View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19421_high_1 (Length: 681)

Name: NF19421_high_1
Description: NF19421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19421_high_1
NF19421_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-665)||(54013680-54014321)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 54014321 - 54013680
Alignment:
Q  19 ttatccacacgatcaattaatcagagtaaacatttttacacacgcatctaattaaattacacaatgatatcgttttcttaaatttattgttaaaatatgt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014321 ttatccacacgatcaattaatcagagtaaacatttttacacacgcatctaattaaattacacaatgatatcgttttcttaaatttattgttaaaatatgt 54014222  T
Q  119 acataaatatctatctgattatatggttagatgtgattgaatacacgtgtaattttttgaccgaccctatattagaataggacctatcctatattggaac 218  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54014221 tcataaatatctatatgattatatggttagatgtgattgaatacacgtgtaattttttgaccgaccctatattagaataggaccgatcctatattggaac 54014122  T
Q  219 ctattctatactccttccaaactacatgtaaatattgtattggtgattaagcatgactttgtattggtgcagctggaaatgcaacatttttggaacatct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014121 ctattctatactccttccaaactacatgtaaatattgtattggtgattaagcatgactttgtattggtgcagctggaaatgcaacatttttggaacatct 54014022  T
Q  319 aattttgatggcagtgattggaatacctatctttggggcttcaatgatgggatatggatccggaagtttggtatacggctatgttttgatttttgatttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014021 aattttgatggcagtgattggaatacctatctttggggcttcaatgatgggatatggatccggaagtttggtatacggctatgttttgatttttgatttt 54013922  T
Q  419 ctaagatgcttgggtcattgcaacgttgaaataatcccacacaaattgttcaaggcatttccatttcttagatatgtgatatacacaccaacgtaagttt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54013921 ctaagatgcttgggtcattgcaacgttgaaataatcccacacaaattgttcaaggcatttccatttcttagatatgtgatacacacaccaacgtaagttt 54013822  T
Q  519 attaaaatttacatttacatttgtccaaaatttagattacagttaatgcacccttgaggttgagtaacaaaacaaagtacgaatctctcttacttacact 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54013821 attaaaatttacatttacatttgtccaaaatttagattacagttaatgcacccttgaggttgagtaa-----caaagtacgaatctctcttacttacact 54013727  T
Q  619 cattacttgttcaattgtcagacacataaaatagccccctcattcat 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54013726 cattacttgttcaattgtcagacacataaaatagccccctcattcat 54013680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University