View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19424_low_9 (Length: 321)

Name: NF19424_low_9
Description: NF19424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19424_low_9
NF19424_low_9
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (20-305)||(22458506-22458791)
chr3 (20-305)||(22481487-22481772)
chr3 (97-303)||(22442758-22442964)
chr3 (99-305)||(22358019-22358225)
chr3 (88-305)||(22367944-22368161)
chr3 (20-295)||(22467975-22468250)
chr3 (20-295)||(22630465-22630741)
chr3 (97-295)||(22635530-22635728)
chr3 (122-305)||(22431190-22431373)
chr3 (97-295)||(22353837-22354036)
chr3 (99-273)||(30989354-30989528)
chr3 (101-305)||(22436651-22436855)
chr3 (91-273)||(18967036-18967218)
chr3 (123-273)||(22115352-22115502)
chr3 (98-273)||(21930663-21930838)
chr3 (99-299)||(21945867-21946067)
chr3 (99-273)||(22034760-22034934)
chr3 (136-296)||(22615294-22615454)
chr3 (99-273)||(22179660-22179834)
chr3 (99-260)||(21937396-21937557)
chr3 (131-305)||(22620931-22621105)
chr3 (139-273)||(22657115-22657249)
chr3 (218-299)||(22648207-22648288)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (139-300)||(2305507-2305668)
chr1 (139-273)||(34989500-34989634)
chr1 (101-245)||(34980407-34980551)
chr1 (139-246)||(34975665-34975772)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-192)||(29610697-29610873)
chr4 (169-206)||(29604805-29604842)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (99-273)||(872774-872948)
chr7 (99-273)||(1234051-1234225)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (192-248)||(40580264-40580320)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22458791 - 22458506
Alignment:
Q  20 acaatatagaaggattgctgagggacatgttgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458791 acaatatagaaggcttgctgagggacatgctgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 22458692  T
Q  120 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458691 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatg 22458592  T
Q  220 attgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttcttttgttga 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22458591 attgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttga 22458506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22481772 - 22481487
Alignment:
Q  20 acaatatagaaggattgctgagggacatgttgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481772 acaatatagaaggcttgctgagggacatgctgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 22481673  T
Q  120 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481672 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatg 22481573  T
Q  220 attgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttcttttgttga 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22481572 attgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttga 22481487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 97 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 22442964 - 22442758
Alignment:
Q  97 catcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacattttt 196  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | | ||||||||    
T  22442964 catcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttt 22442865  T
Q  197 gggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttc 296  Q
     | |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22442864 tgcatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaatcactacaagaaacatggatgttgcaaatacttgtaagaaatcttc 22442765  T
Q  297 ttttgtt 303  Q
    |||||||    
T  22442764 ttttgtt 22442758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 99 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22358225 - 22358019
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | | |||||||| |    
T  22358225 tcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttg 22358126  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttctt 298  Q
     |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  22358125 catgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaatcactacaagaaacatggatgttgcgaatacttgtaagaaatcttctt 22358026  T
Q  299 ttgttga 305  Q
    |||||||    
T  22358025 ttgttga 22358019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 88 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22368161 - 22367944
Alignment:
Q  88 caaagtattcatcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaact 187  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||    
T  22368161 caaagtcttcatcaaatggatggaaagttattagttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggact 22368062  T
Q  188 tacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaa 287  Q
     |||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||    
T  22368061 cacatttttggaatgatattgaattttctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacgaggatgttgcagatgcttgtaa 22367962  T
Q  288 gaaatcttcttttgttga 305  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22367961 gaaatcttcttttgttga 22367944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22468250 - 22467975
Alignment:
Q  20 acaatatagaaggattgctgagggacatgttgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 119  Q
    |||||||||||  |||| ||||||| || |||| | |  ||||| |||||||||| | | |||  || || ||| | ||||| ||| ||||| || ||||    
T  22468250 acaatatagaaaaattgttgagggaaattttgctcgatatttacaaacaacaaggggaagatcctcctcagagtctccatcagatggatcgaaagccatt 22468151  T
Q  120 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatg 219  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  22468150 agttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtatgttatagtgtttgatgatgtatgggattcacatttttggtatgatattgaatttgctatg 22468051  T
Q  220 attgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatctt 295  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||    
T  22468050 attgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacgagaaacaaggttgttgcagatgcttgtaagaaatctt 22467975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22630741 - 22630465
Alignment:
Q  20 acaatatagaaggattgctgagggacatgttgcacaagttttacgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcatt 119  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||   | |||  || |||||| | ||||||||| ||||| || ||||    
T  22630741 acaatatagaaacattgttgagggacattttgctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcaaagtctccatcaaatggatcgaaagccatt 22630642  T
Q  120 ggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgtta-tagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctat 218  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||  |||| |||||||| |||||| |   ||| |||||| |||||||  ||||||||||    
T  22630641 agttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgtttgtagtgtttgatgatgtatgggaggcacaattttggtatgatattgaatttgctat 22630542  T
Q  219 gattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatctt 295  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22630541 gattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacaaggatgttgcagatgcttgtaagaaatctt 22630465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 97 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22635728 - 22635530
Alignment:
Q  97 catcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacattttt 196  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||| || | ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | | ||||||||    
T  22635728 catcaaatggatcgaaagtcattagttgatgaagtgagaaaccactttcaaggaaaaaggtatgttttagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttt 22635629  T
Q  197 gggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatctt 295  Q
    ||  ||||||  ||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  22635628 ggtctgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatagttgtaggatattaatcacaacaagaaaaaaggatgttgcaaatgcttgtaataaatctt 22635530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 122 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22431373 - 22431190
Alignment:
Q  122 ttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgat 221  Q
    ||||| || |||| ||||||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||| |||||| | | | |||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  22431373 ttgataaactgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcaaatttttggtatgatattgaatttgctatgat 22431274  T
Q  222 tgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttcttttgttga 305  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22431273 tgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacaaggatggtgtagatgcttgtaagaaatcttcttttgttga 22431190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 97 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22354036 - 22353837
Alignment:
Q  97 catcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacattttt 196  Q
    ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||| ||| |||| |||||| | |||| | | | ||||||||    
T  22354036 catcaaatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaacaacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgataatgtataggagtcacattttt 22353937  T
Q  197 gggatgatatca-aatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatctt 295  Q
    || | |||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  22353936 ggcaagatatttgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacaaggatgttacagatgattgtaagaaatctt 22353837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 30989528 - 30989354
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||| |||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||  | || |||||||| || ||||   |||||||||||    
T  30989528 tcaaatggatcgagggtcattgactgatgaagtgagaaactacttgcggttaaaaaggtatgtcgttgtgtttgatgatgtttggagtgtacatttttgg 30989429  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    ||||||||  |||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  30989428 gatgatattgaatttgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttatcacaacaagaaacctagatgtt 30989354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22436855 - 22436651
Alignment:
Q  101 aaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttggga 200  Q
    |||||||  ||||| | ||| ||||||||||||  ||  | |||||| ||||||||||  || | || ||||| || |||||||||||| || ||||| |    
T  22436855 aaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggaacttaaatatttggaa 22436756  T
Q  201 tgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttctttt 300  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||   ||| |||| |||| |||||||||||||||| || ||| ||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  22436755 tgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaatcacaacaaggaaaatgaatgttgcaaattcttttaagagatcttctttt 22436656  T
Q  301 gttga 305  Q
    |||||    
T  22436655 gttga 22436651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 18967218 - 18967036
Alignment:
Q  91 agtattcatcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttac 190  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||| || |||||||| | ||| || ||||||||| | || |||||||| || ||||  ||||    
T  18967218 agtatttatcaaatggatcgagagtcattgacagatgaagtaagaaactacttacgggataagaggtatgttgttgtgtttgatgatgtttggagtttac 18967119  T
Q  191 atttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||| ||  |||| ||||| || |||||||| ||| ||||||||    
T  18967118 atttttgggatgatattgaatttgttgtaattgataataaaaaaggaagtaacatattgataacaacaaggaacctggatgtt 18967036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 123 - 273
Target Start/End: Original strand, 22115352 - 22115502
Alignment:
Q  123 tgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgatt 222  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||| | || |||||||| || |||||  |||||||||||||||||||  ||||| || | |||    
T  22115352 tgatgaagtgagaaaatacttgcagaaaaagaggtacgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttgggatgatattgaattttctgtaatt 22115451  T
Q  223 gataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    |||| |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  22115452 gatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaagaaacatggatgtt 22115502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 98 - 273
Target Start/End: Original strand, 21930663 - 21930838
Alignment:
Q  98 atcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttg 197  Q
    |||||||| ||||||  ||||||  || ||||||||| || | ||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| || |||||  ||||||||||    
T  21930663 atcaaatggatcgaggatcattgactgctgaagtgagaaaatgcttgcagaaaaagaggtatgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttg 21930762  T
Q  198 ggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    |||||||||  ||||||||   ||||||| |||||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  21930763 ggatgatattgaatttgctgcaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaacatggatgtt 21930838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 99 - 299
Target Start/End: Original strand, 21945867 - 21946067
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||||||||||||| ||||    |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| || ||||   |||||||||||    
T  21945867 tcaaatgaatcgagagttattgacaaatgaagtgagaaattacttgcagcaaaagaggtatgttgtcgtctttgatgatgtttggactgtacatttttgg 21945966  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttctt 298  Q
    |||||| | |||||||||   ||||||| |||||| ||  ||| |||||| || |||||||| |||| | |||||   ||| ||||||| ||||||||||    
T  21945967 gatgattttaaatttgctgcaattgatagtaaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggaacaagaatgttgtgaattcttgtaaaaaatcttctt 21946066  T
Q  299 t 299  Q
    |    
T  21946067 t 21946067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Original strand, 22034760 - 22034934
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||  |||||| | ||   |||||  || | || |||||||| || |||||  |||||||||||    
T  22034760 tcaaatgaatcgggagtcattgactgatgaagtgagaaatcacttgcggaaatcgaggtaccttgttgtctttgatgatgtttggaatgtacatttttgg 22034859  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    ||||||||  ||||| || | ||||||| |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  22034860 gatgatattgaattttctgtaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaagaaacatggatgtt 22034934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 136 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 22615454 - 22615294
Alignment:
Q  136 aactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagg 235  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| ||  ||| |||| | |||||||||||||| |    
T  22615454 aactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatg 22615355  T
Q  236 gttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttc 296  Q
    |  |||||||||| || |||||||| || || |||||| ||  | ||||||||| ||||||    
T  22615354 gaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttc 22615294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Original strand, 22179660 - 22179834
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    |||||||||||| |||||||||  | |||||||||| || ||||||||||||   | |||  || | || |||||||| || |||||   || |||||||    
T  22179660 tcaaatgaatcgggagtcattgactaatgaagtgagaaattacttgcaggaatcgaagtacattgtcgtatttgatgatgtttggaatgaacttttttgg 22179759  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    |||||| |  ||| ||||   ||||||| |||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  22179760 gatgatgttgaatctgctgcaattgatagtaaaaatggaagtaagatattaataacaacaaggaacatggatgtt 22179834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 260
Target Start/End: Original strand, 21937396 - 21937557
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||| |||||| ||||||| | |||||| | || ||||||||||    ||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||   |||||||||||    
T  21937396 tcaaatggatcgagggtcattgatggatgaaattagaaactacttgcgaagaaagaggtacgttatcgtgtttgatgatgtttggagtctacatttttgg 21937495  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaag 260  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||||| |||||| ||  ||| |||||| || ||||||||    
T  21937496 gatgatatcgaatttgctggaattgatagtaaaaatggaagtaggatatttataacaacaag 21937557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22621105 - 22620931
Alignment:
Q  131 tgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataa 230  Q
    |||| ||| |||||||  |||| ||||||||| | || |||||||| ||||||| | || |||||||| |||| ||  |   || | |||||||||||||    
T  22621105 tgagaaaccacttgcaacaaaagaggtatgtttttgtatttgatgatgtatggaccatagatttttggaatgaaatagagcatgttgtgattgataataa 22621006  T
Q  231 aaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttcttttgttga 305  Q
    ||| ||  |||||||||| || ||||||||||  ||||||||| | | |  |||||| |||||||||||| ||||    
T  22621005 aaatgggagtaagatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattga 22620931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 22657249 - 22657115
Alignment:
Q  139 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 238  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| |||||||||  |  |||||||||||| ||  ||| |||| |   |||| ||||||| ||      
T  22657249 tacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacaaaagtttttgggatgagattgaatatgctgttggtgatcataaaaatggga 22657150  T
Q  239 gtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  22657149 gtaagatatttattacaacaagaaatatggatgtt 22657115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 218 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22648288 - 22648207
Alignment:
Q  218 tgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttcttt 299  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | |    ||||||||||||||||||    
T  22648288 tgattgataataaaaatgggagtaagatatttattacaacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttcttt 22648207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 2305668 - 2305507
Alignment:
Q  139 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 238  Q
    ||||||||| | || ||||||||| | || |||||| | |||||||||  |  |||||||||||| ||  ||| |||||||| |||| ||||||| |||     
T  2305668 tacttgcagaataagaggtatgtttttgtgtttgataatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgctatgagtgatcataaaaatggta 2305569  T
Q  239 gtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtttcaaatgcttgtaagaaatcttctttt 300  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||||||| | |    |||||||||||||||||||    
T  2305568 gtaagatatttattaccacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttctttt 2305507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 273
Target Start/End: Original strand, 34989500 - 34989634
Alignment:
Q  139 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 238  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| |||||||||  |  |||||||||||| ||  ||| || | ||| |||||||||||| |||     
T  34989500 tacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggta 34989599  T
Q  239 gtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    |||||||||| || || |||||||| | |||||||    
T  34989600 gtaagatatttattaccacaagaaataaggatgtt 34989634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 245
Target Start/End: Original strand, 34980407 - 34980551
Alignment:
Q  101 aaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttggga 200  Q
    ||||| |||||||  ||||| || ||||  |||| || ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| |||||||||  |  |||||||||    
T  34980407 aaatggatcgagatgcattgatttatgagttgagaaattacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttggga 34980506  T
Q  201 tgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagat 245  Q
    ||| ||  ||| || | ||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  34980507 tgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagat 34980551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 246
Target Start/End: Original strand, 34975665 - 34975772
Alignment:
Q  139 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 238  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||| |||||||||  |  |||||||||||| ||  ||| || | ||| |||||||||||| |||     
T  34975665 tacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggta 34975764  T
Q  239 gtaagata 246  Q
    ||||||||    
T  34975765 gtaagata 34975772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29610873 - 29610697
Alignment:
Q  20 acaatatagaaggattgctgagggacatgttgcacaagtttt-acgaacaacaaggagcaaatctcccccaaagtattcatcaaatgaatcgagagtcat 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| || ||||| | ||||   |||  || |||||||||  ||||||| | |||||||| |    
T  29610873 acaatatagaaggattgctaaggggcatgttggagaagtttttacaaacaaaagggagatgatcctcctcaaagtatttctcaaatggagcgagagtcgt 29610774  T
Q  119 tg---gttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacat 192  Q
     |   || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||  || |||| ||||| || |||||||||||||||    
T  29610773 cgttagtcgatgaagtgagaaattacttgcaggagaaaaggtaccttgtagtgtttgacgatgtatggaacttacat 29610697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 29604842 - 29604805
Alignment:
Q  169 tttgatgacgtatggaacttacatttttgggatgatat 206  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29604842 tttgacgatgtatggaacttacatttttgggatgatat 29604805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 872948 - 872774
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||| |||||| |||||||  | |||||||||| || ||||||||| |||| |  || ||| | || ||| ||||  | |||| | ||||||||  |    
T  872948 tcaaatggatcgagtgtcattgactaatgaagtgagaaattacttgcagcaaaagacatacgttgttgtgtttaatgatttttggagcgtacattttatg 872849  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    ||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||  |||||| |||||    
T  872848 gatgatattgaatttgttgtaattgataataaaaagggaagtaagatatttatcacagcaatgaacatgaatgtt 872774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 1234225 - 1234051
Alignment:
Q  99 tcaaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgacgtatggaacttacatttttgg 198  Q
    ||||||| |||||| |||||||  | |||||||||| || ||||||||| |||| |  || ||| | || ||| ||||  | |||| | ||||||||  |    
T  1234225 tcaaatggatcgagtgtcattgactaatgaagtgagaaattacttgcagcaaaagacatacgttgttgtgtttaatgatttttggagcgtacattttatg 1234126  T
Q  199 gatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgtt 273  Q
    ||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||  |||||| |||||    
T  1234125 gatgatattgaatttgttgtaattgataataaaaagggaagtaagatatttatcacagcaatgaacatgaatgtt 1234051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 248
Target Start/End: Original strand, 40580264 - 40580320
Alignment:
Q  192 tttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatatt 248  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  40580264 tttttggggtgatattgaatatgctatgagtgataataaaaatggtagtaagatatt 40580320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University