View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19455_low_2 (Length: 567)

Name: NF19455_low_2
Description: NF19455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19455_low_2
NF19455_low_2
[»] chr6 (29 HSPs)
chr6 (10-551)||(7131513-7132054)
chr6 (10-522)||(7119035-7119547)
chr6 (55-542)||(10579426-10579913)
chr6 (49-526)||(6394781-6395258)
chr6 (138-547)||(6596612-6597021)
chr6 (49-318)||(6402777-6403046)
chr6 (55-547)||(19632362-19632851)
chr6 (49-318)||(6585150-6585419)
chr6 (49-442)||(6432078-6432471)
chr6 (57-437)||(6589117-6589497)
chr6 (55-531)||(6426434-6426910)
chr6 (49-318)||(6594519-6594788)
chr6 (55-443)||(6415889-6416277)
chr6 (49-441)||(6423134-6423526)
chr6 (59-339)||(7994074-7994354)
chr6 (56-318)||(14820617-14820879)
chr6 (58-546)||(6409932-6410438)
chr6 (49-546)||(6602872-6603384)
chr6 (56-237)||(14818306-14818487)
chr6 (162-318)||(8913897-8914054)
chr6 (127-235)||(14802331-14802439)
chr6 (481-551)||(7993844-7993914)
chr6 (446-546)||(14821022-14821122)
chr6 (49-312)||(11936194-11936457)
chr6 (49-312)||(11948174-11948437)
chr6 (55-229)||(6586112-6586284)
chr6 (115-232)||(9411338-9411455)
chr6 (139-229)||(28935056-28935146)
chr6 (494-531)||(6423597-6423634)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (49-390)||(19468340-19468681)
chr1 (457-547)||(33160850-33160940)
chr1 (56-243)||(9586563-9586750)
chr1 (55-209)||(9580992-9581148)
chr1 (59-198)||(7554415-7554554)
chr1 (457-543)||(29658623-29658709)
chr1 (457-543)||(29691138-29691224)
chr1 (457-543)||(29718650-29718736)
chr1 (139-235)||(43634914-43635010)
chr1 (259-372)||(7554546-7554662)
chr1 (137-206)||(52082586-52082655)
chr1 (481-533)||(19468185-19468237)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (49-443)||(51764228-51764622)
chr3 (56-443)||(13470520-13470907)
chr3 (58-369)||(51113643-51113954)
chr3 (49-297)||(51120827-51121075)
chr3 (57-308)||(514651-514902)
chr3 (481-547)||(13470401-13470467)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (49-443)||(10614510-10614904)
chr7 (49-443)||(15091939-15092333)
chr7 (221-341)||(10170020-10170140)
chr7 (221-341)||(10177545-10177665)
chr7 (50-167)||(10170145-10170262)
chr7 (50-167)||(10177670-10177787)
chr7 (224-312)||(7977670-7977758)
chr7 (481-533)||(10169816-10169868)
chr7 (481-533)||(10177341-10177393)
[»] chr4 (37 HSPs)
chr4 (55-318)||(53761685-53761945)
chr4 (55-369)||(55908587-55908904)
chr4 (60-317)||(640843-641100)
chr4 (58-360)||(546839-547144)
chr4 (160-357)||(1600447-1600647)
chr4 (61-362)||(1548292-1548594)
chr4 (50-398)||(570269-570614)
chr4 (55-297)||(553402-553644)
chr4 (186-435)||(21834174-21834423)
chr4 (49-312)||(1524405-1524665)
chr4 (55-269)||(55505070-55505281)
chr4 (60-305)||(7225809-7226054)
chr4 (127-312)||(1552686-1552871)
chr4 (127-368)||(8186951-8187195)
chr4 (139-250)||(532196-532307)
chr4 (138-312)||(659717-659889)
chr4 (55-369)||(12121316-12121633)
chr4 (49-311)||(558415-558677)
chr4 (55-308)||(370843-371096)
chr4 (49-231)||(1513407-1513586)
chr4 (115-301)||(3438496-3438681)
chr4 (50-276)||(7307778-7308004)
chr4 (470-550)||(3438312-3438392)
chr4 (106-230)||(8184031-8184155)
chr4 (149-230)||(1519143-1519224)
chr4 (59-232)||(1537766-1537939)
chr4 (160-301)||(12116505-12116646)
chr4 (223-312)||(12120061-12120150)
chr4 (463-519)||(10634128-10634184)
chr4 (187-361)||(644885-645062)
chr4 (444-546)||(547246-547348)
chr4 (258-312)||(1533909-1533963)
chr4 (282-323)||(1519051-1519092)
chr4 (259-362)||(1489227-1489333)
chr4 (161-201)||(1508033-1508073)
chr4 (49-109)||(6006244-6006304)
chr4 (481-545)||(53761453-53761517)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (49-546)||(20477749-20478264)
chr5 (72-313)||(41889472-41889713)
chr5 (49-312)||(41901457-41901717)
chr5 (59-301)||(32267402-32267641)
chr5 (218-320)||(28525097-28525199)
chr5 (444-513)||(32267805-32267874)
chr5 (60-133)||(17205527-17205600)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (55-369)||(1037523-1037840)
chr2 (55-312)||(45245004-45245261)
chr2 (149-356)||(32785647-32785854)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (55-357)||(495-800)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (55-307)||(1388-1643)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (55-312)||(18315192-18315449)
chr8 (49-301)||(27922425-27922674)
chr8 (187-311)||(17636317-17636445)
chr8 (50-311)||(34936083-34936344)
chr8 (50-270)||(21235476-21235696)
chr8 (116-206)||(17628039-17628129)
chr8 (122-369)||(32151291-32151538)
chr8 (444-540)||(17627729-17627825)
chr8 (55-167)||(44736458-44736570)
chr8 (187-312)||(28246214-28246339)
chr8 (244-312)||(44736589-44736657)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (49-204)||(39101-39256)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 551
Target Start/End: Original strand, 7131513 - 7132054
Alignment:
Q  10 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7131513 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactgctttgtttgtgacataataacaa 7131612  T
Q  110 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131613 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 7131712  T
Q  210 ggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 309  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131713 ggcgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 7131812  T
Q  310 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttcta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7131813 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaatttcta 7131912  T
Q  410 cctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7131913 cctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggc 7132012  T
Q  510 agtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagcatcc 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132013 agtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagcatcc 7132054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 522
Target Start/End: Original strand, 7119035 - 7119547
Alignment:
Q  10 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7119035 ataatactagcaaagaagacatccacgattcgagaagagtctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcacttctttttttgtgacataataacaa 7119134  T
Q  110 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119135 tctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 7119234  T
Q  210 ggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 309  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119235 ggtgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaaaacttgacaaatacc 7119334  T
Q  310 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttcta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7119335 ttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgtaaatttcta 7119434  T
Q  410 cctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119435 cctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggc 7119534  T
Q  510 agtttctaacgag 522  Q
    |||||||||||||    
T  7119535 agtttctaacgag 7119547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 10579913 - 10579426
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaa-tagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagat 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||    | ||| | ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  10579913 ttgtgtgcagttttctaccacatgtttaactcccttctttgtgacccttttacagtttttcagtaaatagttccaaaagccgacaacaattctttgagat 10579814  T
Q  154 cacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacag 253  Q
    |  || |||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || |||| |||| |||| ||||||| |||     
T  10579813 cgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaatctttattctaagtcgcttcactcttggacat 10579714  T
Q  254 tgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaat 353  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||  |||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| || || ||||    
T  10579713 ttggctaagttcaaatgcttaatcttaccacatcttcctgaaacttgaaaaataccttcagatatgtattcgcaagtattcaaatcaagcagctgcaaat 10579614  T
Q  354 tggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccc 453  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||  ||||  | |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||| |    
T  10579613 tggggaaaaaggaagctaacattataatcatttcatcacgtaacaatgaatttctacccaaatagagagattttaattgagg-tatacaccagaattctc 10579515  T
Q  454 tacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctg 542  Q
    |||||||| | |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||| |||||||| ||||||    
T  10579514 tacactctttgtccaaatagctgtgttttccattttgatctcactaagcgaaggacaatttcttacgagggaaaacaaggctgattctg 10579426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 526
Target Start/End: Original strand, 6394781 - 6395258
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || | ||||||||  | |||||  |  |||  || || ||||||||| |||||||||||     
T  6394781 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacatttttacaattatcaagttgtaattgcaaaagcccacaacaattcttt 6394880  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||   || ||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| || ||| |||    
T  6394881 gagatcacagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacttttg 6394980  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
    |||||   |||||||||||||||||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    ||||    |||||||||| || ||    
T  6394981 aacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaataccttcagatatttgtgagcaacgtgtcaaatcaagtagctg 6395080  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaa 448  Q
    |||||||||||||| |||||  || ||||  ||| |||||||  ||||||  |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  6395081 taaattggggaaaatggaagtaaacattatgattatttcatctattaaccagtaatttgtacccaaatagagagagtttaactgagggtatacaccagaa 6395180  T
Q  449 ttccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaa 526  Q
    | ||| ||| |||||||||| |||  ||||| ||||||||| | |||  ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  6395181 tgcccaacagtctctttcccaatacatgtgttttccattttaatctcggtaagcaaaggacagtttctaacgagtgaa 6395258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 138 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 6597021 - 6596612
Alignment:
Q  138 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 237  Q
    |||||||||| |||||  | | |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| ||||| |    
T  6597021 aacaattctttgagatagcgtagagtgtttcatcatcaacatttgtacttgacaagttcaacacctccagctggggaatttcaaagtttatttcaagtcg 6596922  T
Q  238 ctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaa 337  Q
    ||| || |||||||| | |||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   || ||  ||     
T  6596921 cttcacacttgaacattcggctcagttcaaatgcttaatcttatcacatctcctgaaaacttgacaaataccttcagaaatgttattattagaatataag 6596822  T
Q  338 tcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggat 437  Q
    ||||| || || ||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  6596821 tcaagcagctgcaaattaggaaaaaaggaagctaatcttataatattttcattacttaaccaaaaatttctacccaaatagagagactttaattgagggt 6596722  T
Q  438 atacactagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaa 537  Q
    |||||  ||||||| ||||||||||  |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||| ||| |||| |    
T  6596721 atacatcagaattctctacactctccgtcccaatagctgtgttttgcattttgatctcactaagcgaaggacaatttcttacgagggaaaacacggctga 6596622  T
Q  538 ttctgtgagc 547  Q
    ||||||||||    
T  6596621 ttctgtgagc 6596612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 318
Target Start/End: Original strand, 6402777 - 6403046
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| |||||| |||||||||  |||||||||| |||| || | |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||||     
T  6402777 tctcagttgtgtacagttttctatcacatgtttcgctcccttttctgtgacattataacaatctctcaataatagtttcaaaagcccactacaattcttt 6402876  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6402877 gagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaactgcaaagtttattccaagtagcttcactcttg 6402976  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
    ||||    | ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6402977 aacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6403046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 55 - 547
Target Start/End: Original strand, 19632362 - 19632851
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||| || |  ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  19632362 ttgtttgcagttttctaccacgtgtttcactcccttctctgtgatattagcacaatttttcagtaagagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatc 19632461  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    |||   |||   |||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||||||| || ||| |||||||      
T  19632462 acaaaaagttgctcatcatcaacctttgtatacgacaagtccaacacctctagcttgggaactagaaagtttattccaagtaggttaactattgaacatc 19632561  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 354  Q
    | | ||||||||||||  | || ||| |||||||   |||||||||||||||| | | |||||||| || ||||  ||||||||||||  | |  |||||    
T  19632562 gagttaagttcaaatgcgttatcttacaacatct---taaaacttgacaaatagcattagatatgtaatagcaacgattcaaatcaagccgctacaaatt 19632658  T
Q  355 ggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccct 454  Q
    ||| ||||| ||||| || |||  ||| ||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |||| ||    
T  19632659 gggaaaaaacgaagcgaacattgtaatcttttcatcacttaaccgtaaatttcgacccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaatattctct 19632758  T
Q  455 acactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagc 547  Q
    ||||| ||||| |  |||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  19632759 acactttcttttcaaatagatgcgttttccattttgatctcactaagtgaaggacaattactaacgagcgaaaacaatgataattctgtgagc 19632851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 49 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 6585419 - 6585150
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| |||||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||     
T  6585419 tctcagttgtgtgcaaatttctaccacatgtttcagtcccttctctgtgacattttcacaacctttcagtaatagttccaaaagcgcagaacaactcttt 6585320  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6585319 gagatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaagttcaatacctccaactgggtaactaaaaagtttattccaagtagcttcactcttg 6585220  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
    ||||    |  |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6585219 aacacccagtaaagttcaaatgcctaatattaaaacatctccttaaaacatgacaaataccttcagatat 6585150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 442
Target Start/End: Original strand, 6432078 - 6432471
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||  | ||| ||||||| || |||||| |||||||||||     
T  6432078 tctcaattgtgtgcatttttctaccacaagtttcactcccttctgtgtgacattatcacaattgtacaggaatagttgcagaagcccacaacaattcttt 6432177  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
     |||||||||  |||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| ||| ||     
T  6432178 aagatcacataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcactttta 6432277  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||  ||   |  |||||||||| ||||    
T  6432278 tacaataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcatttatacgatgacaccaacgcaaatcaagatgttg 6432377  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatataca 442  Q
     ||||||||||||| |||||| || ||||  ||  ||||||   |||||| | ||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6432378 caaattggggaaaatggaagcaaacattatgatcctttcattccttaaccatgaattgtgacccaaatagagagactttaactgagggtataca 6432471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 57 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 6589497 - 6589117
Alignment:
Q  57 gtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcac 156  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||  ||  ||| ||| || || ||||||   |||||| || |||||||     
T  6589497 gtgtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctccgtgacataattacaaagttgaagtgataattgcataagccctatacaattttttgagatcag 6589398  T
Q  157 atggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgg 256  Q
    ||  ||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||  |    
T  6589397 atatagtgttttatcattaacatttgtatttgacaagttcaacacctccagcatgggaactacaaagttcattccaagtagcttcactttcttacagaag 6589298  T
Q  257 gctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 356  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| ||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| |  | ||||||||    
T  6589297 gctaagttcaaatgcctaatcttacaacatcttctcaatacttgacaaatacctttagatatgttattacaagaattgaaatcaagcacctctaaattgg 6589198  T
Q  357 ggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggat 437  Q
    |||||| |||||| || ||||  || ||| ||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6589197 ggaaaatggaagcaaacattatgatatttgcatcacttaaccatgaatttttacccaaatagagagactttaattgaggat 6589117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 55 - 531
Target Start/End: Original strand, 6426434 - 6426910
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||| ||||||||   | ||||| ||  ||||||| || ||||| ||  ||||||||||| ||||||    
T  6426434 ttgtgtgcagttttctaccacttgtttcacacccttcattgtgacacctttacaattttcaagtaataattgcaaaatccgacaacaattctttgagatc 6426533  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
     |||  |  |||||||||||||   | || | |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| || ||  ||||||||     
T  6426534 gcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaacaga 6426633  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 354  Q
      |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |  ||||   ||||||||||| || ||||||||    
T  6426634 aagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaataccttcagatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgtaaatt 6426733  T
Q  355 ggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacactagaattccct 454  Q
    |||||||| ||||||  | ||||  ||  |||||||| |||||| | |||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||||| |||||   ||    
T  6426734 ggggaaaatggaagcatacattatgatgatttcatcacttaaccatgaatttctacccagatagagagacttcaattgagggtatacaccagaatgttct 6426833  T
Q  455 acactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 531  Q
    | | | | | |||| || | ||||  ||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  6426834 aaagtatttatcccaattgatgtgccttccattttaatctcactaattgaaggacagtttctaacaagtgaaaacaa 6426910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 49 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 6594788 - 6594519
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| | || ||||| || || ||||| ||  |||  |||||  |||||||| |||||||||||     
T  6594788 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttggctccctcctctgtgagatgatcacaattttctagttttagttgtaaaagcccacaacaattcttt 6594689  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  6594688 gagatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagtttattccatgtagcttcactcttg 6594589  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
    ||||   || ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6594588 aacacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 6594519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 55 - 443
Target Start/End: Original strand, 6415889 - 6416277
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    | |||||||| || ||||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  6415889 ttgtgtgcagttctctaccacatgtttcactcccacttctgtgacattatcacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccgctacaattctttgagatc 6415988  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    |||| ||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| ||  |||      
T  6415989 acatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttgggaactacaaagtccattccatgtagcttcacttttttacaaa 6416088  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 354  Q
     |||||||||||||||   ||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||  |||||||||||| || || |||||    
T  6416089 aggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaataccttcagataagagattacaacgattcaaatcaagcagctgcaaatt 6416188  T
Q  355 ggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac 443  Q
    ||||||   |||||  || ||||  ||   ||||||  |||||| || |||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6416189 ggggaagttggaagaaaacattatgataccttcatcgcttaaccatttattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacac 6416277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 441
Target Start/End: Original strand, 6423134 - 6423526
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||| ||||     
T  6423134 tctcaattgtgtgcagtttaataccacacgtttcagtcctttgtttgttacataatcacaatcttcaagtaatagttgcaaaatcccacaacaactcttt 6423233  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||| ||| |||||||| |||   |||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| || ||||||| |||  |     
T  6423234 gagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacctccagcttgggaacttaaaagttcattgcacgtagcttcacttgtt 6423333  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||  | |  |||| ||| |||||| ||||||||||| ||| |||| | || ||||   ||||||||||| ||||     
T  6423334 cacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacatttccgtaaaacatgacaaataccatcaaatatttgatggcaacccttcaaatcaagtagttt 6423433  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatac 441  Q
    |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| ||||||   || |   ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6423434 taaattagggaaaatggaagcaaacattatgatgatttcatcacttaaccacgaagtgtaacccaaatagagagactttaattgagggtatac 6423526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 59 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 7994354 - 7994074
Alignment:
Q  59 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 158  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||  || |||| || ||||  ||  |||||||||| |||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  7994354 gtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctcggtaacatcattacaaagttcaagtaatagttgcaaaagtccagaacaattctttgagatcacat 7994255  T
Q  159 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggc 258  Q
      |||||||| |||| |||| | |||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | |||    
T  7994254 atagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtagcttcactcttgtacaatcggc 7994155  T
Q  259 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatc 339  Q
    || |||||||||  | || ||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  7994154 tatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaataccttcagatataccattgcaagaattcaaatc 7994074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 56 - 318
Target Start/End: Original strand, 14820617 - 14820879
Alignment:
Q  56 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 155  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| || |||| |||||||| || ||| | ||  ||||||| |  ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14820617 tgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacatcattacatttttcaagtaataatcgcaaaagcccacaacaattcttggagatca 14820716  T
Q  156 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtg 255  Q
     ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||  ||||||| |||||| |||| || |||| ||||||       
T  14820717 tataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgggaactgcaaagttaattccatgtagtttcactcctgaacaaaa 14820816  T
Q  256 ggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
      ||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14820817 ttctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaccttgacaaataccttcagatat 14820879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 58 - 546
Target Start/End: Original strand, 6409932 - 6410438
Alignment:
Q  58 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 157  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||| |  | ||  ||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  6409932 tgtgcatttttttgccacatgtttcactcccttctgtgtgacattatcacagttgtacaaaaatagttgcaaaagccgacaacaattctttgagatcaca 6410031  T
Q  158 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtggg 257  Q
    |  || ||||||||||||||  | |||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| ||| ||   || | ||    
T  6410032 taaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttttgcaatagg 6410131  T
Q  258 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggg 357  Q
    |||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||    |||||||||| ||||||||||||||    
T  6410132 ctaagtccaaatgcttaagcttacaacatttctgtaaaacttgacaaataccttcagatatttgctggcaacccgtcaaatcaagtagttgtaaattggg 6410231  T
Q  358 gaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac-------------- 443  Q
     |||| |||||| || |  |  ||| |||||||| |||||  |  |||   | | ||||||||||||||||| ||||| |||||||                  
T  6410232 aaaaatggaagcaaacaaaatgattatttcatcacttaacgatgtattgtaatccaaatagagagactttaattgagggtatacaccaaactcaaccaaa 6410331  T
Q  444 ----tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaatt 539  Q
        |||||| |||||||||||||||||| |||  |||   || |||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  6410332 gaattagaatgccctacactctctttcccaatacttgttcttttcattttgatctcattaagtgaaggacaatttctaacgagtgaaaactgggctaatt 6410431  T
Q  540 ctgtgag 546  Q
    |||||||    
T  6410432 ctgtgag 6410438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 6603384 - 6602872
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||     
T  6603384 tctcagttgtttgcagttttctaccacatgtttcactcctttctctgtgacataataacaatatttcaataatagttccaaaagcccaggacaactcttt 6603285  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||    ||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||  ||||||||||||  || |   || ||   ||    
T  6603284 gagatcgcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacctgtagcttgggaagtacaaagttcattttaaatttgttcacatctg 6603185  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
     |||   |||||||||||||||| ||||  ||  | |||| |||| || ||| |||||||| |||||||    ||  |||  |||||||||||| || ||    
T  6603184 tacaactggctaagttcaaatgtgtaatcatatcaaatcttcttacaaattgccaaataccatcagata---aatcacaatcattcaaatcaagtagctg 6603088  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac----- 443  Q
     ||| |||||| | | ||||| || ||||  ||||||| | || |||||| | ||||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||         
T  6603087 caaactggggatagaagaagcaaacattatgattttttgaacacttaaccataaattgtcacctaaatagagagactttaattgagggtatataccaata 6602988  T
Q  444 -------taga------attccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaataca 530  Q
           ||||      |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||    
T  6602987 tccatcatagaatcattattctctacattctctttcccaatatctgtgtcttccattttgatctcactaagtgaaggacagtttttaacaagtgaaaaca 6602888  T
Q  531 aggctaattctgtgag 546  Q
    ||| ||||||||||||    
T  6602887 aggataattctgtgag 6602872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 237
Target Start/End: Original strand, 14818306 - 14818487
Alignment:
Q  56 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 155  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| |||||||| || ||||| ||  ||||||| |  |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  14818306 tgtgtgcagttttctactacatgtttcacacccttctctgtgacattattacaattttcaagtaataatcgcaaaagcccagaacaattcttggagatca 14818405  T
Q  156 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 237  Q
     ||  |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || | ||||  ||||||| |||||| ||||    
T  14818406 tataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctctaacttgagaactgcaaagttaattccatgtag 14818487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 162 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 8914054 - 8913897
Alignment:
Q  162 gtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacc-tccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggcta 260  Q
    ||||||||||||||| ||   ||| |||||| ||||||||  |||| || |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||     | |    
T  8914054 gtgtttcatcatcaaactctatatttgacaaattcaacacaatccaacttgggaactacaaagtttattgcaagtagcttcactcttgatcatccaacga 8913955  T
Q  261 agttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8913954 agttcaaatgtttaatcttacaacatcttcttaaaacttgacaaatacctttagatat 8913897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 235
Target Start/End: Original strand, 14802331 - 14802439
Alignment:
Q  127 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 226  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| || ||||||  |||||||     
T  14802331 caaaagaccacaacaattctttgaaatcacatagagtgtttcatcatcaacctttgtatttgacaaattcaacacttccatcttgggaacttcaaagtta 14802430  T
Q  227 attccaagt 235  Q
     ||||||||    
T  14802431 gttccaagt 14802439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 481 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 7993914 - 7993844
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagcatcc 551  Q
    |||||||||||  |||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  7993914 ttccattttgatttcacgaagtgatggacagtttctaacgagtgaaaacaaggctgattctgtgagcatcc 7993844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 446 - 546
Target Start/End: Original strand, 14821022 - 14821122
Alignment:
Q  446 gaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtga 545  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| ||||||||   ||||| |||||||||||| |||||| |  ||||||||    
T  14821022 gaattccctacattctctttcccaatagccgtgcattccattttgacttcaataagtgaataacagttcctaacgagtgaaaacaaggttgtttctgtga 14821121  T
Q  546 g 546  Q
    |    
T  14821122 g 14821122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 11936457 - 11936194
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||||||||| | |||||||   | ||||  ||| ||| | |||| ||||||||| | |||| ||||     
T  11936457 tctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactcttt 11936358  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||| | |||||    
T  11936357 gagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgtagcttcagtcttg 11936258  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    ||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11936257 aacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11936194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 11948437 - 11948174
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||||||||| | |||||||   | ||||  ||| ||| | |||| ||||||||| | |||| ||||     
T  11948437 tctcatttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactcttt 11948338  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||  || ||||| || ||| |||||  | |||  |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||| | |||||    
T  11948337 gagatccaatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtacgtagcttcagtcttg 11948238  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    ||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||  |||||||||    
T  11948237 aacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttc 11948174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6586284 - 6586112
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||  |||||  ||| |||| || ||||| |||||||||||||||    |||| |||| ||||||    
T  6586284 ttgtttgcagttttgcaccacatctttcactcctttct--gtgacccaatcacaacctatcagtgatagttccaaaagcctaggacaaatctttgagatc 6586187  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 229  Q
     ||  |||||||||||||| ||| |  || | |||||| | ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  6586186 gcacagagtgtttcatcatgaacatctgtttttgacaaatccaacacctctagcttgggaagtacaaagttcatt 6586112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 115 - 232
Target Start/End: Original strand, 9411338 - 9411455
Alignment:
Q  115 cagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctgggga 214  Q
    |||||| |||| |||||| || | ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||   |||    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9411338 cagtaacagttgcaaaagtccacgacaattctttgagatctcatagagtatttcatcgaaaacacctgtatatgacaagttcaacacctccagcttggga 9411437  T
Q  215 acaacaaagttcattcca 232  Q
    ||  ||||||||| ||||    
T  9411438 acctcaaagttcaatcca 9411455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 229
Target Start/End: Original strand, 28935056 - 28935146
Alignment:
Q  139 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcatt 229  Q
    |||| |||| || ||||||  ||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  28935056 acaactctttgaaatcacactgagtgcttcatcgtcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctcgagttggggaacatcaaacttcatt 28935146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 531
Target Start/End: Original strand, 6423597 - 6423634
Alignment:
Q  494 tcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaa 531  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  6423597 tcactaagtgaaggacagtttctaacgagtgaaaacaa 6423634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 49 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 19468681 - 19468340
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||| | | ||  |||| ||||||||| || ||||| |||||     
T  19468681 tctcagttgtgagcaattttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaaccgtccacaaataattccaaaagtccacaacagttcttt 19468582  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  19468581 gagatcacataaagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaacttcaacacctccagcttgggaactacaaagttcactccaagtagattcactcttg 19468482  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |  ||||||||||| || ||    
T  19468481 aacagtgggctaagtttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgtggttgcatgagttcaaatcaagcagctg 19468382  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatc 390  Q
     |||||||| |||| |||||| || ||||  || ||||||||    
T  19468381 caaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttttcatc 19468340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 457 - 547
Target Start/End: Original strand, 33160850 - 33160940
Alignment:
Q  457 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagc 547  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  33160850 actctctttcccaatagttgtgcattccattttgatgtcactaagtgaaggacagtttgtaacaagtgaaaacaatgctgattctgtgagc 33160940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 56 - 243
Target Start/End: Original strand, 9586563 - 9586750
Alignment:
Q  56 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 155  Q
    |||||||| |||||| ||||| | |||| ||| ||  ||||||||| |||||||| |||| |||| || | |||||| || | ||||||| | ||| |||    
T  9586563 tgtgtgcaattttctaccacacgcttcaatccattgcttgtgacatgataacaatttttctgtaaaagatgcaaaagtccacgacaattcattgaggtca 9586662  T
Q  156 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttac 243  Q
    |||  ||||||||||||| ||| |  |||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||| || ||| ||||||| |||||    
T  9586663 cataaagtgtttcatcattaacatctgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaaattaatttcaagtaggtttac 9586750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 209
Target Start/End: Original strand, 9580992 - 9581148
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||| |||||| ||||| | |||||||| || |||||||||  ||||| |||||||||||| ||   |||||| || | ||||||||| ||||||    
T  9580992 ttgtgtgcaattttctaccacacgcttcactccattgtttgtgacaccataactatctttcagtaaaaggcacaaaagtccacgacaattctttgagatc 9581091  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaac--cttcgtatctgacaagttcaacacctccagct 209  Q
    ||||  || |||||||||| |||   || |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  9581092 acataaagcgtttcatcattaacttttttgtacatgacaagttcaacacctctagct 9581148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 198
Target Start/End: Original strand, 7554415 - 7554554
Alignment:
Q  59 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 158  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||| || |||  |||||||||| ||||  ||||| || | |||| |||| ||||||| ||    
T  7554415 gtgcagttttctaccacatgcttcactcccttttctgtgacattatcacatcctttcagtaacagttgtaaaagtccaccacaactctttgagatcatat 7554514  T
Q  159 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaa 198  Q
     ||||| ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||    
T  7554515 agagtgcttcatcatcaacacttgtatatgataagttcaa 7554554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 457 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 29658709 - 29658623
Alignment:
Q  457 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgt 543  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||| |||||||    
T  29658709 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaaagctgattctgt 29658623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 457 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 29691224 - 29691138
Alignment:
Q  457 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgt 543  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||| |||||||    
T  29691224 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaaagctgattctgt 29691138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 457 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 29718736 - 29718650
Alignment:
Q  457 actctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgt 543  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||| |||||||    
T  29718736 actctcattcccaatagttgtgtattccattttgatgtcactaagtgaaggacaatttataacgagcgaaaacaaagctgattctgt 29718650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 235
Target Start/End: Original strand, 43634914 - 43635010
Alignment:
Q  139 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagt 235  Q
    ||||||||| ||| ||||||  |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||   |||| |||||||||||    
T  43634914 acaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacgcctctagctgggggactctaaaggtcattccaagt 43635010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 372
Target Start/End: Original strand, 7554546 - 7554662
Alignment:
Q  259 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 355  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||||||   |||||||| || |||| | ||||||||||| || | |||||||    
T  7554546 taagttcaaatgtctaatgttatgacatcttcttaaaatgtgaaaaataccttctttagatatgtcatagcaatttttcaaatcaagcagctctaaattg 7554645  T
Q  356 gggaaaaaggaagctaa 372  Q
    || || | |||||||||    
T  7554646 ggaaagatggaagctaa 7554662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 206
Target Start/End: Original strand, 52082586 - 52082655
Alignment:
Q  137 caacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 206  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||  || || | ||||||||||||||||||||    
T  52082586 caacaactctttgagatcacatacaatgtttcatcatcaatttttgtctttgacaagttcaacacctcca 52082655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 481 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 19468237 - 19468185
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaagg 533  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||| | ||||||    
T  19468237 ttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgtaaacaagg 19468185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 49 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 51764622 - 51764228
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||   |||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  51764622 tctcaattgtgtgcagttttcaaccacatgtttcactcccttctccttgacattatcacaatgttccagtaatagttgcaaaagcccgcaacaattcttt 51764523  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51764522 gagatcgcatagagtgttttatcatcaacttttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactcttg 51764423  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
    |||| | || || |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||| || ||    
T  51764422 aacattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacatctccttaaaacttcacagacacctttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaagcagctg 51764323  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac 443  Q
     ||||||||||||| |||||| || ||||  ||  |||||||| |||||| |  ||||  ||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  51764322 caaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgctttcatcacttaaccatgtattttcacccagatagagagactttaattgagggtatacac 51764228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 56 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 13470907 - 13470520
Alignment:
Q  56 tgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatca 155  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  | |||||||| || ||||  ||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13470907 tgtgtgcagttctctaccacatgtttcactccctcttctgtgacattatgacaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatca 13470808  T
Q  156 catggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtg 255  Q
     || |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||| |     
T  13470807 tatagagtgttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaaagttcattccaagtagcttcacttttttacaata 13470708  T
Q  256 ggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 355  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||||||  |||||||||||| || || ||||||    
T  13470707 ggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttttgataagagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattg 13470608  T
Q  356 gggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac 443  Q
    ||||||  |||||| || ||||  ||   ||||||| |||||| || |||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  13470607 gggaaattggaagcaaacattatgatgccttcatcacttaaccattgattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacac 13470520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 58 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 51113954 - 51113643
Alignment:
Q  58 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 157  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  51113954 tgtgcatttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacatggtaacaatttttcagtaacagttgcaaaagcccacaacaactcttcgagatcaca 51113855  T
Q  158 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtggg 257  Q
    | ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||  ||||||||||| | |||| |  |||||||||||||||||||||| | | |||||||||  |    
T  51113854 tagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttgggagcttcaaagttcattccaagtagcttcagttttgaacagtaag 51113755  T
Q  258 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggg 357  Q
    |||| ||||||||  |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||  | | ||||||||||| || | ||||||    
T  51113754 ctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaataccttcggatatctcatagcaatgagttaaatcaagaagctgcagattggg 51113655  T
Q  358 gaaaaaggaagc 369  Q
    ||||| ||||||    
T  51113654 gaaaatggaagc 51113643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 51121075 - 51120827
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttc-agtaatagttccaaaagcccgcaacaattctt 147  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||  ||| | ||||| ||  | | || ||||||||| | |||| ||||    
T  51121075 tctcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttcactcctttttgtgtgacatacaaac-agctttctagagacaattgcaaaagcccacgacaactctt 51120977  T
Q  148 cgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactctt 247  Q
     ||||| ||||  ||| |||||||||||||  | ||||  |||||||||||||||||||  | | ||||  |||||||||||||| | || || ||||||    
T  51120976 tgagattacatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttcaaagttcattccatgcagtttcactctt 51120877  T
Q  248 gaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 297  Q
    |||||   ||  |||||||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  51120876 gaacaaccggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatctccataaaac 51120827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 514902 - 514651
Alignment:
Q  57 gtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcac 156  Q
    ||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||| ||||| |   | ||||| || ||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  514902 gtgtgcagtttttcaccacatgcttcactcccgtctctgtgataccttcacaattttgcagtaatagttgcaaaagcccacagcaactcttcgagatcac 514803  T
Q  157 atggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgg 256  Q
    ||| |||| |||||| || ||  | ||||||   ||| |||||||||| || | | ||||   || |||||| ||    | ||| |||||||| ||||||    
T  514802 atgaagtgcttcatcgtcgactcttgtatctattaagctcaacacctcaagtttgagaactctaatgttcataccgtacaacttcactcttgagcagtgg 514703  T
Q  257 gctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 308  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  514702 gctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctctttaaaacttgacagatac 514651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 481 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 13470467 - 13470401
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagc 547  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||  ||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  13470467 ttccattttgatctcactaagtagaggacagtttctagtgagtgcatacaaagctaattttgtgagc 13470401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 49 - 443
Target Start/End: Original strand, 10614510 - 10614904
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| || | ||  ||  |||||||||| ||||||||| | ||| ||||||    
T  10614510 tctcaattgcatgcagttttctaccacatgtttcactccttcttctgtgacattatgagaaagttcaagtaatagttgcaaaagcccactacagttcttc 10614609  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||     
T  10614610 gagatcacatagagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattgggaacaacaacgttcattccaagtagcttcacttttt 10614709  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
     ||| | |||||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||| |||||    
T  10614710 tacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttcatataagagattgcaacgattcaaatcaagcagttg 10614809  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac 443  Q
     ||||||||||||  |||||| ||  ||| |||   ||||||  ||||||  | |||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10614810 caaattggggaaattggaagcaaactttataatgccttcatcgcttaaccactgattttttcccaaatagagagactttaattgagggtatacac 10614904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 49 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 15092333 - 15091939
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    | |||||||| |||||||  ||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  15092333 tctcaattgtgtgcagttttctagcacatgtttcactcccacttctgtgacattataacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattcttt 15092234  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| || || |||     
T  15092233 gagatcgcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacactta 15092134  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
    ||||    | |||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |  ||||||||| || |     
T  15092133 aacatccagttaagttcaaatgtttaagcttataacatttccttaaaacttgagaaataccttgagatatgttatagcaatgacccaaatcaagtagctc 15092034  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacac 443  Q
    ||| |||||||||| |||||| | ||||   ||  |||||||| ||||||| |||||   | | ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  15092033 taagttggggaaaatggaagcaagtattctgatgatttcatcacttaaccggtaattgtgagccaaatagagagactttaattgagggtatacac 15091939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 10170140 - 10170020
Alignment:
Q  221 aagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 320  Q
    ||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10170140 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10170041  T
Q  321 tattgcaagtattcaaatcaa 341  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10170040 gattgcaagagttcaaatcaa 10170020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 10177665 - 10177545
Alignment:
Q  221 aagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgt 320  Q
    ||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10177665 aagttcacttcaagtagattcactcttgaacagtgggctaaatttaaatgcctaatattagaacacctccttaaaacttgacaaatgccttccgatatgt 10177566  T
Q  321 tattgcaagtattcaaatcaa 341  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  10177565 gattgcaagagttcaaatcaa 10177545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 10170262 - 10170145
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  ||||  ||||||| |||||| || ||||||| ||| |    
T  10170262 ctcagttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttg 10170163  T
Q  150 agatcacatggagtgttt 167  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  10170162 agatcacatagagtgttt 10170145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 10177787 - 10177670
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  ||||  ||||||| |||||| || ||||||| ||| |    
T  10177787 ctcagttgtgagcagttttctttcacatgtttcactcctttctctgtgacatcattacaattgttcacaaatagtttcaaaagtccacaacaatactttg 10177688  T
Q  150 agatcacatggagtgttt 167  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  10177687 agatcacatagagtgttt 10177670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 312
Target Start/End: Original strand, 7977670 - 7977758
Alignment:
Q  224 ttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    ||||||||| |||| || || ||||||||   ||||| ||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7977670 ttcattccacgtagattcacccttgaacaacaggctaggtttaaatgtctaatgttacaacatctccttaaaacttgaccaataccttc 7977758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 481 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10169868 - 10169816
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaagg 533  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||| | ||||||    
T  10169868 ttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgcaaacaagg 10169816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 481 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10177393 - 10177341
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaagg 533  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||| | ||||||    
T  10177393 ttccattttgatctcactaagtgaaggacaattcctaacgagtgcaaacaagg 10177341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 37)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 53761945 - 53761685
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  53761945 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcccttgtccgtgacattatcacaatgtttcagtaata-ttgcaaaagcccacgacaattcttcgagatc 53761847  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    |||  |||||||| ||| | ||| ||||||  ||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  53761846 aca--gagtgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaacact 53761749  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatat 318  Q
     |||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53761748 cggctaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctttagatat 53761685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 55908904 - 55908587
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||| |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  55908904 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 55908805  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| || |||||||||||||    
T  55908804 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagt 55908705  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 351  Q
     |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  55908704 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 55908605  T
Q  352 attggggaaaaaggaagc 369  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  55908604 attggggaaaatggaagc 55908587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 60 - 317
Target Start/End: Original strand, 640843 - 641100
Alignment:
Q  60 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatg 159  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||| || | |||||| || |  |||||||| ||| |||| |     
T  640843 tgcagttttctaccacatgattcactcccttctttgttacataatgacaatcttccagtaacagatgcaaaagaccacggcaattctttgaggtcacgta 640942  T
Q  160 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggct 259  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||     || |   |||| |||||||||||||| |||||||    |||   ||||    
T  640943 gagtgtttcatcatcaacgtttgtatctgacaagttcaacacctccaatattggtagttcaaatttcattccaagtaggtttactccatcacaaccggct 641042  T
Q  260 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 317  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  641043 aagttcaaatgtctaacattacaacatatccttaaaacttgaaaaattccttcagata 641100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 58 - 360
Target Start/End: Original strand, 546839 - 547144
Alignment:
Q  58 tgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcaca 157  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||| |||| |||||| | |||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  546839 tgtgcagttttctagcacatgtttcactcccttctctgtgacatgaaaacattcttccagtaacaattccaaaagcccacaacaactctttgagatcaca 546938  T
Q  158 tggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtggg 257  Q
    | ||||||||||||||  ||  | |||  ||||||||||| ||||||||  |  |||||  ||||||||||||||| ||| || |||  | |||| | ||    
T  546939 tagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaacttcaaagttcattccaaataggttcactactaaacaattgg 547038  T
Q  258 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaatt 354  Q
     ||||||||||||  | || ||| |||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||||||   |||  | | |||||||| ||||| |||||    
T  547039 ataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgttacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaatt 547138  T
Q  355 ggggaa 360  Q
    ||||||    
T  547139 ggggaa 547144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 160 - 357
Target Start/End: Original strand, 1600447 - 1600647
Alignment:
Q  160 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggct 259  Q
    ||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |   ||||  |||||||||||||  | ||||| | | ||||||| ||||||    
T  1600447 gagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactgggct 1600546  T
Q  260 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 356  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||| |||||||    
T  1600547 aagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaattgg 1600646  T
Q  357 g 357  Q
    |    
T  1600647 g 1600647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 1548594 - 1548292
Alignment:
Q  61 gcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatgg 160  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||  | ||||  |||  |||| |  | ||||||||| |||||| |||| |||||||||| |    
T  1548594 gcagttttcttctatatgtttcactcccttctctgtgatatttttacaacgtttttgtaacaagtgcaaaagcccacaacaactctttgagatcacattg 1548495  T
Q  161 agtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaa-gtagctttactcttgaacagtgggct 259  Q
    ||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||| | |||||   ||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||   | |||    
T  1548494 agtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagttcagtccaaagtagcttcacttttaaactacgagct 1548395  T
Q  260 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca---gatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattgg 356  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||||||   |||||||| ||||||||||||    ||||||  | ||||| || |||||||||| ||||| |||||||    
T  1548394 aagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgccactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattgg 1548298  T
Q  357 ggaaaa 362  Q
    ||||||    
T  1548297 ggaaaa 1548292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 50 - 398
Target Start/End: Original strand, 570269 - 570614
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | || || |||||||||||||  |  ||||| |||| ||||||||||| |||| |||| |    
T  570269 ctcagttgtgtgcagttttctaccacatgattcacgcctcttttagtaacataataacaatgctcaagtaacagttgcaaaagcccgcgacaactctttg 570368  T
Q  150 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttga 249  Q
    | |||| || ||||  ||| | ||||||    |||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||||||||| |||| | || || ||| ||||    
T  570369 aaatcagatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctcgagtttgagaacttcaaagttcaatccacgcagtttcacttttga 570468  T
Q  250 acagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgt 349  Q
     ||||| ||||||||||||||  |||  ||| |||||   |||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||  | | |||||||| |  ||     
T  570469 gcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttacaacat---cttaaaacttgacaaatactatcggatatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgc 570565  T
Q  350 aaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaacc 398  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  570566 aaattggggaaaatagaagcaaacattaaaatgttttcatcacttaacc 570614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 297
Target Start/End: Original strand, 553402 - 553644
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||||    ||  || |||| |||||||||  ||||| |||| || |||    
T  553402 ttgtgtgcagttttctaccacatgattcactcctttatctgtgacatcactacaataaaacaacaacagttgcaaaagcccagaacaactctttgaaatc 553501  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    ||||  |||| ||||||||||||  | |||  ||||||||||||||||||||| | | ||||   |||||||| |  | ||| ||| ||||||||||||     
T  553502 acattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgagaactttaaagttcaatgtacgtaacttcactcttgaacagc 553601  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaac 297  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||    
T  553602 gggttaagttcaaatgtctaatgttacaacatgtccttaaaac 553644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 186 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 21834423 - 21834174
Alignment:
Q  186 ctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaaca 285  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| || | | ||||||| ||| |  ||||    | |||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  21834423 ctgacaagtccaacacctccagcttgggaactacaaagttgatactatgtagcttcactttataacaacctgataagttcaaatgcttaatcttacaaca 21834324  T
Q  286 tctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttt 385  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |   || ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || ||||  ||| ||    
T  21834323 tttccttaaaacttcgcaaataccttctgatatctgtgtggaagaagtcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctt 21834224  T
Q  386 tcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgagg 435  Q
    |||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||||||||||| |||||    
T  21834223 tcatcatttaaccatgaattgcggcccaaaaagagagactttaattgagg 21834174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1524665 - 1524405
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||  ||||||||  ||| |||||||||| ||| |     || ||| |||| ||||||||| | |||| |||      
T  1524665 tctcagttgtgtgcagttttctatcacataattcactcccctctctgtgacataacaactacg---caataacagttgcaaaagcccacgacaactctgt 1524569  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  | |||  |||||| |||||||||||||  | ||||||  |||||||||||||| | || | || | | |    
T  1524568 gagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaacttcaaagttcattccatgaagttctattttag 1524469  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    |||||| |||||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  1524468 aacagttggctaagttcaaatgcctaagtttacaacatctccttaaaacctgaagaataccttc 1524405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 55 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 55505281 - 55505070
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||| ||||||||     | || ||||| ||| |  | |||||| || | ||||||||| ||| ||    
T  55505281 ttgtgtgcagttttctaacacgtgtttcactcccttctctgtgacatcg---ctatttttcaataacaaatgcaaaagtccacgacaattctttgaggtc 55505185  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    ||||  |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||   |||||||||||||| ||| || ||| |||||||||    
T  55505184 acataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagttgggggactctaaagttcattccaattaggttcactgttgaacagt 55505085  T
Q  255 gggctaagttcaaat 269  Q
     ||||| ||||||||    
T  55505084 aggctaggttcaaat 55505070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7226054 - 7225809
Alignment:
Q  60 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatg 159  Q
    ||||||||||| |||| || |||| ||| ||||  ||||| | | |||||  || ||||||||||| |||||| || |||||| |||| || |||||| |    
T  7226054 tgcagttttctaccacgtgcttcaatcccttctcggtgacctcaaaacaactttccagtaatagttgcaaaagtccacaacaactctttgatatcacacg 7225955  T
Q  160 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggct 259  Q
     |||  ||  ||||||||  | |||| |||||||||||| |||||||  | | ||||  ||||||||||     ||||||| ||||||| ||||| || |    
T  7225954 aagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaacttcaaagttcatgttgcgtagcttcactcttggacagtaggat 7225855  T
Q  260 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaa 305  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  7225854 aagttcaaatgtctaatcttacaacatctccgtaaaacttgacaaa 7225809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1552871 - 1552686
Alignment:
Q  127 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 226  Q
    ||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||  || |||| |||||| |||||||| ||||| | |||||   ||||||||    
T  1552871 caaaagcccacgacaattctttgatatcacattgagtgtttcatcattaatatttgtatgtgacaaattcaacacttccagtttgggaatttcaaagttc 1552772  T
Q  227 attccaagtagctt---tactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    | ||||||||||||   | || |  |||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  1552771 agtccaagtagcttcccttctataaaactatgggctaagttcaaatgtctaatcttacaacat---cttaaaacttcacaaataccttc 1552686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 127 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 8187195 - 8186951
Alignment:
Q  127 caaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttc 226  Q
    ||||||||| |||||| |||| || ||  |||  ||||||| |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||| | || ||   ||||||||    
T  8187195 caaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttggaaatttcaaagttc 8187096  T
Q  227 attccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttat 323  Q
    |||||    |||   ||||||| ||||| ||||||||||||||   |||| | | |||||||| | ||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  8187095 attccggagagcccaactcttggacagtaggctaagttcaaatccctaatctcacaacatctcttcaaaacttgacaaataccttcttcagatatgtcat 8186996  T
Q  324 tgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaag 368  Q
     ||||  | |||||||||| |  || ||||||||||| |||||||    
T  8186995 agcaatgactcaaatcaagcaactgcaaattggggaataaggaag 8186951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 139 - 250
Target Start/End: Original strand, 532196 - 532307
Alignment:
Q  139 acaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagc 238  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||  ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||||     
T  532196 acaattctttgaggtcacataaagcttttcatcatcaatgtttgtatatgacaagttcaacacctctagcttggggacttcaaagttcattccaagtaga 532295  T
Q  239 tttactcttgaa 250  Q
    || |||||||||    
T  532296 ttcactcttgaa 532307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 138 - 312
Target Start/End: Original strand, 659717 - 659889
Alignment:
Q  138 aacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtag 237  Q
    |||||||| | ||||||||||  |||||||||| || |||  | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  |||| || ||| |  ||||    
T  659717 aacaattccttgagatcacat--agtgtttcattattaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaaatttattactcgtag 659814  T
Q  238 ctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    |||  |||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  659815 cttccctcttgaacagcaggctaagtttaaatatctaatgttacaacatctccttaaaatttgaccaatatcttc 659889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 12121633 - 12121316
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||||| || | ||   || |||| | |||| ||||||||| |  |||  ||| |||||     
T  12121633 ttgtgtgcatttttctaccacatgcttcactcccatctctgtgacaaaaaagcaccattccagtgagagttgcaaaagcccacggcaacactttgagatt 12121534  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    ||   |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || | ||||||  ||||||||||||   | |||||   || | ||||      
T  12121533 acggagagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcggcgcagcttccttcctaaacaac 12121434  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 351  Q
     || ||||||||||||  |||| |  |||||| ||||||| |||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||  | |||||||||| | ||| ||    
T  12121433 tggttaagttcaaatgcgtaatctcggaacatgtccttaagacttggaaaataccttcttcagatatgttatagcaaaaactcaaatcaagcaattgcaa 12121334  T
Q  352 attggggaaaaaggaagc 369  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  12121333 attggggaaaacggaagc 12121316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 311
Target Start/End: Original strand, 558415 - 558677
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | ||| ||  ||  ||||  ||  ||  | |||||||||||||| | |||| ||||     
T  558415 tctcatttgtgtgcagttttctagcacatgcttcactcctttatctgtaacgcaaatacaaaattgaagatacagttccaaaagcccacgacaactcttt 558514  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||||||||||||||| | || | || |||  ||||||||  |||| |||  || | || |     
T  558515 gagatcacatggagtgcttcatcatcaatatatgttaatgacaagttcaacacccctaggttggcaacttcaaagttcgctccaggtatattgattccta 558614  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 311  Q
    ||||||  | || | |||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  558615 aacagtcagttagggtcaaatgtctaatgttagaacatgtccttaaaacatgacaaatacctt 558677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 308
Target Start/End: Original strand, 370843 - 371096
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||||||||| |   | ||||| || ||||||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||    
T  370843 ttgtgtgcagtttttcaccacatgcttcactcccatctttgtgataccttcacaattttgcagtaatagttgcaaaagccgacaacaactctttgagatc 370942  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    ||||| |||| ||||| ||  ||  | ||||||   ||| |||||||||| || | | ||||   || |||||| |||   | ||| |||||||| ||||    
T  370943 acatgaagtgcttcataatagactcttgtatctattaagctcaacacctcaagtttgagaactctaatgttcataccatacaacttcactcttgagcagt 371042  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac 308  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||| |||||  |||||||| |||| ||||    
T  371043 gggctaagttcaaatgcctaatcttagaccatctatttaaaactcgacagatac 371096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1513586 - 1513407
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  |||| | ||||||||  ||| |||||||  ||| ||| |||||||||  |||| ||||||||| | ||||  |||     
T  1513586 tctcagttgtgtgcatttttctagcacaagcttcactcccatctctgtgaca--ata-caacctttcagtatgagttgcaaaagcccacgacaacacttt 1513490  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattcc 231  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||| || || | ||||||  |||||||||||||    
T  1513489 gagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcc 1513407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 115 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 3438681 - 3438496
Alignment:
Q  115 cagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctgggga 214  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||  | |||| ||||||| |||| |||||||  |  | |    
T  3438681 cagtaacagttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactcttgtatgtgacaagctcaatacctccaattttgaa 3438583  T
Q  215 acaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 301  Q
    ||| ||||||||||| ||   |  || |||| | ||||    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  3438582 acatcaaagttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaacttga 3438496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 50 - 276
Target Start/End: Original strand, 7307778 - 7308004
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| |||  || | ||||||  | ||||| ||| |||||| || | ||||||||  |||||| |||| |    
T  7307778 ctcagttgcgtgcagttttctaccacatgcttcaatccagtcatcgtgacaataaaacaaccttccagtaacaggtgcaaaagcctacaacaactctttg 7307877  T
Q  150 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttga 249  Q
    |||||| | | |||| |||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||  | ||||||   ||||||||||    ||| | | ||| |||     
T  7307878 agatcatacgtagtgcttcatcatcaacttctgtatatgacaagttcaatacctccaatttgggaactttaaagttcattttgggtaccatcactattgg 7307977  T
Q  250 acagtgggctaagttcaaatgtttaat 276  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||    
T  7307978 atagtgggttaagttcaaatgtttaat 7308004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 470 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 3438392 - 3438312
Alignment:
Q  470 atagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtgagcatc 550  Q
    |||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||| || || |||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  3438392 atagatgtgcattccatttttatctcactaagtgaaggacaattactaatgagtgaaaataaggctaattttgtgagcatc 3438312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 8184155 - 8184031
Alignment:
Q  106 acaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcc 205  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||  ||| ||||| |  |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||     
T  8184155 acaattttccagtaacagttccaaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctct 8184056  T
Q  206 agctggggaacaacaaagttcattc 230  Q
    || |  |||||  ||||||||||||    
T  8184055 agtttcggaacttcaaagttcattc 8184031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 149 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1519224 - 1519143
Alignment:
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattc 230  Q
    |||||||||| ||||| ||  ||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || | ||||||  ||||||||||||    
T  1519224 gagatcacatagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttcattc 1519143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1537939 - 1537766
Alignment:
Q  59 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 158  Q
    ||||| ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||  |||||||  || |||||| |||| ||||||||| | ||||  ||| ||||| |||     
T  1537939 gtgcatttttctagcacatacttcactcccttctgtgtgacaagataacaaagttccagtaaaagttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacac 1537840  T
Q  159 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattcca 232  Q
      |||||||  |||| ||| || |||| ||||||||||||||| || || | ||||||  ||||||||||||||    
T  1537839 acagtgttttgtcattaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaaagttcattcca 1537766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 12116646 - 12116505
Alignment:
Q  160 gagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggct 259  Q
    ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||| |  |  |||||| |||||||||||| | | || |||| | ||||||||| ||||    
T  12116646 gagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctaaatttggaacatcaaagttcattctacgcagttttatttttgaacagtaggct 12116547  T
Q  260 aagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 301  Q
    |||||  ||||  | |  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12116546 aagttttaatgccttagtttacaacatctccttaaaatttga 12116505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 223 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 12120150 - 12120061
Alignment:
Q  223 gttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    |||||||  |||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  || | || |||||||||||| |||||||||    
T  12120150 gttcattataagttgcttcagtcttgaacagtgggcaaagttcaaatgtctaatcttactacttttctttaaaacttgaccaataccttc 12120061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 10634184 - 10634128
Alignment:
Q  463 tttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaac 519  Q
    |||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10634184 tttcccaatagacgtgcattccattttgatctcactaagtgaaggacagtttctaac 10634128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 361
Target Start/End: Original strand, 644885 - 645062
Alignment:
Q  187 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 286  Q
    ||||||||  ||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  ||||||||| | |||||||||| | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  644885 tgacaagtctaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtaagtagcttcagtcttgaacagcgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 644984  T
Q  287 ctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaa 361  Q
     || ||||||| |||   ||||   ||||||||| ||  ||||||    ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  644985 atcattaaaacatgaaccataccttcttcagatacgtctttgcaatggctcaaatcaagaagctgtaaatttgggaaa 645062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 546
Target Start/End: Original strand, 547246 - 547348
Alignment:
Q  444 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgt 543  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||   ||||  ||||||||||| ||||||||||||||  || || |||||||||| | |||||||||| | |||    
T  547246 tagaattctctacactctccatcccaatttttgtgagttccattttgatctcactaagtgaagcacaattactaacgagtgcaaacaaggctaaatttgt 547345  T
Q  544 gag 546  Q
    |||    
T  547346 gag 547348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 258 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1533963 - 1533909
Alignment:
Q  258 ctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    |||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  1533963 ctaagttcaaatgtgtcatcttacaacatctccttaaaacatgactaataccttc 1533909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1519092 - 1519051
Alignment:
Q  282 aacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttat 323  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1519092 aacatcttcttaaaacttgacaaataccttcaagtatgttat 1519051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 259 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 1489333 - 1489227
Alignment:
Q  259 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc---agatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattg 355  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||| ||||  | |||||| ||| | ||| ||||||    
T  1489333 taagttcaaatgcctaatatcagaacatgtctttaaaacatggaaaataccttcttcagatatgttatagcaataagtcaaattaagcaattgcaaattg 1489234  T
Q  356 gggaaaa 362  Q
    |||||||    
T  1489233 gggaaaa 1489227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 161 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 1508073 - 1508033
Alignment:
Q  161 agtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacac 201  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  1508073 agtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacac 1508033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 109
Target Start/End: Original strand, 6006244 - 6006304
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaa 109  Q
    |||||||||| ||||||||||| | || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  6006244 tctcaattgtttgcagttttctacgacttgcatcactcccttctttgtgacatcataacaa 6006304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 481 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 53761517 - 53761453
Alignment:
Q  481 ttccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattctgtga 545  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | |||| | ||||||| |||| |||||    
T  53761517 ttccattttgatctcactaagtgaaggacagtttttagcaagtgcaaacaaggccaattttgtga 53761453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 49 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 20478264 - 20477749
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||| ||  |||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||| |     
T  20478264 tctcagttgtgtgcagttttctacgacatgtttcgctcctttcattgtgacattatcgcaatttttcagtagtatttgcaaaagcccacaacaattcctt 20478165  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    |||||||||   | |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||  |||||     
T  20478164 gagatcacagataatgtttcgtcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccagctggggaattacaacgtttattccaagtagcttcgctcttc 20478065  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttg 348  Q
     |||    ||||||||||||||  | |  ||| |||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||   ||||||   |   ||||||||| ||||    
T  20478064 gacatccagctaagttcaaatgccttaacttacaacatctcgttaagaattgacaaatatcttcagatatacgattgcaccaaggaaaatcaagatgttg 20477965  T
Q  349 taaattggggaaaaaggaagctaatattacaattttttcatcagttaaccgttaatttctacctaaatagagagactttaactgaggatatacacta--- 445  Q
     ||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| |||||||| |||||| |  |||   ||| || ||||||||||| ||  |||||||||||| |       
T  20477964 caaattggggaacatagaagcaaatattattattatttcatcacttaaccatggattatgacccaagtagagagacttcaatcgaggatatacaccaaac 20477865  T
Q  446 ---------------gaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaataca 530  Q
                   |||  |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  20477864 tgctccaaagaatccgaagacccttcactctctttcccgatagatgtgtattccattttgatctcacaaagtgaaggacagtttctaactagtgaataca 20477765  T
Q  531 aggctaattctgtgag 546  Q
    ||||||||||||||||    
T  20477764 aggctaattctgtgag 20477749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 41889713 - 41889472
Alignment:
Q  72 ccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatc 171  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| |||| ||||||  ||  |||||||||||    
T  41889713 ccacatgattcactcccttctttgtgacatcataacaatttttaagtaacaatttcgaaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatc 41889614  T
Q  172 atcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgt 271  Q
    |||||| || |||| ||| ||||||||||||||||  | ||||||   |||||||||| |||||||||| ||| |||||||   || ||||||||||| |    
T  41889613 atcaacttttgtatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatat 41889514  T
Q  272 ttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttca 313  Q
     |||| ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  41889513 ctaatgttacaacatatccttaaaacttgagtaataccttca 41889472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 41901717 - 41901457
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||  ||| | | || |||||| || |||||| ||||     
T  41901717 tctcaattgcgtacagttttctaccacatgcttcactcccttctttgtgacatcattacaatcttgaagtgacaatttcaaaagtccacaacaactcttt 41901618  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||  ||| |   |||  | ||| | |    
T  41901617 gagatcatataaagtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagtctatttc---tagtctcactatgg 41901521  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    |||| | || ||||||||||||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||    
T  41901520 aacacttggataagttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttc 41901457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 59 - 301
Target Start/End: Original strand, 32267402 - 32267641
Alignment:
Q  59 gtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacat 158  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| || || ||||| ||| ||| | | || ||||||||| |||||| |||| ||||||| ||    
T  32267402 gtgcagttttctactacatgcttcactcccttctttgtgatatcattacaatttttaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgagatcatat 32267501  T
Q  159 ggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggc 258  Q
      |||| ||||||||||||  | || | |||||||||||| |||||||  | ||||||  ||||||||||| |   ||| || ||| ||||||| ||||     
T  32267502 aaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttcatttc---tagtttcactgttgaacactggga 32267598  T
Q  259 taagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 301  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||| ||||    
T  32267599 taagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattga 32267641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 320
Target Start/End: Original strand, 28525097 - 28525199
Alignment:
Q  218 acaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttcagata 317  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||| |  ||| |||||||   | || ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  28525097 acaaagttgattccaagtggcttcattattgaacagttgcttaatttcaaatccctcatcttacaacatctccttaaaacttgacaaatacatttagata 28525196  T
Q  318 tgt 320  Q
    |||    
T  28525197 tgt 28525199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 444 - 513
Target Start/End: Original strand, 32267805 - 32267874
Alignment:
Q  444 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtt 513  Q
    ||||| || ||| ||||| |||||| |||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32267805 tagaactctctagactctttttcccaatacatgtgtgttccattttgatctcactaagtgaagggcagtt 32267874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 133
Target Start/End: Original strand, 17205527 - 17205600
Alignment:
Q  60 tgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagc 133  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| || ||||| ||| | |||||||    
T  17205527 tgcagttttctaccacatgtttcaatcctttttctgtgacatcattacaatgttccagtattagatgcaaaagc 17205600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 1037840 - 1037523
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||| |||||| | || ||||| || ||| || ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1037840 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 1037741  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    | || ||||||||||||||||||    |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| || ||||||||| |||    
T  1037740 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaatagt 1037641  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 351  Q
     |||||| ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||| ||    
T  1037640 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 1037541  T
Q  352 attggggaaaaaggaagc 369  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  1037540 attggggaaaatggaagc 1037523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 55 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 45245261 - 45245004
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||| || | |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  45245261 ttgtgtgcaattttctaccacatgtttcactcccttatctgtgacatgataacattttttcaataatagttgcaaaagcccacgacaactctttgagatc 45245162  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || |  |||||  ||||||| |||||| |||  |  | ||||||||||     
T  45245161 acatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaacttcaaagtttattccacgtaattccagtcttgaacagc 45245062  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
       ||||||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  45245061 aaactaagtttaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacatgacacattccttc 45245004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 149 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 32785854 - 32785647
Alignment:
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||   | |||| |||||||||||||||||| || | |||| |   ||||||||||| | |  |||  | |||||    
T  32785854 gagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagctttaaagttcattcgacggtgctcgattcttg 32785755  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaag 345  Q
    || ||||| | || ||||||||| |||| |||||||||   ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| ||||    |||||||||| ||    
T  32785754 aaaagtggtccaaattcaaatgtctaatcttagaacat---cttaaaaattgacaaataccttcttcagatatgttatagcaatagctcaaatcaagtag 32785658  T
Q  346 ttgtaaattgg 356  Q
    ||| |||||||    
T  32785657 ttgcaaattgg 32785647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 55 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 800 - 495
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| | |||| | || ||||| || |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
T  800 ttgtgtgcagttttctactacatgtttcacaccattctctatgacttcatcacaattttccagtaacagttgtaatagcccacaacaattcttcgagatc 701  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    | || ||||||||||||||| ||  | |||| ||||||||| |||||||| |  |  |||||   |||||| |||| |||||| || |||||||||||||    
T  700 atatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagt 601  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatatgttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaa 351  Q
     |||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||| |   |||||||||||| ||||||    
T  600 aggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgtaa 501  T
Q  352 attggg 357  Q
    ||||||    
T  500 attggg 495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 55 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1643 - 1388
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||| ||||||||||  | |||| |||||||||||||| | ||||  ||| ||||| | |||||  ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||    
T  1643 ttgtttgcagttttccacgacatctttcactcctttctctatgacccaatcacaatttatcagtcttagttccaaaatccctgaacaattctttgagatc 1544  T
Q  155 acatggagtgtttcatc---atcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaac 251  Q
    |||| ||||||||||||   |||||| || |||| |||||||| ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||| ||| |  ||   |||||    
T  1543 acatagagtgtttcatcatcatcaacatttgtatttgacaagtccaacacctctagcttaggaactacaaagttcatttcaaataggtccacagatgaac 1444  T
Q  252 agtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaata 307  Q
    |   |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1443 accaggctaagttcaaatgtctaatcttataacatctccttaaaacttgacaaata 1388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 55 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18315449 - 18315192
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||||| |||||||| | ||||   || || ||| |||| ||||||||  | |||| |||| ||||||    
T  18315449 ttgtgtgcagttttctaccacatacttttctcctttctctgtgacatcacaacagcgttccaataacagttgcaaaagcctacgacaactctttgagatc 18315350  T
Q  155 acatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagt 254  Q
    |||| ||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||||||| ||||||| | |||||||        
T  18315349 acatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaaagttcattccacgtagcttcattcttgaatcac 18315250  T
Q  255 gggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    | ||||||||||| ||| |||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  18315249 gagctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttc 18315192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 301
Target Start/End: Original strand, 27922425 - 27922674
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| || || ||||| ||  ||| | | || ||||||||| |||||| ||||     
T  27922425 tctcagttgagtgcagttttctaccacatggttcactcccttctttgtgaaatcattacaattttcaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactcttt 27922524  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttg 248  Q
    ||||||| ||  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||| |   ||| || ||  |||    
T  27922525 gagatcatataaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcatttc---tagtttcaccattg 27922621  T
Q  249 aacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttga 301  Q
    |||| | || ||||||||||||| |||| ||| | ||| ||| ||||||||||    
T  27922622 aacacttggataagttcaaatgtctaatgttacagcatatccctaaaacttga 27922674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 17636445 - 17636317
Alignment:
Q  187 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaa----gtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattaga 282  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||| |     |||| || |||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||    
T  17636445 tgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcattcgatcgatgtagtttcactcttgaacatcggcctaagttcaaatgcctaatattaga 17636346  T
Q  283 acatctccttaaaacttgacaaatacctt 311  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17636345 acatccccttaaaacttgacaaatacctt 17636317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 34936344 - 34936083
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| | |  ||||| ||||  ||||||| | |||||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||| |||| |    
T  34936344 ctcaattgtgtgcaattttcaaccacacgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 34936245  T
Q  150 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttga 249  Q
     |||  ||| |||||||| |||||||||  | |||| |||||||| ||||||||| || |  |||||| ||||| ||||||   | || || ||| ||||    
T  34936244 cgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaagtccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttga 34936145  T
Q  250 acagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 311  Q
    ||| | ||| |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  34936144 acaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 34936083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 270
Target Start/End: Original strand, 21235476 - 21235696
Alignment:
Q  50 ctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcg 149  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||  |  ||||| |||| |||||||| || |||  |||| |    
T  21235476 ctcagttgtgtgcagttttctaccacatgattcacgcctcttttagtgacataataacaatgctcaagtaacagttgcaaaagcctgcgacagctctttg 21235575  T
Q  150 agatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttga 249  Q
    | |||| || ||||  ||| | ||||||    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||| ||||   || || ||| ||||    
T  21235576 aaatcaaatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagttcactccacacagtttcacttttga 21235675  T
Q  250 acagtgggctaagttcaaatg 270  Q
     ||||| ||||||||||||||    
T  21235676 gcagtgagctaagttcaaatg 21235696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 17628129 - 17628039
Alignment:
Q  116 agtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctcca 206  Q
    |||||||||| ||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||    
T  17628129 agtaatagtttcaagagcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactctagtatgtgacaagttcaacacctcca 17628039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 369
Target Start/End: Original strand, 32151291 - 32151538
Alignment:
Q  122 agttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaa 221  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | |||  ||||||||| ||||||||||| | || |||  | |    
T  32151291 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaacttcga 32151390  T
Q  222 agttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaatac---cttcagatat 318  Q
    ||||||||||| | ||||| ||   | |||||  ||  || ||||||||  |||| | ||| |||   ||||||||||||||||| |   ||||||||||    
T  32151391 agttcattccacgcagcttcacatgtaaacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcat---cttaaaacttgacaaattccttcttcagatat 32151487  T
Q  319 gttattgcaagtattcaaatcaagaagttgtaaattggggaaaaaggaagc 369  Q
    ||||| ||||    |||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  32151488 gttatggcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagc 32151538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 444 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 17627825 - 17627729
Alignment:
Q  444 tagaattccctacactctctttccctatagctgtgtattccattttgaactcactaagtgaagggcagtttctaacgagtgaatacaaggctaattc 540  Q
    ||||||||  || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||| | |||| |||||||||| || || |||||||||||| |||||||| ||||    
T  17627825 tagaattctttagactctcttccccaatagatgtgcattccatttttatctcattaagtgaaggacatttactaacgagtgaaaacaaggctgattc 17627729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 167
Target Start/End: Original strand, 44736458 - 44736570
Alignment:
Q  55 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatc 154  Q
    |||||| || |||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||   ||| ||  |||| ||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  44736458 ttgtgtacaattttctacaacatgtttcactcccttcgttgtgacattataacaatagctcaataccagttacaaaagcccacaacaactctttgagatc 44736557  T
Q  155 acatggagtgttt 167  Q
    |||  ||||||||    
T  44736558 acaatgagtgttt 44736570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 28246339 - 28246214
Alignment:
Q  187 tgacaagttcaacacctccagctggggaacaacaaagttcattccaagtagctttactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacat 286  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||| |  | ||||||| | |||||||||  | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||    
T  28246339 tgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaagttcaatgtatgtagcttcagtcttgaacaacgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacat 28246240  T
Q  287 ctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
     || ||||||| |||  |||||||||    
T  28246239 atcattaaaacatgaacaataccttc 28246214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 244 - 312
Target Start/End: Original strand, 44736589 - 44736657
Alignment:
Q  244 tcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatattagaacatctccttaaaacttgacaaataccttc 312  Q
    ||||||||||| |  |||||| |||||| | || ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  44736589 tcttgaacagttgtttaagttaaaatgtgttatgttagaacatgtccttaaaacatgagaaataccttc 44736657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 204
Target Start/End: Original strand, 39101 - 39256
Alignment:
Q  49 tctcaattgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcctttctttgtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttc 148  Q
    ||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||| | || |||||  || | ||||||||| | |||| ||||     
T  39101 tctcagttgcgtgcagttgtttaccacatgtttcactcccttcattgtgacacgagaacatttttccagtatcaggtgcaaaagcccactacaactcttt 39200  T
Q  149 gagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacctc 204  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||  || |||||||||||||||    
T  39201 gagatcacataaagtgtttcatcattaacctttgtaaatgtcaagttcaacacctc 39256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University