View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19386_low_1 (Length: 471)

Name: NF19386_low_1
Description: NF19386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19386_low_1
NF19386_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-463)||(34387132-34387580)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (16-427)||(7313596-7314004)
chr7 (280-324)||(47508262-47508306)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-463)||(31182957-31183403)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-463)||(39581356-39581799)
chr8 (233-273)||(24305951-24305991)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-379)||(52143491-52143855)
chr1 (16-254)||(24038898-24039135)
chr1 (63-429)||(29182902-29183264)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (239-273)||(10301538-10301572)
chr3 (239-273)||(10339710-10339744)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 16 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 34387580 - 34387132
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  || ||||| |  ||    
T  34387580 cttgctccggtgataaccacaccggaaaacatcaccaccatgctggaaaatttt-gtttaacgtttgcttaccgtagccccaacaggtatttgagcataa 34387482  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34387481 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttatgtgtattt 34387382  T
Q  216 tcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 315  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  34387381 tcacaaaaaaagaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgacgattgagaagatgaagagag 34387282  T
Q  316 aatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 415  Q
    || ||   |         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387281 aaatttaaggttttttttatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 34387182  T
Q  416 agcaagaacaaagg--nnnnnnntgaaagatagaagctgatgatgatgat 463  Q
    ||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||    
T  34387181 agcaagaacaaaggaaaaaaaaatgaaagatagaagctgatgatgatgat 34387132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 16 - 427
Target Start/End: Original strand, 7313596 - 7314004
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  7313596 cttgctccggtgataaccacaccggaaaacatcaccaccatgctggaaaattct-gtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgggtgtttgagcagaa 7313694  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  7313695 atcaaaaaccatgcttctgtttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgcgtttcagatctatggctccttgtgtagtgttatttatgtgtattt 7313794  T
Q  216 tcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 315  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7313795 tcacaaaaaaagaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgttgactgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 7313894  T
Q  316 aatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 415  Q
    ||||||||          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7313895 aatttggg--tttttttcatcataggatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagcgagtttttgtgtgatttggatttatgaaag 7313992  T
Q  416 agcaagaacaaa 427  Q
    ||||||||||||    
T  7313993 agcaagaacaaa 7314004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 280 - 324
Target Start/End: Original strand, 47508262 - 47508306
Alignment:
Q  280 tgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagagggaatttgggg 324  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  47508262 tgttttgtgtgatgatgattgataagattaagatggaatttgggg 47508306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 31183403 - 31182957
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||||| ||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||    
T  31183403 cttgctccggcgataaccgcacaggaaaacatcaccaccatgctggaaaattct-gtttaacgtttgcttaccgcaaccacaacgggtgtttgagcagaa 31183305  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31183304 atcagaaaccatgcttctgtttttatttaatttgtccaacaaatatgctaaacgtgtttcagatctatgactccttgtgttgtgttatttatgtgtattt 31183205  T
Q  216 tcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 315  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183204 tcacaaaaaaagaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctgtctgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 31183105  T
Q  316 aatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 415  Q
    || || |||         |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183104 aa-ttcgggattttttttatcatagaatatgaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 31183006  T
Q  416 agcaagaacaaagg-nnnnnnntgaaagatagaagctgatgatgatgat 463  Q
    ||||||||||||||        ||||||||||||| |||||||||||||    
T  31183005 agcaagaacaaaggaaaaaaaatgaaagatagaagttgatgatgatgat 31182957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 16 - 463
Target Start/End: Original strand, 39581356 - 39581799
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||||| ||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| |  ||    
T  39581356 cttgctccggcgataaccgcactggaaaacatcaccaccatgctggaaaattat-gtttaatgtttgcttaccgcaaccacaacggatgtttgagcataa 39581454  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39581455 atcagaaaccatgcttatgtttttatttaatttgtcaaacaaatatgctaaacgcgtttcagatccatgactccttgtgttgtgttatttatgtgtattt 39581554  T
Q  216 tcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 315  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39581555 tcacaaaaaaagaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggctgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagaggg 39581654  T
Q  316 aatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 415  Q
    ||||| |           ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39581655 aatttag---aattttttatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaagaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtgatttgggtttatgaaag 39581751  T
Q  416 agcaagaacaaaggnnnnnnntgaaagatagaagctgatgatgatgat 463  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||||    
T  39581752 agcaagaacaaaggaaaaaaatgaaagatagaagctgatgatggtgat 39581799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 233 - 273
Target Start/End: Original strand, 24305951 - 24305991
Alignment:
Q  233 ggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24305951 ggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaat 24305991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 52143855 - 52143491
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||| | | ||||||||     ||||||||||||||| |||||||| |  ||    
T  52143855 cttgctccggtgataaccacaccggaaaacatcgccaccatgctagaaaattct-gattaacgtt-----accgcagccacaacgggtgtttgagcataa 52143762  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  52143761 atcagaaaccatgcttctgtttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgcgtttcagatctatggctccttgtgttgttttatttatgtgtattt 52143662  T
Q  216 tcac----------nnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaag 305  Q
    ||||                  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52143661 tcacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggtatttttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaatgctagttgttatgtgtgattatgattgagaag 52143562  T
Q  306 atgaagagggaatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaagg 379  Q
    |||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52143561 atgaagagggaatttgggg---ttttttatcatagaatataaaatagttgatgtgagtaggaggtagaagaagg 52143491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 24038898 - 24039135
Alignment:
Q  16 cttgctccggtgataaccacaccgcaaaacataaccaccatgctggaaaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaa 115  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||   |||    
T  24038898 cttgctccagtgataagcacaccggaaaacatcaccaacatgctggaaaattcta-tttaacgtttgcttaccgcaaccacaacaggtgtttgagtagaa 24038996  T
Q  116 atcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattt 215  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  24038997 attagaaaccatgcttctggttttatttaatttgtcaaaccaatatgctaaacgggtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttatgcgtattt 24039096  T
Q  216 tcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgttgag 254  Q
    || |       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24039097 tctctagaaaagaagaaggtatttttgtgttgtgttgag 24039135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 63 - 429
Target Start/End: Original strand, 29182902 - 29183264
Alignment:
Q  63 aaatttttgtttaacgtttgcttaccgcagccacaacgagtgtttgacctgaaatcagaaaccatgcttctatttttatttaatttgtcaaaccaatatg 162  Q
    |||||||||||||||||| ||     ||||||| |||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||   ||||| ||||||||  || |     
T  29182902 aaatttttgtttaacgttagca----gcagccataacgcgtgtttgagcataaatcagaaactatgcttctgttttc--ttaatctgtcaaacggatcta 29182995  T
Q  163 ctaaacgtgtttcagatctatggctccttgtgttgtgttatttgtgtgtattttcacnnnnnnngaagaaggtatttttgtgttgtgtt-gagagaagaa 261  Q
     |||||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||          || |  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29182996 ttaaacacgtttcagatatgtggctccttatgttgtgttgtttctgtgtattttctataaaaaaaaa-attgtatttttgtgttgtgttagagagaagaa 29183094  T
Q  262 gagtgaaggaatgctggttgttatgtgtgatgatgattgagaagatgaagagggaatttggggnnnnnnnnnatcatagaatataaaatagtt--gatgt 359  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |         || || |||||||||||||||  |||||    
T  29183095 gagtgaaggaattatggttgttatgtgtgatgatgatcgagaagatgaagaggaaattt-gagtttttttatattatggaatataaaatagttgagatgt 29183193  T
Q  360 gagtaggaggtagaagaaggagaagtgagtttttgtgtga-tttgggtttatgaaagagcaagaacaaagg 429  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29183194 gagtaggatgtagaagaaggaaaagtgagttttgatgtgattttgggtttatgaaagagcaagaacaaagg 29183264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 239 - 273
Target Start/End: Original strand, 10301538 - 10301572
Alignment:
Q  239 tttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10301538 tttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaagaat 10301572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 239 - 273
Target Start/End: Original strand, 10339710 - 10339744
Alignment:
Q  239 tttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaggaat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10339710 tttgtgttgtgttgagagaagaagagtgaaagaat 10339744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University