View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19401_low_18 (Length: 331)

Name: NF19401_low_18
Description: NF19401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19401_low_18
NF19401_low_18
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (16-300)||(9112047-9112331)
chr3 (81-214)||(8746959-8747092)
chr3 (84-208)||(8755589-8755713)
chr3 (81-214)||(9101233-9101366)
chr3 (81-208)||(9015428-9015555)
chr3 (84-202)||(9108802-9108920)
chr3 (81-214)||(9023455-9023588)
chr3 (81-214)||(9029118-9029251)
chr3 (81-214)||(9034625-9034758)
chr3 (16-208)||(9019231-9019420)
chr3 (81-218)||(8962566-8962703)
chr3 (81-221)||(8965281-8965421)
chr3 (81-197)||(8957126-8957242)
chr3 (16-123)||(8988291-8988392)
chr3 (81-177)||(9026159-9026255)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 300
Target Start/End: Original strand, 9112047 - 9112331
Alignment:
Q  16 catcatcagctaccacaatgaagattcttttcttcttttttgttgtcgtcttagccgtcaatgtagcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctcc 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9112047 catcatcggctaccacaatgaagatcctttccttcctttttgttgtcgtcttagccgtcaatgtagtctcggcccaagacctcagtccctcgttggctcc 9112146  T
Q  116 ggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctttgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9112147 ggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagcat 9112246  T
Q  216 tgagaacaagacggttccactaaatttattgtggaatattattgtaggtgttaaagaaaaatatgaaggattttataatctttgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9112247 tgagaacaagacggttccactaaatttattgtggaatattattgtaggtgttaaagaaaaatatgaaggattttattatctttgt 9112331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 8746959 - 8747092
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  8746959 gcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcaccaggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagttt 8747058  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagca 214  Q
      ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  8747059 caattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagca 8747092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 208
Target Start/End: Original strand, 8755589 - 8755713
Alignment:
Q  84 tcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctttga 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  8755589 tcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattggagcttcga 8755688  T
Q  184 ttgtgttgtcaatgcttgctatctt 208  Q
    || | ||||| ||||| || |||||    
T  8755689 ttattttgtctatgctcgccatctt 8755713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 9101233 - 9101366
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  9101233 gcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatgatcggagttt 9101332  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagca 214  Q
      ||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  9101333 caattgtattgtcaatgctcgccatctttaagca 9101366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 81 - 208
Target Start/End: Original strand, 9015428 - 9015555
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||||| ||||| | |||| ||    
T  9015428 gcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagttt 9015527  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctt 208  Q
      ||||| ||||||||||| || |||||    
T  9015528 caattgtattgtcaatgctcgccatctt 9015555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 84 - 202
Target Start/End: Original strand, 9108802 - 9108920
Alignment:
Q  84 tcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctttga 183  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||  ||||||  ||||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||  |    
T  9108802 tcggctcaagacctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaa 9108901  T
Q  184 ttgtgttgtcaatgcttgc 202  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  9108902 ttgtcttgtcaatgcttgc 9108920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 9023455 - 9023588
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| | |||  ||    
T  9023455 gcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatggtcggaattt 9023554  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagca 214  Q
     | |||| ||||||||||| || ||||| |||||    
T  9023555 cggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaagca 9023588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 9029118 - 9029251
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||| ||    
T  9029118 gcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatgatcggagttt 9029217  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagca 214  Q
      ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  9029218 caattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagca 9029251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 214
Target Start/End: Original strand, 9034625 - 9034758
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||||| || ||| ||| ||||||||||| |||| ||    
T  9034625 gcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcggtggctatgatcggagttt 9034724  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagca 214  Q
      ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  9034725 caattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagca 9034758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Original strand, 9019231 - 9019420
Alignment:
Q  16 catcatcagctaccacaatgaagattcttttctt-cttttttgttgtcgtcttagccgtcaatgtagcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctc 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |  | || ||   ||| ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||    
T  9019231 catcatcagctactacaatgaag-ttcttctctttcttttttgttgtctttgtggctgt---tgtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctc 9019326  T
Q  115 cggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctttgattgtgttgtcaatgcttgctatctt 208  Q
    |||||||||  ||||||   || |||  ||||||| |||| | |||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  9019327 cggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggagcttcaattgtgttgtcaatgcttgccatctt 9019420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 218
Target Start/End: Original strand, 8962566 - 8962703
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||||| | |||| ||  |||||| || ||  ||| ||||||||||| |||||||    
T  8962566 gcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggagctt 8962665  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagcattga 218  Q
      |||||| | |||||||| |||||||| ||| |||||    
T  8962666 caattgtgctttcaatgctcgctatcttcaagaattga 8962703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 221
Target Start/End: Original strand, 8965281 - 8965421
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||||  | |||||||  |||||| |||||| |||  |||| ||||| |||||||    
T  8965281 gcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatgatcggagctt 8965380  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatgcttgctatctttaagcattgagaa 221  Q
      |||||| |||||||||| || ||||| ||| | ||||||    
T  8965381 caattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaagaactgagaa 8965421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 197
Target Start/End: Original strand, 8957126 - 8957242
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggagctt 180  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |  |||||  | |||||||  |||| | |||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  8957126 gcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgatcggagctt 8957225  T
Q  181 tgattgtgttgtcaatg 197  Q
      |||||| ||||||||    
T  8957226 caattgtgctgtcaatg 8957242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 123
Target Start/End: Original strand, 8988291 - 8988392
Alignment:
Q  16 catcatcagctaccacaatgaagattcttttcttcttttttgttgtcgtcttagccgtcaatgtagcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctcc 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||  |||| |||||||  |||| || |||| |   ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  8988291 catcatcagctaccacaatcaag-ttctt--cttcatttttgtcatcgtattcgccgcc---gtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctcc 8988384  T
Q  116 ggcaccag 123  Q
     |||||||    
T  8988385 agcaccag 8988392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 81 - 177
Target Start/End: Original strand, 9026159 - 9026255
Alignment:
Q  81 gcctcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaattcagtggctatgatgggag 177  Q
    ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||   ||||| | |||| || ||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  9026159 gcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatgatcggag 9026255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University