View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19381_low_43 (Length: 229)

Name: NF19381_low_43
Description: NF19381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19381_low_43
NF19381_low_43
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-223)||(11486492-11486714)
chr8 (26-219)||(44956071-44956264)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-222)||(26908362-26908566)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (18-223)||(9851213-9851418)
chr3 (18-223)||(9840335-9840540)
chr3 (3-223)||(10518944-10519164)
chr3 (3-180)||(10262157-10262334)
chr3 (18-219)||(10665000-10665201)
chr3 (3-187)||(10362224-10362408)
chr3 (18-177)||(10432480-10432639)
chr3 (3-180)||(10033459-10033636)
chr3 (3-180)||(10128384-10128561)
chr3 (3-223)||(10582069-10582289)
chr3 (18-223)||(10678912-10679117)
chr3 (3-219)||(10090249-10090465)
chr3 (3-219)||(10197132-10197348)
chr3 (3-219)||(10374239-10374455)
chr3 (45-224)||(10185881-10186060)
chr3 (18-219)||(11780376-11780577)
chr3 (45-224)||(10078911-10079090)
chr3 (2-219)||(10502044-10502261)
chr3 (18-219)||(11770708-11770909)
chr3 (18-179)||(10530123-10530282)
chr3 (128-219)||(13172615-13172706)
chr3 (128-219)||(13345670-13345761)
chr3 (131-219)||(10890893-10890981)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (3-187)||(56028-56212)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-223)||(17851316-17851534)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (128-219)||(134282-134373)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 11486492 - 11486714
Alignment:
Q  1 ccacctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagata 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11486492 ccacctacaaggaagcttaaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagata 11486591  T
Q  101 ttaaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11486592 ttaaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaactcgaagggactgagcattg 11486691  T
Q  201 acttgtatggtgggacaagtttt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  11486692 acttgtatggtgggacaagtttt 11486714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44956264 - 44956071
Alignment:
Q  26 aagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatggggaaaattaa 125  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||  |||||| |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||    ||  | |||  ||||||||||   |    
T  44956264 aagaacttgcataatgtcatagatgccaaggaggcacactatgcgaacctgaaaagcaaagagcaaattgaagacttggagctgctatggggaaaacata 44956165  T
Q  126 gtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | || |  |||||||| ||||||||||||||    
T  44956164 gtgaagactcgctaaaagtgaaagtcgtgcttgatatgttgcaaccaccaatgaacctgaagagtctaaaaattgacttctatggtgggacaag 44956071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Original strand, 26908362 - 26908566
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| |||   ||| |  ||   |||||    
T  26908362 ttaccattaagaacctgcataatgtcgttgatgccacagaggcagaagatgccaacttgaaaagaaaagagaaaatcgaggagttagagttgctttgggg 26908461  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||  ||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  26908462 aaaacaaagtgaagattcactacaagtgaaatttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaatctgaagagcctgaaaattgacttgtatggtgggaca 26908561  T
Q  218 agttt 222  Q
    |||||    
T  26908562 agttt 26908566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 9851213 - 9851418
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| | |||| ||||||    
T  9851213 ttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgcccgagaggcacacgatgccaacctgaaaagcaaagagcaaattgaggagttagagctgatatgggg 9851312  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||   |||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||  || |  |||||||||||||||||||||    
T  9851313 aaaacatagtgaagattcgcaagaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaatctgaaggtgcttaaaattgacttgtatggtgggaca 9851412  T
Q  218 agtttt 223  Q
    ||||||    
T  9851413 agtttt 9851418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 9840335 - 9840540
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| | |||| ||||||    
T  9840335 ttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgcccgagacgcacacgatgccaacctgaaaagcaaagagcaaattgaggagttagagctgatatgggg 9840434  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||   |||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||  || |  |||||||||||||||||||||    
T  9840435 aaaacatagtgaagattcgcaagaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaatctgaaggtgcttaaaattgacttgtatggtgggaca 9840534  T
Q  218 agtttt 223  Q
    ||||||    
T  9840535 agtttt 9840540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 223
Target Start/End: Original strand, 10518944 - 10519164
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||  ||| |||   ||    
T  10518944 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctggataatgtggttgatgccagagaggcacacgatgccaacctaaaaagcatagagacaatcgaggagtt 10519043  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgac 202  Q
    | | |||| ||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  |||       
T  10519044 agagctgatatggggaaaacaaagtgacgactcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaatttgaagagcctgaatatttgt 10519143  T
Q  203 ttgtatggtgggacaagtttt 223  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  10519144 ttgtatggtgggacaagtttt 10519164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 180
Target Start/End: Original strand, 10262157 - 10262334
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||   ||    
T  10262157 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgcaaacctgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 10262256  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaa 180  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10262257 agagctgatatggggaaaacaaagtgaagagtcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaa 10262334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Original strand, 10665000 - 10665201
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||||||| | |||||||  ||| | |||| ||||||    
T  10665000 ttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgccaacttgaaaagcaaagagaagattgagaagttagagctgatatgggg 10665099  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  |||  |||||||||||| |||    
T  10665100 aaaacaaagtgaagattcgcaaaaagtgaaagttgtactcgatatgttgcaaccaccaataaatttgaagagcctgaatattttcttgtatggtggaaca 10665199  T
Q  218 ag 219  Q
    ||    
T  10665200 ag 10665201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10362408 - 10362224
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||||||| ||||| ||   ||    
T  10362408 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctagataatgttgttgatgccaaagaggcacatgatgccaacttgaaaagcaaagagaaaattcaggagtt 10362309  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaag 187  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  10362308 agagctgatatggggaaaacaaagtgaagagtcgcaaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcaaccaccaataaatttgaag 10362224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 10432639 - 10432480
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||   ||| | |||| ||||||    
T  10432639 ttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgccaacctaaaaagcaaagagaaaattgaggagttagagctgatatgggg 10432540  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaat 177  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10432539 aaaacaaagtgaagactcgcacaaagtgaaagttgtgctggatatgttgcaaccaccaat 10432480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 180
Target Start/End: Original strand, 10033459 - 10033636
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||   ||    
T  10033459 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgcaaacctgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 10033558  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaa 180  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  10033559 agagctgatatggggaaaacaaagtgaagagtcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatattttgcaaccaccaataaa 10033636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 180
Target Start/End: Original strand, 10128384 - 10128561
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||   ||    
T  10128384 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgcaaacctgaaaggcaaagagaaaattgaggagtt 10128483  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaa 180  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10128484 agaactgatatggggaaaacaaagtgaagagtcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaa 10128561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 223
Target Start/End: Original strand, 10582069 - 10582289
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||| | | |||||||||||| ||||||||   ||    
T  10582069 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacgtggataatgttgttgatgccaaagaggcacatgatgccagcttgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 10582168  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgac 202  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| | ||||  |||  |    
T  10582169 agagctgatatggggaaaacaaagtgaagagtcgcataaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcaaccagcaataaatttgaagagcctgaatatttgc 10582268  T
Q  203 ttgtatggtgggacaagtttt 223  Q
    || ||||| ||||||||||||    
T  10582269 ttatatggcgggacaagtttt 10582289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 10678912 - 10679117
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||   ||| | |||   |||||    
T  10678912 ttactatcaagaaccttcataatgtcgttgatgccacggatgcaaaagatgccaacctggaagacaaagagcaaattgaggagttagagctgttgtgggg 10679011  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||   ||||| | ||  | |||| ||||||||| ||||||    
T  10679012 aaaacaaagtgaagactcgcgaaaagtgaaagttgttctagatatgttgcaaccaccaataagtctgaagaggcttcgtattggcttgtatggcgggaca 10679111  T
Q  218 agtttt 223  Q
    ||||||    
T  10679112 agtttt 10679117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 219
Target Start/End: Original strand, 10090249 - 10090465
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||   ||||||   ||||||||| | |||||||||||| ||||||||   ||    
T  10090249 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctgtataatgttgttgatgcctgggaggcacgtgatgccaacttgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 10090348  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgac 202  Q
    | | |||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||| |  |||  |||  |    
T  10090349 agagctgatatggggaaagcaaagtgaagactcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaacctccaataaatctgaagagcttgaatatttgc 10090448  T
Q  203 ttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||||||||||    
T  10090449 ttgtatggtgggacaag 10090465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 219
Target Start/End: Original strand, 10197132 - 10197348
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||   ||||||   ||||||||| | |||||||||||| ||||||||   ||    
T  10197132 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctgtataatgttgttgatgcctgggaggcacgtgatgccaacttgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 10197231  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgac 202  Q
    | | |||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||| |  |||  |||  |    
T  10197232 agagctgatatggggaaagcaaagtgaagactcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaacctccaataaatctgaagagcttgaatatttgc 10197331  T
Q  203 ttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||||||||||    
T  10197332 ttgtatggtgggacaag 10197348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 10374455 - 10374239
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||   ||    
T  10374455 acctacaaggaaaacttaccatcaagaacctagataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgcaaacctgaaaggcaaagagaaaattgaggagtt 10374356  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgac 202  Q
    | | |||| ||||||||||  ||||||||||| || |||||| ||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||||| | |||   |||  |    
T  10374355 agagctgatatggggaaaacaaagtgaagacttgcaaaaagtaaaagttgtgttggatatgttgcaaccagcaataaatttgaagagcctgcatatttgc 10374256  T
Q  203 ttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||||||||||    
T  10374255 ttgtatggtgggacaag 10374239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 45 - 224
Target Start/End: Original strand, 10185881 - 10186060
Alignment:
Q  45 ttgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagt 144  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| |  ||| ||||||||||  ||||||||| || | ||||||    
T  10185881 ttgatgccacagaggcatgtgatgccaaccttaaaagcaaagaccaaattgaggagttagagatgatatggggaaaacaaagtgaagattcacaaaaagt 10185980  T
Q  145 gaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaagttttt 224  Q
    ||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  10185981 gaaagtattgctagatatgttgcaaccaccaataaatttgaagagtctgaatatttgcttgtatggtgggacaagctttt 10186060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11780577 - 11780376
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||  ||||||||   ||| | || | ||||||    
T  11780577 ttaccatcaagaacctggataatgttgttgatgccggagaggcacacgatgccaacctgaaaagcaaagaaaaaattgaggatttagagctaatatgggg 11780478  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||  ||||| | ||||  |||  ||||||||||||||||    
T  11780477 aaaacaaagtgacgagtcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgctgcagccgccaataaatctgaagagcctgaatatttgcttgtatggtgggaca 11780378  T
Q  218 ag 219  Q
    ||    
T  11780377 ag 11780376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 224
Target Start/End: Original strand, 10078911 - 10079090
Alignment:
Q  45 ttgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagt 144  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| |  ||| |||||||||   ||||||||| || | ||||||    
T  10078911 ttgatgccacagaggcatgtgatgccaaccttaaaagcaaagaccaaattgaggagttagagatgatatggggaaagcaaagtgaagattcacaaaaagt 10079010  T
Q  145 gaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaagttttt 224  Q
    ||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  10079011 gaaagtattgctcgatatgttgcaaccaccaataaatttgaagagtctgaatatttgcttgtatggtgggacaagctttt 10079090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Original strand, 10502044 - 10502261
Alignment:
Q  2 cacctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatat 101  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||    |    
T  10502044 cacctacaaggaaaacttaccatcaagaacctaaataatgtagttgatgccacggaggcacacgatgccaacctgaaaagcaaagagaaaattgaagagt 10502143  T
Q  102 taaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattga 201  Q
    || |  ||  |||||| |||  || ||||||||| | ||||| ||||  ||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||  ||| | ||| ||    
T  10502144 tagagttgttatggggcaaacaaattgaagactcacaaaaagagaaaaatgtacttgagatgttgcatccatcagtaaacttgaagaaactaatcataga 10502243  T
Q  202 cttgtatggtgggacaag 219  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  10502244 cttgtatagcgggacaag 10502261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Original strand, 11770708 - 11770909
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||  ||||||| | ||||||||| | |||||||||||  ||||||||   ||| | || | ||||||    
T  11770708 ttaccatcaagaacctggataatgtttttgattccgtagaggcacacgatgccaacttgaaaagcaaagaaaaaattgaggatttagagctaatatgggg 11770807  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggaca 217  Q
    ||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||| |||||| |||| || ||||||||  ||||| | ||||  |||  ||||||||||||||||    
T  11770808 aaaacaaagtgacgagtcgcaaaaagtgaaagatgtgctcgatatgctgcagccgccaataaatctgaagagcctgaatatttgcttgtatggtgggaca 11770907  T
Q  218 ag 219  Q
    ||    
T  11770908 ag 11770909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Original strand, 10530123 - 10530282
Alignment:
Q  18 ttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaaatctgaaatgggg 117  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||| |||||||||||||  ||  ||  ||||||||||||   |||  ||||   |||||    
T  10530123 ttactatcaagaaactgcataatgtcgttgatgccatggatgcaaaagatgccaacctggaagaca--gagcaaattgaggagttaggtctgttgtgggg 10530220  T
Q  118 aaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataa 179  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  10530221 aaaagaaagtgaagactcgcgaaaagtgaaagttgttctagatatgttgcaaccaccaataa 10530282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Original strand, 13172615 - 13172706
Alignment:
Q  128 gaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| ||| || | ||| ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13172615 gaagactcgcgaatagagaaagatgtgcttgatatgttgcaaccatcatttaacctgaggaaactgagcattagcttgtatggtgggacaag 13172706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Original strand, 13345670 - 13345761
Alignment:
Q  128 gaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| ||| || | ||| ||| |  ||||||||||   |||||||||||||||||    
T  13345670 gaagactcgcgaatagagaaagatgtgcttgatatgttgcaaccatcatttaacctgaggaaactgagcattcggttgtatggtgggacaag 13345761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 219
Target Start/End: Original strand, 10890893 - 10890981
Alignment:
Q  131 gactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| | || ||  ||||| | ||  || ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  10890893 gactcgcttaaagggaaagatgtgcttgatatgttgaaacccccggtaaacctaaacagattgaacattgacatgtatggtgggacaag 10890981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 56212 - 56028
Alignment:
Q  3 acctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatatt 102  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||| |||||||  ||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||   ||    
T  56212 acctacaaggaaaacttaccatcaataacctggataatgttgttgatgccagagaggcacacgatgcaaacctgaaaagcaaagagaaaattgaggagtt 56113  T
Q  103 aaatctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaag 187  Q
    | | |||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  56112 agagctgatatggggaaatcaaagtgaagactcgcaaaaagtgaaagttgtgctcgatatgttgcaaccaccaataaatttgaag 56028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 17851534 - 17851316
Alignment:
Q  5 ctacaaggaagctttaccatcaagaacctgcataatgtcattgatgccacagaggcagaagatgccaaccttaaaagcaaagagcaaattgagatattaa 104  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||  | |||||||||||| |||| ||||  ||      
T  17851534 ctacaaggaacacttaccatcaagaacctgcatgatgtcattgaggccagagatgcaggtgatgccaatttgaaaagcaaagagaaaatggagaagttgg 17851435  T
Q  105 atctgaaatggggaaaattaagtgaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgactt 204  Q
    | ||  |||||||  ||  || ||||||||||| || ||  ||||  ||||||||||||||||| ||| |  | ||| |||||  ||| |||||||||||    
T  17851434 agctacaatggggcgaacaaactgaagactcgcgaatagaaaaagacgtgcttgatatgttgcaaccatcggttaacctgaagaaactaagcattgactt 17851335  T
Q  205 gtatggtgggacaagtttt 223  Q
     ||||||||||||||||||    
T  17851334 ttatggtgggacaagtttt 17851316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 134373 - 134282
Alignment:
Q  128 gaagactcgctaaaagtgaaagttgtgcttgatatgttgcatccaccaataaacttgaagggactgagcattgacttgtatggtgggacaag 219  Q
    |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| ||| || | ||| ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  134373 gaagactcgcgaatagagaaagatgtgcttgatatgttgcaaccatcatttaacctgaggaaactgagcattagcttgtatggtgggacaag 134282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University