View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19446_low_15 (Length: 237)

Name: NF19446_low_15
Description: NF19446
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19446_low_15
NF19446_low_15
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (10-221)||(11505-11716)
scaffold0234 (10-221)||(2614-2825)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (10-221)||(13248310-13248521)
chr3 (10-221)||(10572884-10573095)
chr3 (10-221)||(15601178-15601389)
chr3 (9-220)||(18510625-18510836)
chr3 (9-220)||(18522366-18522577)
chr3 (44-221)||(15351311-15351488)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (10-221)||(6810-7021)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (10-221)||(3002-3213)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (10-221)||(17684762-17684973)
chr6 (10-221)||(27381545-27381756)
chr6 (10-221)||(27471928-27472139)
chr6 (10-221)||(29315554-29315764)
chr6 (16-88)||(31258240-31258312)
chr6 (95-181)||(31258741-31258827)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-221)||(18268771-18268982)
chr4 (10-221)||(5713650-5713862)
chr4 (10-221)||(10621626-10621837)
chr4 (10-221)||(26970170-26970377)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (9-225)||(29327481-29327697)
chr7 (10-221)||(11536355-11536566)
chr7 (9-221)||(15152146-15152357)
chr7 (9-221)||(12750528-12750740)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (10-221)||(22171191-22171402)
chr8 (9-221)||(28554586-28554798)
chr8 (9-221)||(24642348-24642563)
chr8 (39-190)||(24797504-24797655)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-221)||(24695759-24695969)
chr5 (9-221)||(19707511-19707723)
[»] scaffold0390 (1 HSPs)
scaffold0390 (10-226)||(7227-7443)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (12-221)||(5230-5440)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (10-221)||(23819-24030)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (9-221)||(22657514-22657726)
chr1 (86-221)||(27278115-27278250)
chr1 (16-88)||(20470937-20471009)
chr1 (95-181)||(20470423-20470509)
[»] scaffold0705 (1 HSPs)
scaffold0705 (44-221)||(115-292)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-197)||(41661502-41661690)


Alignment Details
Target: scaffold0234 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 11505 - 11716
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  11505 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatac 11604  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11605 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 11704  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  11705 tttggatcattg 11716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 2614 - 2825
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  2614 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 2713  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2714 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 2813  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  2814 tttggatcattg 2825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13248521 - 13248310
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  13248521 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 13248422  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13248421 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 13248322  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  13248321 tttggatcattg 13248310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 10572884 - 10573095
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||    
T  10572884 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgactagatactatac 10572983  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10572984 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 10573083  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  10573084 tttggatcattg 10573095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 15601178 - 15601389
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  15601178 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 15601277  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15601278 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcaatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 15601377  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  15601378 tttggatcattg 15601389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 9 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18510836 - 18510625
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||| |||    
T  18510836 ctccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagtatcaagcacactatgagcaacatactata 18510737  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  18510736 ctagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttcttttaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaggtataa 18510637  T
Q  209 atttggatcatt 220  Q
    ||||||||||||    
T  18510636 atttggatcatt 18510625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 9 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18522577 - 18522366
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||| |||    
T  18522577 ctccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagtatcaagcacactatgagcaacatactata 18522478  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  18522477 ctagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttcttttaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaggtataa 18522378  T
Q  209 atttggatcatt 220  Q
    ||||||||||||    
T  18522377 atttggatcatt 18522366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 221
Target Start/End: Original strand, 15351311 - 15351488
Alignment:
Q  44 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtagg 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15351311 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagtagataaggaactctttcctatgttggtagg 15351410  T
Q  144 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  15351411 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacattgggatcattg 15351488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7021 - 6810
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  7021 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatac 6922  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6921 tagcagataaggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 6822  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  6821 tttggatcattg 6810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 3213 - 3002
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  3213 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatac 3114  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3113 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatctatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 3014  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  3013 tttggatcattg 3002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 17684762 - 17684973
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  17684762 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 17684861  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  17684862 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaggaaattgaagtgtcaaagtataca 17684961  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  17684962 tttggatcattg 17684973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 27381545 - 27381756
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  27381545 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 27381644  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27381645 tagcaaataaggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 27381744  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  27381745 tttggatcattg 27381756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 27471928 - 27472139
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  27471928 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 27472027  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27472028 tagcaaataaggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 27472127  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  27472128 tttggatcattg 27472139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 29315764 - 29315554
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  29315764 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 29315665  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||    
T  29315664 tagcagataaggaactctttcttatgttggcaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaata-aca 29315566  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  29315565 tttggatcattg 29315554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 88
Target Start/End: Original strand, 31258240 - 31258312
Alignment:
Q  16 aatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcac 88  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  31258240 aataccccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaataactattgatcaagtgttagcatcaagcac 31258312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 181
Target Start/End: Original strand, 31258741 - 31258827
Alignment:
Q  95 ggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcg 181  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  31258741 ggcaagatactctactagcagacaaggagctctttcctatgttagtaagttatagttctttcaattttcacttttgatcttcaatcg 31258827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18268982 - 18268771
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  18268982 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 18268883  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  18268882 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaggaaattgaagtgtcaaagtataca 18268783  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  18268782 tttggatcattg 18268771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5713862 - 5713650
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaa-ta 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||    
T  5713862 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaaata 5713763  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  5713762 ctagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaattatac 5713663  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  5713662 atttggatcattg 5713650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 10621626 - 10621837
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  10621626 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctatttgtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 10621725  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  10621726 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaattttcattttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatataca 10621825  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  10621826 tttggatcattg 10621837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26970377 - 26970170
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  26970377 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatac 26970278  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    |||| |||||||||||||||  |    
T  26970277 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcga----aaatggaagtgtcaaagtatata 26970182  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  26970181 tttggatcattg 26970170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29327697 - 29327481
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||    
T  29327697 ctccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagtatcaagcacaccatgggcaagatactata 29327598  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  29327597 ctagcagataaggaaatctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcaatcttctatcgaaaagaaattaaagtgtcaaagtatac 29327498  T
Q  209 atttggatcattgatga 225  Q
    |||||||||||||||||    
T  29327497 atttggatcattgatga 29327481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 11536355 - 11536566
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  11536355 tccaacaatctcccactagtactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 11536454  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  11536455 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatataca 11536554  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  11536555 tttggatcattg 11536566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15152357 - 15152146
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||    
T  15152357 ctccaacaatctcccactagcattaaaagccaatcaaatatcaactcaatatctattggtcaagtgttagtatcaagcacactatgggcaagatactata 15152258  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15152257 ctagcagataaggaactcttt-ctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgattttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatac 15152159  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  15152158 atttggatcattg 15152146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12750740 - 12750528
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||     
T  12750740 ctccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactctgggcatgatactatt 12750641  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  12750640 ctagtagataaggaaccctttcctatgttggtaggctacactactttcaatttacactttccattttctatcgaaaagaaattaaagtgtcaaagtatac 12750541  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  12750540 atttggatcattg 12750528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 22171402 - 22171191
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  22171402 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 22171303  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  22171302 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtagaca 22171203  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    |||| |||||||    
T  22171202 tttgcatcattg 22171191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28554798 - 28554586
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  28554798 ctccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactaaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactatgggcaagataatata 28554699  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    |||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  28554698 ctaggagatcaggaactctttcttatgttggtaggttatacttctttcaatttccattttcgatcttcaatcgaaaagaaattgaagtgtcgaagtatac 28554599  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  28554598 atttggatcattg 28554586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24642563 - 24642348
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactg----tgggcaagatac 104  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||    
T  24642563 ctccaacaatttcacactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatcaagcacacttaatttgggcaagatac 24642464  T
Q  105 aatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagt 204  Q
      |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24642463 tctactagcagataagaaactctt-cctatgttggtaggttataattcattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaaatgtcaaagt 24642365  T
Q  205 atgcatttggatcattg 221  Q
    || ||||||||||||||    
T  24642364 atacatttggatcattg 24642348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 39 - 190
Target Start/End: Original strand, 24797504 - 24797655
Alignment:
Q  39 caatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttg 138  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| | || ||||||| || |||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  24797504 caattaaatattaacttaatatccattggccaagtgttagaatcaagaacactctaggaaagatactattctagtagataaggaactccttcctatgttg 24797603  T
Q  139 gtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaat 190  Q
    ||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24797604 gtatgatgcacttctttcaatttccactttcgatcttctatcaaaaagaaat 24797655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 24695759 - 24695969
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  24695759 tccaacaatctcccactagcactaaa-gccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 24695857  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24695858 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttcattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtataca 24695957  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  24695958 tttggatcattg 24695969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Original strand, 19707511 - 19707723
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||    
T  19707511 ctccaacaacctcccattagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacattatgggcaagatattata 19707610  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      
T  19707611 ctagcagataaggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcaaaaagaaattgaagtgtcaaagtatat 19707710  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  19707711 atttggatcattg 19707723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 226
Target Start/End: Original strand, 7227 - 7443
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  7227 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 7326  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  7327 tagcagataaggaactctttcctatgttggtaggctatacttctttcaaattccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtatcaaagtgtaca 7426  T
Q  210 tttggatcattgatgat 226  Q
    |||||||||||| ||||    
T  7427 tttggatcattggtgat 7443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 12 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5440 - 5230
Alignment:
Q  12 caacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatacta 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||    
T  5440 caacaatctcccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaatatatattggtcaagtgttagcatcaagcacactatgggcaagatactatgcta 5341  T
Q  112 gcagataaggaactttttcctatg-ttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcat 210  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5340 gcagataaggaactctttcctatgtttggtaggttatacttctttcaatttccaatttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacat 5241  T
Q  211 ttggatcattg 221  Q
    |||||||||||    
T  5240 ttggatcattg 5230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 23819 - 24030
Alignment:
Q  10 tccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatac 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  23819 tccaacaatctcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactaaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatac 23918  T
Q  110 tagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgca 209  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  23919 tagcagataaggaactcttttctatgttggtaggttatacttgattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagacattgaagtgtcaaagtataca 24018  T
Q  210 tttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||    
T  24019 tttggatcattg 24030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Original strand, 22657514 - 22657726
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||     
T  22657514 ctccaacaatctcccactagcactaaaagtcaatctaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatgaagcacactatgggcatgatacaatt 22657613  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgc 208  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22657614 ctagtagataaggaaccatttcctatgttggtaggttacactactttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatac 22657713  T
Q  209 atttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||    
T  22657714 atttggatcattg 22657726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 27278115 - 27278250
Alignment:
Q  86 cacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaa 185  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  27278115 cacactatgggcatgatactattctagtagataaggaactctttcctatgttgggaggttacacttctttcaatgtcccctttcaatcttctatcgaaaa 27278214  T
Q  186 gaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattg 221  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27278215 gaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcattg 27278250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 20471009 - 20470937
Alignment:
Q  16 aatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcac 88  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  20471009 aataccccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaataactattgatcaagtgttagcatcaagcac 20470937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 20470509 - 20470423
Alignment:
Q  95 ggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcg 181  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  20470509 ggcaagatactctactagcagacaaggagctctttcctatgttagtaagttatagttctttcaattttcacttttgatcttcaatcg 20470423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0705 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0705
Description:

Target: scaffold0705; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 221
Target Start/End: Original strand, 115 - 292
Alignment:
Q  44 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtagg 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  115 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagtagataaggaactctttcctatgttggtagg 214  T
Q  144 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  215 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacattaggatcattg 292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 41661690 - 41661502
Alignment:
Q  9 ctccaacaatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaata 108  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||   ||     
T  41661690 ctcctacaatctcccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaatatatattggtcaagtgtcagcatcaagcacactctgggtatgattttatt 41661591  T
Q  109 ctagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtg 197  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41661590 ctagtagataaggaactatttcctaagttggtatgttacacttctttaaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtg 41661502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University