View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1944_low_3 (Length: 711)

Name: NF1944_low_3
Description: NF1944
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1944_low_3
NF1944_low_3
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (18-711)||(2974046-2974739)
chr6 (45-711)||(2937526-2938192)
chr6 (26-711)||(2934646-2935334)
chr6 (45-688)||(2927223-2927869)
chr6 (45-671)||(3003174-3003790)
chr6 (26-711)||(2982910-2983598)
chr6 (26-711)||(2658313-2659022)
chr6 (26-671)||(2951986-2952624)
chr6 (26-711)||(2964556-2965264)
chr6 (127-711)||(2996719-2997303)
chr6 (126-711)||(2929456-2930043)
chr6 (280-616)||(2979192-2979524)
chr6 (140-283)||(2978408-2978550)
chr6 (623-706)||(2954726-2954809)
chr6 (668-711)||(2986421-2986464)
chr6 (26-97)||(2997348-2997419)
chr6 (184-275)||(2954546-2954637)
chr6 (339-390)||(2985688-2985739)
chr6 (514-559)||(2954676-2954721)
chr6 (680-711)||(2952657-2952688)
[»] scaffold0024 (4 HSPs)
scaffold0024 (45-711)||(34588-35254)
scaffold0024 (184-455)||(44533-44804)
scaffold0024 (140-180)||(45128-45168)
scaffold0024 (316-375)||(37984-38043)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (141-705)||(3339187-3339751)
chr7 (52-89)||(3339092-3339129)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (128-671)||(49613585-49614128)
chr3 (26-670)||(49618465-49619102)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 2974046 - 2974739
Alignment:
Q  18 gataataatgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacg 117  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| |    
T  2974046 gataacaatgatattagtataatgcacttcaatgatctgattaggatatttcatttgaaacatcctattgaaagtaggccgagtagagagcagatcgatg 2974145  T
Q  118 aacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttc 217  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  2974146 aacaaataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttc 2974245  T
Q  218 gggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcag 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974246 gggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcag 2974345  T
Q  318 tcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 417  Q
    |||||||||  |||||||  | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2974346 tcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttg 2974445  T
Q  418 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 517  Q
     ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||    
T  2974446 gagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaa 2974545  T
Q  518 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2974546 tgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaattttt 2974645  T
Q  618 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974646 ctacttgttctcactataattcaaagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 2974739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 711
Target Start/End: Original strand, 2937526 - 2938192
Alignment:
Q  45 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937526 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagaagcgatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaa 2937625  T
Q  145 ctgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaatt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2937626 ctgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcaggaggagttcttgaaattcctcaatt 2937725  T
Q  245 aacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgtt 344  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  2937726 aacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagtcatatattgctgattatgttgttgtt 2937825  T
Q  345 ttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgt 444  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| |||  || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||    
T  2937826 ttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggctaatttgt 2937925  T
Q  445 ttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataa 544  Q
    ||||||||||| | |||||| || || ||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||  || || ||||||||||||||    
T  2937926 ttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataa 2938025  T
Q  545 gttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaaca 644  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||    
T  2938026 gttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactacttattctcactttacttcaatca 2938125  T
Q  645 gtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2938126 gtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 2938192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 711
Target Start/End: Original strand, 2934646 - 2935334
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagata 125  Q
    ||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||      
T  2934646 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagacatgttcgacgaacagaag 2934745  T
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggag 225  Q
    |||  ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2934746 ataagtctacccggtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggag 2934845  T
Q  226 ttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 325  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  2934846 ttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatat 2934945  T
Q  326 tcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagt 425  Q
       ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   | |||||||| |||  |||||  || |||    
T  2934946 cactgattatgttgctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagt 2935045  T
Q  426 gattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttatt 525  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||| ||  | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||    
T  2935046 gattctgtggctaacttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 2935145  T
Q  526 gtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgt 625  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  2935146 gtaagaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttt 2935245  T
Q  626 tctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagt---acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2935246 tctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 2935334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 688
Target Start/End: Original strand, 2927223 - 2927869
Alignment:
Q  45 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataata---catctaccgagtg 141  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||  |  |  ||| |||   |||||||||||||    
T  2927223 ttcactgatctgattcggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagaccgggtctgcctagggatgataaaacatctaccgagtg 2927322  T
Q  142 caactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctca 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927323 caactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctca 2927422  T
Q  242 attaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgtt 341  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||  |||||||  |  |    
T  2927423 attaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattactgattatcgttct 2927522  T
Q  342 gttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtct 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||    
T  2927523 gttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattctgtggctaact 2927622  T
Q  442 tgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggca 541  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||  |  || ||  ||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||  | ||    
T  2927623 tgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccacgaca 2927722  T
Q  542 taagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaa 641  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  2927723 taagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatcttactacttgttctcactttacttcaa 2927822  T
Q  642 acagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttct 688  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927823 tcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttct 2927869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 45 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 3003790 - 3003174
Alignment:
Q  45 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||     |||  ||| | ||||| |||||||||||    
T  3003790 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagtc-aga-----gaatggatgaaacatccaccgagtgcaa 3003697  T
Q  145 ctgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaatt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003696 ctgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaatt 3003597  T
Q  245 aacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgtt 344  Q
    |  ||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||   ||||||  |  ||||    
T  3003596 attagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatcgttctgtt 3003497  T
Q  345 ttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgt 444  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  3003496 ttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggctaacttgt 3003397  T
Q  445 ttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataa 544  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||  || ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  3003396 ttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccatggcataa 3003297  T
Q  545 gttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaaca 644  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||    
T  3003296 gttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactccttgctctcactttacttcaaaca 3003197  T
Q  645 gtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 671  Q
    ||||||    |||||||||||||||||    
T  3003196 gtttgt----tcttgcaagtagtacaa 3003174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 26 - 711
Target Start/End: Original strand, 2982910 - 2983598
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagata 125  Q
    ||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||| ||||    
T  2982910 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagtcaagatcgaaaaacggata 2983009  T
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggag 225  Q
    |||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2983010 atacatatacagactgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggag 2983109  T
Q  226 ttcttgaaattcctcaattaacagttgaggat---tcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcata 322  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | |||    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2983110 ttcttgaaattcctcaattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcata 2983209  T
Q  323 tattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagac 422  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||   | |||||  |||| | ||||| ||||    
T  2983210 tattcttgattatgttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagac 2983309  T
Q  423 agtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgctt 522  Q
     || | ||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||| || |||| | |||  |||||| |||||||   | ||| | |||  |  |  ||||||    
T  2983310 ggtcaatctatggctatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctt 2983409  T
Q  523 attgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgct 622  Q
     |||||  |||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  2983410 tttgtaataatcctaggaataagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactact 2983509  T
Q  623 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983510 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctagtcatttctttcattgttgagttcataattat 2983598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 26 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 2659022 - 2658313
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagata 125  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||   ||| || |||||||| |||     
T  2659022 tgatattagtataatgcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacttcctattgaaattcgaccgagtaataacgcgaccgacgaacggatg 2658923  T
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcg------g 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||       |    
T  2658922 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaaatcag 2658823  T
Q  220 gaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2658822 gaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatgagtc 2658723  T
Q  320 atatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaa 419  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  || |||||| |||||||||||| |    
T  2658722 atatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttgga 2658623  T
Q  420 gacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatg 519  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||| ||    ||| ||||| |||| |||||||| ||||||| ||  || || |||| |    
T  2658622 gacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagacttaaaag 2658523  T
Q  520 cttattgtaggaatccttggcataagttgaag------------gctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgc 607  Q
     || ||||||||||||||||| |||||| |||            |   |||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||||||| ||||    
T  2658522 atttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcctttgc 2658423  T
Q  608 tggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa------gcctcctagtgatttctttcattgttgagt 701  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      | ||||||||||||||||||||||||  ||    
T  2658422 tggaatcttactacttattctcactataattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctagtgatttctttcattgttcggt 2658323  T
Q  702 tcataattat 711  Q
    ||||||||||    
T  2658322 tcataattat 2658313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 26 - 671
Target Start/End: Original strand, 2951986 - 2952624
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagata 125  Q
    ||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      | |  |||  ||||    
T  2951986 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagag------ttgtagaatggata 2952079  T
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggag 225  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  2952080 aaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggag 2952179  T
Q  226 ttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  2952180 ttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatat 2952279  T
Q  326 tcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaaga---c 422  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||  ||||| |||        
T  2952280 tgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagt 2952379  T
Q  423 agtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgctt 522  Q
    |||||||||||||||  |  |||||||||| || | |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||||| | |||||||| |    
T  2952380 agtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaatgcat 2952479  T
Q  523 attgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgct 622  Q
     |||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2952480 tttgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcgtactcct 2952579  T
Q  623 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 671  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  2952580 tgctctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 2952624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 26 - 711
Target Start/End: Original strand, 2964556 - 2965264
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagata 125  Q
    ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| || ||||||||    
T  2964556 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaaatcggccgagtagagacaacatcaacaaacagata 2964655  T
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggag 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2964656 atacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggag 2964755  T
Q  226 ttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 325  Q
    ||||||||||||||||||||| || | | |||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  2964756 ttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcatatat 2964855  T
Q  326 tcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagt 425  Q
    |  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||  ||||| ||| |||    
T  2964856 tactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagt 2964955  T
Q  426 gattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttatt 525  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||   ||| || || || ||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |  | ||||||| ||    
T  2964956 gattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgcttttt 2965055  T
Q  526 gtaggaatccttggc--------at----------aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgc 607  Q
    || ||||||||||||        ||          ||||||||| |  |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  2965056 gtgggaatccttggcgccagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgc 2965155  T
Q  608 tggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa---------gcctcctagtgatttctttcattgttg 698  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||         || ||||||||||||||||||||||||    
T  2965156 tggaatcttactacttgttctcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctagtgatttctttcattgttg 2965251  T
Q  699 agttcataattat 711  Q
    |||||||||||||    
T  2965252 agttcataattat 2965264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 127 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 2997303 - 2996719
Alignment:
Q  127 tacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagt 226  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||    
T  2997303 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagt 2997204  T
Q  227 tcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatatt 326  Q
    |||||||||||||   ||||  |||||||||  ||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |  ||| |||||||    
T  2997203 tcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 2997104  T
Q  327 catgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtg 426  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2997103 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 2997004  T
Q  427 attctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattg 526  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| | | |||| || || ||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||||||||| |||    
T  2997003 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 2996904  T
Q  527 taggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgtt 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||    
T  2996903 taggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgtt 2996804  T
Q  627 ctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996803 ctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 2996719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 126 - 711
Target Start/End: Original strand, 2929456 - 2930043
Alignment:
Q  126 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggag 225  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| || ||||| |||||||    
T  2929456 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggag 2929555  T
Q  226 ttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  2929556 ttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatat 2929655  T
Q  326 tcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagt 425  Q
    || ||||||||||  | || ||||||  |||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||| ||||| |    
T  2929656 tcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 2929755  T
Q  426 gattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttatt 525  Q
     |||||||||||  | ||||||||||| || | ||| ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||    
T  2929756 cattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 2929855  T
Q  526 gtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgt 625  Q
    ||  |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |    
T  2929856 gttagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttt 2929955  T
Q  626 tctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2929956 tctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattat 2930043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 280 - 616
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979524
Alignment:
Q  280 atatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtgga 379  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||  ||||||||||||    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgttgtc---ttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  380 tatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataat 479  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||  |||   |||||||||| |||| |  ||||| |         ||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgt---------taat 2979379  T
Q  480 atcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat------aagttgaaggctgctctaaggcgtgattatt 573  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| || || ||| ||||||||||||      || ||||||||| |||| |||| ||||  ||    
T  2979380 atcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaacttgaaggcttctctcaggcatgatcgtt 2979479  T
Q  574 gcaatac--tccttggcacactgctgcttccattgctggaatctt 616  Q
    |||||||  |||| |||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  2979480 gcaatacgatcctaggcaaattgctgcttccgttgctggaatctt 2979524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 140 - 283
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  140 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcct 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  240 caattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatat 283  Q
    ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 623 - 706
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954809
Alignment:
Q  623 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcata 706  Q
    |||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcaatgttgagttcata 2954809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 668 - 711
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986464
Alignment:
Q  668 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2986421 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 2986464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 2997419 - 2997348
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggcc 97  Q
    ||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  2997419 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatccctttgaaaatcggcc 2997348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 184 - 275
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954637
Alignment:
Q  184 ctaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgttt 275  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||   | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||  ||| || |||||||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccgatattttgttt 2954637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 390
Target Start/End: Original strand, 2985688 - 2985739
Alignment:
Q  339 gttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttc 390  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  2985688 gttgctttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttc 2985739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 559
Target Start/End: Original strand, 2954676 - 2954721
Alignment:
Q  514 taaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctct 559  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2954676 taaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactct 2954721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 680 - 711
Target Start/End: Original strand, 2952657 - 2952688
Alignment:
Q  680 gtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952657 gtgatttctttcattgttgagttcataattat 2952688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 35254 - 34588
Alignment:
Q  45 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagacgagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35254 ttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcagccaagtagagacaagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaa 35155  T
Q  145 ctgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaatt 244  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  35154 ctcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgatt 35055  T
Q  245 aacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgtt 344  Q
    |  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35054 agaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgttgtt 34955  T
Q  345 ttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgt 444  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||   | ||||||   |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  34954 ttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttggagacagtgattctgtggctaacttgt 34855  T
Q  445 ttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataa 544  Q
    ||||| ||||| | |||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| |||     
T  34854 ttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaatag 34755  T
Q  545 gttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaaca 644  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |  ||||| ||    
T  34754 gttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaattttactacttgttctcactttgcttcaatca 34655  T
Q  645 gtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34654 gtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattat 34588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 184 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44533
Alignment:
Q  184 ctaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatat 283  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||| || ||| |||    |||||||||||||| | |||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatat 44705  T
Q  284 ggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatata 383  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||| || | |||||||||  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  44704 ggttgctatggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatata 44605  T
Q  384 cttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtctt 455  Q
    | ||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||   |||||||||| ||||    
T  44604 catgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatctt 44533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45128
Alignment:
Q  140 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtga 180  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtga 45128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 375
Target Start/End: Original strand, 37984 - 38043
Alignment:
Q  316 agtcatatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatg 375  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||    
T  37984 agtcatatattattgattaggttgttgttttatatcaccttataaatactggtaaggatg 38043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 141 - 705
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339751
Alignment:
Q  141 gcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagttcttgaaattcctc 240  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  241 aattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattcatgattatgttgt 340  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||     
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgc 3339386  T
Q  341 tgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtc 440  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||  | |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||       
T  3339387 ttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaa 3339486  T
Q  441 ttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggc 540  Q
    ||||||||||||||| | |||||| || |  ||| || | | |||||||||||| ||| |||  ||||| || |||||| || ||||| |||||||||||    
T  3339487 ttgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggc 3339586  T
Q  541 ataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattca 640  Q
    ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||    
T  3339587 ataggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttca 3339686  T
Q  641 aacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcat 705  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3339687 atcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctagtgatttctttctttgttgagttcat 3339751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 89
Target Start/End: Original strand, 3339092 - 3339129
Alignment:
Q  52 atctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaa 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339092 atctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaa 3339129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 128 - 671
Target Start/End: Original strand, 49613585 - 49614128
Alignment:
Q  128 acatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgggaggagtt 227  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||| | |||    
T  49613585 acatctacagagtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggtt 49613684  T
Q  228 cttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatattc 327  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | |||| || |||     
T  49613685 cttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacatta 49613784  T
Q  328 atgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtga 427  Q
      |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || ||||||   ||||||||||  || |||||    
T  49613785 cggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtga 49613884  T
Q  428 ttctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgt 527  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| | |||||| ||  | |||   || |||||||||| | ||||||||||||  || || | |||| || ||||    
T  49613885 ttctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgt 49613984  T
Q  528 aggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttc 627  Q
        ||||||||||||  ||||||||  |||| || |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  49613985 catgatccttggcatagattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttattc 49614084  T
Q  628 tcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 671  Q
    || || || ||||| |||||||| | || |||||||| ||||||    
T  49614085 tctctttacttcaatcagtttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 26 - 670
Target Start/End: Original strand, 49618465 - 49619102
Alignment:
Q  26 tgatatttgtatattgcatttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccaagtagagac------gagatcgacgaa 119  Q
    ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||  |||||  |      ||  ||||| ||    
T  49618465 tgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttggaacatcctattgaaaggcagccgggtagaatcatcatggacttcgacaaa 49618564  T
Q  120 cagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtgagtatttacatgacttgagattttcgg 219  Q
       || ||| ||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   | ||||| ||||||||| ||||| |    
T  49618565 tctatgatatatctacccagcaccactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccg 49618664  T
Q  220 gaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtc 319  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| | || ||| ||| |||||||||||||||           ||||||||| || | ||    
T  49618665 gacgagttcttgaaattcctcaattaagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt-----------cattaccctcatgattc 49618752  T
Q  320 atatattcatgattatgttgttgttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaa 419  Q
     |||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| |||    |||| | | |||  ||||| |    
T  49618753 ctatatttatgattatatttctgttttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgca 49618852  T
Q  420 gacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatg 519  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||||||| | |||||| ||  | ||   ||| ||||||||||||||| | ||||    ||| || | | ||    
T  49618853 gacagtgattctgtggcaaacttgtataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tg 49618951  T
Q  520 cttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttact 619  Q
     || |||||  ||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49618952 gtttttgtaataatccttggcataaactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttact 49619051  T
Q  620 gcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtaca 670  Q
     ||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  49619052 acttgttctctctttacttcaatcagtttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University