcaaatgcttgcgaagctttctatccattaacac 10033036  T
Q  117 ctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaac 216  Q
       | |   ||| ||| |   ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||| ||| ||||| ||||||  ||||| ||||    
T  10033037 gatgaacaattacaattt---cttatcctccaaggtggttgatgatttgctaccatcacaaaaacggttgcgtgttttatcactatcatggtatataaac 10033133  T
Q  217 atcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacc 316  Q
    |||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||| || ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10033134 atcaccaagctaccagattcaattggaaatttggtgcagttacggtatctacatatctcctcgagtaaaatcaaaagcttgcctgatacaacatgtaacc 10033233  T
Q  317 tttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataag 416  Q
    |||||||||| || ||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |  ||| ||||||||||||||||    
T  10033234 tttacaatttacagaccttgaatttatcacgttgttggagtctcactgaattaccagtacatattggaaatttagtaagtttacgtcaccttgatataag 10033333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 148 - 417
Target Start/End: Original strand, 10664591 - 10664860
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatt 247  Q
    |||||| ||| |||||||||| || |||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||  | | ||||||||| ||||||||||||    
T  10664591 aaggtgcttgatgatttgctatcatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatctctatcaaagtatgtaaacatcaccaaactaccagatacaattggcaatt 10664690  T
Q  248 tggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaag 347  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  10664691 tagtgcaattgcggtatctagatatctctttcactaaaatcgaaagcttgcctgatacaacatgtaacctttacaatttgcagaccttgaatttatcaag 10664790  T
Q  348 atgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||    
T  10664791 ttgtgggagtctcactgaattgccagtacatattggaaatttagtcaatttacgtcagcttgatataagt 10664860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Original strand, 9850793 - 9851073
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  9850793 acttatccttcaaggtggttaatgatttgctaccatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcactatcgaggtataaaaacatcatcaagctacctgattc 9850892  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| | ||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9850893 aattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctcattcactggaatcaaaagcttgcctgatacaatatgtaacctttacaatttgcagaccttg 9850992  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
      ||||||| | ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||    
T  9850993 aatttatcaggttgtaggagtctcactgaattgccagtgcatattggaaatttagtcaatttacatcaccttgatataagt 9851073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Original strand, 10261752 - 10262032
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  10261752 acttatccttcaaggtggttaatgatttgctaccatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcactatcaaggtataaaaacatcatcaagctaccagattc 10261851  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| |||||||||||  |||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  10261852 aattggaaatttggtgcagctgcgttatctagatatctccttcactaaaatcaaaagcttgcctgatacaacatgtagcctttacaatttgcagaccttg 10261951  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
      ||||||||| |||    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||    
T  10261952 aatttatcaaggtgtgacagtcttactgaattgccaatacatattggaaatttagtcggcttacgtcaccttgatataagt 10262032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 137 - 416
Target Start/End: Original strand, 9839915 - 9840194
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  9839915 acttatccttcaaggtggttaatgatttgctaccatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcactatcgaggtataaaaacatcatcaagctacctgattc 9840014  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9840015 aattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctccttcactagaatcaaaagcttgcctgatacaatatgtaacctttacaatttgcagaccttg 9840114  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataag 416  Q
      ||||||||| |||    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||  |||| ||||||||||||||||    
T  9840115 aatttatcaaggtgtaacagtcttactgaattgccagtacatattggaaatttggtcggcttacgtcaccttgatataag 9840194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Original strand, 10581664 - 10581944
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||| ||| |||||| |||||  |||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||  |||||||  | |||||||||||||    
T  10581664 acttatccttcaaggtgattgatgattttctaccgtcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcgctatcagggtatcaaaacatcaccaagctaccagattc 10581763  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  10581764 aattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctccttcactaacatcgaaagcttgcctgatacaatatgtaacctttacaatttacagaccttg 10581863  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
      ||||||||  |  ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  10581864 aatttatcaaactactggagtctcactgaattgccaatacatattggaaatttagtcaatttacgtcaccttgatataagt 10581944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 390
Target Start/End: Original strand, 10185293 - 10185546
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||| ||| |    
T  10185293 acttatccttcaaggtggttgatgatttgataccatcactcaaaaggttgcgcgtgttatctctatcaaagtataaaaacatcaccaagctacctgatac 10185392  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||  |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  10185393 aattggcaagttagtgcaattgcgatatctagatctctcattcactgaaattgaaagcttgcctgatgcaacatgtaacctttacaatttgcagaccttg 10185492  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaattta 390  Q
     |||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10185493 attttatcaagttgtgagggtctcactaaattgccagtacatattggaaattta 10185546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 178 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 10362772 - 10362534
Alignment:
Q  178 aaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcct 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  ||||  |||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  10362772 aaaaggttgcgtgtgttatcgctatcagggtatgtaaacatcaccaagctaccagattcaattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctcct 10362673  T
Q  278 ccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtaca 377  Q
     || ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10362672 tcagtaaaatcaaaagcttgcctgatacaacatgtaacctttacaatttacagaccttgaatttatcaagttgttggagtctcactgaattaccagtaca 10362573  T
Q  378 tatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataag 416  Q
    ||| ||||||||| | |  ||| ||||||||||||||||    
T  10362572 tattggaaatttagtaagtttacgtcaccttgatataag 10362534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11781106 - 11780717
Alignment:
Q  28 tcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgatttctcggattttt 127  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||| |||| || ||||  |||||||||||||||||||||||| ||| | | | | |    |       
T  11781106 tcatataaccaagaataccatgacattttcattaagtttgagaaattatacagcttcaaatgcttgcgaagcttcctatccacttactccacaatgtaca 11781007  T
Q  128 ataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagct 227  Q
    || |   | ||||||||   |||||||||| |||||| |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||  | ||||    
T  11781006 attacaattacttatccttaaaggtggttgatgatttcctaccatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatccctatcaaggtataaaaacatcaccaagct 11780907  T
Q  228 accagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttg 327  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||     
T  11780906 accagattcaattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctccttcactaaaatcaaaagattgcctgatacaacatataagctttacaattta 11780807  T
Q  328 caaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
    ||||||||| |||||||||| |||  | |||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||   || |||| ||||||||||||    
T  11780806 caaaccttgattttatcaagttgtgagagtctcattgaattgccagtacaaattggaaatttagtcagtctacgtcaacttgatataagt 11780717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 10374860 - 10374580
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| |||| ||| |||  |||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||    |  ||||||||||    
T  10374860 acttatccttcaaggtggttgatgatctgctcccatcacaaaaaaggctgcgtgtgttatcactatcgaggtatacaaacatcactaaattaccagattc 10374761  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| || || ||||||    
T  10374760 aattggcaatttggtgcaattgcggtatctagatatctccttcactaacatcaaaagcttgcctgatacaacatgtagcctttacaacttacagaccttg 10374661  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
     |||||||||| |||    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  10374660 attttatcaaggtgtgacagtcttactgaattgccagtacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 10374580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 148 - 417
Target Start/End: Original strand, 10089855 - 10090124
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatt 247  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||| ||||||  |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||    
T  10089855 aaggtggttgatgatttgctaccatcacaaaaaaggttgcgtctgttatcactatcagggtatgcaaacatcaccaagctaccagattcaattgggaatt 10089954  T
Q  248 tggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaag 347  Q
    ||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||   ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||||     
T  10089955 tggtgctgttgcggtatctagatatctccttcactggaatcgaaagcttacctgatacaatatgtaacctttacaatttacagaccttgaatttatcaaa 10090054  T
Q  348 atgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
     || ||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  10090055 ctgctggagtctcactgaattaccaatacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 10090124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 151 - 417
Target Start/End: Original strand, 11770302 - 11770568
Alignment:
Q  151 gtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttgg 250  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11770302 gtggttgatgatttcctaccatcacaaaaaaggttgcgtgtgttatccctatcaaggtataaaaacatcaccaagctaccagattcaattggaaatttgg 11770401  T
Q  251 tgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatg 350  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||  ||  || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  11770402 tgcagttgcggtatctagatatctccttcactaaaatcaaaagtttgcctgattcatcatataagctttacaatttacaaaccttgattttatcaagttg 11770501  T
Q  351 ttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
    |  | |||||  ||||||||||||||| || ||||||||| |||   || |||||||||||||||||    
T  11770502 tgagagtctcgttgaattgccagtacaaattggaaatttagtcagtctacgtcaccttgatataagt 11770568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 148 - 417
Target Start/End: Original strand, 10196738 - 10197007
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatt 247  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||| ||||||  |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||    
T  10196738 aaggtggttgatgatttgctaccatcacaaaaaaggttgcgtctgttatcactatcagggtatgcaaacatcaccaagctaccagattcaattgggaatt 10196837  T
Q  248 tggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaag 347  Q
    |||||   ||||| ||||||||| |||||| ||||   ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||||     
T  10196838 tggtgttgttgcggtatctagatatctccttcactggaatcgaaagcttacctgatacaatatgtaacctttacaatttacagaccttgaatttatcaaa 10196937  T
Q  348 atgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
     || ||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  10196938 ttgctggagtctcactgaattaccaatacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 10197007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 148 - 390
Target Start/End: Original strand, 10078331 - 10078576
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagatt---caattggca 244  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||| |||    |||||||||    
T  10078331 aaggtagttgatgatttgctaccatcactcaaaaggttgcgcgtgttatctctatcaaagtataaaaacatcaccaagctacctgatgatacaattggca 10078430  T
Q  245 atttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatc 344  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||||| | |||| | ||  ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10078431 agttagtgcaattgcgaaatctagatctctcattcactgaaattgaaagcttgccttatgcaacatgtaacctttacaatttgcagaccttgattttatc 10078530  T
Q  345 aagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaattta 390  Q
    ||| |||  | |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  10078531 aagttgtgagggtctcactaaattaccagtacatattggaaattta 10078576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 10433179 - 10432779
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgattt 116  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |     
T  10433179 ttcgtcacttctcatataaccaagaaatccatgacattttcatgaagtttgagaaattacacaatttcaaatgcctgcgaagcttcctatgcatttactc 10433080  T
Q  117 ctcggattttta-taatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaa 215  Q
    | || || |  | | |   | ||||||||  ||||||  ||| || |||||| ||  |||  ||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||    
T  10433079 cacg-atgtgcagtgagaattacttatccttcaaggttcttgatggtttgctgccttcacaaaaaagattgcgtgtgttatcgctatcagggtataaaaa 10432981  T
Q  216 catcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaac 315  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | || | ||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  10432980 catcaccaagctaccagattcaattggaaatttggtgcagttgcggtatctagatatctccttctcttacatcgaaagcttacctgatacaatatgtaac 10432881  T
Q  316 ctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataa 415  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||| |||   |  ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||  |||  ||| |||||||||||||||    
T  10432880 ctttacaatttgcagaccttgattttgtcaaaatgcacgactctcactaaattgccaatacgtattggaaatttggtcagtttacgtcaccttgatataa 10432781  T
Q  416 gt 417  Q
    ||    
T  10432780 gt 10432779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 148 - 415
Target Start/End: Original strand, 10518550 - 10518817
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatt 247  Q
    |||||||||| |||| |||| ||| |||  || ||||||| ||||||||| || |||| ||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  10518550 aaggtggttgatgatctgctcccatcacaaaacaggttgcgtgtgttatcactgtcaaggtatagaaacatcaccaagctaccagattcaattggcaatt 10518649  T
Q  248 tggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaag 347  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  ||||| |||| | ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||||     
T  10518650 tggtgcaattgcggtatttagatacctccttcacttacatcgaaagcttgcctgatacaacatgtaacctttacaatttacagaccttgaatttatcaaa 10518749  T
Q  348 atgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataa 415  Q
     |||  |  |||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| | |  ||| |||||||||||||||    
T  10518750 ctgtacggctctcactgaattaccaatacatgttggaaatttagttagtttacgtcaccttgatataa 10518817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 275
Target Start/End: Original strand, 10528297 - 10528547
Alignment:
Q  22 catttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgatttctcgg 121  Q
    |||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||   || | ||    
T  10528297 catttgtcatatacccaagaagtgtatgacattttcatgaagtttaaaagtttcaacaattttaaatgcttgtgaagcttcatgcccatttgcttat-gg 10528395  T
Q  122 atttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatctt 221  Q
    |     | ||  || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||      
T  10528396 agaga-acaaaatt-acttatccaccaaggtagttgatgatttgctaccaacactcaaaaggttgcgtgtgttatcgctgtcaaagtatacaaatatcac 10528493  T
Q  222 cgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctc 275  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  10528494 caagctacctgattaaattggcaatttggtgtagttgcggtatctagatctctc 10528547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 286 - 419
Target Start/End: Original strand, 10529851 - 10529984
Alignment:
Q  286 atcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaa 385  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10529851 atcaaaagcttgcctgatacatcatgtaacctttataatttgcagactttgattttatcaagctgtaggaatctcactgaattaccagtacatatgggaa 10529950  T
Q  386 atttaatcaacttatgtcaccttgatataagttc 419  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10529951 atttaatcaatttatgtcaccttgatataagttc 10529984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 238 - 417
Target Start/End: Original strand, 10078565 - 10078744
Alignment:
Q  238 attggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgc 337  Q
    ||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||     
T  10078565 attggaaatttagtacaattgcagtatctagatctctccttcactgaaatcgaaagcttgcctgatgcaacatgcaacctttacaatttgaagaccttga 10078664  T
Q  338 ttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
    |||||||||| |||  | ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  10078665 ttttatcaagttgtgagagtctcactgaattgccgctacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 10078744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11159156 - 11158824
Alignment:
Q  10 aagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccca 109  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||| | | ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||     
T  11159156 aagaatgttcgtcattgctcatatagtcaagaagagtatgacattgtgaagaagtttaaaattttctacaaattcaaatgcttgagaacctacctaccct 11159057  T
Q  110 -ttgat-ttctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaag 207  Q
     ||| | ||   ||| |||||      | ||||||| |  |||||||||| |||||||||||| ||| |   |||||||| |||||| ||| ||||||      
T  11159056 gttgctcttggaggaattttaa-----ttacttatctaaaaaggtggttgatgatttgctacccacatttggaaggttgcgtgtgttgtcgttatcaaga 11158962  T
Q  208 tatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaa 307  Q
    ||||| ||||||   |  ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| || | |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  11158961 tatactaacatcactgtactacctgattcaattggaagtttggtgcagttgcgctatctagatctatcttacactgaaatcaaaagcttgcctgatacaa 11158862  T
Q  308 tatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||    
T  11158861 tatgcaacctctactacttgcaaaccttgattttatca 11158824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 238 - 417
Target Start/End: Original strand, 10185535 - 10185714
Alignment:
Q  238 attggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgc 337  Q
    ||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||     
T  10185535 attggaaatttagtacaattgcagtatctagatctctccttcactgaaatcgaaagcttgccggatgcaacatgcaacctttacaatttgaagaccttga 10185634  T
Q  338 ttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
    |||||||||| |||  | ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  10185635 ttttatcaagttgtgagagtctcactgaattgccgctacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 10185714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 345
Target Start/End: Original strand, 8862216 - 8862548
Alignment:
Q  10 aagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccca 109  Q
    |||||| |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||     
T  8862216 aagaatgttcgtcattgctcatatagtcaagaagagtatgacattgtcaagaagtttaaaattttctacaaattcaaatgcttgagaaccttcctaccct 8862315  T
Q  110 -ttgat-ttctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaag 207  Q
     ||| | ||   ||| |||||      | ||||||| |  | |||||||| |||||||||||| ||| |   |||||||| |||||||||  |||||||     
T  8862316 gttgctcttggaggacttttaa-----ttacttatctaaaagggtggttgatgatttgctacccacatttggaaggttgcgtgtgttatcattatcaaaa 8862410  T
Q  208 tatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaa 307  Q
    |||| |||||||     ||| |||||||| ||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||   ||| || ||||||||||||||||| | ||    
T  8862411 tatagaaacatcacaatgcttccagattcgatctgcagtttggtgcagttgcgctatctagatctatctcacacaaaaatcaaaagcttgcctgacataa 8862510  T
Q  308 tatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8862511 tatgcaacctctactatttgcaaaccttgattttatca 8862548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 180 - 345
Target Start/End: Original strand, 10890403 - 10890568
Alignment:
Q  180 aaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctcc 279  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||     ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||   |    
T  10890403 aaggttgcgtgtgttatcgttatcaaaatatacaaacatcacaatgcttccagattcaattggcagtttggtgcagttgcgctatctagatctatctcac 10890502  T
Q  280 actaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    || || ||||||||||||||||| | |||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||    
T  10890503 acaaaaatcaaaagcttgcctgacataatatgcaacctctgctatttgcaaaccttgattttatca 10890568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 148 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11147858 - 11147661
Alignment:
Q  148 aaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatt 247  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||| |   |||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||     ||| |||||||||||||||| ||    
T  11147858 aaggtggtcgatgatttgctacccacattaggaaggttgcgtgtgctatcgttatcaaaatatacaaacatcacaatgcttccagattcaattggcagtt 11147759  T
Q  248 tggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||   |||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||||    
T  11147758 tggtgcagttgcgctatctagatctctctcacactcaaatcaaaggcttgcctgacacaatatgtaacctctactatttgcaaaccttgatcttatca 11147661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11245752 - 11245430
Alignment:
Q  18 tcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgatttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||| ||||||| ||| | ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||    
T  11245752 tcgtcatttgtcatataatcaaga---gtatgacattgtcaagaagtttcagattctctacaaattcaaatgcttgagaagctttctacccattggcttc 11245656  T
Q  118 tcggatttttat-aatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctacca-acactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaa 215  Q
    |   ||  |||| ||| || || ||||    || ||||||||||||||||| ||  |||||   |||| ||| |||||||||| ||||||  ||||| ||    
T  11245655 t---atggttatcaatatt-acctatcttgaaatgtggttgttgatttgctcccttacacttcgaaggctgcgtgtgttatcgttatcaagatatactaa 11245560  T
Q  216 catcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaac 315  Q
    ||||   | |||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| |||||||    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  11245559 catcactgtgctacctgattcaattggtagtttggtgcagttgcgctatcttgatctctttcacactaaaatcaaaatcttgccttatacaatgtgcaac 11245460  T
Q  316 ctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    || ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11245459 ctctaccatttgcaaaccttgcttctatca 11245430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 150 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11130031 - 11129836
Alignment:
Q  150 ggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttg 249  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| | | || ||||| |||||| ||  ||||||  ||||| ||||||   |  ||||| ||||||||||| | ||||    
T  11130031 ggtggttgatgatttgctacccacatttagaatgttgcgtgtgttgtcattatcaagatatactaacatcgctgtactacctgattcaattggaagtttg 11129932  T
Q  250 gtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11129931 gtgcagttgcgctatctagatctatcttgcactaaaatcaaaagcttgcctgagataatatgcaacctctactatttgcaaaccttgattttatca 11129836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 111
Target Start/End: Original strand, 10501504 - 10501602
Alignment:
Q  13 aatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccatt 111  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||| | ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501504 aatatccgccatttgtcatataaccaaaaggagtatgacaatttcatgaagttgaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccatt 10501602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 111
Target Start/End: Original strand, 13345009 - 13345117
Alignment:
Q  3 catgtcgaagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| | |  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13345009 catgtctaaaaatgttcgtcatttgtcatataatcaaggaaattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacaatttcaagtgcttgcgaagcttc 13345108  T
Q  103 ctacccatt 111  Q
    |||||||||    
T  13345109 ctacccatt 13345117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 11130158 - 11130068
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacc 107  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| || |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  11130158 ttcgtcattgctcatataatcaagaaaagtatgacactgtcaagaagtttaagattttctacaaattcaaatgcttgagaaccttcctacc 11130068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 111
Target Start/End: Original strand, 10672621 - 10672710
Alignment:
Q  22 catttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccatt 111  Q
    |||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||    
T  10672621 catttgtcatatacccaagaagtgtatgacattttcatgaagtttaaaagtttcaacaattttaaatgcttgtgaagcttcatgcccatt 10672710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Original strand, 10518419 - 10518499
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaa 97  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10518419 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatgaagtttgagaaattatacaatttcaaatgcttgcgaa 10518499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 10374950 - 10374888
Alignment:
Q  47 atgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccca 109  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  10374950 atgacattttcatgaagtttgagaaattatacaatttcaaatgcttgcgaagctttctatcca 10374888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 102
Target Start/End: Original strand, 10261632 - 10261717
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  10261632 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatgaagtttgagaaattacacaacttcaaatgcttgcgaagcttc 10261717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 10362933 - 10362845
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  10362933 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattttaaatgtttgcgaagcttccta 10362845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 10664460 - 10664548
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||  | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  10664460 ttcgtcacttctcatataaccaagaagactatgacattttcatgaagtttgagaaattaaaaaacttcaactgcttgcgaagcttccta 10664548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 111
Target Start/End: Original strand, 13161900 - 13162008
Alignment:
Q  3 catgtcgaagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    |||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| |||  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  13161900 catgtctaaaaatgttcgtcatttttcatataatcaaggagattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaagtgcttgcgaagcttt 13161999  T
Q  103 ctacccatt 111  Q
    |||||||||    
T  13162000 ctacccatt 13162008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 111
Target Start/End: Original strand, 13333824 - 13333932
Alignment:
Q  3 catgtcgaagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    |||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| |||  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  13333824 catgtctaaaaatgttcgtcatttttcatataatcaaggagattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaagtgcttgcgaagcttt 13333923  T
Q  103 ctacccatt 111  Q
    |||||||||    
T  13333924 ctacccatt 13333932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Original strand, 10890243 - 10890333
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacc 107  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| || |||||| | |||  |||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||    
T  10890243 ttcgtcattgctcatataatcaagaaaagtatgacactgtcaaaaagtttaagattttctacaagttcaaattcttgagaaccttcctacc 10890333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 37 - 345
Target Start/End: Original strand, 13396446 - 13396748
Alignment:
Q  37 caagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgatttctcggatttttataatcttc 136  Q
    ||||| ||| ||||||||||||  |||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| || ||   | ||||||     
T  13396446 caagaggagtatgacattttcaataagtttgagacattcttcgatttcaaatgcttgcgaagtttcctacccattg-gttctagg-ttgcaagaatctt- 13396542  T
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    |||||||    || ||| ||| ||||||| ||||  || | |||||||||| | |||||||  ||||||| |||   ||||||   | ||||||| ||||    
T  13396543 acttatcatgtaaagtgattgatgatttgataccttcaattaaaaggttgcgtatgttatccttatcaaattat---aacatcacggtgctaccaaattc 13396639  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    ||||   || ||||||||| |||| |||||  ||||||||  |||| | |||||| ||||||| ||||||| |||  |||||||| |||||||||| ||     
T  13396640 aattaataagttggtgcaactgcggtatctgaatctctcccacactgacatcaaatgcttgccagatacaacatgtgacctttactatttgcaaacttta 13396739  T
Q  337 cttttatca 345  Q
    |||||||||    
T  13396740 cttttatca 13396748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 9839795 - 9839883
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9839795 ttcgtcacttctcatataaccaagaaaactacgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattttaaatgtttgcgaagcttccta 9839883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 9850673 - 9850761
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9850673 ttcgtcacttctcatataaccaagaaaactacgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattttaaatgtttgcgaagcttccta 9850761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 10089724 - 10089812
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    |||||||| | |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||| || | ||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  10089724 ttcgtcatgtttcatataatcaagaactgtatgacattttcatgaagtttgcgaaattattcaacttcaaagtcttgcgaagcttccta 10089812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 10196607 - 10196695
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    |||||||| | |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||| || | ||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  10196607 ttcgtcatgtttcatataatcaagaactgtatgacattttcatgaagtttgcgaaattattcaacttcaaagtcttgcgaagcttccta 10196695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 11770168 - 11770256
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |  ||||||||||||| |||||| |||| || || |  ||||||||||||||||||||||||    
T  11770168 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactatgacattttcatcaagtttgagaaattatatagcttcaaatgcttgcgaagcttccta 11770256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 10581544 - 10581632
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| |   ||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  10581544 ttcgtcacttctcatataaccaagaatactttgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattgtaaatgtttgcgaagcttccta 10581632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Original strand, 10078203 - 10078293
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacc 107  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||| |||| ||| | |  |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  10078203 ttcgtcatgtttcatatattcaagaagagtatgatattgtaacaaagtttaagcctttccacaatttgaaatgcttgcgaacctttctacc 10078293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Original strand, 10185176 - 10185266
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacc 107  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||  | |  |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  10185176 ttcgtcatgtttcatatattcaagaagagtatgacatcgtaacaaagtttaagcctttccacaatttgaaatgcttgcgaacctttctacc 10185266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 11147993 - 11147895
Alignment:
Q  10 aagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccc 108  Q
    |||||| |||||||||  ||||| ||||||||  || ||||||||  || ||||||||||  |||| ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  11147993 aagaatgttcgtcattgctcatacaatcaagagcagtatgacattgccaagaagtttaagcttttccacaaactcaaatgcttgagaaccttcctaccc 11147895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 108
Target Start/End: Original strand, 13171967 - 13172056
Alignment:
Q  19 cgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccc 108  Q
    |||||||||||||||||||||| | |  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  13171967 cgtcatttgtcatataatcaaggatattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaaatggttgcggagctttctaccc 13172056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 17852062 - 17851661
Alignment:
Q  13 aatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattg 112  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| || |||     
T  17852062 aatatccgtcatttgtcatacaatcaaggagagtatgatatcttcatgaagtttaagaatttatacaatttcaaacgcctgcgaagcttccttcctattt 17851963  T
Q  113 atttctcggatttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatac 212  Q
    | |||||  |     |  |  || ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  17851962 acttctc--aacggcaggaaatt-acttatccatcaaggtggttgatgatttcctaccaaagctcaaaaggttgcgtgtgttatcgctatcaaattataa 17851866  T
Q  213 aaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgc 312  Q
    |||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| | |     
T  17851865 aaacatcaccaagctaccagattcagttgccaatttggtgcaattacgttatctagatctctccttcactaaaatcaaaagcttgcccaatacaacaagt 17851766  T
Q  313 aacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgata 412  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||   ||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  17851765 aacctttacaatttgcaaaccatgattttagcatattgtcgggttctcactgaattgccattacatattggaaatttaatcaatttacgtcaccttgata 17851666  T
Q  413 taagt 417  Q
    |||||    
T  17851665 taagt 17851661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 9e-74; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 159 - 415
Target Start/End: Original strand, 26907964 - 26908220
Alignment:
Q  159 tgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattg 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26907964 tgatttgataccaacactcaaaaggttgcgtgtgttatcactattaaattatacaaacatcacaaagctaccagattcaattggtaatttggtgcaattg 26908063  T
Q  259 cgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaagatgttggtgtc 358  Q
    || ||| |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||  |  ||    
T  26908064 cggtatttagacctctccttcactaaaatcaaaagattgcctgatacaatatgtaacctttacaatttgcaaaccttgattttatcaaattgtgaggctc 26908163  T
Q  359 tcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataa 415  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  26908164 tcactgaattgccattacatattggaaatttagtcaagttacgtcaccttgatataa 26908220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 109
Target Start/End: Original strand, 26907828 - 26907920
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccca 109  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907828 ttcgtcatgtttcatataatcaagaagagtatgaccatttcacgaagtttaagcctttctacagtttcaaatgcttgcgaagcttcctaccca 26907920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 4)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 56617 - 56337
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||| ||| ||| || |||||  |||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||  | |||||||||||||    
T  56617 acttatccttcaaggtgattgatgactttctaccgtcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcgctatcagggtataaaaacatcaccaagctaccagattc 56518  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||   ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  56517 aattggaaattcggtgcagttgcggtatctagatatctccttcactggaatcgaaagcttgcctgatacaatatgtaacctttacaatttacagaccttg 56418  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
      ||||||||  || ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  56417 aatttatcaaactgctggagtctcactgaattgccaatacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 56337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 137 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 57426 - 57146
Alignment:
Q  137 acttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattc 236  Q
    ||||||||  ||||||| ||| ||| || |||||  |||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||  | |||||||||||||    
T  57426 acttatccttcaaggtgattgatgactttctaccgtcacaaaaaaggttgcgtgtgttatcgctatcagggtataaaaacatcaccaagctaccagattc 57327  T
Q  237 aattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttg 336  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||   ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  57326 aattgggaatttggtgctgttgcggtatctagatatctccttcactggaatcgaaagctttcctgatacaatatgtaacctttacaatttacagaccttg 57227  T
Q  337 cttttatcaagatgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagt 417  Q
      ||||||||  || ||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  57226 aatttatcaaactgctggagtctcactgaatttccaatacatattggaaatttagtcagtttacgtcaccttgatataagt 57146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 56737 - 56649
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  56737 ttcgtcacttctcatataaccaagagtactatgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattttaaatgtttgcgaagcttccta 56649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 57546 - 57458
Alignment:
Q  17 ttcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttccta 105  Q
    ||||||| || |||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  57546 ttcgtcacttctcatataaccaagagtactatgacattttcatgaagtttgagaaattacacaattttaaatgtttgcgaagcttccta 57458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 149 - 442
Target Start/End: Original strand, 29837706 - 29837999
Alignment:
Q  149 aggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatcttcgagctaccagattcaattggcaattt 248  Q
    ||||||||||||||||  |||| || ||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||  | ||||||| |||||| ||| || |||    
T  29837706 aggtggttgttgatttattacccactctcattagactgcgtgtgttatcgctatcaaagtatagaaatgtcaccaagctaccggattcacttgacacttt 29837805  T
Q  249 ggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttacaatttgcaaaccttgcttttatcaaga 348  Q
    |  ||||||| | ||||||||||| |||  ||| |  |||||||| ||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||       
T  29837806 gacgcaattgaggtatctagatctttccaacacaagaatcaaaagtttgcctagcacaatatgtaacctatacaatttgcaaaccttgattttatcatat 29837905  T
Q  349 tgttggtgtctcactgaattgccagtacatatgggaaatttaatcaacttatgtcaccttgatataagttctacggatataaaggagttgccaa 442  Q
    ||||   |||||||||| ||||||  |||||| ||||  || ||||| ||| ||||||||||||| |||   ||  ||||||| ||||||||||    
T  29837906 tgttatcgtctcactgatttgccaacacatattggaatgttgatcaatttacgtcaccttgatattagtgggacaaatataaaagagttgccaa 29837999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 31678860 - 31678540
Alignment:
Q  22 catttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattgatttctcgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| | | ||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||| |     
T  31678860 catttttcatataaccaagaagagtatgacattttcaagaagtttgaaattttttatgatttcaaatgcttgcgaagctttcttcccattggtctctgg- 31678762  T
Q  122 atttttataatcttcacttatccaccaaggtggttgttgatttgctaccaacactcaaaaggttgcatgtgttatcgctatcaaagtatacaaacatctt 221  Q
     |    | ||| || |||| || |   |||| |||| |||| || |||| ||||| | |||||||| |||||||||| ||||    |||| |||||||      
T  31678761 -tggcgacaatgtt-acttgtctaaacaggttgttgatgatgtgatacccacacttagaaggttgcgtgtgttatcgttatctggttatagaaacatcgc 31678664  T
Q  222 cgagctaccagattcaattggcaatttggtgcaattgcgatatctagatctctcctccactaatatcaaaagcttgcctgatacaatatgcaacctttac 321  Q
    |  |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| |||  ||| |  ||  |||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  31678663 catgctaccggattcaattggcagtttggtgcagttgcggtatcttgatctatccaacaccagaattgaaagcttgcctgatacaacatgtaaccttcac 31678564  T
Q  322 aatttgcaaaccttgcttttatca 345  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||    
T  31678563 aatttgcaaacattgattttatca 31678540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 112
Target Start/End: Original strand, 826844 - 826934
Alignment:
Q  22 catttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctacccattg 112  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  826844 catttttcatacaatcaagaggagtatgacattttcaagaagtttgagactttctatgatttcaaaagcttgcgaagtttcctacccattg 826934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 145088 - 144980
Alignment:
Q  3 catgtcgaagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    |||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| |||  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  145088 catgtctaaaaatgttcgtcatttttcatataatcaaggagattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaagtgcttgcgaagcttt 144989  T
Q  103 ctacccatt 111  Q
    |||||||||    
T  144988 ctacccatt 144980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 153393 - 153285
Alignment:
Q  3 catgtcgaagaatattcgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttc 102  Q
    |||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| |||  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  153393 catgtctaaaaatgttcgtcatttttcatataatcaaggagattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaagtgcttgcgaagcttt 153294  T
Q  103 ctacccatt 111  Q
    |||||||||    
T  153293 ctacccatt 153285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 135021 - 134932
Alignment:
Q  19 cgtcatttgtcatataatcaagaagagcatgacattttcatgaagtttaagaatttctacaatttcaaatgcttgcgaagcttcctaccc 108  Q
    |||||||||||||||||||||| | |  | ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  135021 cgtcatttgtcatataatcaaggatattacgactttttcaagaagtttgaggttctctacgatttcaaatggttgcggagctttctaccc 134932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University