View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19406_low_2 (Length: 621)

Name: NF19406_low_2
Description: NF19406
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19406_low_2
NF19406_low_2
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (16-604)||(23669559-23670147)
chr3 (16-604)||(24041835-24042423)
chr3 (301-604)||(23685242-23685544)
chr3 (301-604)||(24057479-24057781)
chr3 (438-604)||(23674290-23674456)
chr3 (438-604)||(24046566-24046732)
chr3 (30-200)||(23685678-23685852)
chr3 (30-200)||(24057915-24058089)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (410-604)||(35680698-35680892)
chr8 (410-586)||(35685959-35686135)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 23670147 - 23669559
Alignment:
Q  16 atataaaagagacaacaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23670147 atataaaagagacaacaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacga 23670048  T
Q  116 agataagagagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaaccacgttctctgctttc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23670047 agataagagagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaaccacgttctctgctttc 23669948  T
Q  216 ataaatatatacacnnnnnnngttagggttagggtgagttaataaaaaggataaccacaatttcttatattgtgctgatcctaatttgcagaaaaaatgg 315  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23669947 ataaatatatacactttttttgttagggttagggtgagttgataaaaaggataaccacaatttcttatattgtgctgatcctaatttgcaggaaaaatgg 23669848  T
Q  316 caactttagtcgaccccgtgaacagaagaaggccaatgagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtaccgtccaat 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23669847 caactttagtccaccccgtgaacagaaaaaggccaaggagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtaccgtccaat 23669748  T
Q  416 caagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23669747 caagcctattggccgaggaacatatggcgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaacgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgat 23669648  T
Q  516 gattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 604  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23669647 gattgtggtgatgcactcagaactttaagggagatgaagttgcttcgacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 23669559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 24042423 - 24041835
Alignment:
Q  16 atataaaagagacaacaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24042423 atataaaagagacaacaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacga 24042324  T
Q  116 agataagagagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaaccacgttctctgctttc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24042323 agataagagagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaaccacgttctctgctttc 24042224  T
Q  216 ataaatatatacacnnnnnnngttagggttagggtgagttaataaaaaggataaccacaatttcttatattgtgctgatcctaatttgcagaaaaaatgg 315  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24042223 ataaatatatacactttttttgttagggttagggtgagttgataaaaaggataaccacaatttcttatattgtgctgatcctaatttgcaggaaaaatgg 24042124  T
Q  316 caactttagtcgaccccgtgaacagaagaaggccaatgagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtaccgtccaat 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24042123 caactttagtccaccccgtgaacagaaaaaggccaaggagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatacaaagtaccgtccaat 24042024  T
Q  416 caagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24042023 caagcctattggccgaggaacatatggcgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaacgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgat 24041924  T
Q  516 gattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 604  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24041923 gattgtggtgatgcactcagaactttaagggagatgaagttgcttcgacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 24041835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 301 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 23685544 - 23685242
Alignment:
Q  301 ttgcagaaaaaatggcaactttagtcgaccccgtgaacagaagaaggccaatgagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatac 400  Q
    |||||| || ||||||||||||||| || |||| || |||||  ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23685544 ttgcaggaataatggcaactttagtggaacccgagatcagaaataggccaaggagaaagcattgttatacaatgtgggaaacattgtttgatattcatac 23685445  T
Q  401 aaagtaccgtccaatcaagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagatt 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23685444 aaagtatcgtccaatcaagcctattggccgagcaacatatggcatggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagatt 23685345  T
Q  501 agcaacgtatttgatgattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatg 600  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23685344 agcaatgtatttgatgattgtggtgacgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatg-tcggcatgagaatgtgattgctctgaaagatg 23685246  T
Q  601 ttat 604  Q
    ||||    
T  23685245 ttat 23685242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 301 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 24057781 - 24057479
Alignment:
Q  301 ttgcagaaaaaatggcaactttagtcgaccccgtgaacagaagaaggccaatgagaaagcattgttataagatgtgggaaacattgtttgatattcatac 400  Q
    |||||| || ||||||||||||||| || |||| || |||||  ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24057781 ttgcaggaataatggcaactttagtggaacccgagatcagaaataggccaaggagaaagcattgttatacaatgtgggaaacattgtttgatattcatac 24057682  T
Q  401 aaagtaccgtccaatcaagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagatt 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24057681 aaagtatcgtccaatcaagcctattggccgagcaacatatggcatggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagatt 24057582  T
Q  501 agcaacgtatttgatgattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatg 600  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24057581 agcaatgtatttgatgattgtggtgacgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatg-tcggcatgagaatgtgattgctctgaaagatg 24057483  T
Q  601 ttat 604  Q
    ||||    
T  24057482 ttat 24057479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 438 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 23674456 - 23674290
Alignment:
Q  438 tatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgatgattgcggtgatgcactgagaa 537  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||    ||||||||| ||||    
T  23674456 tatgttgtggtgtgctcagccatcagtaaggagaccaatgagaaagtcgcaatgaagaagattagcaatgtatttgataatttgattgatgcactaagaa 23674357  T
Q  538 ctttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 604  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||    
T  23674356 ctttatgggagatgaagcttcttagacatgttcggcacgagaatgtgatcactttgaaagatgttat 23674290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 438 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 24046732 - 24046566
Alignment:
Q  438 tatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgtatttgatgattgcggtgatgcactgagaa 537  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||    ||||||||| ||||    
T  24046732 tatgttgtggtgtgctcagccatcagtaaggagaccaatgagaaagtcgcaatgaagaagattagcaatgtatttgataatttgattgatgcactaagaa 24046633  T
Q  538 ctttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 604  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||    
T  24046632 ctttatgggagatgaagcttcttagacatgttcggcacgagaatgtgatcactttgaaagatgttat 24046566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 23685852 - 23685678
Alignment:
Q  30 acaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacgaagataa-------g 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||       |    
T  23685852 acaaaccctaaaacccagcgtttcaatagctattcatactgtataaatagaaaaccctaatctaataagcacaactagattcacgaagataagagataag 23685753  T
Q  123 agagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaacc 200  Q
    ||| ||||||  ||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  23685752 agaaaaggaagttacaaaccattccaatcagagtaaagacgatcactgccaagttcacc---ggtgaggcttctaacc 23685678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24058089 - 24057915
Alignment:
Q  30 acaaaccctaaaacccagtgtttcaataactattcagactataaaaatagaaaaccctaatctattaagcacaactagattaacgaagataa-------g 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||       |    
T  24058089 acaaaccctaaaacccagcgtttcaatagctattcatactgtataaatagaaaaccctaatctaataagcacaactagattcacgaagataagagataag 24057990  T
Q  123 agagaaggaatatacaaaccatcacagtaagagtaaagacgatcactgccaagttcaccagtagtgaggcttctaacc 200  Q
    ||| ||||||  ||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  24057989 agaaaaggaagttacaaaccattccaatcagagtaaagacgatcactgccaagttcacc---ggtgaggcttctaacc 24057915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 410 - 604
Target Start/End: Original strand, 35680698 - 35680892
Alignment:
Q  410 tccaatcaagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgta 509  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||    
T  35680698 tccaattaaggctattggcagaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaataaagatactgatgagaaagttgcaattaagaagattagcaatata 35680797  T
Q  510 tttgatgattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgatttctctgaaagatgttat 604  Q
    |||||| ||||   |||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| || |||||||||||| || |||||||||||||    
T  35680798 tttgataattgtattgattcagtgagaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacacgagaatgtgattgctttgaaagatgttat 35680892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 410 - 586
Target Start/End: Original strand, 35685959 - 35686135
Alignment:
Q  410 tccaatcaagcctattggccgaggaacatatggtgtggtgtgctcatccatcaatatggataccaatgagaaagtggcaatcaagaagattagcaacgta 509  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |     
T  35685959 tccaatcaaggctattggcagaggagcaaatggtttggtgtgttcatctatcaataaggatactaatgagaaagttgcaattaagaagattagcaacatc 35686058  T
Q  510 tttgatgattgcggtgatgcactgagaactttaagggagatgaagttgcttagacatgttcggcatgagaatgtgat 586  Q
    |||||| |||| | |||| || ||| ||||||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||| ||||||||    
T  35686059 tttgataattgtgttgattcaatgaaaactttaagggagatgatgctgcttagaaatattcgacatgaaaatgtgat 35686135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University