View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19403_low_7 (Length: 614)

Name: NF19403_low_7
Description: NF19403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19403_low_7
NF19403_low_7
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-595)||(8294716-8295296)
chr6 (15-595)||(33256459-33257039)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (15-595)||(577-1157)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (164-323)||(46720649-46720808)
chr3 (367-461)||(46720520-46720614)
chr3 (455-545)||(46720409-46720498)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (329-595)||(894764-895033)
chr8 (15-595)||(905290-905879)
chr8 (11-190)||(895178-895357)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 8295296 - 8294716
Alignment:
Q  15 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295296 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttctttatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 8295197  T
Q  115 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295196 gttttcaaccgatgcacatgatgttgcgaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctcaggagctgttttattctctttatttctcactatt 8295097  T
Q  215 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8295096 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttaggatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 8294997  T
Q  315 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294996 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 8294897  T
Q  415 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294896 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 8294797  T
Q  515 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 595  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294796 gcaaacatgtcaatgtgtttaaggtggttggaaaatcaacaaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 8294716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 595
Target Start/End: Original strand, 33256459 - 33257039
Alignment:
Q  15 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  33256459 cacaaatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcacttctttcaaaaactaaccttgttgctttagtttgcagcat 33256558  T
Q  115 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 214  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  33256559 gttttcaaccgatgcacacgatgtagctaaacatttcaaccttttgtcttaccttttcttttcttcaggagctgttttattctctttctttctcactctt 33256658  T
Q  215 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 314  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33256659 ccaaacctcgatgatgctgcatctactcagttcttaggatcaagttatgaaatggtaaatgttcctggtttttctattcctttccatgtcaaagagcttc 33256758  T
Q  315 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 414  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33256759 cagacccgtttaactgtgaaagatcaagtgatacctacaaatcaatccttgatgtgtgtcaaaaatcgtcattgtttgatggtgttataatcaatacttt 33256858  T
Q  415 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 514  Q
    || | ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  33256859 cagtaatttggaactggaagccgtaagggtacttcaagacagagagaaacctagtgtttttccggttggacctatcattagaaatgagtcaaataatgaa 33256958  T
Q  515 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 595  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  33256959 gcaaacatgtcagtgtgtttaaggtggttggaaaatcagccaccaagttctgttatttttgtctcctttggaagtggtgga 33257039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 595
Target Start/End: Original strand, 577 - 1157
Alignment:
Q  15 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  577 cacaaatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcacttctttcaaaaactaaccttgttgctttagtttgcagcat 676  T
Q  115 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 214  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  677 gttttcaaccgatgcacacgatgtagctaaacatttcaaccttttgtcttaccttttcttttcttcaggagctgttttattctctttctttctcactctt 776  T
Q  215 ccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttc 314  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  777 ccaaacctcgatgatgctgcatctactcagttcttaggatcaagttatgaaatggtaaatgttcctggtttttctattcctttccatgtcaaagagcttc 876  T
Q  315 ccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatacttt 414  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  877 cagacccgtttaactgtgaaagatcaagtgatacctacaaatcaatccttgatgtgtgtcaaaaatcgtcattgtttgatggtgttataatcaatacttt 976  T
Q  415 cactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaa 514  Q
    || | ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  977 cagtaatttggaactggaagccgtaagggtacttcaagacagagagaaacctagtgtttttccggttggacctatcattagaaatgagtcaaataatgaa 1076  T
Q  515 gcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 595  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  1077 gcaaacatgtcagtgtgtttaaggtggttggaaaatcagccaccaagttctgttatttttgtctcctttggaagtggtgga 1157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 164 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 46720808 - 46720649
Alignment:
Q  164 taccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactattccaaaccttgatgaagctgcatcaactcagttcttagaatcaagttatg 263  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  46720808 taccttttcttgtcctcagtagctgttttattctctttgtttctcactattccaaaccttgatgaagttgcttcaactcagttcttcgaatcaaattatg 46720709  T
Q  264 aaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaagagcttcccgacccgt 323  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| ||| | |||||||    
T  46720708 aaacagtaaatgttcctagtttttctattccattccatgtcaaagatctttcagacccgt 46720649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 367 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 46720614 - 46720520
Alignment:
Q  367 tgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagaga 461  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| |||||||    
T  46720614 tgtgtgtccaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaactggaagccataagggtacttagagagagagaga 46720520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 455 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 46720498 - 46720409
Alignment:
Q  455 agagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcatgtcaatatgtttaaggtggttgg 545  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||    
T  46720498 agagagaaccctagtgtttatccg-ttggacctgccattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcatgtcagtgtgttcaaggttgttgg 46720409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 329 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 895033 - 894764
Alignment:
Q  329 tgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaatactttcactgatttggaac 428  Q
    |||||||||||||||   |  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||    
T  895033 tgtgaaagatcaagtttagagtacaaatcatttcttgatgtgtgtcaaaaattctcattagttgatggtgttatcataaacactttcaatgatttggaac 894934  T
Q  429 cggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaataatgaagcaagcat---gtc 525  Q
    | || ||||||||| |||||||||| | |||||||||| || ||||||| || |||||  |    || |||||||| |||  |||||  | |||    ||    
T  894933 ctgaggtcataaggcttcttcaagaaaaagagaaaccttgtttttatccagtgggacccctccacagaaatgagtctaattgtgaagataacattaattc 894834  T
Q  526 aatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 595  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||    
T  894833 aatgtgtttaaggtggttggagaatcaaccaccaagttctgttctttatgtatgttttgggagtggtgga 894764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 595
Target Start/End: Original strand, 905290 - 905879
Alignment:
Q  15 cacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttcagcat 114  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||| ||| ||||| | ||  |  |    
T  905290 cacaaatgaaactcattgtgaaacattctattccatttctacaagaagaagtaaaatcactcatttccaaaactaaccttgtttctttaatctttggtct 905389  T
Q  115 gttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgttttattctctttatttctcactatt 214  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  | |  || |||||||||| | |||| || ||| ||| ||| || || ||||||||| ||    
T  905390 attctcaaccgatgcacatgaagttgctaaacaattcaatttatcttcttaccttttctatgcctcgggtgctctttcattgtcattctttctcactctt 905489  T
Q  215 ccaaaccttgatgaagctgcatcaact----cag--ttcttagaatcaagttatgaaacagtaaatattcctggtttttctattcctctccatatcaaag 308  Q
    || || || || ||  |||  ||  ||    |||  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| |||| |   || ||  | ||||||||||    
T  905490 ccgaatctcgacgactctgtttcctctgaagcagaattcttagaatcagcttatgaaactgtgaatattccaggttgtgtcatcccatttcatatcaaag 905589  T
Q  309 agcttcccgacccgtttatctgtgaaagatcaagtgatgcctacaaatcaattcttgatgtgtgtcaaaaattatcattgtttgatggtgttattatgaa 408  Q
    |  |||| ||     || | ||||||||||||| ||     ||||||  | ||||||| || ||||||||| |  ||||  |||||||| |||| || |     
T  905590 atattccagaaataattctatgtgaaagatcaaatgtaaattacaaaatatttcttgaagtttgtcaaaaactcacattagttgatggttttataatcag 905689  T
Q  409 tactttcactgatttggaaccggaagtcataagggttcttcaagatagagagaaacctagtgtttatccggttggacctatgattaggaatgagtcaaat 508  Q
     ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| |||    
T  905690 cactttcactgatttggagccagatgttataagggttcttcaagaaaaagagaaaccttgtgtttatccagtgggacccattattagaaatgagtctaat 905789  T
Q  509 aatgaagcaagcat---gtcaatatgtttaaggtggttggaaaatcaaccaccaagttctgttctttttgtctcttttggaagtggtgga 595  Q
      |||||  | |||    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||    
T  905790 tgtgaagataacattaattcaatgtgtttaaggtggttggagaatcaacctccaaattctgttctttatgtatgttttgggagtggtgga 905879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 895357 - 895178
Alignment:
Q  11 gcagcacagatgaaactcatagtgaaacactctattccatttcttcatgaagaagtaaaatcactcctttcaaaaactcgcctagttgctttagttttca 110  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||  ||| ||| ||||| | ||||    
T  895357 gcagcacaaatgaaactcattgtgaaacattctattccatttcttcaacaagaagttaaatcactcatttccaaaactaaccttgtttctttaatcttca 895258  T
Q  111 gcatgttttcaaccgatgcacatgatgttgctaaacatttcaaccttttatcataccttttcttttcctctggagctgtt 190  Q
    | || |||||||| |||||| |||| ||||| ||||| || ||| | |  || |||||||||| | |||| |||||||||    
T  895257 gtatattttcaacagatgcatatgaagttgccaaacaatttaacttgtcttcttaccttttctatgcctcaggagctgtt 895178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University