View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19418_high_1 (Length: 1086)

Name: NF19418_high_1
Description: NF19418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19418_high_1
NF19418_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-1071)||(50211980-50213039)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 978; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 978; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1071
Target Start/End: Original strand, 50211980 - 50213039
Alignment:
Q  12 atcatcatggtggtacatagtggtgccccaaacaaactgtaatttggggtggctgttagaagttgttgccgccccagcagatccattagatggtaccacc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50211980 atcatcatggtggtacatagtggtgccccaaacaaactgtaatttggggtggctgttagaagttgttgccgccccagcagatccattagatggtaccacc 50212079  T
Q  112 acttgttgaagacgattgtttacagacctttcaacattcaactcttcgctacaagtttctttctgtgcataaacctgacaatttcacattcactaattaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212080 acttgttgaagacgattgtttacagacctttcaacattcaactcttcgctacaagtttctttctgtgcataaacctgacaatttcacattcactaattaa 50212179  T
Q  212 tgaaccaaccctaaagattcttcaattatcacaaaatttggaaatttcatcaatctaaactagcttattaaacataattnnnnnnntgatactcaaatac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  50212180 tgaaccaaccctaaagattcttcaattatcacaaaatttggaaatttcatcaatctaaactagcttattaaacataattaaaaaaatgatactcaaatac 50212279  T
Q  312 taactgtatgagctccataagctttaactagagaaggaagaatatcttcaggtttgccatgttgaataagcaaattaagtccccgtttcattagattctt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212280 taactgtatgagctccataagctttaactagagaaggaagaatatcttcaggtttgccatgttgaataagcaaattaagtccccgtttcattagattctt 50212379  T
Q  412 cctcaagtcatccaaacattcaaggagaaattgtgttctcaatgctgcacaaggtcatgttcataaaggtgatgctatattatattgctactgcattaat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212380 cctcaagtcatccaaacattcaaggagaaattgtgttctcaatgctgcacaaggtcatgttcgtaaaggtgatgctatattatattgctactgcattaat 50212479  T
Q  512 caaattcaaatccatagcaccaacaaaacaaacatagaagctnnnnnnnngctacaaaacactaacacattagattgaagatgtattatttgttgtccaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212480 caaattcaaatccatagcaccaacaaaacaaacatagaagctaaaaaaaagctacaaaacactaacacattagattgaagatgtattatttgttgtccaa 50212579  T
Q  612 catgcgtcaaactatgaaacaacatatcacggnnnnnnntactatggcacaacgctgacaaatgtaacattcaggctcagttcagcaaggtcaaaccgct 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  50212580 catgcgtcaaactatgaaacaacatatcacggaaaaaaatactatggcacaacgctgacaaatgttacattcaggctcagttcagcaaggtcaaaccgat 50212679  T
Q  712 agcttagtgtacaagtttgtactataaaagtatagtattttttgacacactacttagagcagagttttaactaataaatagtgtcaatgtcattgaagaa 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212680 agcttagtgtacaagtttgtactataaaagtatagtattttttgatacactacttagagcagagttttaactaataaatagtgtcaatgtcattgaagaa 50212779  T
Q  812 aagagataaaagacgttatcgaaaaaagaatatacctccagtttttggaaatccgaaatggtaagtggttgcaaatagccgaggatcaatacagtaaaca 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212780 aagagataaaagacgttatcgaaaaaagaatatacctccagtttttggaaatccgaaatggtaagtggttgcaaatagccgaggatcaatacagtaaaca 50212879  T
Q  912 ggcaataaagtttgtgaggaaagccaagccttgtagagagtttcattatccaaaactctgagatcgtttctaaaccacacgattgctgtacctttaccac 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212880 ggcaataaagtttgtgaggaaagccaagccttgtagagagtttcattatccaaaactctgagatcgtttctaaaccacacgattgctgtacctttaccac 50212979  T
Q  1012 tcctcttggtattgttggaagtgtacctttggaatgtttggtttgccacacgttccattt 1071  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50212980 tcctcttggtattgttggaagtgtacctttggaatgtttggtttgccacacgttccattt 50213039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University