View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19383_low_2 (Length: 497)

Name: NF19383_low_2
Description: NF19383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19383_low_2
NF19383_low_2
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (32-483)||(2855555-2856006)
chr3 (1-483)||(2838345-2838827)
chr3 (15-483)||(5412814-5413279)
chr3 (38-483)||(2807215-2807660)
chr3 (41-483)||(2759165-2759607)
chr3 (26-482)||(2769005-2769461)
chr3 (41-483)||(2748946-2749388)
chr3 (10-483)||(2797284-2797754)
chr3 (52-483)||(2818519-2818950)
chr3 (261-483)||(2790491-2790713)
chr3 (10-214)||(2790290-2790491)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (23-483)||(5897-6357)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 2856006 - 2855555
Alignment:
Q  32 tggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattg 131  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2856006 tggagagacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattg 2855907  T
Q  132 tctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgaca 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855906 tctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgaca 2855807  T
Q  232 gccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttg 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855806 gccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttg 2855707  T
Q  332 tcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttg 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855706 tcggggaactgaagaccctcttccactgatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttg 2855607  T
Q  432 gtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855606 gtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 2855555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 2838827 - 2838345
Alignment:
Q  1 aaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2838827 aaggatcctcaagcagcagcaacagcagtcctggagaggcagaaaatggaagatggcacgaccctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaat 2838728  T
Q  101 tgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtatagga 200  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||| |||||    
T  2838727 tgtaggatttgaaggcccaagagaagaaatatatggttggttattggagggtgcagctgagcgcacagtcatatcagtggtaggaatggggggtctagga 2838628  T
Q  201 aaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagag 300  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838627 aaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtaacagcaaactttgattgttatgcttgcgtcacagtttctcaatcatacactgtgagag 2838528  T
Q  301 gtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||    
T  2838527 gtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaaaggatgaccagtcactgattgaagaagt 2838428  T
Q  401 aaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2838427 gaggcaatacctccaacataagaggtacttgatattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccagattgaatttg 2838345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 15 - 483
Target Start/End: Original strand, 5412814 - 5413279
Alignment:
Q  15 agcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaag 114  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  5412814 agcagcaacagcagta---gagagacagaaaatggaagatggcgagatcctcgactgtcttccctattcattacagaaacagaagttgtaggaattgaag 5412910  T
Q  115 gcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgc 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | | || || | ||| || |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  5412911 gtccaaaagaagaattgtctggttggttattggatggtgcagcggaacgtacagtcatatcagtggtaggaatggggggcctaggaaaaaccactcttgc 5413010  T
Q  215 caagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaac 314  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413011 caagctagtttttgaaagccaaaaggtatcagcacactttgattgttgtgcttgcgtaacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaac 5413110  T
Q  315 atgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5413111 atgatggagcaattttgtcggggaactgaagactctcttccgcagatgttacacaaaatggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatacctgc 5413210  T
Q  415 aacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  5413211 aacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaacaagatttctctgaccaggttgaatttg 5413279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 38 - 483
Target Start/End: Original strand, 2807215 - 2807660
Alignment:
Q  38 gacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggt 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||  |||||  ||||| ||||||| |||||| |    
T  2807215 gacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaagagaaattgtaggatttgaattcccaagagaagaaatgtctgtt 2807314  T
Q  138 tggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaa 237  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  2807315 tggttattggagggtgtagctgagcgcacggtgatttcggtggtaggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgatagccaaa 2807414  T
Q  238 aggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcgggg 337  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2807415 cggtaacaacacactttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcagga 2807514  T
Q  338 aactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattc 437  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||| | |||| |||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2807515 aactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattc 2807614  T
Q  438 tttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2807615 tttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttg 2807660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 41 - 483
Target Start/End: Original strand, 2759165 - 2759607
Alignment:
Q  41 agaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttgg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  2759165 agaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaaaagaagaactatatggttgg 2759264  T
Q  141 ttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaagg 240  Q
    |||||||| |||  | |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2759265 ttattggagggttcagctgaacgcacagtgatttcagtggtaggaatggggggtctcggcaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaagg 2759364  T
Q  241 taacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaac 340  Q
    |||||||| | ||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||| ||||||||||| || |||    
T  2759365 taacaacacagtttgattgtcaagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggcgcaattttgtcaggaaac 2759464  T
Q  341 tgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattcttt 440  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2759465 tgaagaccctcttccaaagaagttacacaaaatggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttgatattcttt 2759564  T
Q  441 gatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759565 gatgatgtatggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 2759607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 26 - 482
Target Start/End: Original strand, 2769005 - 2769461
Alignment:
Q  26 cagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaa 125  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||    
T  2769005 cagtagtggagagtcagaaagtggaagatggcgtgatcctcggatgtcttccctctttattgaagaaacagaaattgtaggattggaaggcccaagagaa 2769104  T
Q  126 gaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaattt 225  Q
    ||||| | ||||||||||||||| |||  | || |||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  2769105 gaattatttggttggttattggagggtgcagctaagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaaactagttt 2769204  T
Q  226 ttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagca 325  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  2769205 atgacagccaaaaggtaactgcaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagagggttactgataaaaatgatggagca 2769304  T
Q  326 attttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagagg 425  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||| | | ||||||| |||||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2769305 attttgtcaggaaactgaagaacctctgctaaagatgttacacaaaatggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctacaacataagagg 2769404  T
Q  426 tatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaattt 482  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769405 tatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgaccaggttgaattt 2769461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 41 - 483
Target Start/End: Original strand, 2748946 - 2749388
Alignment:
Q  41 agaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttgg 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  2748946 agaaaatggaaaatggcatgatcctcgactgtcttctctttttattgaagaaacagaagttgttggtattgaagtcccaaaagaagaactgtctggttgg 2749045  T
Q  141 ttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaagg 240  Q
    |||||||| |||  | |||||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  2749046 ttattggatggtgaagctgagcgcacggtgatatccgtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaagg 2749145  T
Q  241 taacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaac 340  Q
    || || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  2749146 tatcagcacactttgattgtcgtgcttgcgtcacagtttctcaatcttacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattctgtcggagtac 2749245  T
Q  341 tgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattcttt 440  Q
    | ||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2749246 taaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattcttt 2749345  T
Q  441 gatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  2749346 gatgacgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttg 2749388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 483
Target Start/End: Original strand, 2797284 - 2797754
Alignment:
Q  10 caagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcat 109  Q
    ||||||||| |||||||||||   ||| ||| || ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||| ||  |    
T  2797284 caagcagcaacaacagcagta---gagagacggataatagaagatggtgtgatcctcgactgtcttccctttttattgaagaaactgcaattgtcggatt 2797380  T
Q  110 tgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactact 209  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | || || | | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||    
T  2797381 tgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttactagagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccact 2797480  T
Q  210 cttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttga 309  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||    
T  2797481 cttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacaccgtgagggggatattga 2797580  T
Q  310 taaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaata 409  Q
    | |||||||||||| |||||||| | | |||||||  |||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  2797581 tcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaagccctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaata 2797680  T
Q  410 cctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2797681 cctgcaacataaaaagtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagacttttctgaccaggttgaatttg 2797754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 52 - 483
Target Start/End: Original strand, 2818519 - 2818950
Alignment:
Q  52 gatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaagg 151  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| | ||||||| | | ||||||||||||||| ||    
T  2818519 gatggcgtgatcctcgactgtcttctcttttcattgaagaaacagaaatcgtaggatttgaaggcccgagagaagaactatatggttggttattggaggg 2818618  T
Q  152 tatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaac 251  Q
    |  | | ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |     
T  2818619 tgcagccgagcgcacagtgatatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacag 2818718  T
Q  252 tttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctc 351  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| || || | |||||||||||     
T  2818719 tttgattgtcgagcttgcatcgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggagcaattttatcaggaagctgaagaccctg 2818818  T
Q  352 ttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttg 451  Q
     || | |||| || | |||||||||||||  || |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||    
T  2818819 atctagagattttacgcaaaatggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttaatattctttgatgatgtatg 2818918  T
Q  452 gcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2818919 gcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 2818950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 261 - 483
Target Start/End: Original strand, 2790491 - 2790713
Alignment:
Q  261 cgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacaga 360  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||| |||||||| | | |||||||| |||||||   ||||    
T  2790491 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcattcaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 2790590  T
Q  361 tgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaaga 460  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| || |||| |||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||    
T  2790591 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatggcaagaaga 2790690  T
Q  461 tttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  2790691 tttttccgaccagattgaatttg 2790713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Original strand, 2790290 - 2790491
Alignment:
Q  10 caagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcat 109  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||| || ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||  |    
T  2790290 caagcagcagcaacagcagta---gagagacggacaatagaagatggcatgatcctcggttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgtcggatt 2790386  T
Q  110 tgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactact 209  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||    
T  2790387 tgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccact 2790486  T
Q  210 cttgc 214  Q
    |||||    
T  2790487 cttgc 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 6357 - 5897
Alignment:
Q  23 cagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaa 122  Q
    |||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |    
T  6357 cagcagcacaggagaggcagaaaatggaagatggcgtgatcctcgattatctgccctttttattgaagaaactgaagttgtaggattcgaaggcccaaga 6258  T
Q  123 gaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaa 222  Q
    || ||||| | |||||||||||||||  ||  | |||||||||  || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  6257 gaggaattatatggttggttattggagagtccagctgagcgcaccgtaatttcagtggtaggaatgggaggtatagggaaaaccactcttgccaagctag 6158  T
Q  223 tttttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcatcacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatgga 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||    
T  6157 tttttgacagccaaaaggtaacaacacaatttgattgtcgtgcttgcatcgcagtttctcaaacatacaccgtgagagggttactcataaacatgatgga 6058  T
Q  323 gcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatagaagtaaggcaatacctgcaacataag 422  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6057 gcaattttgtcgggaaactgaagaccctcttccgcaaatgttacacaaaatggatgacaagtcattaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataag 5958  T
Q  423 aggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttg 483  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5957 aggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttg 5897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University