View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19433_high_1 (Length: 723)

Name: NF19433_high_1
Description: NF19433
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19433_high_1
NF19433_high_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (7-717)||(10464615-10465326)
chr1 (7-717)||(43734267-43734978)
chr1 (7-717)||(50673124-50673857)
chr1 (265-322)||(11474218-11474275)
chr1 (265-322)||(28245776-28245833)
chr1 (267-325)||(50019262-50019323)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-717)||(5911242-5911978)
chr3 (148-301)||(22982245-22982407)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (84-576)||(25862562-25863055)
chr8 (602-711)||(25863048-25863155)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (97-574)||(27978921-27979398)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (213-325)||(48794109-48794221)
chr4 (435-481)||(48794319-48794365)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (265-322)||(38252591-38252648)
chr2 (265-322)||(43156894-43156951)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (265-322)||(10124003-10124060)
chr6 (265-322)||(19307453-19307510)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (436-480)||(17513643-17513687)
chr5 (265-309)||(25382331-25382375)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 10465326 - 10464615
Alignment:
Q  7 ctgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagtgtcagcccaagaaaagaagtgc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10465326 ctgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagcgtcagcccaagaaaagaagtgc 10465227  T
Q  107 tcctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10465226 tcctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcacaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 10465127  T
Q  207 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10465126 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 10465027  T
Q  307 cccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcata-nnnnnnncataaggaactattcttatactaattattttt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10465026 cccgctagcacgtgaggatatgtttgttagtcacacaactatgttgatggtaatttcatattttttttcataaggaactattcttatactaattattttt 10464927  T
Q  406 catcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaatcga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10464926 catcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaattga 10464827  T
Q  506 aagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagtat 605  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10464826 aagaaaccgagctgattattttttgaaaattattatgtgcagttagtttgcatttacagagttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagtat 10464727  T
Q  606 ttggtaactgttttttaatggcagctattttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgatgctt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10464726 ttggtaactgttttttaatggcagctattttggtgtgtctcctgctttttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgatgctt 10464627  T
Q  706 ggatattcttgg 717  Q
    |||||| |||||    
T  10464626 ggatatgcttgg 10464615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 43734978 - 43734267
Alignment:
Q  7 ctgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagtgtcagcccaagaaaagaagtgc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43734978 ctgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagcgtcagcccaagaaaagaagtgc 43734879  T
Q  107 tcctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43734878 tcctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcacaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 43734779  T
Q  207 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43734778 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 43734679  T
Q  307 cccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcata-nnnnnnncataaggaactattcttatactaattattttt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43734678 cccgctagcacgtgaggatatgtttgttagtcacacaactatgttgatggtaatttcatattttttttcataaggaactattcttatactaattattttt 43734579  T
Q  406 catcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaatcga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43734578 catcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaattga 43734479  T
Q  506 aagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagtat 605  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43734478 aagaaaccgagctgattattttttgaaaattattatgtgcagttagtttgcatttacagagttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagtat 43734379  T
Q  606 ttggtaactgttttttaatggcagctattttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgatgctt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43734378 ttggtaactgttttttaatggcagctattttggtgtgtctcctgctttttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgatgctt 43734279  T
Q  706 ggatattcttgg 717  Q
    |||||| |||||    
T  43734278 ggatatgcttgg 43734267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 50673857 - 50673124
Alignment:
Q  7 ctgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagtgtcagcccaagaaaagaagtgc 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50673857 ctgatgctatacaaccaaagggattcaagaaacaacccagctgaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagcgtcagcccaagaaaagaagtgc 50673758  T
Q  107 tcctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50673757 tcctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcaaacctcaaagaagttcacaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgta 50673658  T
Q  207 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50673657 ctttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcc 50673558  T
Q  307 cccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcata--nnnnnnncataaggaactattcttatactaattatttt 404  Q
     ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50673557 tccgctagtacgtgaggatatgtttattagttacacaactatgttgatggtaatttcatatttttttttcataaggaactattcttatactaattatttt 50673458  T
Q  405 tcatcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaatcg 504  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  50673457 tcatcacacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgataaaaatattggagcattactttgaccttcgatctcaatcg 50673358  T
Q  505 aaagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagta 604  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50673357 aaagaaacgaagctggttattttttgaaaattattatgtacagttagtttgcatttacagggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagta 50673258  T
Q  605 tttggtaactgttttttaa-------tggcagcta----------------ttttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtgt 681  Q
    |||||||||||||||||||       |||||||||                |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50673257 tttggtaactgttttttaatggtggctggcagctattgagagtgattagaattttggtgt--ctcctgctgtttggattcgcacagctctgttggtgtgt 50673160  T
Q  682 tctcaggggctgtttttgatgcttggatattcttgg 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50673159 tctcaggggctgtttttgatgcttggatatgcttgg 50673124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Original strand, 11474218 - 11474275
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  11474218 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 11474275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 28245833 - 28245776
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  28245833 ggttgatggagtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 28245776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 50019323 - 50019262
Alignment:
Q  267 ttgatggagtatcttgttccgcg---cctccaacttatgagcccccgctagcacgtgaggat 325  Q
    ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  50019323 ttgatggagtatcttgttctgcgtcgcctccaacttatgagcccccacaagcacatgaggat 50019262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 717
Target Start/End: Original strand, 5911242 - 5911978
Alignment:
Q  8 tgatgctatgcaaccaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagtgtcagcccaagaaaagaagtgct 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5911242 tgatgctatgcaatcaaagggattcaagaaacaacccagctcaaagggaactaagcgacataaaagtttccttgagcgtcagcccaagaaaagaagtgct 5911341  T
Q  108 cctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgtac 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5911342 cctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcccacctcaaagaagttcacaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgtac 5911441  T
Q  208 tttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagccc 307  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5911442 tttcacttattttaatgttgcataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggtcaatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagccc 5911541  T
Q  308 ccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcatannnnnnn----cataaggaactattcttatactaattattt 403  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5911542 ccgctagcacgtgggggtatgtttgttagttacacaactatgttgatggtaatttcatttttttttttttcataaggaactattcttatactaattattt 5911641  T
Q  404 ttcatcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcgatctcaatc 503  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5911642 ttcatcacacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgaccttcgatctcaatc 5911741  T
Q  504 gaaagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagt 603  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5911742 gaaagaaacggagctggttattttttgaaaattattatgtgcagttagtttgcatctacaaggttgtatttggagctgattaagtctctgttaggggagt 5911841  T
Q  604 atttggtaactgttttttaatg-------gcagcta----------------ttttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtg 680  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||                |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5911842 atttggtaactgttttttaatggcggctggcagctactgagagtgattagaattttggtgtgtctcctgctgcttggattcgtacagctctgttggtgtg 5911941  T
Q  681 ttctcaggggctgtttttgatgcttggatattcttgg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5911942 ttctcaggggctgtttttgatgcttggatatgcttgg 5911978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 301
Target Start/End: Original strand, 22982245 - 22982407
Alignment:
Q  148 aaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagttttacatgtactttcacttattttaatgttacat-----aatcattttagg 242  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||| ||||||     ||| || ||       
T  22982245 aaagaagttcacaagtatataagtcgatatgta-attacttgttttagttttacatgtaccttatctatttttaattttacatttacaaattatatttaa 22982343  T
Q  243 ttag-----agaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttat 301  Q
    ||||     ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  22982344 ttaggagaaagaattaacaactcatatggtcgatggagtatcttgttccacacctccaacttat 22982407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 84 - 576
Target Start/End: Original strand, 25862562 - 25863055
Alignment:
Q  84 tgtcagcccaagaaaagaagtgctcctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagat 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  25862562 tgtcagcccaagaaaagaagtgctcctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcacaggtatataagccgatacatagat 25862661  T
Q  184 tacttgttttagttttacatgtactttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgt 283  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25862662 tacttgttttagttttacatgtattttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgt 25862761  T
Q  284 tccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcata-nnnnnnncataaggaa 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||        |||||||||    
T  25862762 tccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgaggttatgtttgttagtcacacaactatgttgatggtaatttcatattttttttcataaggaa 25862861  T
Q  383 ctattcttatactaattatttttcatcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcatta 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25862862 ctattcttatactaattatttttcattgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtagacaccttttgatgatacaaatattgaagcatta 25862961  T
Q  483 ctttgacattcgatctcaatcgaaagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtatttgg 576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25862962 ctttgacattcgatctcaatcgaaagaaacggagctgattattttttgaaaattattatgtgtagttagtttgcatttacagggttgtatttgg 25863055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 602 - 711
Target Start/End: Original strand, 25863048 - 25863155
Alignment:
Q  602 gtatttggtaactgttttttaatggcagctattttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgat 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25863048 gtatttggtaactgttttttaatggcagct--tttggtgtgtctcctgctgtttggattcgtacagctctgttggtgtgttctcaggggctgtttttgat 25863145  T
Q  702 gcttggatat 711  Q
    ||||||||||    
T  25863146 gcttggatat 25863155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 574
Target Start/End: Original strand, 27978921 - 27979398
Alignment:
Q  97 aaagaagtgctcctccaagtaaacatgctcaatctagccgtgtcgcacctcaaagaagttcaaaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagt 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27978921 aaagaagtgctcctccaagtaaacacgctcaatctagccgtgtcccacctcaaagaagttcacaggtatataagtcgatacatagattacttgttttagt 27979020  T
Q  197 tttacatgtactttcacttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaa 296  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27979021 tttacatgtactttcact-attttaatgttgcacgatcattttaggttagagaattaacaactaatatggtcaatggagtatcttgttccgcgcctccaa 27979119  T
Q  297 cttatgagcccccgctagcacgtgaggatatgtttgttagttgcacaactatgttgatggtaatttcata-nnnnnnncataaggaactattcttatact 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  27979120 cttatgagcccccgctagcacgtgagaatatgtttgttagttacacaactatgttgatggtaatttcatattttttttcataaggaactattcttatact 27979219  T
Q  396 aattatttttcatcgcacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgacattcga 495  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27979220 aattatttttcatcacacaatcatgattctaattattttttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcattactttgaccttcga 27979319  T
Q  496 tctcaatcgaaagaaacagagctgattattttttgaaaattattatgtgcagtttgtttgcatttacagggttgtattt 574  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27979320 tctcaatcgaaagaaacggagctggttattttttgaaaattattatgtgcagttagtttgcatctacagggttgtattt 27979398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 213 - 325
Target Start/End: Original strand, 48794109 - 48794221
Alignment:
Q  213 cttattttaatgttacataatcattttaggttagagaattaacaactaatatggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgct 312  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |     
T  48794109 cttagtttaattttacataatcattttaggttaaagaattaacaagtcatatggttgatggagtatcttgttctgcacctccaacttatgcgcccccaca 48794208  T
Q  313 agcacgtgaggat 325  Q
    ||||| |||||||    
T  48794209 agcacatgaggat 48794221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 435 - 481
Target Start/End: Original strand, 48794319 - 48794365
Alignment:
Q  435 ttgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcatt 481  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  48794319 ttgttattaatgtaggcacctcttgacgatacaaatattggagcatt 48794365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 38252648 - 38252591
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  38252648 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 38252591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Original strand, 43156894 - 43156951
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  43156894 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 43156951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10124060 - 10124003
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  10124060 ggttgatggagtatcttgttatgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 10124003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19307510 - 19307453
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagcccccgctagcacgtgag 322  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  19307510 ggttgatggagtatcttgttttgcgcctacaacttatgagcccccacaagcacatgag 19307453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 436 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 17513687 - 17513643
Alignment:
Q  436 tgttattaatgtaggcaccttttgatgatacaaatattggagcat 480  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17513687 tgttattaacgtaggcaccctttgacgatacaaatattggagcat 17513643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 309
Target Start/End: Original strand, 25382331 - 25382375
Alignment:
Q  265 ggttgatggagtatcttgttccgcgcctccaacttatgagccccc 309  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  25382331 ggttgatggagtatcttgttctgcgcctacaacttatgatccccc 25382375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University