View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19391_low_3 (Length: 487)

Name: NF19391_low_3
Description: NF19391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19391_low_3
NF19391_low_3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (9-472)||(38305988-38306441)
chr8 (9-472)||(38308716-38309179)
chr8 (19-472)||(38320814-38321267)
chr8 (12-471)||(38325565-38326024)
chr8 (9-472)||(38316719-38317182)
chr8 (23-472)||(38300069-38300518)
chr8 (9-472)||(38313310-38313773)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-472)||(38850163-38850626)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38306441 - 38305988
Alignment:
Q  9 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaagg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38306441 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaagg 38306342  T
Q  109 caacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306341 caacatgaatgcacaaatcttttcca----------ctcttttgcagaaggacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 38306252  T
Q  209 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306251 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 38306152  T
Q  309 caatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306151 caacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 38306052  T
Q  409 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306051 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 38305988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 9 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38309179 - 38308716
Alignment:
Q  9 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaagg 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||    
T  38309179 tatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaagg 38309080  T
Q  109 caacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| | | |||| ||  ||||| || | ||||||||||||| |||||||||  || |     
T  38309079 caacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggacatgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagc 38308980  T
Q  209 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 308  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  38308979 tgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaacctttt 38308880  T
Q  309 caatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 408  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   |||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  38308879 caatgcactccttaaatttttccctgtgactctttgatcgcctcacaaacatgatgctctttctaatcttatacacggcaccactaactagtttacaccc 38308780  T
Q  409 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    |||||||||||||||||||||    
T  38308779 ctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacat 38308716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38321267 - 38320814
Alignment:
Q  19 aacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaat 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||  ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||| |||     
T  38321267 aacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaac 38321168  T
Q  119 gcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaa 218  Q
     ||||||||||||| | ||||||||| |||| | | ||| ||||  |  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||     ||||||||    
T  38321167 acacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaa 38321068  T
Q  219 gagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactc 318  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  38321067 gagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactc 38320968  T
Q  319 cttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaaca 418  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38320967 cttaaatttttgccttcgactctttgaatccctaaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaaca 38320868  T
Q  419 atcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
    |||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  38320867 atcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacat 38320814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 38326024 - 38325565
Alignment:
Q  12 caacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaa 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38326024 caactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaattggaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaa 38325925  T
Q  112 catgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttga 211  Q
    || ||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| | | ||| ||||  |  |||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||| |  ||    
T  38325924 caagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaaggacataactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccga 38325825  T
Q  212 tatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaa 311  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||  |||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||    
T  38325824 tatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactcatagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaa 38325725  T
Q  312 tgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctc 411  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| ||    
T  38325724 tgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatgatgctctctctaatttttgacacggcatcactaactagtttcaacccgtc 38325625  T
Q  412 ttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcaca 471  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  38325624 ttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcaca 38325565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38317182 - 38316719
Alignment:
Q  9 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaagg 108  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  38317182 tatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaagg 38317083  T
Q  109 caacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 208  Q
    || || ||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||  || ||||  |    |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  38317082 cagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggacataactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgc 38316983  T
Q  209 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 308  Q
     |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  38316982 cgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagacatgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaacctttt 38316883  T
Q  309 caatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 408  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38316882 caatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatgatgctgtctcgaattccatacacggcaccactaactagttttaaccc 38316783  T
Q  409 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    |||||||||||||||||||||    
T  38316782 ctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacat 38316719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 23 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38300518 - 38300069
Alignment:
Q  23 cattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||    
T  38300518 cattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacac 38300419  T
Q  123 aaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagc 222  Q
    |||||||||  | |||||||||||||| | | ||| ||||  | ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  38300418 aaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagc 38300319  T
Q  223 actatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactcctta 322  Q
    ||| || |||||  ||||||||||||||||  |  ||| | |||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  38300318 actttcaagcattgaataagttgagttcactcttttaggcgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcctta 38300219  T
Q  323 aattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatca 422  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38300218 aatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatca 38300119  T
Q  423 gttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  38300118 gttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacat 38300069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38313773 - 38313310
Alignment:
Q  9 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaagg 108  Q
    ||||||| | ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38313773 tatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaagg 38313674  T
Q  109 caacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 208  Q
     |||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| | | |||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |     
T  38313673 taacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgc 38313574  T
Q  209 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 308  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || | |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  38313573 tgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaacctttt 38313474  T
Q  309 caatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 408  Q
    ||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||| | ||  |||    |||||||||||||||    
T  38313473 caacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgccttacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaacactctcaactagttttaaccc 38313374  T
Q  409 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
     || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  38313373 ttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacat 38313310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 9 - 472
Target Start/End: Original strand, 38850163 - 38850626
Alignment:
Q  9 tatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacaaaaagg 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38850163 tatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaagg 38850262  T
Q  109 caacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgt 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||| ||||  |  |||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||       
T  38850263 caacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccgaaggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacac 38850362  T
Q  209 tgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaacctttt 308  Q
     | ||||||||||| || || |||| || |||||||||  ||| | ||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  38850363 cggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactcatagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaacctttt 38850462  T
Q  309 caatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaaccc 408  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| || |||  |||  |||  ||||||||||||||| |    
T  38850463 caaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatgatactctctctgatcttatgcacaccacagctaactagttttaacgc 38850562  T
Q  409 ctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacat 472  Q
     |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||    
T  38850563 ttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacat 38850626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University