View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19445_high_6 (Length: 599)

Name: NF19445_high_6
Description: NF19445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19445_high_6
NF19445_high_6
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-588)||(38299510-38300097)
chr8 (1-354)||(38305663-38306016)
chr8 (1-368)||(38320475-38320842)
chr8 (9-313)||(38313023-38313330)
chr8 (9-366)||(38316379-38316739)
chr8 (3-339)||(38325251-38325590)
chr8 (9-365)||(38308385-38308736)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-366)||(38850606-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 38300097 - 38299510
Alignment:
Q  1 aatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300097 aatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttc 38299998  T
Q  101 taaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299997 taaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaa 38299898  T
Q  201 ttaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagtta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299897 ttaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagtta 38299798  T
Q  301 aagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggagg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299797 aagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcctcaaaataaagctcgacaacgtcaggaggagg 38299698  T
Q  401 caaaacaatatcttgacataaccactccatgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcagatgaaaggatcatggatgcacaa 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299697 caaaacaatatcttgacttaaccattccatgatgttcttcattgagtcgtactcgcaatgacgaaaggaataatcagatgaaaggatcatggatgcacaa 38299598  T
Q  501 gtttttactaaccgtgatatcttttgctccattgtctcgttatcagagtccagtaaatctaccgcgcaatcggattccatatattctt 588  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38299597 gtttttactaaccgtgattccttttgctccattgtctcgtcatcagagtccagtaaatctacctcgcaatcggattccatattttctt 38299510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 38306016 - 38305663
Alignment:
Q  1 aatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttc 100  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||   |||| | |||| |||| |||  ||  || | |||||||||||| || | ||||||||| || ||    
T  38306016 aatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctc 38305917  T
Q  101 taaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||     
T  38305916 taaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaag 38305817  T
Q  201 ttaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagtta 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38305816 ttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacaaatcaaaagtta 38305717  T
Q  301 aagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctctt 354  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||  || ||||||||||    
T  38305716 aagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttcagtttctctt 38305663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 38320842 - 38320475
Alignment:
Q  1 aatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||    
T  38320842 aatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatc 38320743  T
Q  101 taaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||  ||||||     
T  38320742 taaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaag 38320643  T
Q  201 ttaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagtta 300  Q
     | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||   |||||||||||||||| |||||    
T  38320642 gtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagtta 38320543  T
Q  301 aagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcc 368  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  38320542 aagatatcctattaggaatggtagccaaatcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatcc 38320475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 38313330 - 38313023
Alignment:
Q  9 tgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtga 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||    
T  38313330 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtga 38313231  T
Q  109 gagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaa 204  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |||| ||||||||||||| || |    
T  38313230 gagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacagaagttga 38313132  T
Q  205 gaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaaga 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38313131 gaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaaatcaaaagttaaaga 38313032  T
Q  305 tatcctatt 313  Q
    |||||||||    
T  38313031 tatcctatt 38313023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 38316739 - 38316379
Alignment:
Q  9 tgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtga 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||  |||||||||||  |||| |||| ||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  38316739 tgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtga 38316640  T
Q  109 gagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagt----gggtaaaacaagacagaaattaa 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||  | ||||| | | || |    ||||||| ||||||  || || |    
T  38316639 gagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggtaaa-caagacgaaagttga 38316541  T
Q  205 gaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaaga 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38316540 gaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatcaaaagttaaaga 38316441  T
Q  305 tatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 366  Q
    |||||||||||||||  ||||||  | ||||||||  || ||||||||||  ||||||||||    
T  38316440 tatcctattaggaatgctagccaattcttgtttaagctttagtttctctttcgtgtacaaat 38316379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 38325590 - 38325251
Alignment:
Q  3 tgcccgtgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttcta 102  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| |||||| |||| |||  ||  |||| |||||| | ||  |||||||  | |||||| ||||    
T  38325590 tgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatcta 38325491  T
Q  103 aagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtg---ggtaaaacaagacagaa 199  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||    |||||   ||  | |||  ||||||    
T  38325490 aagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaa 38325391  T
Q  200 attaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagtt 299  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |  || ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  38325390 attgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatgagcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtgcaagattcccacaaatcaaaagtt 38325291  T
Q  300 aaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaa 339  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  38325290 aaagataccctattaggaatggtagccaattgttgtttaa 38325251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38308736 - 38308385
Alignment:
Q  9 tgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtga 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | |||| | |||| |||||||| | |  |||| || ||||| ||  ||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  38308736 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaa 38308637  T
Q  109 gagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggt---aaaacaagacagaaattaag 205  Q
      || |||||||||| ||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||| |  | | |||| ||    ||||||||||||||||| |     
T  38308636 atgaaaaaatctttttctctactccccaatcattcaa--------ccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaa 38308545  T
Q  206 aaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagat 305  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||  ||| |||   |||||||||||  ||||| |||||||||    
T  38308544 aagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagtgccagtagtacaagattcccacaactcaaaggttaaagat 38308445  T
Q  306 atcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaa 365  Q
    ||| ||| |||||| |||||||| |||||||| |  ||  |||||||||| |||||||||    
T  38308444 atcttataaggaatggtagccagttgttgtttgagcttatgtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 366
Target Start/End: Original strand, 38850606 - 38850966
Alignment:
Q  9 tgaaagaactccccatcacataacaccacattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtga 108  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   |||| ||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| || | |||||    
T  38850606 tgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtga 38850705  T
Q  109 gagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggta---aaacaagacagaaattaag 205  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||      ||| ||     ||||||||| |||||| |     
T  38850706 gagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgat 38850805  T
Q  206 aaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38850806 aaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagat 38850905  T
Q  306 atcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaat 366  Q
    |||||||||||||| ||||  |  ||||||||||  ||  |||||||||  ||||||||||    
T  38850906 atcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaat 38850966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University