View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19425_high_40 (Length: 358)

Name: NF19425_high_40
Description: NF19425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19425_high_40
NF19425_high_40
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (17-339)||(5284277-5284599)
chr7 (17-339)||(5289528-5289850)
chr7 (17-339)||(5310366-5310688)
chr7 (17-332)||(5302465-5302780)
chr7 (17-339)||(5315080-5315402)
chr7 (19-344)||(46706814-46707139)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (17-344)||(1492137-1492464)
chr5 (17-344)||(1504946-1505273)
chr5 (17-338)||(1477968-1478289)
chr5 (17-338)||(1482162-1482483)
chr5 (25-336)||(1499217-1499528)
chr5 (28-339)||(1509104-1509415)
chr5 (25-339)||(1486647-1486961)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-344)||(44128543-44128870)
chr1 (17-344)||(44132748-44133075)
chr1 (17-344)||(44141170-44141497)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-338)||(24163622-24163941)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (17-332)||(37859202-37859517)
chr3 (19-332)||(37863228-37863541)
chr3 (19-321)||(39030042-39030344)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-317)||(35250780-35251080)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Original strand, 5284277 - 5284599
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5284277 acatggccccttcattggatgcaaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggcca 5284376  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284377 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 5284476  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284477 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 5284576  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5284577 tgttggttgtttgttctgaagtc 5284599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5289850 - 5289528
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289850 acatggccccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 5289751  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  5289750 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttgggtcttcgtcca 5289651  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5289650 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtg 5289551  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5289550 tgttggttgtttgttctgaagtc 5289528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Original strand, 5310366 - 5310688
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310366 acatggcaccttcattggatgcaaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 5310465  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  5310466 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtcca 5310565  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5310566 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtg 5310665  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5310666 tgttggttgtttgttctgaagtc 5310688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Original strand, 5302465 - 5302780
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302465 acatggccccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 5302564  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302565 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 5302664  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5302665 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 5302764  T
Q  317 tgttggttgtttgttc 332  Q
    |||||||||| |||||    
T  5302765 tgttggttgtatgttc 5302780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Original strand, 5315080 - 5315402
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315080 acatggccccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 5315179  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5315180 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattaggtcttcgccca 5315279  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5315280 tatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtg 5315379  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5315380 tgttggttgtttgttctgaagtc 5315402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 46707139 - 46706814
Alignment:
Q  19 atggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 118  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46707139 atggcaccttcattggatgccaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 46707040  T
Q  119 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccata 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46707039 caaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgcccata 46706940  T
Q  219 tgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  46706939 tgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgta 46706840  T
Q  319 ttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    
T  46706839 ttggttgtttgttctgaagtcactgc 46706814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 1492137 - 1492464
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492137 acatggcaccttcattggatgctagacaagacatggtggtggtagaagtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 1492236  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  1492237 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtcca 1492336  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1492337 tatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtg 1492436  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  1492437 tgttagttgtttgttctgaagtcactgc 1492464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 1504946 - 1505273
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  1504946 acatggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgccgtaaaagctataaaagaatggggtca 1505045  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1505046 gccaaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgccca 1505145  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||    
T  1505146 tatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtg 1505245  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  1505246 tgttggttgtctgttccgaagtcactgc 1505273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 338
Target Start/End: Original strand, 1477968 - 1478289
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1477968 acatggcaccgtcattggatgctaggcaggacatggtggtggtagaagtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaagctataaaagaatggggcca 1478067  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  1478068 accaaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtcca 1478167  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||    
T  1478168 tatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtg 1478267  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  1478268 tgttggttgtttgttctgaagt 1478289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 338
Target Start/End: Original strand, 1482162 - 1482483
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1482162 acatggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtgcctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggcca 1482261  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  1482262 accaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgtcca 1482361  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||    
T  1482362 tatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtg 1482461  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  1482462 tgttggttgtttgttctgaagt 1482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 25 - 336
Target Start/End: Original strand, 1499217 - 1499528
Alignment:
Q  25 ccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagt 124  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  1499217 ccttctttggatgctaggcaagacatgatggcggtagagatacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagt 1499316  T
Q  125 caaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaa 224  Q
    |||| ||||| || |||||  ||||||||   ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  1499317 caaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaa 1499416  T
Q  225 aaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggtt 324  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1499417 aaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggtt 1499516  T
Q  325 gtttgttctgaa 336  Q
    ||||||||||||    
T  1499517 gtttgttctgaa 1499528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 28 - 339
Target Start/End: Original strand, 1509104 - 1509415
Alignment:
Q  28 tcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaa 127  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  1509104 tcattggatgctaggcaagacatggtggttgtaaaggtacctaggctaggaaaagaggttgcagtgaaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaa 1509203  T
Q  128 agattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaag 227  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || ||| |||||||  |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| |||||    
T  1509204 agattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaag 1509303  T
Q  228 gtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtt 327  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| |||||| || ||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  1509304 gtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtt 1509403  T
Q  328 tgttctgaagtc 339  Q
    |||||| |||||    
T  1509404 tgttctaaagtc 1509415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 25 - 339
Target Start/End: Original strand, 1486647 - 1486961
Alignment:
Q  25 ccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagt 124  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||  ||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  1486647 ccttctttggatgctaggcaagacatggtggtgcgagacgtgcctaggctaggaaatgaggctgcagtgaaagctataaaagaatagggccaaccaaagt 1486746  T
Q  125 caaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaa 224  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||  |||||  ||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||    
T  1486747 caaagattacacacttaatattttgcaccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaa 1486846  T
Q  225 aaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggtt 324  Q
    | |||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || || || || |||| |||||| || || ||||||||||| |||| ||||| |||||||||     
T  1486847 acggtatatgatataccaacaaggatgctttgcagggggcactgttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggta 1486946  T
Q  325 gtttgttctgaagtc 339  Q
     | ||||||||||||    
T  1486947 atatgttctgaagtc 1486961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 44128543 - 44128870
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44128543 acatggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtca 44128642  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  44128643 accaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgccca 44128742  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44128743 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtg 44128842  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  44128843 tgttggttgtctgttctgaagtcactgc 44128870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 44132748 - 44133075
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44132748 acatggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtca 44132847  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  44132848 accaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgccca 44132947  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44132948 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtg 44133047  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  44133048 tgttggttgtctgttctgaagtcactgc 44133075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 44141170 - 44141497
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44141170 acatggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggccataaaagaatggggtca 44141269  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  44141270 accaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgccca 44141369  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44141370 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtg 44141469  T
Q  317 tgttggttgtttgttctgaagtctctgc 344  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  44141470 tgttggttgtctgttctgaagtcactgc 44141497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 24163941 - 24163622
Alignment:
Q  19 atggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 118  Q
    ||||| ||||| |||||| | || |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24163941 atggcaccttctttggatactaggcaagacatggtggtagtagaggcaccaagactaggaaaggaggcagccgtgaaggctataaaagaatggggccaac 24163842  T
Q  119 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccata 218  Q
    ||||||||||||| || ||||||||  ||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  24163841 caaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgcccatg 24163742  T
Q  219 tgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 318  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  24163741 tgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtg 24163642  T
Q  319 ttggttgtttgttctgaagt 338  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  24163641 ttggttgtttgttctgaagt 24163622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37859517 - 37859202
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| |||   ||||| || || |||||||||||    
T  37859517 acatggcaccttcattggatgcaagacaagacatggtggttgtggaggtaccaagactaggaaaagaggcagcaacaaaggccatcaaggaatggggtca 37859418  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || |||||||| ||||| |||    
T  37859417 acctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttgggccttcgtcca 37859318  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  37859317 tatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaaggtgctcgtg 37859218  T
Q  317 tgttggttgtttgttc 332  Q
    ||||||| ||||||||    
T  37859217 tgttggtagtttgttc 37859202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 37863541 - 37863228
Alignment:
Q  19 atggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 118  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| || || ||||| |  ||||| || |||||||||   |||||||| || |||||||||||||    
T  37863541 atggcaccttcgttggatgcaagacaggatatggtggttgtggaagtaccaaagctaggaaaagaggctgcaacaaaggctatcaaggaatggggtcaac 37863442  T
Q  119 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccata 218  Q
    | |||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  37863441 ctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcccgta 37863342  T
Q  219 tgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 318  Q
    ||||||  | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  37863341 tgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtgtt 37863242  T
Q  319 ttggttgtttgttc 332  Q
    ||||| ||||||||    
T  37863241 ttggtggtttgttc 37863228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 321
Target Start/End: Original strand, 39030042 - 39030344
Alignment:
Q  19 atggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 118  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |  || ||||| |  || || || || || ||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  39030042 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 39030141  T
Q  119 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccata 218  Q
    | ||||||| | |||||||  | ||  |||||||  ||||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||| | |||||    
T  39030142 ctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 39030241  T
Q  219 tgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 318  Q
    ||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  39030242 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtg 39030341  T
Q  319 ttg 321  Q
    |||    
T  39030342 ttg 39030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Original strand, 35250780 - 35251080
Alignment:
Q  17 acatggccccttcattggatgcaagacaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  |||| || || || |||   || || || || |||||||||||    
T  35250780 acatggcaccatcattggatgcaagacaagatatggtggtagtagaggtgccaaggttaggaaaagaagcagcaacaaaagcgatcaaggaatggggtca 35250879  T
Q  117 accaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggagtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgccca 216  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||  ||||||  || ||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| ||| |  | || ||||| ||     
T  35250880 accaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctaggacttcgtccg 35250979  T
Q  217 tatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtg 316  Q
    |  |||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  35250980 tcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataaaggtgctcgtg 35251079  T
Q  317 t 317  Q
    |    
T  35251080 t 35251080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University