View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19409_low_3 (Length: 854)

Name: NF19409_low_3
Description: NF19409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19409_low_3
NF19409_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-834)||(9171379-9172194)
[»] chr1 (28 HSPs)
chr1 (82-831)||(9257000-9257731)
chr1 (80-831)||(9299979-9300721)
chr1 (40-834)||(9466177-9466959)
chr1 (25-829)||(9364284-9365076)
chr1 (25-829)||(9337425-9338214)
chr1 (83-834)||(9242026-9242765)
chr1 (80-834)||(8926833-8927578)
chr1 (80-834)||(8939259-8940001)
chr1 (152-831)||(8962189-8962856)
chr1 (317-582)||(9236122-9236387)
chr1 (318-644)||(9420401-9420727)
chr1 (318-644)||(9437484-9437810)
chr1 (698-834)||(8861890-8862026)
chr1 (319-568)||(9125095-9125344)
chr1 (317-582)||(9377846-9378111)
chr1 (319-438)||(9069627-9069746)
chr1 (685-831)||(9377603-9377749)
chr1 (746-831)||(9070048-9070133)
chr1 (685-831)||(9236484-9236630)
chr1 (719-831)||(8979311-8979423)
chr1 (530-642)||(9495346-9495458)
chr1 (349-438)||(9085953-9086042)
chr1 (571-636)||(11026285-11026350)
chr1 (571-636)||(11040988-11041053)
chr1 (318-429)||(8978916-8979027)
chr1 (683-834)||(9420760-9420911)
chr1 (683-834)||(9437843-9437994)
chr1 (554-636)||(10992829-10992911)
[»] scaffold0690 (2 HSPs)
scaffold0690 (25-834)||(1488-2282)
scaffold0690 (246-336)||(4979-5069)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (25-834)||(15909824-15910618)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (488-612)||(27696131-27696255)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 9172194 - 9171379
Alignment:
Q  13 cataggtggtggtgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9172194 cataggtggtggtgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagc 9172095  T
Q  113 atttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9172094 atttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccct 9171995  T
Q  213 catcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgt 312  Q
    ||||||||      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171994 catcatct------attgggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgt 9171901  T
Q  313 gtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagct 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9171900 gtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagagacattcccaaaatttctagaaaaaact 9171801  T
Q  413 tcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttg 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171800 tcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttg 9171701  T
Q  513 gggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctat 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171700 gggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctat 9171601  T
Q  613 tcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171600 tcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaa 9171501  T
Q  713 aaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcattta 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171500 aaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcattta 9171401  T
Q  813 tgaactccttcccatctccctc 834  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9171400 tgaactccttcccatctccctc 9171379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 831
Target Start/End: Original strand, 9257000 - 9257731
Alignment:
Q  82 aacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgatt 181  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||          |||||||||||||||||||||    
T  9257000 aacttttaagttgtctccatctcctttcagcatttgcatcacatctttcatagaccgatgatgcatagg----------atgcaccaaagtcccacgatt 9257089  T
Q  182 gccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggataca 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  9257090 gccaattttttcgcaattctaaaatctccctc------ttcatctatagcgatatgtatttcttctcctttaagcaaaccgtggatccaatctggatata 9257183  T
Q  282 gaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttata 381  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257184 gaacttgaaagttttcttcatttgtggttggatttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaatataccatagctatatatatcagacttata 9257283  T
Q  382 a----gaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttga 477  Q
    |    || ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9257284 attaagagacattaccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctcgctgcagtcatagatatagtactttgattttttga 9257383  T
Q  478 gcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatca 577  Q
    ||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9257384 gcacatcttagccaaaccaaaatttgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatca 9257483  T
Q  578 caaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttct-gtc 676  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||       | || |      
T  9257484 caactttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatcttcgt-------tgctagga 9257576  T
Q  677 attgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacattta 776  Q
       ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |    
T  9257577 ggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaagcggacagcattga 9257676  T
Q  777 gatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257677 gatggtggattttacccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 9257731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 9300721 - 9299979
Alignment:
Q  80 ggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacga 179  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||| |    
T  9300721 ggaacttttagcttgtctccctctccttgtaacatttgcaacacagttttcatggacggacgatgcataggttgccactgaatgcaccataatcccacaa 9300622  T
Q  180 ttgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggata 279  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||  |||  ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9300621 ttgccattttttttgcaattctgaaatcatcctgttc---ttcatctatagggatttgtatgtctcctccttcaactaaactgtggatccaatctggata 9300525  T
Q  280 cagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagactta 379  Q
     | ||||||   | || ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| || ||||  | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  9300524 taaaacttgtggacttccttcacttgtggttgtgttcgaattcttccttcccccaaccatctccagcaacaacatgccataactatatatatcggactta 9300425  T
Q  380 taagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagc 479  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9300424 taagagacattcccaaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtatcctaatgttcctttggccgcggtcatagatatagtactttgatttttcgagc 9300325  T
Q  480 acaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcaca 579  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9300324 acatcttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggttaaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcaca 9300225  T
Q  580 accttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttct-gtcat 678  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||       | || |        
T  9300224 accttggtgaagatactctattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttatcccatccaaggaaactatctttgt-------tgctaggagg 9300132  T
Q  679 tgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttaga 778  Q
     ||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9300131 agaaatgaatttctgcaacgaaccacttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaaacggacaacattgaga 9300032  T
Q  779 tggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9300031 tggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 9299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 834
Target Start/End: Original strand, 9466177 - 9466959
Alignment:
Q  40 agttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacgga 139  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||| ||    || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||    
T  9466177 agttgaattagttgaagttgtaggcccaaaaggattgctggggacttttaacttgtctccatcaccttgtagcatttgtatcacagttttcatggatgga 9466276  T
Q  140 cgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgta 239  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || || |||| |||||| | ||| || |||||||||||      ||| || |||||||||||||    
T  9466277 cgatgcataggttgccactggatgcaccgaagtccaacaatcgccattttttttggaatcctgaaatctccctc------ttcgtcaatagggatttgta 9466370  T
Q  240 tttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaat 339  Q
    | ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  9466371 tgtctcccccttcaagcaaatcgtggatccaatctggatatagaacttgtaaattttcttcacctgtggttgtgtttgtattctttcttcctgcaaccat 9466470  T
Q  340 ttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcct 439  Q
     ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9466471 ctccaacaacaacataccataactatatatatcagacttatatgagacattcccgaagtttctagaaaaaacttcgggtgccatgtagcctaacgttcct 9466570  T
Q  440 ctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgt 539  Q
     ||||||| ||||| || |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||| |    
T  9466571 ttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacat 9466670  T
Q  540 tatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtc 639  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  9466671 tatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaattccattggctatgcctagagcaatttgttgcagcgtgtc 9466770  T
Q  640 ccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaat 739  Q
    ||||| ||| |||  ||||||||     | || ||     ||||  |||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| | | || | ||||    
T  9466771 ccatccaagaaaagcatctttgt-----tgtt-tggtggagaaagaaatttctgcaaagaaccacttggaaaaagatcgtagactaaaccgcggtaaaat 9466864  T
Q  740 ccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9466865 ccatcagcgcagaagccaagcaaacggacaacattaagatgatggatttttcccatagttcccacttcatttatgaactccttaccatctccctc 9466959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 25 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 9365076 - 9364284
Alignment:
Q  25 tgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcaca 124  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| || |||||| |||||  | || || | ||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  9365076 tgcaacaatattagcatttgtattagttgtagttgttggtccgaacggattagtaggcacttttaacttgtccccctctccttgaagcatttgtatcaca 9364977  T
Q  125 gttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcat 224  Q
      |||||| | |||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||      |||||    
T  9364976 tatttcattgtcggacggtgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttggaattctaaaatctccctc------ttcat 9364883  T
Q  225 ctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctt 324  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| | |||||||||     |  |||| |||||||||||    
T  9364882 caatagggatatgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgccactaattgtttttgtattctt 9364783  T
Q  325 tcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatg 424  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||    
T  9364782 tcttcctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatg 9364683  T
Q  425 tatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgt 524  Q
    || |||||||||||  | ||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || | ||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  9364682 tagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgt 9364583  T
Q  525 catctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaat 624  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  9364582 catctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaat 9364483  T
Q  625 ttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagact 724  Q
    || ||||||||| ||||||| |||||||  |||||||     || ||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  9364482 tttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttg-----ctgttc-gcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagact 9364389  T
Q  725 agagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcc 824  Q
    | ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9364388 aaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcc 9364289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 25 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 9338214 - 9337425
Alignment:
Q  25 tgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcaca 124  Q
    |||||||||||||  | || |||||| || |||||| |||||| | || || | ||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  9338214 tgcaacaatattaacatttttattagttgtagttgttggtccaaacggattagtaggcacttttaacttgtccccctctccttggagcatttgcatcaca 9338115  T
Q  125 gttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcat 224  Q
    | |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||      |||||    
T  9338114 gatttcattgtcggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttgccaatttttttggaattctaaaatctccgtc------ttcat 9338021  T
Q  225 ctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctt 324  Q
    | |||||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| | |||||||||     |  |||| |||||||||||    
T  9338020 caatagggatttgtatctctcct---tcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcgccactaattgtttttgtattctt 9337924  T
Q  325 tcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatg 424  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||    
T  9337923 tcttcctccaaccatttccaacaataacataccgtaactgtatatatcagacttataagagacattaccaaagtttcttgaaaaaacttcaggtgccatg 9337824  T
Q  425 tatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgt 524  Q
    || |||||||||||  | ||||||||||| ||||    ||||||||||||||| || | ||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  9337823 tagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtgaaattgt 9337724  T
Q  525 catctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaat 624  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  9337723 catctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgcctagagcaat 9337624  T
Q  625 ttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagact 724  Q
    || ||||||||| ||||||| |||||||  |||||||     || ||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  9337623 tttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttg-----ctgttc-gcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagact 9337530  T
Q  725 agagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcc 824  Q
    | ||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9337529 aaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcc 9337430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 83 - 834
Target Start/End: Original strand, 9242026 - 9242765
Alignment:
Q  83 acttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattg 182  Q
    |||| |||| |||| || |||||||| || ||||| ||||||  |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||    
T  9242026 acttttaacatgtccccctctccttgaagtatttgtatcacaaatttcattgccggacgatgcaaagggtgccattggatacaccatagtcccacagttg 9242125  T
Q  183 ccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacag 282  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||      
T  9242126 ccaatttttttggaattctaaaatctccctc------ttcatcaatagggatttgtatatctcctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactc 9242219  T
Q  283 aacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataa 382  Q
    || ||| | ||||||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || || |||| ||| |||||||||    
T  9242220 aatttgtatattttcttcaccacctgttgtttttgtattctttcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatacatcggacttataa 9242319  T
Q  383 gaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcaca 482  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||  | || |||||||| |||| | ||||||||||||| || ||||    
T  9242320 gagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatgtagcctactgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacaca 9242419  T
Q  483 acttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaacc 582  Q
     ||| |||||||| || ||||||||||  ||  |||||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9242420 tcttggccaaaccaaaatctgtaatttggggaatgaaattgtcatctaacaagacattattaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaacc 9242519  T
Q  583 ttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaa 682  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||     | || ||     |||    
T  9242520 ttggtggagatactcaatgccattggctatacctagagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgt-----tgtt-tggggaagaa 9242613  T
Q  683 atgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggt 782  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||| |||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  9242614 atgaatttctgcaacgaaccatttgggaaaaagtcatagactaaagcacggcgaaatccatccgcgcagtagccaagcaaacgaacgacatttagatgat 9242713  T
Q  783 ggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  9242714 gaatcttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttcccatcttcctc 9242765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 80 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 8927578 - 8926833
Alignment:
Q  80 ggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacga 179  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||  |  ||||| || |||||||||||||| || |    
T  8927578 ggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgcaccacagttttcatggacggccgatgcacggagtgccactgaatgcaccaaagtccgacaa 8927479  T
Q  180 ttgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggata 279  Q
    |||| | |||||| ||||||||| ||||||||||      |||||| || ||||| | ||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  8927478 ttgctagtttttttgcaattctacaatctccctc------ttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaagtaaaccatggatccaatctggata 8927385  T
Q  280 cagaacttgaaaattttcttc---atttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagac 376  Q
    ||||||||| |||||||||||   |   || ||||| || |||||||||||||||||||| || || |  | ||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  8927384 cagaacttggaaattttcttcgccaccagtagttgttttagtattctttcttcctccaaccatctctagcaacaacataccgtagctgtatatatcagac 8927285  T
Q  377 ttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttg 476  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || |||||||| |    
T  8927284 ttataagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaacctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgctatgatttttag 8927185  T
Q  477 agcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatc 576  Q
    |||||| ||| || ||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||  ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  8927184 agcacagcttcgctaaaccgaagtccgatatttttggaatgaaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaattctatgatc 8927085  T
Q  577 acaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtc 676  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||   |||||| | |||||||  ||| ||||     | |   ||     
T  8927084 acaaccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgcctagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgt-----tgtcgggtg 8926990  T
Q  677 attgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacattta 776  Q
    |  |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |    
T  8926989 a-agaaatgaagttttgcaacgaaccattcgggaaaaagtcataaaccagagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccgaacaacattaa 8926891  T
Q  777 gatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8926890 catgatggatttttcccatagttcccacctcatttatgaactcactcccatctccctc 8926833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 80 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 8940001 - 8939259
Alignment:
Q  80 ggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcacagttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacga 179  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||| || | ||||| |||||| ||||| |||||||  |  ||||| || |||||||||||||| || |    
T  8940001 ggaacttttaatttgtctccctctccttgaagcatctgaaccacagatttcatggacggtcgatgcacggagtgccactgaatgcaccaaagtccgacaa 8939902  T
Q  180 ttgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggata 279  Q
    | || | ||| || ||||||||||||||||||||      |||||| || ||||| | ||  ||||| |||||||  ||||  |||||||||||||||||    
T  8939901 tcgctagtttctttgcaattctaaaatctccctc------ttcatcaattgggatatatacgtctccaccttcaaataaaccatggatccaatctggata 8939808  T
Q  280 cagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagactta 379  Q
    ||  ||||||||||||||||||  ||||  ||| || |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8939807 caatacttgaaaattttcttcacctgtgactgtcttagtattctttcttcctccaaccatctccagcagcaacataccgtagctgtatatatcagactta 8939708  T
Q  380 taagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagc 479  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  8939707 taagagacattcccaaagtttcgagaaaaaacttcaggtgccatgtaccctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtactttgatttttggagc 8939608  T
Q  480 acaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcaca 579  Q
    ||| |||||| |||||||||||||  ||||||||   |||||||||||||| ||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  8939607 acagcttagctaaaccgaagtctgatatttttggaacgaaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaattctatgatcaca 8939508  T
Q  580 accttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcatt 679  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||   |||||| | |||||||  ||| ||||     | |   || |      
T  8939507 gccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccaagagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgt-----tgtcaggtga-a 8939414  T
Q  680 gaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagat 779  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||    
T  8939413 gaaatgaaattttgcaatgaaccatttgggaaaaagtcataaaccaaagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccggacaacattaacat 8939314  T
Q  780 ggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8939313 gatgaatttttcccatagttcccacttcatttatgaactctctcccatctccctc 8939259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 152 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 8962856 - 8962189
Alignment:
Q  152 tgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcatctatagggatttgtatttctcctcctt 251  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| | ||| || ||||||||| |||||||      ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8962856 tgccactgaatgcaccaaagtccgacaattgctagtttctttgcaattctataatctcc------atcttcatcaatagggatatgtatatctccccctt 8962763  T
Q  252 caagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaa 351  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| || ||||||||||||||||| || || ||||  |||||    
T  8962762 caaacaaaccgtggatccaatctggatacaaaacttgaaaattttcttcatctgtgactgtcttagtattctttcttcctccgaccatctccagcagcaa 8962663  T
Q  352 cataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtc 451  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  8962662 cattccatagctgtatatatcagatttataagagacattcccaaagtttcgagaaaatacttcaggtgccatgtatcctaatgttcccctagccgcagtc 8962563  T
Q  452 attgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaa 551  Q
    || |||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||  |||||||| || |||||||||||||  ||||  || || ||||| |    
T  8962562 atcgatacaatagtttgatttttggagcacaacttggctaaaccaaagtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattga 8962463  T
Q  552 tgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaa 651  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||   |||||| | ||||||    
T  8962462 tatcaaaatgaagaattctttgatcacagccctggtgaagatactcaattccattggcaatgcctagagcaatctgttgcaataagtcccaaccaaggaa 8962363  T
Q  652 actatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaa 751  Q
    |  ||| ||||     | |   || |  |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  8962362 aacatccttgt-----tgtcaggtga-agaaatgaaattttgcaacgaaccattagggaaaaagtcataaaccaaagcacgataaaatccatcagcgcaa 8962269  T
Q  752 aagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    |||||||| || ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  8962268 aagccaagtaaccggacaacattaacatgatggatttttcccatagttcctacttcatttatgaactctctcccatctcc 8962189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 317 - 582
Target Start/End: Original strand, 9236122 - 9236387
Alignment:
Q  317 gtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgg 416  Q
    |||||||||||||| ||||| || || |  | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || ||| |||| |    
T  9236122 gtattctttcttccaccaaccatctcaagcaacaacataccgtagctataaatatcagacttataagaaacatttccgaagtttctcgagaaaacttcag 9236221  T
Q  417 gtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggt 516  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || |  || ||||| ||||| |  ||||| ||||| |  || ||||| || ||||| ||  |    
T  9236222 gtgcaatgtatcccaaggttcctctcgctgcagtcatagacactgtgctttggtttttcggacacaatttagcaagtccaaagtcggttattttgggact 9236321  T
Q  517 gaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaacc 582  Q
     ||||| ||||||| ||| || || || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9236322 caaattatcatctattaacacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaacc 9236387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 318 - 644
Target Start/End: Original strand, 9420401 - 9420727
Alignment:
Q  318 tattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcggg 417  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||| |||||||| ||||  ||||| || ||||| ||||| || || |||||  |||| ||    
T  9420401 tattttttcttcctccaaccatttcaagaagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcagg 9420500  T
Q  418 tgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtg 517  Q
    ||| ||||| ||||| |  ||||| || ||||| | ||| |   | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || |||||||||||        
T  9420501 tgcaatgtaacctaaagcccctcttgcagcagttactgacactttgctttgatttttagagcacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaaca 9420600  T
Q  518 aaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattccta 617  Q
    || |||||||||| ||| |||||||  |||||||| || ||||||||||||   ||||||||||    ||| ||||||||||| || |||||||| || |    
T  9420601 aacttgtcatctaataacacgttatagggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaa 9420700  T
Q  618 gagcaatttgttgcaacttgtcccatc 644  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||    
T  9420701 gagcaatttgttgtagcttctcccatc 9420727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 318 - 644
Target Start/End: Original strand, 9437484 - 9437810
Alignment:
Q  318 tattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcggg 417  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||| |||||||| ||||  ||||| || ||||| ||||| || || |||||  |||| ||    
T  9437484 tattttttcttcctccaaccatttcaagcagtaacatcccataactatatatgtcagctttatacgatacatttccaaagttcctcgaaaacacttcagg 9437583  T
Q  418 tgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtg 517  Q
    ||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| | ||| |   | ||||||||||| || ||||| || |||||||| || || |||||||||||        
T  9437584 tgcaatgtaacctaaagtccctcttgcggcagttactgacactttgctttgatttttagaacacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaaca 9437683  T
Q  518 aaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattccta 617  Q
    || |||||||||| ||  |||||||| |||||||| || ||||||||||||   ||||||||||    ||| ||||||||||| || |||||||| || |    
T  9437684 aacttgtcatctaatagcacgttatggggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaa 9437783  T
Q  618 gagcaatttgttgcaacttgtcccatc 644  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||    
T  9437784 gagcaatttgttgtagcttctcccatc 9437810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 698 - 834
Target Start/End: Original strand, 8861890 - 8862026
Alignment:
Q  698 gaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatag 797  Q
    ||||||||||| || ||||  ||||| ||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || || |  ||||||||||||||||||     
T  8861890 gaaccatttggaaataaattgtagacaagagcgcggtgaattccatctgcgcagaagccaagcaaacgaaccacgttgatgtggtggattttgcccataa 8861989  T
Q  798 ttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  8861990 ttcccacttcattgatgaactctttcccttctccctc 8862026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 319 - 568
Target Start/End: Original strand, 9125095 - 9125344
Alignment:
Q  319 attctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggt 418  Q
    |||||| | ||||||||| | |||||  | |||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  || ||| |||| |||    
T  9125095 attcttgcgtcctccaaccaattccagcaacaacatcccataactataaatatcagacttacgagaaacatttccaaaatttcgtgacaaaacttcaggt 9125194  T
Q  419 gccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtga 518  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||| |  |||   ||| ||||| || || || || |  || ||||||| ||||||||| ||||    
T  9125195 gccatatatcccaaggttcctctagccgcagtcatggatacaacactaacattctttgaacataatttggcgagtccaaagtctgaaatttttggagtga 9125294  T
Q  519 aattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaatt 568  Q
    |  |||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||||    
T  9125295 aggtgtcatctagcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaatt 9125344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 317 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 9378111 - 9377846
Alignment:
Q  317 gtattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgg 416  Q
    ||||||||||| |||||||| || || |  | ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||| |||| |    
T  9378111 gtattctttctacctccaaccatctctagcaacaatattccgtagctataaatatcagacttgtaagaaacatttccgaagtttcttgagaaaacttcag 9378012  T
Q  417 gtgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggt 516  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| ||||| || || || |  |||||||||||||| |  ||||  ||||| |  || ||||| |||||||| ||  |    
T  9378011 gtgcaatgtagcccaatgttcctctagctgcggttatagacaccgtactttgatttttgggacacagtttagcaagtccaaagtcagtaattttaggact 9377912  T
Q  517 gaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaacc 582  Q
     ||||| ||||||| ||| || || || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9377911 caaattatcatctattaacacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaacc 9377846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 319 - 438
Target Start/End: Original strand, 9069627 - 9069746
Alignment:
Q  319 attctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  | |||||| ||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||| |   ||||||||    
T  9069627 attctttcttcctccaaccatttctagcaacaacattccataactgtatatatcagacttaagagaaacatttccaaaatttcgagacactacttcgggt 9069726  T
Q  419 gccatgtatcctaatgttcc 438  Q
    ||||| ||||| || |||||    
T  9069727 gccatatatcccaaggttcc 9069746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 685 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 9377749 - 9377603
Alignment:
Q  685 gaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtgg 784  Q
    |||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || || ||||| || |||||||| | ||| ||     
T  9377749 gaatttttgcaacgacccatttggaaagaaatcatagacaagagcacggtggaatccatcagcacagaatccgagcaagcgaacaacattgaaatgatga 9377650  T
Q  785 attttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || || ||||||||    
T  9377649 atttttcccatagttcggacttcattgatgaaatcgtttccatctcc 9377603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 746 - 831
Target Start/End: Original strand, 9070048 - 9070133
Alignment:
Q  746 gcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||||||| || |||||||| | |||||||| ||||| |||||    
T  9070048 gcgcaaaagccaagcaaacgaaccacattgatatggtgaattttgcccataatttccacttcagtgatgaactctttcccttctcc 9070133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 685 - 831
Target Start/End: Original strand, 9236484 - 9236630
Alignment:
Q  685 gaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtgg 784  Q
    ||| |||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| || || || || |||||||| | ||| ||     
T  9236484 gaagttctgcaaggagccattcggaaagaaatcatagacaagagcacggtggaatccatcagcacaaaatccgagtaagcgaacaacattgacatgatga 9236583  T
Q  785 attttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctcc 831  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||    
T  9236584 atttttcccatagttccgacttcgttgatgaaatcgtttccatctcc 9236630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 719 - 831
Target Start/End: Original strand, 8979311 - 8979423
Alignment:
Q  719 tagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaact 818  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||| || || || ||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||    
T  8979311 tagacaagaacacgatgaattccctctgcacagaagccaagcaatcgaacaacattgatgtggtggatttttcccataattcccacttcgctaatgaact 8979410  T
Q  819 ccttcccatctcc 831  Q
    | ||||| |||||    
T  8979411 ctttcccgtctcc 8979423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 530 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 9495458 - 9495346
Alignment:
Q  530 agtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgtt 629  Q
    |||||||  |||||||| || || ||||||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||    
T  9495458 agtaagatattatgaggttttatatcaaagtgaagtatcctctggtcacatccttgatgaagatactcaattcctttcgctattccaagcgcaatttctt 9495359  T
Q  630 gcaacttgtccca 642  Q
    | ||||| |||||    
T  9495358 gtaacttctccca 9495346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 438
Target Start/End: Original strand, 9085953 - 9086042
Alignment:
Q  349 caacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatgtatcctaatgttcc 438  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || ||| |||| || ||||| ||||| || |||||    
T  9085953 caacatcccataactataaatatcagacttaagagaaacattcccaaaatttcgtgacaaaacttcaggcgccatatatcccaaggttcc 9086042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 571 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 11026350 - 11026285
Alignment:
Q  571 ttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaactt 636  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  11026350 ttgatcacaaccttgatgaagatattcaattcctttagctattcctaaagcaatttcgtgcaactt 11026285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 571 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 11041053 - 11040988
Alignment:
Q  571 ttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaactt 636  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  11041053 ttgatcacaaccttgatgaagatattcaattcctttagctattcctaaagcaatttcgtgcaactt 11040988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 318 - 429
Target Start/End: Original strand, 8978916 - 8979027
Alignment:
Q  318 tattctttcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcggg 417  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||| |  | |||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| ||||| ||||||||||| || | | |||| ||    
T  8978916 tattcttccttcctgcaaccatttctagcaacaacattccatagctataaatatcagatttaagagacacattaccaaaatttcttgacagaacttcagg 8979015  T
Q  418 tgccatgtatcc 429  Q
    |||||| |||||    
T  8979016 tgccatatatcc 8979027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 683 - 834
Target Start/End: Original strand, 9420760 - 9420911
Alignment:
Q  683 atgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggt 782  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||| || |||||||| |   |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| |  || |    
T  9420760 atgaagttctgtaacgaaccatttggaaagaaattataaacaagagcacggtaggatccatcggcgcaaaatccaaccaagcgaacaacattgatgtgat 9420859  T
Q  783 ggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    | ||||| ||||||| |  |||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  9420860 gaatttttcccatagctttcacttcgttaatgaactcttttccatcgccctc 9420911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 683 - 834
Target Start/End: Original strand, 9437843 - 9437994
Alignment:
Q  683 atgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggt 782  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||| || |||||||| |   |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| |  || |    
T  9437843 atgaagttctgtaacgaaccatttggaaagaaattataaacaagagcacggtaggatccatcggcgcaaaatccaaccaagcgaacaacattgatgtgat 9437942  T
Q  783 ggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttcccatctccctc 834  Q
    | ||||| ||||||| |  |||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  9437943 gaatttttcccatagctttcacttcgttaatgaactcttttccatcgccctc 9437994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 554 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 10992911 - 10992829
Alignment:
Q  554 tcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaatttgttgcaactt 636  Q
    ||||| ||||| || | ||||||||||||||| || |||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||  ||||||||    
T  10992911 tcaaaatgaaggatgcgttgatcacaaccttgatgaagatactcaactcctttagctatacctaaagcaatttcatgcaactt 10992829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 267; Significance: 1e-148; HSPs: 2)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 25 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 2282 - 1488
Alignment:
Q  25 tgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcaca 124  Q
    |||||||||||| | | |||| |||| |  |||||| |||||  |||| ||||  || |||| |||||||||  | ||| |||| |||||||  ||||||    
T  2282 tgcaacaatattggaatttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcatttttatcaca 2183  T
Q  125 gttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcat 224  Q
    | |||||| | ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||      |||||    
T  2182 gatttcattgtcggtcgatgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctctctc------ttcat 2089  T
Q  225 ctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctt 324  Q
    | |||||||||||||| ||||||   |||| |||| |||||||||| |||||||||  |||||| |  ||||| |||    | ||||| || ||||||||    
T  2088 caatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgttttcgtattctt 1992  T
Q  325 tcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatg 424  Q
    |||||||||||| || ||||| |  |||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  1991 tcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatg 1892  T
Q  425 tatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgt 524  Q
    || |||||||||||  | |||| |||||| |||| | ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||    
T  1891 tagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgt 1792  T
Q  525 catctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaat 624  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  1791 catctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaat 1692  T
Q  625 ttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttc-tgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagac 723  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||||     | |||  || |  || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  1691 ttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgt-----tgttcaggtga--gatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaac 1599  T
Q  724 tagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttc 823  Q
    || ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  1598 taaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 1499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 5069 - 4979
Alignment:
Q  246 ctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctttcttcctccaac 336  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||     | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5069 ctccttcaagcaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatattttcttcaccaccgtttgtttttgtattctttcttcctccaac 4979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 25 - 834
Target Start/End: Original strand, 15909824 - 15910618
Alignment:
Q  25 tgcaacaatattagtagttgtattagatgaagttgtaggtccataagggtttgaaggaacttgtaacttgtctccatctccttgcagcatttgcatcaca 124  Q
    |||||||||||| | | |||| |||| |  |||||| |||||  |||| ||||  || |||| |||||||||  | ||| |||| |||||||  ||||||    
T  15909824 tgcaacaatattggaatttgtcttagttttagttgttggtccgaaaggatttgttggtacttttaacttgtccgcctctgcttgaagcatttttatcaca 15909923  T
Q  125 gttttcatagacggacgatgcataggttgccattggatgcaccaaagtcccacgattgccaattttttcgcaattctaaaatctccctcatcatcttcat 224  Q
    | |||||| |  || ||||| | ||| ||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||      |||||    
T  15909924 gatttcattgttggtcgatgtaaagggtgccattggatacaccacagaccgacggttgccaatttttttggaattctaaaatctccctc------ttcat 15910017  T
Q  225 ctatagggatttgtatttctcctccttcaagcaaactgtggatccaatctggatacagaacttgaaaattttcttcatttgtggttgtgtttgtattctt 324  Q
    | |||||||||||||| ||||||   |||| |||| |||||||||| |||||||||  |||||| |  ||||| |||    | ||||| |||||||||||    
T  15910018 caatagggatttgtatatctcct---tcaaacaaattgtggatccagtctggatactcaacttgtatgttttcatcaccacttgttgtttttgtattctt 15910114  T
Q  325 tcttcctccaacaatttccaatagcaacataccatagctatatatatcagacttataagaaacattcccaaaatttctagaaaaagcttcgggtgccatg 424  Q
    |||||||||||| || ||||| |  |||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15910115 tcttcctccaaccatctccaacaataacataccgtaactgtatatatcggacttataagagacatttccaaaatttctagaaaaaacttcaggtgccatg 15910214  T
Q  425 tatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgt 524  Q
    || |||||||||||  | ||| ||||||| |||| | ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||    
T  15910215 tagcctaatgttcccttagctacagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtgaaattgt 15910314  T
Q  525 catctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattcctagagcaat 624  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  15910315 catctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgcctagagcaat 15910414  T
Q  625 ttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttc-tgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatcatagac 723  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||||     | |||  || |  || |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  15910415 ttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgt-----tgttcgggtga--gatatgaatttttgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaac 15910507  T
Q  724 tagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaactccttc 823  Q
    || |||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  15910508 taaagcacgatgaaaaccatctgagcaaaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 15910607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 488 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 27696255 - 27696131
Alignment:
Q  488 gccaaaccgaagtctgtaatttttggggtgaaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggt 587  Q
    |||||||| || || | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || ||||| || ||||||| || |||||||||||| |    
T  27696255 gccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaaatggagaattcgtttatcacaaccttgat 27696156  T
Q  588 gcagatactcaattccattggctat 612  Q
    | |||||||||||||| || |||||    
T  27696155 gaagatactcaattcccttcgctat 27696131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University