View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19405_low_17 (Length: 274)

Name: NF19405_low_17
Description: NF19405
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19405_low_17
NF19405_low_17
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (26-263)||(2856021-2856258)
chr3 (16-263)||(2768759-2769006)
chr3 (16-263)||(2758904-2759151)
chr3 (22-263)||(2748688-2748929)
chr3 (16-263)||(2838804-2839048)
chr3 (32-263)||(2818247-2818478)
chr3 (47-263)||(5412597-5412813)
chr3 (16-263)||(2797051-2797298)
chr3 (16-263)||(2790048-2790304)
chr3 (33-153)||(2807070-2807190)
chr3 (211-263)||(2755734-2755786)
chr3 (71-129)||(22648771-22648829)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (40-259)||(6377-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 26 - 263
Target Start/End: Original strand, 2856021 - 2856258
Alignment:
Q  26 gcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgca 125  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2856021 gcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgca 2856120  T
Q  126 attttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatatt 225  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  2856121 attttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatgtatcaaccgaaggtatt 2856220  T
Q  226 catcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2856221 catcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2769006 - 2768759
Alignment:
Q  16 tgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaat 115  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2769006 tgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaat 2768907  T
Q  116 ctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaac 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |||  || ||||||||| ||||   || |||||||||||||| |||||    
T  2768906 ctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaac 2768807  T
Q  216 cgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2768806 cgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2759151 - 2758904
Alignment:
Q  16 tgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaat 115  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||    
T  2759151 tgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaat 2759052  T
Q  116 ctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaac 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| || |||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  2759051 ctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttgttgaatacagatccgctaccaggaggattggccgtatggatcagc 2758952  T
Q  216 cgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  2758951 cgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2748929 - 2748688
Alignment:
Q  22 tgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctga 121  Q
    |||||||||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  2748929 tgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcaga 2748830  T
Q  122 tgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaaga 221  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | || | |||||||||||||||| || | ||||||     
T  2748829 tgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagccgaagg 2748730  T
Q  222 tattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2748729 tattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Original strand, 2838804 - 2839048
Alignment:
Q  16 tgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| || ||| ||||| |||||    
T  2838804 tgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaat 2838903  T
Q  116 ctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaac 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||    | |  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||||||| || |      
T  2838904 ctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttg---gagtcatgcataaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagt 2839000  T
Q  216 cgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2839001 cgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2818478 - 2818247
Alignment:
Q  32 ggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaatttta 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  2818478 ggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttca 2818379  T
Q  132 tgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaa 231  Q
    | ||||||| ||||||| || |||   |||| ||  |||   || |||||||  | |||  ||| ||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  2818378 taacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatcaaaagaaggtattcatcaa 2818279  T
Q  232 tgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2818278 tgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 47 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 5412813 - 5412597
Alignment:
Q  47 tgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacggggaatcaaa 146  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||| |||||||||||    
T  5412813 tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaa 5412714  T
Q  147 gttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgc 246  Q
    ||||||||   ||||| ||  |||  |||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| || | |||| | ||||| ||||||||||||||| |||    
T  5412713 gttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttcaatgc 5412614  T
Q  247 gaaatgatgcttctctc 263  Q
    |||||||||||||||||    
T  5412613 gaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2797298 - 2797051
Alignment:
Q  16 tgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaat 115  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| || |||    
T  2797298 tgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaat 2797199  T
Q  116 ctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaac 215  Q
    ||| ||||| || |  ||| ||| |||||| ||||||||| | |||| ||  |||  |||||||||||| | |||  |||||| ||||||||| |||| |    
T  2797198 ctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagc 2797099  T
Q  216 cgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
     |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2797098 tgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2790304 - 2790048
Alignment:
Q  16 tgttgctgctgcttgtggatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaat 115  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||  | |||    
T  2790304 tgttgctgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaat 2790205  T
Q  116 ctctgatgcaattttatgacggggaatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacg---tccatgaggattg------gcccta 206  Q
    ||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  |||  || |||||||  |||   ||||  |||||||      ||||||    
T  2790204 ctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgcccta 2790105  T
Q  207 tggatcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    || || | |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2790104 tgcatgagccgaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 33 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 2807190 - 2807070
Alignment:
Q  33 gatccttgttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttat 132  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  | ||||  ||||| || | ||    
T  2807190 gatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgat 2807091  T
Q  133 gacggggaatcaaagttttga 153  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2807090 gacggggaatcaaagttttga 2807070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 211 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2755786 - 2755734
Alignment:
Q  211 tcaaccgaagatattcatcaatgacatcttcagtgcgaaatgatgcttctctc 263  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2755786 tcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 129
Target Start/End: Original strand, 22648771 - 22648829
Alignment:
Q  71 gcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattt 129  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22648771 gcttttttccttgattccacgaataaataacttaatgtcttgaatctcggatgcaattt 22648829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 259
Target Start/End: Original strand, 6377 - 6596
Alignment:
Q  40 gttcatgtgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccgcgaattgacaacttaatgtcctgaatctctgatgcaattttatgacgggg 139  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || | |||  | |     
T  6377 gttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgaga 6476  T
Q  140 aatcaaagttttgattcggcttgtaacattgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatggatcaaccgaagatattcatcaatgacatct 239  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||  |||  |||||| ||||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  6477 aatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatct 6576  T
Q  240 tcagtgcgaaatgatgcttc 259  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  6577 tcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University