View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19438_high_3 (Length: 569)

Name: NF19438_high_3
Description: NF19438
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19438_high_3
NF19438_high_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (195-555)||(13462217-13462577)
chr2 (18-541)||(13440856-13441379)
chr2 (18-543)||(13449019-13449544)
chr2 (14-200)||(13455486-13455672)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (121-546)||(3416531-3416956)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (142-545)||(12541465-12541856)
chr5 (130-533)||(28386105-28386499)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (270-543)||(48959049-48959322)
chr4 (127-540)||(48963047-48963461)
chr4 (373-541)||(48966340-48966508)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (274-545)||(12640480-12640754)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (401-543)||(12589191-12589333)
chr6 (396-541)||(12482461-12482606)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 195 - 555
Target Start/End: Original strand, 13462217 - 13462577
Alignment:
Q  195 atcattctccatgaaatcctcaatgggtccatggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattca 294  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13462217 atcattttccatgaaatcctcaatgggtccatggaggagcattgcgccatgatggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattca 13462316  T
Q  295 atgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattgga 394  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13462317 atgccatcaggaaggccaacttgttgggaggggaattcgatggtgtgaaagcgaaggagggagggagcggcggatgagagagatttggtaagggattgga 13462416  T
Q  395 cgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatgg 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13462417 cgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagatatgg 13462516  T
Q  495 aatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattgctgaacaatatatt 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13462517 aatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttctacaccttccattgctgaacaatatatt 13462577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Original strand, 13440856 - 13441379
Alignment:
Q  18 acttgaatccgaatcagaatttgtatgagaatgaagtaaattgtttgttttgagggtctccattagggagacggcaaaaaggcacattccgttaaatgtg 117  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| || |||||  ||||  || ||||||| ||||||  ||| ||| || ||||||    
T  13440856 acttgaatccaaatcagaattagtatcagaatgaagtaagttgtttgcttggagggattccacgagagagacggtaaaaagtgacaatccattgaatgtg 13440955  T
Q  118 atgttaggaatctgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaa 217  Q
    | ||| || ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  13440956 aggtttgggatctgaagcttatgcgccaagtcattagcccatgggtatgcggagtcggagatgatacaatctggtggatctttctccatgaaatcctcaa 13441055  T
Q  218 tgggtccatggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttg 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | |||    
T  13441056 tggatccatggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagaggtcatagagtcagtggtggaagacatagattcaatgccttcagggaggtcgacttg 13441155  T
Q  318 tcgggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgact 417  Q
    | ||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  13441156 ttgggagggaaagtcgacggtgtggaagcggaggaagaaggaagccgcggatgagagagatttggttagggattgagcgttggagggagtggtgatgatt 13441255  T
Q  418 gtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggtt 517  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||     
T  13441256 gtgacttgttggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcacaaagagggatcatatgtccagatgctagatatggaatgaagtgaattttcagtggtc 13441355  T
Q  518 gttcaacttcaacaccttccattg 541  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  13441356 gttccacttcaacaccttccattg 13441379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 543
Target Start/End: Original strand, 13449019 - 13449544
Alignment:
Q  18 acttgaatccgaatcagaatttgtatgagaatgaagtaaattgtttgttttgagggtctccattagggagacggcaaaaaggcacattccgttaaatgtg 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||    
T  13449019 acttgaatccgaatcagaatctgtctgagacttaagtaaattgtttgttttgagggtttccacgagggagacagcaaaaaggcacaatccattgaatgtg 13449118  T
Q  118 atgttaggaatctgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaa 217  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||    
T  13449119 atgtttgggatctgaaacttatcggccaagtcattaacccatgggtacgtggagtcggagatgatacaatccggtggatcattctcaatgaaatccccaa 13449218  T
Q  218 tgggtccatggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttg 317  Q
    | ||| | |  |||||||| ||||||   |||||||||||||  ||||||| ||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||    
T  13449219 taggttctttaaggagcatcgcgccagtatggatcttccaagtggtggtggggtccgtagttgaagacatagattcaataccttcagggaggccgacttg 13449318  T
Q  318 tcgggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgact 417  Q
    | |||||||||| || ||||||||||  |||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||   |||||| ||||||||||||||||    
T  13449319 ttgggaggggaagtcaacggtgtgaagacgaaggaatgaaggagcgtcggatgagagagatttggtaagggattttgcgttggcgggagtggtgatgact 13449418  T
Q  418 gtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggtt 517  Q
    || || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||| |||||    
T  13449419 gttacttgctggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgcaagaaatggaatgaagtaaactttcaatggtt 13449518  T
Q  518 gttcaacttcaacaccttccattgct 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  13449519 gttcaacttcaacaccttccattgct 13449544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 200
Target Start/End: Original strand, 13455486 - 13455672
Alignment:
Q  14 aggtacttgaatccgaatcagaatttgtatgagaatgaagtaaattgtttgttttgagggtctccattagggagacggcaaaaaggcacattccgttaaa 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13455486 aggtacttgaatccgaatcaaaatttgtatcagaatgaagtaaattgtttgttttgagggtctccattagggagacggcaaaaaggcacattccgttaaa 13455585  T
Q  114 tgtgatgttaggaatctgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13455586 tgtgatgttaggaatctgaaacttatgggccaagtcattaacccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctgggggatcatt 13455672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 121 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 3416956 - 3416531
Alignment:
Q  121 ttaggaatctgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaatgg 220  Q
    ||||| || |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||    
T  3416956 ttagggatttgaagcttctgggccaagtcattaacccatgggtatgcagagtcggagatgatacaatctggtggatcgtttttaatgaaatcctcaatgg 3416857  T
Q  221 gtccatggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcg 320  Q
    ||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||  |||  |  |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| | |||||| |    
T  3416856 gtcgatggaggagcattgcgccattgttgatcttccaagtggtgacgaggtcggtggtggaggatatagattcaatgccttcagggaggtccatttgttg 3416757  T
Q  321 ggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtg 420  Q
      |||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  | || |||||||  ||||| |||| | | ||||||||||||||||||| ||||    
T  3416756 aaagggaaagtcgacggtgtgaaggcggaggaagaagggagcggcataagaaagagattttgtaagaaatttggcattggagggagtggtgatgattgtg 3416657  T
Q  421 acgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgtt 520  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||| | |||||| ||| | ||||||||||| | |||||||||| |||    
T  3416656 acatgttggccatgggatgcaaacatagctgctatatcagaaagagggatcatatggctagatgcaagataaggaatgaagtgaattttcagtggtcgtt 3416557  T
Q  521 caacttcaacaccttccattgctgaa 546  Q
    | |||||||||||| |||||||||||    
T  3416556 ctacttcaacacctaccattgctgaa 3416531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 142 - 545
Target Start/End: Original strand, 12541465 - 12541856
Alignment:
Q  142 gccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaatgggtccatggaggagcattgcgc 241  Q
    ||||||||||||  ||||| ||| | || |||||  ||||||||||| || |||| |||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  12541465 gccaagtcattaccccatgagtaagaagagtcggcaatgatacaatcaggtggattattcacaacaaaatcatcaatgggtccatggaggagcattgcac 12541564  T
Q  242 cacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggggaattcgacggtgtg 341  Q
    ||  ||| || |||||||| ||  ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| | | ||||  ||||||||| ||||| |||||    
T  12541565 cattgtgaattttccaagaggtaatggggtcagtggtggaggacatagattcaatgcctttagggaggtcgacttgttcggaggggaagtcgacagtgtg 12541664  T
Q  342 aaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgca 441  Q
    || |   |||| ||| ||            |||||||| |||||||  ||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||    
T  12541665 aagggtgaggatggatgg------------gagagatttggtaagggtttcaacattggagggagtggtgatgattgtgacttgttggccatgtgatgca 12541752  T
Q  442 aacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattg 541  Q
    |||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| | |||| | |||||||||||||||||||||     
T  12541753 aacaaagttgctatatcacaaagagggatcatatgtccagatgctaaatatggaatgaagtgaatttttaatggtcgatcaacttcaacaccttccattt 12541852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 130 - 533
Target Start/End: Original strand, 28386105 - 28386499
Alignment:
Q  130 tgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaatgggtccatgga 229  Q
    |||| ||| |||||||||||||||  ||||| | |||| | ||| |  || |||||||| || ||||  ||||| | ||||||| |||  | | ||| ||    
T  28386105 tgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggagtcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaatccccaaccgcttcattga 28386204  T
Q  230 ggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggggaa 329  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||  ||| | | ||| |||||||| | |||||| |||| ||| | ||| ||| | | |||| |  |||||||    
T  28386205 ggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcagtggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtcgacttgttgataggggaa 28386304  T
Q  330 ttcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttgg 429  Q
    ||| |||||||||| ||| |||         ||||| |||||||||| ||  |||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  28386305 ttcaacggtgtgaaggcggagg---------gcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgacatgttgg 28386395  T
Q  430 ccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaa 529  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||    
T  28386396 ccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatatgtccagatgctggatacggaatgaagtgaagtttcaatggtctttcaacttcaa 28386495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 8e-41; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 270 - 543
Target Start/End: Original strand, 48959049 - 48959322
Alignment:
Q  270 gtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggat 369  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||||||| || | |||   ||||| ||| |||||| ||||| |  |   |    
T  48959049 gtcggaggtggaggacatagattcaacgccgtcagggaggccaacttgttgggagggaaagttgacaaggtgaaggcggaggaagaagggatcaacactt 48959148  T
Q  370 gagagagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagaggga 469  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| | |  ||||    
T  48959149 gagagagatttggtaaagaagtgggagttggagggagtggtgatgattgtcacttgttggccatgggatgcaaacagagttgctatgtcacacatgggga 48959248  T
Q  470 tcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattgct 543  Q
    ||||||| |||| |||| || ||||||||||||| |||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  48959249 tcatatgcccaggtgctggatatggaatgaagtgaagtttcataggtctatcaacttcaacaccttccattgct 48959322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 127 - 540
Target Start/End: Original strand, 48963047 - 48963461
Alignment:
Q  127 atctgaaacttatgggccaagtcattaatccatgggtatgcagcgtcggagatgatacaatctggcggatcattctccatgaaatcctcaatgggtccat 226  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||||||||  |  ||||| |||||| || || || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  48963047 atctgaagcttatgacccaagtcataaacccatgggtatatacagtcggtgatgatgcagtcaggtggatccttctccatgaaatcctgaattggtccgt 48963146  T
Q  227 ggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggg 326  Q
    ||||||||||||||||   ||  |||||    || |||| |  ||| |||||||| |||| ||||||||  |||||| | ||||    ||||  ||||||    
T  48963147 ggaggagcattgcgccgtagtatatcttggctgaggtggcgatgtcagtggtggaggacaaagattcaacaccatcaaggaggctg--ttgtttggaggg 48963244  T
Q  327 gaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgagagagattg---ggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacg 423  Q
    ||| |||| ||| |||| ||||||||||  |||| ||||  | ||  |||| |    ||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  48963245 gaagtcgatggtatgaaggcgaaggaagaggggatcggcaaaggaaggagacttattggtgaagaagtgggcgttggagggagtggtgatgattgtgact 48963344  T
Q  424 tgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaa 523  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||   | ||| |||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  48963345 tgttggccacgggacgcaaacagagctgctatgtcacccaaaggaatcatatgaccaggtgcaagatatggaatgaagtgaagtttcaatggtcgttcaa 48963444  T
Q  524 cttcaacaccttccatt 540  Q
    ||||||| || ||||||    
T  48963445 cttcaacgccctccatt 48963461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 373 - 541
Target Start/End: Original strand, 48966340 - 48966508
Alignment:
Q  373 agagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatca 472  Q
    ||||||| || |||||| | | |||| |||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| | | ||||||||    
T  48966340 agagatttggaaaggaagttggcgttagagggagttgtgatgatggtgacttgttggccatgagatgcaaagatagttgctatgtcacacatagggatca 48966439  T
Q  473 tatgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattg 541  Q
    |||| || | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  48966440 tatggcctggtgctagatatggaatgaagtgaagtttcagtggtcgtttaatttcaacaccttccattg 48966508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 274 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 12640754 - 12640480
Alignment:
Q  274 gtggtggaagacatagattcaatgccatcaggaaggccaatttgtcgggaggggaattcgacggtgtgaaagcgaaggaaggagggagcggcggatgaga 373  Q
    |||||||| ||||  ||||||| ||| || |||||  | | |||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  | ||| || || | ||||    
T  12640754 gtggtggaggacaatgattcaacgccgtcgggaagatcgacttgttgggaggggaagtcgacggtgtgaaggcggaggaaaaacggatcgacgaaggaga 12640655  T
Q  374 gagattgggtaaggaattggacgttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcat 473  Q
    |||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||   | ||| |||||    
T  12640654 gagatttggtaaagaaatgggcgttggagggagtggtgatgatcgtgacttgttggccatgggatgcaaacaaagctgctatgtcacccaaaggaatcat 12640555  T
Q  474 atgtccagatgctagaaatggaatgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacac---cttccattgctga 545  Q
    ||| |||| ||||||||||||||  | | | ||||||| |||  |||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  12640554 atgaccaggtgctagaaatggaagtatgagaagtttcaatggccgttcaactccaacaccatcttccattgctga 12640480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 401 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 12589333 - 12589191
Alignment:
Q  401 agggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatggaatgaa 500  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||| |||||| | |||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||    
T  12589333 agggagtggtggtgattgtgacttgttggccacgggatgcaaacagggttgcaatgtcacatagagggatcatatgcccaggtgatagatatggaatgaa 12589234  T
Q  501 gtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattgct 543  Q
    ||| ||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  12589233 gtgaagttttaatggttgttcaatttcaacgcctttcattgct 12589191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 396 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 12482606 - 12482461
Alignment:
Q  396 gttggagggagtggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagaaatgga 495  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||| | |||| || |   | | |||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  12482606 gttggaaggagtggtgatgattgtgacatgatggccacgtgatgcaaacagagttgcaatcttgcacatagggatcatatgcccaggtgctggaaatgga 12482507  T
Q  496 atgaagtgcagtttcagtggttgttcaacttcaacaccttccattg 541  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12482506 atgaagtgaagtttcaatggtcgttcaacttcaacaccttccattg 12482461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University