View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19400_high_11 (Length: 382)

Name: NF19400_high_11
Description: NF19400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19400_high_11
NF19400_high_11
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (15-366)||(5500283-5500634)
chr4 (12-366)||(5376763-5377117)
chr4 (12-366)||(5391083-5391437)
chr4 (14-366)||(5352417-5352769)
chr4 (12-366)||(5348290-5348644)
chr4 (12-366)||(5410529-5410883)
chr4 (12-366)||(5425610-5425964)
chr4 (12-161)||(5399752-5399899)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-366)||(20326939-20327293)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 15 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5500634 - 5500283
Alignment:
Q  15 ggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgctacac 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5500634 ggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccttctaacgaagataaagcacgaccccattcctctccgctggcagatattgctacac 5500535  T
Q  115 cgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaagaaga 214  Q
    | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  5500534 catctaaatataattctgtgatatcggtgaagttttgcacaagcattgtaatatttggcttcctaagttttaggctgtgatctgaagtaattgaagaaga 5500435  T
Q  215 catatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgcagt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5500434 catatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttctgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgcagt 5500335  T
Q  315 ttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5500334 ttatacatctcatgaggaatcacagaattgaacttattcaaagccaaattca 5500283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5377117 - 5376763
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    |||| ||| ||||||||||| || |||||| ||| |||||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  5377117 atagctcctgagagattgcacgacgacatggtcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagatattgcta 5377018  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  5377017 caccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggctttgacgtgaagtaattaaaga 5376918  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5376917 agacaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagcaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttgagatacctcaaattctgc 5376818  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5376817 agtttatgcagcgcttgaggaatcacaaaattaaacttattaaaagccaaattca 5376763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5391437 - 5391083
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5391437 ataggtccagagagattgcaggatgacatgcttaaaacacgaagaccctccaaagaagataaagcacgaccccattcctctccgctggtacatattgcca 5391338  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||  |||||||||| |||||| || |  |||||| ||||    ||||||||||| ||||||||| |||  | |||    
T  5391337 caccatctagatacaattctatgatatttgtgaggtttttcacaagtatcgccatattttgctttgcaagttttaggctctgatgtgaaataaacgtaga 5391238  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
     |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5391237 tgacaaatcaagagtaaccaaccttgtgaggtgagaaatttctattgggacatacccgtcaaagccagcatcggacaagttgagatagctcaaattctgc 5391138  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    |||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391137 agtttatgcagcgcttgaggaatcacggaattaaacttattcaaagccaaattca 5391083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5352769 - 5352417
Alignment:
Q  14 aggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgctaca 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  5352769 aggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagacccttcagtgaagataaagcacgaacccatttttctccgctggcagatattgctaca 5352670  T
Q  114 ccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaagaag 213  Q
    || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||  |   ||||||||| ||||  ||||||| | | ||||||||| ||||| ||||||    
T  5352669 ccatctagatacaattctgtgatatctgtgaggtttttcaaaagagtctctatatttggattctcaagttttatgttctgatgtgaagtaattaaagaag 5352570  T
Q  214 acatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgcag 313  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||    
T  5352569 acaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagaaatttctttcgggacttgaccctcaaagccagcatcagaaaagttgagatacctcaaatttttcag 5352470  T
Q  314 tttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
     |||||||  || | |||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||||    
T  5352469 cttatgcaagtctttaggaatcacagaatgaaagtcattaaatgccaaattca 5352417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Original strand, 5348290 - 5348644
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||| |||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  5348290 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacggagtccccccaatgaagacaaagaacggccccattcttctccgctggcagatattgcta 5348389  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    |||| |||| ||| || | ||||||||| ||||||||| | | || ||||| ||||||||||| ||  |||||||||  |||||||||| ||| ||||||    
T  5348390 caccatctaaatacaactttgtgatatctgtgaggtttcgaataaacattgctatatttggctgctcaagttttaggacgtgatgtgaagtaaatgaaga 5348489  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
     |||| |||||||   || |||||| | |||||||||||||| || |||| ||| |||| ||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||     
T  5348490 cgacaaatcaagagagaccaaccttttgaggtgagaaatttccttagggatctgtcccttaaatccagcattggacaagttcagatacatcaaattttgt 5348589  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    || ||||  |  || |||||||||||||||  ||| | ||| |||||||||||||    
T  5348590 agcttatcaaagtcttgaggaatcacagaacgaaaatcattaaaagccaaattca 5348644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5410883 - 5410529
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||  ||||||||||| |||||||||||||||| || |  |||||||| |    
T  5410883 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagccccttcaataaagataaaggatgaccccattcctctcccctagctgatattgcaa 5410784  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||| | | ||  ||||| ||| |  |||    
T  5410783 caccatctagatataattctgtaatatctgtaaggttttgcacaagcattcctatatttggcttctcaagttttaagttctgcagtgaaataaatttaga 5410684  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
    ||| | ||||||||| || |||||| | |||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||| |||| ||||||||| | |||||||||||| ||     
T  5410683 agaaaaatcaagaatgaccaaccttttgaggtgagaaatttcctccggaacctgtcccttaaagccggcattagacaagtttaaatacctcaaattatgt 5410584  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    ||  ||||||  || || ||||||||||||  ||| | ||| |||||||||||||    
T  5410583 agcctatgcaagtcttgcggaatcacagaacgaaagtgattaaaagccaaattca 5410529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Original strand, 5425610 - 5425964
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || | | |||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||    
T  5425610 ataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaacgaccccattcttctccactggctgatattgcta 5425709  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| || || |||   ||||||||| ||||  ||||| |||  |||||||||| ||| ||||||    
T  5425710 caccatctagatacaattttgtgatatctgtgaagtttttcataaacatccctatatttggattctcaagtttgaggacgtgatgtgaagtaaatgaaga 5425809  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
    ||||| ||||||| | || |||||| | |||||| |||||||  | |||| ||| || | ||||||||| |  || ||||||| |||||||||||||||     
T  5425810 agacaaatcaagagtgaccaaccttttgaggtgaaaaatttccgtagggatctgtccttgaaagccagcgttggagaagttcaaatacctcaaattctga 5425909  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    |||| ||||| ||| ||||| |||| ||||| ||| | ||| ||||| |||||||    
T  5425910 agttgatgcagctcttgaggcatcatagaatgaaagtcatttaaagctaaattca 5425964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 5399899 - 5399752
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| | || | | |||||| |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  5399899 ataggtccagagagattgcttgatgacatgctcagcacacaaagcccccccaatggatataaagaacgaccccattcttctgcgctggctgatattgcta 5399800  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcatt 161  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  5399799 caccatctagatacaattttgtgatatc--tgaggtttttcacaaacatt 5399752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20327293 - 20326939
Alignment:
Q  12 ataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccctctaacgaagataaaggacgaccccattcctctccgctggtagatattgcta 111  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  20327293 ataggtcctgagagattgcacgacgacatgctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccactcatctccgctggaagatattgcta 20327194  T
Q  112 caccgtctagatataattctgtgatatccgtgaggttttgcacaagcattgttatatttggcttcttgagttttaggctgtgatgtgaattaattgaaga 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||    
T  20327193 caccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggttttgacgtgaagtaattaaaga 20327094  T
Q  212 agacatatcaagaataactaaccttgttaggtgagaaatttcttttgggacctgcccctcaaagccagcatcagacaagttcagatacctcaaattctgc 311  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20327093 agacaaatcaagagtaaccaaccttgtaaggtgagcaatttcttttgggacctgctcctcaaagccagcatcagacaagttgagatacctcaaattctgc 20326994  T
Q  312 agtttatgcacctcatgaggaatcacagaattaaacttattcaaagccaaattca 366  Q
    |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20326993 agtttatgcagcgcttgaggaatcacaaaattaaacttattaaaagccaaattca 20326939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University