View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19404_high_4 (Length: 385)

Name: NF19404_high_4
Description: NF19404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19404_high_4
NF19404_high_4
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (9-365)||(15195952-15196308)
chr1 (9-365)||(15216370-15216726)
chr1 (9-365)||(15195301-15195657)
chr1 (9-365)||(15215719-15216075)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (9-362)||(17563388-17563741)
chr5 (13-266)||(17570488-17570741)
chr5 (33-266)||(17621843-17622076)
chr5 (105-312)||(17683591-17683798)
chr5 (37-266)||(17690563-17690789)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (9-362)||(14764858-14765211)
chr7 (13-266)||(14757794-14758047)
chr7 (105-266)||(14661463-14661624)
chr7 (37-351)||(14652963-14653274)
chr7 (144-266)||(14749875-14749997)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-362)||(24395278-24395618)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15196308 - 15195952
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15196308 atcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagtgagccacttcttggac 15196209  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196208 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 15196109  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  15196108 tgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgatgacttcata 15196009  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196008 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 15195952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15216726 - 15216370
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15216726 atcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagtgagccacttcttggac 15216627  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216626 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 15216527  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  15216526 tgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgatgacttcata 15216427  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216426 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 15216370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 9 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15195657 - 15195301
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195657 atcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 15195558  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15195557 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagtaaaca 15195458  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||    
T  15195457 tgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgattacttcata 15195358  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 365  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15195357 cattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccggt 15195301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 9 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15216075 - 15215719
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216075 atcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 15215976  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15215975 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagtaaaca 15215876  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||    
T  15215875 tgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgattacttcata 15215776  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatccggt 365  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15215775 cattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccggt 15215719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 362
Target Start/End: Original strand, 17563388 - 17563741
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    |||||||| ||| |||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||    
T  17563388 atcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatagagtgagccactacttggac 17563487  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||    
T  17563488 cctagcactgaaacgaagattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggttagtaaaca 17563587  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| ||||||||| || |||||| |   ||||||| |||||||||| ||||||    
T  17563588 tgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatacgtgaagtgatgacttcata 17563687  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatcc 362  Q
    | | | |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  17563688 cgtcaaagaccacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggatcc 17563741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 13 - 266
Target Start/End: Original strand, 17570488 - 17570741
Alignment:
Q  13 cagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggacccta 112  Q
    |||||||| || ||||||| |||||| || |||||||| ||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||||| || |||||| || ||||||||    
T  17570488 cagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatagaatgtgccactacttggacccta 17570587  T
Q  113 gcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgat 212  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  17570588 gcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggttagtaaacatgct 17570687  T
Q  213 tggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    | ||| |||||||||||||||| || | |||||||||||| |||| ||||||||    
T  17570688 ttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgt 17570741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 17622076 - 17621843
Alignment:
Q  33 tgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattact 132  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| | | |||||||||| ||| |  | ||| ||||| ||  || |||  ||| ||    
T  17622076 tgattgtggggattatctcaagaaagctgagaggcggctgaatgaggaattggatagagtgaaccattatttggatcctaggaccaaagagactattgct 17621977  T
Q  133 attgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataaatatgaag 232  Q
    | | |||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  17621976 aatatggtggtgaaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaaacatgatttgtggtgataaatatgaag 17621877  T
Q  233 atctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    |  || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  17621876 acttgggtagaatgtataacttgttccgtcgtgt 17621843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 105 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 17683798 - 17683591
Alignment:
Q  105 ggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagta 204  Q
    ||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  17683798 ggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgta 17683699  T
Q  205 aacatgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgattt 304  Q
    |||||| || ||| | |||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||    | |||||| ||| |||||| ||||| |||||| |    
T  17683698 aacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgggttcctgatggtctctcaaaaatacaagaagcgatgatct 17683599  T
Q  305 catacatt 312  Q
    || |||||    
T  17683598 cacacatt 17683591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 17690789 - 17690563
Alignment:
Q  37 tgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattg 136  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||||| | || ||||||||| ||  ||||||||    || | || ||||||||  ||| ||||||| |||| || ||    
T  17690789 tgtggggattatctcaagaaagttgagaggtgcttgaatgaggaaacggatagagtt---cattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatg 17690693  T
Q  137 tggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataaatatgaagatct 236  Q
     | | |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||||||||||||| |    
T  17690692 cgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgcctagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgatttgtggtactaaatatgaagattt 17690593  T
Q  237 gagtagaatgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    |   |||||||||||| ||||||| |||||    
T  17690592 ggaaagaatgtataacttgttccgacgtgt 17690563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 9 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 14765211 - 14764858
Alignment:
Q  9 atcacagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggac 108  Q
    |||||||| ||| |||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||    
T  14765211 atcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatagagtgagccactacttggac 14765112  T
Q  109 cctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaaca 208  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||    
T  14765111 cctagcactgaaacgaaaattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggttagtaaaca 14765012  T
Q  209 tgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcata 308  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| ||||||||| || |||||| |   ||||||| |||||||||| ||||||    
T  14765011 tgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatacgtgaagtgatgacttcata 14764912  T
Q  309 cattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatcc 362  Q
      | | |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  14764911 agtcaaagacaacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggatcc 14764858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 14758047 - 14757794
Alignment:
Q  13 cagaaattgattgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggacccta 112  Q
    |||||||| || ||||||| |||||| || |||||||| ||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||||| || |||||| ||  |||||||    
T  14758047 cagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatagaatgtgccactacttagacccta 14757948  T
Q  113 gcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgat 212  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  14757947 gcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggttagtaaacatgct 14757848  T
Q  213 tggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    | ||| |||||||||||||||| || | |||||||||||| |||| ||||||||    
T  14757847 ttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgt 14757794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 105 - 266
Target Start/End: Original strand, 14661463 - 14661624
Alignment:
Q  105 ggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagta 204  Q
    ||||||||  ||| ||||||| |||| || || | | |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  14661463 ggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgta 14661562  T
Q  205 aacatgattggtgatgataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    |||||| || ||| | |||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||||||||    
T  14661563 aacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgtgt 14661624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 351
Target Start/End: Original strand, 14652963 - 14653274
Alignment:
Q  37 tgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattg 136  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||   |||||||||||| ||  ||||||||    || | || ||||||||  ||| ||||||| |||| || ||    
T  14652963 tgtggggattatctcaagaaagttgagagatgcctgaatgaggaaacggatagagtt---cattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatg 14653059  T
Q  137 tggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataaatatgaagatct 236  Q
     | | |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |  ||||||||||||| |    
T  14653060 cgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagattt 14653159  T
Q  237 gagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcatacattagagactatggtaagcagcttgtt 336  Q
    |   |||||||||||| ||||||| |||||      |||||| ||| |||||  |||||||||||| ||| ||||| |||  | || |||  ||||||||    
T  14653160 ggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtgatgatctcacacattcgagtgtctgttaacaagcttgtt 14653259  T
Q  337 actggtccagaaagg 351  Q
    |||| |||| |||||    
T  14653260 actgatccaaaaagg 14653274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 144 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 14749997 - 14749875
Alignment:
Q  144 gaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataaatatgaagatctgagtaga 243  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||| | ||| || |||||    
T  14749997 gaaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatccaattgcagaattctgggttagtaaacatgctttgtggtgataaatataacgatttgggtaga 14749898  T
Q  244 atgtataacctgttccgtcgtgt 266  Q
    ||||||||| |||||| ||||||    
T  14749897 atgtataacttgttccatcgtgt 14749875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 24395618 - 24395278
Alignment:
Q  22 attgagtgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatagagtgagccacttctggga-ccctagcactcaa 120  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||| ||| ||||||||  |||| | |  ||| ||| || ||| ||    
T  24395618 attgagtgttgtgattgtggtgattatcttaagaaagctgaaaggcgtctgaatgaggaaatggatagagttggccattacatggatcccgag-actgaa 24395520  T
Q  121 aagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatg 220  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| | ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || ||||||    
T  24395519 aagaagattaataaagtggtggagacgcagatgattgaaaatcacatgctcaggttaatccatatggagaattctggtttagtcaacatgctttgtgatg 24395420  T
Q  221 ataaatatgaagatctgagtagaatgtataacctgttccgtcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgatttcatacattagagacta 320  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||| |||||   ||  ||||| |   |||||||||| ||||||| || | |||| || || |     
T  24395419 ataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttccgccgtgtagccgacggtcttttgaaaatacgagaggtgatgactttacacataagggaatc 24395320  T
Q  321 tggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaatcc 362  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||| ||||    
T  24395319 tggtaaacagcttgttacagatcctgaaagattgaaggatcc 24395278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University