View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19425_low_43 (Length: 349)

Name: NF19425_low_43
Description: NF19425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19425_low_43
NF19425_low_43
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (11-333)||(1964962-1965284)
chr8 (11-333)||(2011410-2011732)
chr8 (14-333)||(2004418-2004737)
chr8 (14-333)||(1968898-1969223)
chr8 (14-327)||(2436704-2437023)
chr8 (30-333)||(2007814-2008117)
chr8 (14-331)||(1963300-1963611)
chr8 (14-331)||(2014818-2015129)
chr8 (14-331)||(2018201-2018512)
chr8 (30-106)||(10201869-10201945)
chr8 (30-106)||(10208942-10209018)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (14-330)||(5902474-5902787)
chr1 (14-330)||(5905958-5906271)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (15-187)||(844977-845149)
chr6 (15-130)||(870261-870376)
chr6 (48-98)||(4299617-4299667)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (63-196)||(15204-15337)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (63-196)||(57507-57640)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (47-91)||(1351118-1351162)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 11 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 1965284 - 1964962
Alignment:
Q  11 cataggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaagg 110  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1965284 cataggccatgtgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaagg 1965185  T
Q  111 atttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcatttt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1965184 atttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcatttt 1965085  T
Q  211 gtgctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||    
T  1965084 gtgctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcacacaacccataggaatttctgattactcaattctaaccccagagccagctgaac 1964985  T
Q  311 aatttgttcgtgtgaaagtgtac 333  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  1964984 aatttgttcgtgtgaaagtgtac 1964962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 333
Target Start/End: Original strand, 2011410 - 2011732
Alignment:
Q  11 cataggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaagg 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  2011410 cataggccatgtgattagtggcaccccatgaaccacactttcaagtgttgagctccaaccacagtgactcaagaacccgccaactgaactatgactaagg 2011509  T
Q  111 atttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcatttt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| | |||||||    
T  2011510 atttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaaccttcctctttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaattgtaaagcatcaacatcatttt 2011609  T
Q  211 gtgctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaac 310  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2011610 gtgctgaaagatatgctgcattagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaac 2011709  T
Q  311 aatttgttcgtgtgaaagtgtac 333  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  2011710 aatttgttcgtgtgaaagtgtac 2011732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Original strand, 2004418 - 2004737
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| || | |||  | ||||| ||||||    
T  2004418 aggccatgttattagtggcacaccatgcaccacactctctagggttgaattccagccacaatgagtcaagaacccgccgactgagttgtgacttaggatt 2004517  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| | | ||| |||| | ||||||||||    
T  2004518 tgaatctgcggcacccatgatgtaatgacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccggatggcaaaaactgccaagtgtcagcatcattttgtg 2004617  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004618 ctgaaaaatatcctgcactagatgaactactacttggtgctcgcaaaacccacaagaatatcttattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 2004717  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtgtac 333  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  2004718 ttgttcttgtgaaagtgtac 2004737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 1969223 - 1968898
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||    
T  1969223 aggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagggttgaattccagccacaatgagtcaagaatccaccaattgagttgtgacttaggatt 1969124  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaac------ccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcat 207  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||      |||||||||||||| | ||||| ||||   ||||    
T  1969123 tgaatctgcggcgcccatgatgtaataacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccagatccagatggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcat 1969024  T
Q  208 tttgtgctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctc 307  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||   |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1969023 tttctgctgaaagatatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacgagaattttttattactcaattccaaacctaaagccagctc 1968924  T
Q  308 aacaatttgttcgtgtgaaagtgtac 333  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  1968923 cacaatttgttcgtgtgaaagtgtac 1968898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2437023 - 2436704
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||||||    
T  2437023 aggccatgtgattagtggcacaccatgcaccacactctcaagggttgaattccagccacagtgactcaagaaaccaccaactgatctgtgactaaggatt 2436924  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||| || |  ||||  ||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  2436923 tgaacctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtg 2436824  T
Q  214 ctgaaa--ga----tatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctc 307  Q
    ||||||  ||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  2436823 ctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctc 2436724  T
Q  308 aacaatttgttcgtgtgaaa 327  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  2436723 aacaatttgttcttgtgaaa 2436704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 30 - 333
Target Start/End: Original strand, 2007814 - 2008117
Alignment:
Q  30 ggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatttgaatctgaggtgccc 129  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||| |||| |||  | ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  2007814 ggcacaccgtgcaccacactctcaagggttgaattccagccacaatgcgtcaagaacccaccaactgagttgtgacttaggatttgaatctgcggcgccc 2007913  T
Q  130 atgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtgctgaaagatatgctgc 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||   ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2007914 atgatgtaataacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaagatatcctgc 2008013  T
Q  230 actagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcgtgtgaaagt 329  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| | ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||    
T  2008014 actagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacaagaattttgtattactcaattccaaacccaaagctagctccacaatttgctcctgtgaaagt 2008113  T
Q  330 gtac 333  Q
    ||||    
T  2008114 gtac 2008117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1963611 - 1963300
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  1963611 aggccaagtgattagtggcacaccatacaccacactctcaagggttgaattccaaccacaatgagacaaaaacccaccaatggaactgtgactaaggatt 1963512  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||  || |  ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| | |||     ||    
T  1963511 tgaatctgtggtgcccatgatggaacaaccatcccttgttccttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaactgtaaaggatcaacatca---gatg 1963415  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||   |||||||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  1963414 ctgaaagatatgcagcatttgctg---tactacttggagctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccaactcatcaat 1963318  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtgt 331  Q
    |||||| || ||||||||    
T  1963317 ttgttcttgcgaaagtgt 1963300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 331
Target Start/End: Original strand, 2014818 - 2015129
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||| |||||||    
T  2014818 aggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcattgaattccaaccacagtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatt 2014917  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| || |  ||||  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||| | |||     ||    
T  2014918 tgaatctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgttcctttgttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---gatg 2015014  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||   || ||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  2015015 ctgaaagatatgcagcattggctg---tattacttggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaat 2015111  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtgt 331  Q
    |||||| || ||||||||    
T  2015112 ttgttcttgcgaaagtgt 2015129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 331
Target Start/End: Original strand, 2018201 - 2018512
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||| |||||||    
T  2018201 aggccatgtgattagtggcacaccatgcaacacactctcaagcgttgaattccaaccacagtgagtcaagaacccaccaactgaactgtgacgaaggatt 2018300  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| || |  ||||  |||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||| | |||     ||    
T  2018301 tgaatctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgttccttttttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---gatg 2018397  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||   || ||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  2018398 ctgaaagatatgcagcattggctg---tattacttggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaat 2018494  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtgt 331  Q
    |||||| || ||||||||    
T  2018495 ttgttcttgcgaaagtgt 2018512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 30 - 106
Target Start/End: Original strand, 10201869 - 10201945
Alignment:
Q  30 ggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgact 106  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  10201869 ggcacaccattcaccacactctcaagagttgaattccaaccacaatgactcacaaaccctccaattgagatatgact 10201945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 30 - 106
Target Start/End: Original strand, 10208942 - 10209018
Alignment:
Q  30 ggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgact 106  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  10208942 ggcacaccattcaccacactctcaagagttgaattccaaccacaatgactcacaaaccctccaattgagatatgact 10209018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 5902787 - 5902474
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||  ||    
T  5902787 aggccatgtgattagtggcacaccatgcatcacactctcaaggattgaattccagccacagtgactcaagaatccaccaactgatctgtgactaagtgtt 5902688  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| || |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||| | ||| | ||||||| ||    
T  5902687 tcaatctgaggtgcccatgatggaataaccatcccttgctccttggttctctccaagaacccaggtggtaaaaactgcaaaagatcaacatcattttctg 5902588  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    |||||||||||||  |||| | |||   ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||    
T  5902587 ctgaaagatatgcaccactggctga---actacttggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagccaactcatcaat 5902491  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtg 330  Q
    |||||| ||||||||||    
T  5902490 ttgttcttgtgaaagtg 5902474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 5906271 - 5905958
Alignment:
Q  14 aggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatt 113  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| | | || |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| || |||| |||  | ||||||||||||    
T  5906271 aggccatgtgattagtggcacaccatgcatcgcgctctcaaggattgaactccaaccacaatgactcaagaatccaccaactgatatgtgactaaggatt 5906172  T
Q  114 tgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtg 213  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| || |  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | | || | ||| | || |||||||    
T  5906171 tcaatctgaggtgcccatgatggaataaccattccttgctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaacctgcgaaagatcaacatcgttttgtg 5906072  T
Q  214 ctgaaagatatgctgcactagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaat 313  Q
    |||||||||||||  |||  | |||   ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||| || |    
T  5906071 ctgaaagatatgcaccacatgctga---actacttggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagctagctcatcagt 5905975  T
Q  314 ttgttcgtgtgaaagtg 330  Q
    |||||| ||||||||||    
T  5905974 ttgttcttgtgaaagtg 5905958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 187
Target Start/End: Original strand, 844977 - 845149
Alignment:
Q  15 ggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggattt 114  Q
    |||||||| |||| ||| | |||||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  844977 ggccatgctattattggaattccatttacaacactttcaagtgttgaattccaaccacaatgagttaaaaacccaccaattgaactatgaccaagaattt 845076  T
Q  115 gaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaa 187  Q
     ||| || ||||||||  ||| ||  || ||||||||| | || ||||| |||||||| |||  |||||||||    
T  845077 caatttgtggtgcccaatatggaactactaaacctttcccttttgttctttccaaaaaaccatttggtaaaaa 845149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 130
Target Start/End: Original strand, 870261 - 870376
Alignment:
Q  15 ggccatgcgattagtggcactccatgcaccacactttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggattt 114  Q
    |||||||| |||| ||| | |||||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  870261 ggccatgctattattggaattccatttacaacactttcaagtgttgaattccaaccacaatgagttaaaaacccaccaattgaactatgaccaagaattt 870360  T
Q  115 gaatctgaggtgccca 130  Q
     ||| || ||||||||    
T  870361 caatttgtggtgccca 870376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 4299667 - 4299617
Alignment:
Q  48 ctttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaa 98  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  4299667 ctttcaatggttgagttccatccacagtgagtcaagaatccaccaattgaa 4299617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 196
Target Start/End: Original strand, 15204 - 15337
Alignment:
Q  63 ttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttc 162  Q
    ||||||||||| ||||| || || || |||| |||||||||  |||| |||| ||  ||||||||||||||||  |  | ||||||||| || || ||||    
T  15204 ttccaaccacaatgacttaaaaatccaccaactgaactatgtttaagtatttcaacttgaggtgcccatgatgccaaaataaaacctttttctttggttc 15303  T
Q  163 tctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagg 196  Q
    | |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  15304 tttccaaaaaccctataggtaaaaatttcaaagg 15337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 57640 - 57507
Alignment:
Q  63 ttccaaccacagtgactcaagaaccctccaattgaactatgactaaggatttgaatctgaggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttc 162  Q
    ||||||||||| ||||| || || || |||| |||||||||  |||| |||| ||  ||||||||||||||||  |  | ||||||||| || || ||||    
T  57640 ttccaaccacaatgacttaaaaatccaccaactgaactatgtttaagtatttcaacttgaggtgcccatgatgccaaaataaaacctttttctttggttc 57541  T
Q  163 tctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagg 196  Q
    | |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  57540 tttccaaaaaccctataggtaaaaatttcaaagg 57507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 1351162 - 1351118
Alignment:
Q  47 actttcaagggttgagttccaaccacagtgactcaagaaccctcc 91  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1351162 actttcaattgttgaattccaaccacagtgactcaaaaaccctcc 1351118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University