View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19403_high_1 (Length: 908)

Name: NF19403_high_1
Description: NF19403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19403_high_1
NF19403_high_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (12-852)||(28216780-28217625)
chr7 (12-893)||(28237652-28238525)
chr7 (12-606)||(28232823-28233427)
chr7 (848-893)||(28219526-28219571)
chr7 (754-805)||(28233430-28233481)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 852
Target Start/End: Original strand, 28216780 - 28217625
Alignment:
Q  12 aagaatatcattggctatttttaatttttctttggttgcattcagttcgtctcggcggttgctttcatgtcccagtacagattgaaattggtccataatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  28216780 aagaatatcattggctattttcaatttttctttggttgcattcagttcgtctcggcggttgctttcatgtcccaatacagattgaaattggtccgtaatc 28216879  T
Q  112 accttcccaagtaaagcagagcg-----------ccacaagcatatcactagccttttccaacccagactccttcacctcctgcacatcttttgcgaagc 200  Q
    ||||||| |||||||||| ||||           |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28216880 accttccgaagtaaagcacagcgaaggttgtatgccacaagcatctcactagccttttccaacccagactccttcacctcctgcacat-ttttgtgaagc 28216978  T
Q  201 ttagattgctgtccacaaaacctattccatcgaaactcctgtcccgcagcgatgctttatcagtctcttccattgggacacacgtcttctccttcttaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28216979 ttagattgctgtccacaaaacccattccatcaaaacacctgtcccacagcgatgctttttcagtctcttccattgggacacacgtcttctccttcttaat 28217078  T
Q  301 ctttttcctagataaaggaagaaccaccttagaattgcatgcagcggcctcattgttcaaaaggtagtgcagcaataggttctgtgtctgaaagtgacgg 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28217079 ctttttcctaggtaaaggaagaaccaccttagaatcgcatgcagcggaatcattgttcaaa-ggtggtgcagcaataggttctgtgtctgaaagtgacgg 28217177  T
Q  401 tgacccctcctctgagttccccccaccttttctcttgagcttgcagattgtaacaccactaacgtccaattttgcttcagcggcaccagattgcaaaatt 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28217178 tgacccctcctctgagtttcccccaccttttctcttgagcttgcagattgtaacaccactaacgtccaattttgcttcagcggcaccagattgcaaaact 28217277  T
Q  501 gtggctctcttttctctagcctttgccaaataggtcttgaactcggcgtcatttagcggtgacattcttcctacataacaacatgcaaatgcacaagctc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  28217278 gtggctctcttttctctagcctttgccaaataggtcttgaactcggcgtcatttagcggagacattcttcctacataacaacatgcaaatccacaagctt 28217377  T
Q  601 aaaaaagacattattgaaacatcggcaaaaaatatttatgaagtaaattctggagtccattaacatcaaattcattatctatcaagtccttacagcttat 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28217378 aaaaaagacattattgaaacatcggcaaaaaaaatttatgaagtaaattctggagtacattaacattaaattcattatctatcaagtccttgcagcttat 28217477  T
Q  701 gggaacaaaagtctctaagaattttactgcatatctctcggattcggtcaaacttatcataatcgaagtctttgagataggcaggttccctctcccaata 800  Q
    ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28217478 gggaacaaaagac---aagaattttactgcatatctctcagattcggtc-aacttatcataatcaaagtctttgagataggcaggttccctctcccaata 28217573  T
Q  801 caaaggaaacttgtgccatccagagttatcgaaaatgatttcggtacaagaa 852  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28217574 caaaggaaacttgtgccatccagagttatcgaaaatgatttcagtacaagaa 28217625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 893
Target Start/End: Original strand, 28237652 - 28238525
Alignment:
Q  12 aagaatatcattggctatttttaatttttctttggttgcattcagttcgtctcggcggttgctttcatgtcccagtacagattgaaattggtccataatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28237652 aagaatatcattggctattttcaatttttctttggttgcattcagttcgtcttggcagttgctttcatgtcctagtacagattgaaattggtccataatc 28237751  T
Q  112 accttcccaagtaaagcagagcg-----------ccacaagcatatcactagccttttccaacccagactccttcacctcctgcacatcttttgcgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||           |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28237752 accttcccaagtaaagcagagcgaaggttgtacgccacaagcatctcactagctttttccaacccagactccttcacctcctgcacatcttttgcgaagc 28237851  T
Q  201 ttagattgctgtccacaaaacctattccatcgaaactcctgtcccgcagcgatgctttatcagtctcttccattgggacacacgtcttctccttcttaat 300  Q
     |||||| |||||||||||| | |||||||| || ||||  |||| |||||||||                ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28237852 atagatttctgtccacaaaatccattccatcaaacctcccatcccacagcgatgc----------------attgggacacaagt-ttctccttcttaat 28237934  T
Q  301 ctttttcctagataaaggaagaaccaccttagaattgcatgcagcggcctcattgttcaaaaggtagtgcagcaataggttctgtgtctgaaagtgacgg 400  Q
    | ||||||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28237935 ccttttcctaggtgaaggaagaacagccttagaatcgcatgcagcggcctcattgttcaaa-ggttgtgcagcaataggttctgcgtctgaaagtgacgg 28238033  T
Q  401 tgacccctcctctgagttccccccaccttttctcttgagcttgcagattgtaacaccactaacgtccaattttgcttcagcggcaccagattgcaaaatt 500  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |    
T  28238034 tgacccctcctttgagtttcccccaccttttctcttgagcttgcagattgcaacaccactaacgtccaagtttgcttcagcatcaccagattgcaacact 28238133  T
Q  501 gtggctctcttttctctagcctttgccaaataggtcttgaactcggcgtcatttagcggtgacattcttcctacataacaacatgcaaatgcacaagctc 600  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28238134 gtggctctcttttctctatccttcgccaaataggtcttgaactcctcttcatttagtggagacattcttcctacataacaacatgcaaatgcacaagctt 28238233  T
Q  601 aaaaaagacattattgaaacatcggcaaaaaatatttatgaagtaaattctggagtccattaacatcaaattcattatctatcaagtccttacagcttat 700  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  28238234 aaaaaagacattatcgaaacatcggcaaaaaaaatttatgaagtaaattctggagtccatcagcatcaaattcgttatctatcaagtccttacaacttat 28238333  T
Q  701 gggaacaaaagtctctaagaattttactgcatatctctcggattcggtcaaacttatcataatcgaagtctttgagataggcaggttccctctcccaata 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28238334 gggaacaaaagtctctaagaattttactgcatatctctcggattcggtc-aacttatcctaatcaaagcctttgagataggcaggttccctctcccaata 28238432  T
Q  801 caaaggaaacttgtgccatccagagttatcgaaaatgatttcggtacaagaaaaaccatgcaggaacaatgtcatgtgcatttcggtcatttt 893  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28238433 gaaaggaaacttgtgccatccagagttatcgaaaatgatttcggtacaagaaaaaccatgcaggaacaatgtcatgtgcatttcggtcatttt 28238525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 12 - 606
Target Start/End: Original strand, 28232823 - 28233427
Alignment:
Q  12 aagaatatcattggctatttttaatttttctttggttgcattcagttcgtctcggcggttgctttcatgtcccagtacagattgaaattggtccataatc 111  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| | |||||||| || || ||| ||||||||| |||||    
T  28232823 aagagtatcattggctattttcaattttcctttggttgcaatcagttcgtcttggcagttgctatgatgtcccactaaagcttggaattggtccgtaatc 28232922  T
Q  112 accttcccaagtaaagcagagcg-----------ccacaagcatatcactagccttttccaacccagactccttcacctcctgcacatcttttgcgaagc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||           ||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28232923 accttcccaagtaaagcagagcgaaggctgtacgccacaagaatctcaccagctttttccaacccagactccttcacctcctgcacgtcttttgtgaagc 28233022  T
Q  201 ttagattgctgtccacaaaacctattccatcgaaactcctgtcccgcagcgatgctttatcagtctcttccattgggacacacgtcttctccttcttaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28233023 ttagattgctgtccacaaaacccattccatcgaacctcctgtcccacagcgatgctatatcagtcccttccattgggacacaagtcttctccttcttaat 28233122  T
Q  301 ctttttcctagataaaggaagaaccaccttagaattgcatgcagcggcctcattgttcaaaaggtagtgcagcaataggttctgtgtctgaaagtgacgg 400  Q
    | ||||||||| | ||| ||||||||||||||||   |||||||| |||   ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28233123 ccttttcctaggtgaagaaagaaccaccttagaaccacatgcagctgccatgttgttcaaacg-tggtgcagcaataggttctttgtctgaaagtgacgg 28233221  T
Q  401 tgacccctcctctgagttccccccaccttttctcttgagcttgcagattgtaacaccactaacgtccaattttgcttcagcggcaccagattgcaaaatt 500  Q
    || ||| | || |||| | || ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  28233222 tggcccattctttgagcttccgccaccttttcttttgagtttgcggattgtaacactactaacgtccaattttgcttcagcagcaccagattgcaaaacc 28233321  T
Q  501 gtggctctcttttctctagcctttgccaaataggtcttgaactcggcgtcatttagcggtgacattcttcctacataacaacatgcaaatgcacaagctc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||     
T  28233322 gtggctctcttttctctagccttagccaaataggtcttgaactcggcttcatttagcggagacattcttcctgcataataacatgcaaatgtacaagctt 28233421  T
Q  601 aaaaaa 606  Q
    ||||||    
T  28233422 aaaaaa 28233427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 848 - 893
Target Start/End: Original strand, 28219526 - 28219571
Alignment:
Q  848 aagaaaaaccatgcaggaacaatgtcatgtgcatttcggtcatttt 893  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28219526 aagaaaaaccatgcaggaacaatgtcatgtgcatttcggtcatttt 28219571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 754 - 805
Target Start/End: Original strand, 28233430 - 28233481
Alignment:
Q  754 ttatcataatcgaagtctttgagataggcaggttccctctcccaatacaaag 805  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  28233430 ttatcataatcgaatcctttgatataggcaggctccctctcccaacacaaag 28233481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University