View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19382_low_8 (Length: 589)

Name: NF19382_low_8
Description: NF19382
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19382_low_8
NF19382_low_8
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-572)||(22875748-22876319)
chr7 (1-572)||(22839878-22840455)
chr7 (1-572)||(22889118-22889695)
chr7 (1-572)||(22814853-22815430)
chr7 (2-568)||(22898099-22898662)
chr7 (1-568)||(22893779-22894343)
chr7 (1-572)||(22809467-22810047)
chr7 (1-572)||(22830857-22831434)
chr7 (1-572)||(22805144-22805712)
chr7 (128-509)||(22885556-22885930)
chr7 (279-563)||(22880674-22880958)
chr7 (281-572)||(22842264-22842567)
chr7 (199-460)||(22913698-22913959)
chr7 (1-220)||(22880417-22880642)
chr7 (95-372)||(22858388-22858665)
chr7 (427-572)||(22858677-22858822)
chr7 (3-56)||(22885453-22885506)
chr7 (1-82)||(22913500-22913578)
chr7 (2-82)||(22826085-22826162)
chr7 (1-50)||(22858285-22858334)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (99-572)||(21150311-21150784)
chr1 (5-38)||(21150851-21150884)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (219-299)||(3741480-3741560)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22875748 - 22876319
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnncactcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||    
T  22875748 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatcaatcttttttttcactcc 22875847  T
Q  101 atcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875848 atcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagct 22875947  T
Q  201 gatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875948 gatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 22876047  T
Q  301 tactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876048 tactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatc 22876147  T
Q  401 accactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggattt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876148 accactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggattt 22876247  T
Q  501 ggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876248 ggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 22876319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22839878 - 22840455
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctat------tggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnn 94  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||  | | |       ||||||||| |||||||| |||            
T  22839878 gaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatggagctaaggtaacatcaatctttttctt 22839977  T
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22839978 cactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaa 22840077  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacat 294  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | | || || |||||||||||||||||||||||    
T  22840078 ttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcaagttcaacaccaaaaacat 22840177  T
Q  295 ggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaat 394  Q
    |||||| || ||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22840178 ggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaataacgaaaacaat 22840277  T
Q  395 tccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactata 494  Q
    |||||  ||||||| ||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  22840278 tccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccgctggaagtgtttttgaaaactata 22840377  T
Q  495 ggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| | || ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  22840378 ggatttggatagaaagcttgtcctttttcttgttttgtatcattggtgagtcttagtaagccagttgaggctaactca 22840455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22889118 - 22889695
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatcta------ttggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnn 94  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |      |||| |||||||||||||| |||            
T  22889118 gaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtgctaaagtaacatcaatctttttctt 22889217  T
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||  |||| |||||||||| || |||||||    
T  22889218 cactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataaccatcataatatcctgcaggagttgaa 22889317  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacat 294  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||  | |   |  ||  ||||| ||||||||||||||||    
T  22889318 tcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacat 22889417  T
Q  295 ggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaat 394  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  22889418 ggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagcccttttgttggagaaataacaaaaacaat 22889517  T
Q  395 tccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactata 494  Q
    |||||  |||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||     
T  22889518 tccatggccaccaatatttgcatattgaggtattatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgctttcactggaagtgtttttgaaaactatt 22889617  T
Q  495 ggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  22889618 ggatttggatagaaaccatgtcctttgtctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgtagttaactca 22889695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22814853 - 22815430
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatcta------ttggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnn 94  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |      ||||||||||||||||||| |||            
T  22814853 gaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttctt 22814952  T
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| || |||||||||| ||||||||| ||  ||  ||||  |||||||||| || |||||||    
T  22814953 cactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttgaa 22815052  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaact-cattagtcaaaac-agaatcaagttcaacaccaaaaac 292  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  | ||   || ||  ||||| ||||||||||||||    
T  22815053 ttagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgca--aatcttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaac 22815150  T
Q  293 atggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaaca 392  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22815151 atggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaaca 22815250  T
Q  393 attccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaacta 492  Q
    ||||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22815251 attccttggccactaaaaggtggatattgaggtcttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcattggaagtgtttttgaaaacta 22815350  T
Q  493 taggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||  |   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815351 taggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 22815430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 2 - 568
Target Start/End: Original strand, 22898099 - 22898662
Alignment:
Q  2 aattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnncactcca 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  || | |||  |||||||||||||||||||| |||          | |||    
T  22898099 aattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttta--acaa-cattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcacca 22898195  T
Q  102 tcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctg 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||  |||| | ||| | ||  ||   |||| |||||||||| || ||||||  ||||||    
T  22898196 tcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcataatatcctgcaggagttgatttagctg 22898295  T
Q  202 atttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgct 301  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || | | || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898296 atttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgct 22898395  T
Q  302 actgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatca 401  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  22898396 actatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagcccttttgtaggagagacaacaaaaacaattccatgg 22898495  T
Q  402 ccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggatttg 501  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  22898496 ccactaagagttggatattgaggtcttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccattagaagtgttcttgaaaactataggatttg 22898595  T
Q  502 gatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaa 568  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |  |  |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  22898596 gatagaaagcatgtgctttttcttgcttggtatcattggtgagtctaagtaagccattggaggttaa 22898662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 22893779 - 22894343
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnncactcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || | |||  |||||||||||||||||||| |||          | ||    
T  22893779 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggttta--acaa-cattaattggagctaaagtaacatcaatctttttcttttcacc 22893875  T
Q  101 atcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagct 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  || || | ||||| ||  ||   |||| |||||||||| || ||||||| |||||    
T  22893876 atcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccattaccatcataatatcctgcaggagttgaattagct 22893975  T
Q  201 gatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |   || || ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22893976 gatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaatagtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgc 22894075  T
Q  301 tactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatc 400  Q
    ||   ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  22894076 taggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatg 22894175  T
Q  401 accactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggattt 500  Q
     ||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  22894176 gccactataagttggaccttgatgtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacacttccattggaagtgttcttcaaaactatagggttt 22894275  T
Q  501 ggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaa 568  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| | ||  || | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22894276 ggatagaaagcatgtgctttttcttgtttggtgtcattggtgagtcttagtaagccattggaggttaa 22894343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22809467 - 22810047
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta------tta---ctagcatctattggagctaaagtaacatctatcnnnnn 91  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||      |||   | | |||  ||||||||||||||| |||| |||         
T  22809467 gaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaattggagctaaagtagcatcaatcttttt 22809566  T
Q  92 nnncactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagtt 191  Q
         | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||   | || | ||||| ||  ||    ||| |||||||||| || ||||    
T  22809567 cttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattgaccattactatcataatatcctgcaggagtt 22809666  T
Q  192 gaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaa 291  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| || | | || || ||| ||||||||||| ||||    
T  22809667 gaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatctagttcaacaccgaaaa 22809766  T
Q  292 catggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaac 391  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||| || |  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  22809767 catggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagcccttttgtaggtgaaacaacaaatac 22809866  T
Q  392 aattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaact 491  Q
    ||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||    
T  22809867 aattccatgggaactaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttcactgatagtgtttttgaaaact 22809966  T
Q  492 ataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  22809967 acaggatttggatagaaagcatgtcctttttcatgttctgtatcattggtgagtcttagtaagccatctggggttaactca 22810047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22830857 - 22831434
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctat------tggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnn 94  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||  | | |       ||||||||| |||||||| |||            
T  22830857 gaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatctttttctt 22830956  T
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||  |   ||||| |||||||||| || |||||||    
T  22830957 cactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaa 22831056  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacat 294  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||  | |   |  ||  ||||| ||||||||||||||||    
T  22831057 ttagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacat 22831156  T
Q  295 ggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaat 394  Q
    ||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22831157 ggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaat 22831256  T
Q  395 tccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactata 494  Q
    |||||  |||||||||| ||||||    | | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  22831257 tccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattcgaagtgtttttaaaaactata 22831356  T
Q  495 ggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
     |||||||||||||| ||| | || | ||     | |||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  22831357 tgatttggatagaaagcatatgctgtatctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactca 22831434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Original strand, 22805144 - 22805712
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnncactcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||  || | |||  | |||||||||||||||||| |||        ||||||    
T  22805144 gaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggttta--acaa-cataaactggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactcc 22805240  T
Q  101 atcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagct 200  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||| |||||  ||     |||| | ||  ||  |||||||||||  ||| || |||||| | | ||    
T  22805241 atcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaaggtctactgttctgatttgaccatgatcatcgtaataggctgcagtagttgagacaact 22805340  T
Q  201 gatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 300  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||| | |||||||  || | ||||  |||||||  |     |  ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805341 gatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacaccaaaaacatggttgc 22805440  T
Q  301 tactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatc 400  Q
     ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  22805441 cactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaacaaaaacaattccatg 22805540  T
Q  401 accactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggattt 500  Q
     ||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22805541 gccagtaaaaggtggatattgaggtattatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactggaagtgtttttgaaaactattggattt 22805640  T
Q  501 ggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    ||||||||| |||| ||| || | | |||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  22805641 ggatagaaagcatgacctattacttgttctgtatcattggtgagtcttagtatgccatctgaggttaactca 22805712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 128 - 509
Target Start/End: Original strand, 22885556 - 22885930
Alignment:
Q  128 atatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattcca 227  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22885556 atatccactggaaagggataaattcctgaatccataat---catcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaatacca 22885652  T
Q  228 acatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaa 327  Q
    | ||||||||||| ||| |||| |||||||  | |   | |||  ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||     
T  22885653 atatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtta- 22885751  T
Q  328 agagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtct 427  Q
     |||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||| || | |    
T  22885752 -gagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcccttttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccactatgagttggatattaagattt 22885850  T
Q  428 tatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaa 509  Q
    ||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885851 tatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacactttcactg--agtgtttttgaaaactataggatttggatagaaa 22885930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 279 - 563
Target Start/End: Original strand, 22880674 - 22880958
Alignment:
Q  279 tcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggag 378  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| || |    
T  22880674 tcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagaccaaggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtg 22880773  T
Q  379 aaacaacaaaaacaattccatcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagt 478  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||| | ||| || |||   || | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22880774 aaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagt 22880873  T
Q  479 gtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgag 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |   |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  22880874 gtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctctttctgtgtcattggtgagtcttagtaagccatttgag 22880958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 281 - 572
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842567
Alignment:
Q  281 aacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaa 22842363  T
Q  381 a----caaca--aaaacaattccatcaccactaatagt------tggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttc 468  Q
    |     ||||  |||||||| || |  ||||||| |||      ||||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  22842364 agttgaaacaacaaaacaatcccgtggccactaagagttagttctggatctggagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacacttt 22842463  T
Q  469 cattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaa 568  Q
    || | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||| |  | || ||||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  22842464 cactagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttgtattgttttgtatcattggtgagtcttggtaagccacctgaggttaa 22842563  T
Q  569 ctca 572  Q
    ||||    
T  22842564 ctca 22842567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 199 - 460
Target Start/End: Original strand, 22913698 - 22913959
Alignment:
Q  199 ctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggtt 298  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||  || ||| || || |||||| || | |||||||||||||||    
T  22913698 ctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggtt 22913797  T
Q  299 gctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattcca 398  Q
      |  |||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  22913798 attgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacccttttgttggagaaagaacaaaaacaattcca 22913897  T
Q  399 tcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaaga 460  Q
    |  ||||||| | | ||| | | || | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22913898 tggccactaagattaggaaactcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaaga 22913959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 22880417 - 22880642
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatcta------ttggagctaaagtaacatctatcnnnnnnnn 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||  | | |      | |||||||| ||||| || |||            
T  22880417 gaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagctaatgtaacctcaatctttttctt 22880516  T
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||    
T  22880517 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcatcataatatcctgcagaaattgaa 22880616  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatc 220  Q
     |  ||||||||||||||||||||||    
T  22880617 tttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 95 - 372
Target Start/End: Original strand, 22858388 - 22858665
Alignment:
Q  95 cactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaa 194  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||  |    |||  || ||||||| || |||||||    
T  22858388 cactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaa 22858487  T
Q  195 atagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacat 294  Q
     ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||| |||||||  |     || ||  ||||| |||||| |||| ||||    
T  22858488 ttagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacat 22858587  T
Q  295 ggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttg 372  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||   ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  22858588 ggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 427 - 572
Target Start/End: Original strand, 22858677 - 22858822
Alignment:
Q  427 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcata 526  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || |     
T  22858677 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctgtatcttg 22858776  T
Q  527 ttctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
      |  ||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  22858777 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactca 22858822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 56
Target Start/End: Original strand, 22885453 - 22885506
Alignment:
Q  3 attggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattacta 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22885453 attggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatcacta 22885506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Original strand, 22913500 - 22913578
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatc 82  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || | |||  ||||||||||||||||||||    
T  22913500 gaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttta--ac-aacattaattggagctaaagtaacatc 22913578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 82
Target Start/End: Original strand, 22826085 - 22826162
Alignment:
Q  2 aattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatc 82  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  || | |||  ||||||||||||||||||||    
T  22826085 aattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggttta--ac-aacattaattggagctaaagtaacatc 22826162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 22858285 - 22858334
Alignment:
Q  1 gaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 50  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22858285 gaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggttta 22858334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 99 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 21150784 - 21150311
Alignment:
Q  99 ccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgtagaagttgaaatag 198  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||  ||||| ||||| |||| |||||||||  |||    
T  21150784 ccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttag 21150685  T
Q  199 ctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggtt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||  |     |||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21150684 ctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 21150585  T
Q  299 gctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaacaacaaaaacaattcca 398  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21150584 gctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctcttttgtaggagaaataacaaaaacaattcca 21150485  T
Q  399 tcaccactaatagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggat 498  Q
    |  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |   ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21150484 tggccaccaagagttggatattgaggtcttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacactttcgccggaagtgttttcgaaaactataggat 21150385  T
Q  499 ttggatagaaaccatgtcctttttcatattctgtattattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactca 572  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||  ||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21150384 ttggatagaaagcatgccctatttcatgatctgtatcactagtgagtcttagtaagccatttgaggttaactca 21150311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 38
Target Start/End: Complemental strand, 21150884 - 21150851
Alignment:
Q  5 tggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggt 38  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150884 tggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggt 21150851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3741560 - 3741480
Alignment:
Q  219 tcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaacaccaaaaacatggttg 299  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | | ||| || |  |||||  |||||||||||||||||||||    
T  3741560 tcaattccaacatggttagcattgatatcattaaactcttgattcataaaaacatcaaactcaacaccaaaaacatggttg 3741480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University