View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19418_low_45 (Length: 201)

Name: NF19418_low_45
Description: NF19418
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19418_low_45
NF19418_low_45
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (15-185)||(28854284-28854454)
chr8 (15-185)||(22059006-22059176)
chr8 (15-185)||(22145003-22145173)
chr8 (15-185)||(17615251-17615421)
chr8 (15-185)||(45134523-45134693)
chr8 (16-185)||(10829072-10829241)
chr8 (15-185)||(6607872-6608042)
chr8 (15-185)||(7300680-7300850)
chr8 (16-185)||(24707425-24707594)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (15-185)||(123808-123978)
chr7 (15-185)||(48785647-48785817)
chr7 (15-185)||(13395080-13395250)
chr7 (16-185)||(4993820-4993989)
chr7 (15-185)||(16006751-16006921)
chr7 (16-184)||(35366559-35366727)
chr7 (15-185)||(21742903-21743073)
chr7 (15-185)||(13733152-13733322)
chr7 (16-185)||(21064780-21064949)
chr7 (47-185)||(8776693-8776831)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-185)||(22880541-22880711)
chr5 (16-185)||(43121496-43121665)
chr5 (16-185)||(43125029-43125198)
chr5 (15-185)||(23693791-23693961)
chr5 (16-185)||(4398041-4398210)
chr5 (15-185)||(26496218-26496388)
chr5 (15-185)||(16259184-16259354)
chr5 (15-185)||(22589348-22589518)
chr5 (15-185)||(22592903-22593073)
chr5 (15-185)||(22596458-22596628)
chr5 (15-185)||(16255551-16255721)
chr5 (15-185)||(29324838-29325008)
chr5 (15-185)||(26360701-26360871)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (15-185)||(55502364-55502534)
chr4 (16-185)||(31116670-31116839)
chr4 (15-185)||(287424-287594)
chr4 (16-185)||(10314048-10314217)
chr4 (15-185)||(28383158-28383328)
chr4 (15-185)||(47126441-47126611)
chr4 (15-185)||(41792005-41792175)
chr4 (15-185)||(4171357-4171527)
chr4 (15-185)||(14699049-14699219)
chr4 (15-185)||(15279702-15279872)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (16-185)||(33480-33649)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (16-185)||(81163-81332)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (15-185)||(31756251-31756421)
chr2 (15-185)||(41684378-41684548)
chr2 (15-185)||(44621261-44621431)
chr2 (15-185)||(21238724-21238894)
chr2 (15-185)||(21241274-21241444)
chr2 (16-185)||(12627507-12627678)
chr2 (15-185)||(24505035-24505205)
chr2 (15-185)||(31503932-31504102)
chr2 (15-185)||(31506498-31506668)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (15-185)||(12596291-12596461)
chr6 (15-185)||(16102677-16102847)
chr6 (16-185)||(15539612-15539781)
chr6 (15-185)||(15685718-15685888)
chr6 (15-185)||(8523265-8523435)
chr6 (16-185)||(16813110-16813279)
chr6 (16-185)||(16830130-16830299)
chr6 (15-185)||(29493087-29493257)
chr6 (145-185)||(2287654-2287694)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (15-185)||(2034599-2034769)
chr3 (15-185)||(2038106-2038276)
chr3 (15-185)||(2041847-2042017)
chr3 (15-185)||(14038511-14038681)
chr3 (15-185)||(14041979-14042149)
chr3 (15-185)||(39231058-39231228)
chr3 (17-185)||(15009776-15009944)
chr3 (16-185)||(603258-603427)
chr3 (35-185)||(18959228-18959378)
chr3 (15-185)||(54973719-54973889)
chr3 (15-185)||(54976329-54976499)
chr3 (15-185)||(54978939-54979109)
chr3 (16-185)||(54047046-54047215)
chr3 (145-185)||(16800148-16800188)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (15-185)||(20631650-20631820)
chr1 (15-185)||(36181909-36182079)
chr1 (16-185)||(45307624-45307793)
chr1 (16-185)||(24087749-24087918)
chr1 (15-185)||(20579798-20579968)
chr1 (15-185)||(22899869-22900039)
chr1 (15-185)||(14431970-14432140)
chr1 (15-185)||(37358802-37358972)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (15-185)||(10489-10660)
scaffold0525 (15-185)||(9504-9674)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (16-185)||(8110-8279)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (15-185)||(133587-133757)
[»] scaffold0476 (1 HSPs)
scaffold0476 (52-127)||(13235-13310)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (30-127)||(13036-13133)
[»] scaffold0357 (1 HSPs)
scaffold0357 (72-128)||(3161-3217)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 7e-85; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 28854454 - 28854284
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854454 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 28854355  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854354 attgagtttgaactcagaatagagtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 28854284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22059006 - 22059176
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22059006 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattagacaaagttttag 22059105  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22059106 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22059176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22145003 - 22145173
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||| ||  |||| |  |||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22145003 gcagagagcttccacaatttcgcatttttgagctgtgagtctaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 22145102  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22145103 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22145173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17615421 - 17615251
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17615421 gcagagagcgtgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 17615322  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | |||  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17615321 aatgagattgaacacggaaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 17615251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 45134523 - 45134693
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45134523 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtacctttatgattaggcaaagttttag 45134622  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  45134623 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 45134693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 10829072 - 10829241
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  10829072 cagagagcttgcaagatttcgtgattttgagctgtgagtttaaccctggatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattagacaaagttttaga 10829171  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     | || |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10829172 ctaagattgaactcggaatagagtcagaatggattcttgagtgttttaccctaactcgctgtggcgagta 10829241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 6607872 - 6608042
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6607872 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 6607971  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  6607972 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 6608042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 7300680 - 7300850
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7300680 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagttcaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccctaatgattaggcaaagttttag 7300779  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |  ||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  7300780 aaggagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggggagtattttacactaactcgccatggcgagta 7300850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 24707425 - 24707594
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    |||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24707425 cagatagcttgcacgatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttatttattaggcaaagttttaga 24707524  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||  |||||||| | |  || ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24707525 atgatattgaactcggtaatgattcagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 24707594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 7e-85; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 123808 - 123978
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  123808 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttag 123907  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  123908 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 123978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 48785817 - 48785647
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48785817 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 48785718  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48785717 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 48785647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 13395080 - 13395250
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13395080 gcagagagcttgcaagattccgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 13395179  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13395180 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 13395250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4993989 - 4993820
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4993989 cagagagcttgcaagatctcgtgattttgagctgtgagtttaaccttagatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 4993890  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4993889 ttgagtttgaactcagaatagagtcagaatggaatctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 4993820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16006921 - 16006751
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006921 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 16006822  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||||| |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  16006821 aatgagattgaacttggaatagtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 16006751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 35366727 - 35366559
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  35366727 cagagagcttgcaagatttcgtgtttttaagctgtgagtttaaccttggatgtttttgagggcctgaacatgtactacaatgattaggcaaagttttaga 35366628  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagt 184  Q
     |||| |||||||  |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35366627 atgagattgaacttggaatagtgtcagaatggattcttgagtgttttaccctaactcgccgtggcgagt 35366559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 21742903 - 21743073
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21742903 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 21743002  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  21743003 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 21743073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 13733152 - 13733322
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13733152 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 13733251  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| | |  ||| |||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13733252 aatgagattgaactcgggaatgaggcagaatggatccttgagcgttataccctaactcgccgtggcgagta 13733322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 21064780 - 21064949
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||    
T  21064780 cagagagcttgcaagattttgtgattttgagctgtgagtttaaccttagatgtttatgagggcctgaacatgtacaataatgattaggaaatattttaga 21064879  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||  |||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  21064880 atgagattgaacttggaatagtgtcagaatggatttttgagtgttttaccttaactcgccatggcgagta 21064949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 47 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8776831 - 8776693
Alignment:
Q  47 ctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagattgagtttgaactcagaatagagtcagattg 146  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| | |||||| ||    
T  8776831 ctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtacctttatgattaggcaaagttttagaatgagattgaacttggaatggtgtcagaatg 8776732  T
Q  147 gattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    || |   |||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  8776731 gaatggtgagtattttaccctaactcgccatggtgagta 8776693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 7e-85; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22880711 - 22880541
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22880711 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttag 22880612  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880611 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22880541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 43121665 - 43121496
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  43121665 cagagagcttgtaagattttgcgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtacctttatgattaggcgaagttttaga 43121566  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43121565 ttgagtttgaactcagaatagagtcagaatggattctagagtgtgttaccctaactcgccgtggcgagta 43121496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 43125198 - 43125029
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  43125198 cagagagcttgtaagattttgcgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtacctttatgattaggcgaagttttaga 43125099  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43125098 ttgagtttgaactcagaatagagtcagaatggattctagagtgtgttaccctaactcgccgtggcgagta 43125029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 23693961 - 23693791
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  23693961 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggaaaagtttgag 23693862  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23693861 aatgagtttggactcggaatagagtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 23693791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4398210 - 4398041
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4398210 cagagagcttgcacgattttgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 4398111  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4398110 atgagattgaactcggaaatgagtcagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 4398041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26496388 - 26496218
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26496388 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 26496289  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  26496288 aatgagattgaactcggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 26496218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 16259184 - 16259354
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16259184 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 16259283  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16259284 aatgagattgaacacgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 16259354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22589348 - 22589518
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22589348 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 22589447  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22589448 aatgagattgaacacgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22589518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22592903 - 22593073
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22592903 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 22593002  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22593003 aatgagattgaacacgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22593073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22596458 - 22596628
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22596458 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 22596557  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22596558 aatgagattgaacacgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22596628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 16255551 - 16255721
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  16255551 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 16255650  T
Q  115 attgagtttgaactc-agaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| |  ||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16255651 aatgagattgaacacgggaata-agacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 16255721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 29324838 - 29325008
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29324838 gcagagggcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 29324937  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | | |||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29324938 aatgagattgaacttggaatggtgccagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 29325008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 26360701 - 26360871
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26360701 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 26360800  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| | |  ||| |||| || || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26360801 aatgagattgaactcgggaatgagacagaatgaatccttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 26360871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 7e-85; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 55502364 - 55502534
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55502364 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttag 55502463  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55502464 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 55502534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 31116670 - 31116839
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31116670 cagagagcttgtaagattttgcgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttaga 31116769  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31116770 ttgagtttgaactcagaatagagtcagaatggattctagagtgtgttaccctaactcgccgtggcgagta 31116839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 287594 - 287424
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  287594 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 287495  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  287494 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 287424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10314217 - 10314048
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10314217 cagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 10314118  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10314117 atgagtttgaactcggaatagagccagaatggattctagagtgttttaccctaactcgctgtggcgagta 10314048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 28383328 - 28383158
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383328 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 28383229  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28383228 aatgagattgagctcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 28383158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 47126441 - 47126611
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47126441 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 47126540  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  47126541 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgtcgtggtgagta 47126611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 41792175 - 41792005
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41792175 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 41792076  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41792075 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 41792005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4171527 - 4171357
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4171527 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 4171428  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  4171427 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 4171357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14699219 - 14699049
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14699219 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 14699120  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  14699119 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 14699049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 15279702 - 15279872
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15279702 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgttcatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 15279801  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| ||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15279802 aatgagattgaacccgggaatgagacagaatggatccttgagcgttttaccctaactcgtcgtggcgagta 15279872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 33649 - 33480
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33649 cagagagcttgtaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttaga 33550  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33549 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 33480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 81163 - 81332
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  81163 cagagagcttgtaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttaga 81262  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81263 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 81332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31756421 - 31756251
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31756421 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttag 31756322  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31756321 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccatggcgagta 31756251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 41684378 - 41684548
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41684378 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 41684477  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41684478 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 41684548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 44621431 - 44621261
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44621431 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagttgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 44621332  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44621331 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 44621261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 21238724 - 21238894
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21238724 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 21238823  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21238824 aatgagattgaactcggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 21238894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 21241274 - 21241444
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241274 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 21241373  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21241374 aatgagattgaactcggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 21241444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 12627507 - 12627678
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagatttt--gtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagtttta 113  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  12627507 cagagagcttgcaagatttttcgtgattttgagctgtgagtttaaccctgaatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattaggcaaagtttta 12627606  T
Q  114 gattgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    || |||| ||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12627607 gactgagattgaactcgaaatagagtcagaatggattcttgagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 12627678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24505205 - 24505035
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24505205 gcagagagcttgcatgatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 24505106  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  24505105 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 24505035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31504102 - 31503932
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31504102 gcagagagcttgcatgatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 31504003  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  31504002 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 31503932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31506668 - 31506498
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31506668 gcagagagcttgcatgatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 31506569  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  31506568 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 31506498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 12596461 - 12596291
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12596461 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 12596362  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12596361 aatgagtttgaactcagaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 12596291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16102847 - 16102677
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16102847 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 16102748  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16102747 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 16102677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 15539781 - 15539612
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539781 cagagagcttgcatgatttcgtgttttttagctgtgagtttaaccctgggtgtttatgggggcctgaacatgtaccttaatgattatgcaaagttttaga 15539682  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15539681 atgagtttgaactcggtatagagtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 15539612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 15685718 - 15685888
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  15685718 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcatgattttag 15685817  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  15685818 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 15685888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8523435 - 8523265
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8523435 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 8523336  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  8523335 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 8523265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16813279 - 16813110
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16813279 cagagagcttgcacgatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttacgagggcctgaacatgtaccataatgattaggcaaagttttaga 16813180  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| ||||| || |||  |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16813179 atgagattgaattcggaaatgagtcagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 16813110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16830299 - 16830130
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16830299 cagagagcttgcacgatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttacgagggcctgaacatgtaccataatgattaggcaaagttttaga 16830200  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16830199 atgagattgaactcggaaatgagtcagaatggattcttgagcgttttaccttaactcgccgtggcgagta 16830130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 29493257 - 29493087
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29493257 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagttgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 29493158  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29493157 aatgagattgaactcgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 29493087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 185
Target Start/End: Original strand, 2287654 - 2287694
Alignment:
Q  145 tggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287654 tggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 2287694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 2e-75; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 2034599 - 2034769
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2034599 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 2034698  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2034699 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 2034769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 2038106 - 2038276
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2038106 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 2038205  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2038206 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 2038276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 2041847 - 2042017
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2041847 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 2041946  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2041947 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 2042017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14038681 - 14038511
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14038681 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 14038582  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14038581 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 14038511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14042149 - 14041979
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14042149 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 14042050  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14042049 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 14041979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 39231228 - 39231058
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39231228 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 39231129  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39231128 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 39231058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 15009776 - 15009944
Alignment:
Q  17 agagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagat 116  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||   || ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  15009776 agagagcttgcaagatttcgtgattttgagctgtgagtttaaccccggatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattaggcaaagttttagac 15009875  T
Q  117 tgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15009876 tgagattgaactcagaatagagtcagaatggattcttgagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 15009944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 603258 - 603427
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  603258 cagagagcttgcaagatttcgtgattttgagctgtgagtttaaccctggatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattaggcaaagttttaga 603357  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  603358 ctgagattgaactcggaatagagtcagaatggattcttgagtgttttaccctaaatcgccgtggcgagta 603427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 18959378 - 18959228
Alignment:
Q  35 tgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagattgagtttgaactcagaat 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||     
T  18959378 tgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagaatgagattgaactcggaaa 18959279  T
Q  135 agagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18959278 tgagtcagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 18959228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54973889 - 54973719
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54973889 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 54973790  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| | |||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  54973789 aatgagatcgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 54973719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54976499 - 54976329
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54976499 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 54976400  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| | |||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  54976399 aatgagatcgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 54976329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54979109 - 54978939
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54979109 gcagagagcttgcaagatttcgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatataccttaatgattaggcaaagttttag 54979010  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| | |||||  |||| | |||||| |||| |   ||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  54979009 aatgagatcgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtagtttaccctaactcgccatggcgagta 54978939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 54047215 - 54047046
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  54047215 cagagagcttgcaagatttcgtgattttgcgctgtgagtttaaccctggatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattaggcaaagttttaga 54047116  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |  ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  54047115 ctgagatcaaactcggaatagaatcagaatggattcttgagtgttttgccctaactcgttgtggcgagta 54047046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16800188 - 16800148
Alignment:
Q  145 tggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  16800188 tggattctagagtgttttatcctaactcgccgtggcaagta 16800148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 143; Significance: 2e-75; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20631820 - 20631650
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20631820 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 20631721  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20631720 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 20631650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 36182079 - 36181909
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36182079 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttaggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttcatgattaggcaaagttttag 36181980  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36181979 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 36181909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 45307793 - 45307624
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45307793 cagagagcttgcaagatctcgtgattttgagctgtgagtttaaccttagatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 45307694  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45307693 ttgagtttgaactcagaatagagtcagaatggaatctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 45307624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24087918 - 24087749
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  24087918 cagagagcttgcaagatttcgtgattttgagctgtgagtttaaccctggatgtttatgagagcctgaacatgtactataatgattaggcaaagttttaga 24087819  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24087818 ctgagattgaactcggaatagagtcagaatggattcttgagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 24087749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20579968 - 20579798
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579968 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 20579869  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  20579868 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 20579798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 22899869 - 22900039
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22899869 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtactctaatgattaggcaaagttttag 22899968  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||| | | |  ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22899969 aatgagattgaacacgggaatgagacagaatggattcttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 22900039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 14431970 - 14432140
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14431970 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 14432069  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| |||  ||| |||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14432070 aatgagattgaactcggaaatgaggcagaatggatccttgagcgttataccctaactcgccgtggcgagta 14432140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 37358972 - 37358802
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||| |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37358972 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgcgagtttaaccatggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 37358873  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| | |  ||| |||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37358872 aatgagattgaactcgggaatgagacagaatggatccttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 37358802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 10489 - 10660
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10489 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 10588  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtg-ttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10589 aatgagtttgaactcggaatagggtcagaatggattctagagtgtttttaccctaactcgccgtggcgagta 10660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 9674 - 9504
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9674 gcagagagcttgcaagattctgtgtttttgagctgtgagtttaaccttgggtgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcgaagttttag 9575  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||  |||| | |||||| |||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9574 aatgagattgaacttggaatggtgtcagaatggaatggtgagtattttaccctaactcgccatggcgagta 9504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 102; Significance: 7e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 185
Target Start/End: Original strand, 8110 - 8279
Alignment:
Q  16 cagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttaga 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  8110 cagagagcttgcaagatttcgtgattttgagttgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtacaataatgattaggcaaggttttaga 8209  T
Q  116 ttgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
     |||| |||||||  |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8210 atgagattgaacttggaatagtgtcagaatggattcttgagtgttttaccctaaatcgccgtggcgagta 8279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 185
Target Start/End: Original strand, 133587 - 133757
Alignment:
Q  15 gcagagagcttgcaagattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 114  Q
    ||||||||||||||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  133587 gcagagagcttgcacaatttcgcatttttgagctgtgagtttaaccttggatgtttatgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttag 133686  T
Q  115 attgagtttgaactcagaatagagtcagattggattctagagtgttttaccctaactcgccgtggcgagta 185  Q
    | |||| |||||||| | |  ||| |||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  133687 aatgagattgaactcgggaatgaggcagaatggatccttgagcgttttaccctaactcgccgtggcgagta 133757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0476 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0476
Description:

Target: scaffold0476; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13310 - 13235
Alignment:
Q  52 agtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagattgagtttgaac 127  Q
    |||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  13310 agttgaactttagttgtttatgagtgcctgaacatgtatgataatgattaggcaagtttttagattgagattgaac 13235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13133 - 13036
Alignment:
Q  30 gattttgtgtttttgagctgtgagtttaactttgggtgtttgtgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagattgagtttgaac 127  Q
    ||||||||| |||||| |  | |||| |||||| | || || |||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  13133 gattttgtggttttgacccttaagttgaactttagatgattttgagtgcctgaccatgtatattaatgattaggcaagtttttagattgagattgaac 13036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0357 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0357
Description:

Target: scaffold0357; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 3217 - 3161
Alignment:
Q  72 tgagggcctgaacatgtaccttaatgattaggcaaagttttagattgagtttgaact 128  Q
    |||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  3217 tgagtgcctgaatatgtacaataatgattaggcaagtttttagattgagattgaact 3161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University