View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19467_low_18 (Length: 403)

Name: NF19467_low_18
Description: NF19467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19467_low_18
NF19467_low_18
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (70-251)||(9540710-9540894)
chr8 (75-224)||(15255556-15255708)
chr8 (70-176)||(33237445-33237562)
chr8 (70-131)||(27115550-27115611)
chr8 (191-256)||(10227342-10227407)
chr8 (191-256)||(27115608-27115668)
chr8 (190-227)||(40616922-40616959)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (70-223)||(1800224-1800375)
chr6 (46-227)||(8635312-8635498)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (42-256)||(35258986-35259200)
chr4 (70-174)||(34441932-34442031)
chr4 (191-256)||(2737779-2737844)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (43-219)||(42545137-42545316)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (78-227)||(7856-8008)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (96-255)||(37486305-37486457)
chr3 (49-176)||(25638519-25638653)
chr3 (215-258)||(25638458-25638501)
chr3 (188-257)||(53329434-53329498)
chr3 (188-257)||(53333112-53333176)
chr3 (188-257)||(53336795-53336859)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (76-259)||(24133848-24134019)
chr2 (86-257)||(45369216-45369398)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (41-109)||(32027489-32027559)
chr7 (88-166)||(11354347-11354425)
chr7 (190-227)||(31846568-31846605)
chr7 (190-227)||(46401231-46401268)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (191-256)||(3324955-3325020)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 70 - 251
Target Start/End: Original strand, 9540710 - 9540894
Alignment:
Q  70 gttgtgtaattgtgttatatggttatggt-----tcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaata 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  9540710 gttgtgtaattgtgttatatggttatggtttggttcggttcggtttggataactgtggttattaatggttcggttcggttaattaactgttatcaaaata 9540809  T
Q  165 atagttcagttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccac 251  Q
    || |||||||||        || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  9540810 atggttcagttc--aaaaatttgtgaaatggttcagttaattttgatatggttcgattcggttcggttattggttaattttgcccac 9540894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 224
Target Start/End: Original strand, 15255556 - 15255708
Alignment:
Q  75 gtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtt-----tggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagt 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||     ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  15255556 gtaattgtgttatatggttatggtttggtttggtttggtttggataactgtggttattaatggttcggtttggttaattaactattaagaaaataatggt 15255655  T
Q  170 tcagttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcg 224  Q
    |||||||        |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15255656 tcagttc--aaaaatttatgaaatggttcagttaattttgatatagttcggttcg 15255708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 33237562 - 33237445
Alignment:
Q  70 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtt----------tggataactatggttattaatgattcggtt-tggttaattaactattatc 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  33237562 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggttcagtttggtttggataactgtggttattaatagttcggttctggttaattaactgttatc 33237463  T
Q  159 aaaataatagttcagttc 176  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  33237462 aaaataatgattcagttc 33237445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 131
Target Start/End: Original strand, 27115550 - 27115611
Alignment:
Q  70 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtttggataactatggttattaatg 131  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  27115550 gttgtgtaattctgttatatggttatggttcggttcggtttggataattgtggttattaatg 27115611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 256
Target Start/End: Original strand, 10227342 - 10227407
Alignment:
Q  191 aatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccaccccta 256  Q
    |||| |||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10227342 aatggttcagttaattttagtttggttcagttcggttcagtttttggatatttttgcccaccccta 10227407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 256
Target Start/End: Original strand, 27115608 - 27115668
Alignment:
Q  191 aatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccaccccta 256  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||      |||||||||||||||||||||||    
T  27115608 aatggttcagttaattttgatatggttcaattcggtta-----ttggttaattttgcccaccccta 27115668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 227
Target Start/End: Original strand, 40616922 - 40616959
Alignment:
Q  190 aaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggtt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40616922 aaatgattcagttaattttgatatggttcggttcggtt 40616959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1800375 - 1800224
Alignment:
Q  70 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagt 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  1800375 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtttggataactgtggttattaatggttcggttcggttaattaactgttattaaaataatggt 1800276  T
Q  170 tcagttcnnnnnnnntta-tgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattc 223  Q
    |||||||        ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1800275 tcagttc---aaaaattactgaaatggttcagttaattttgatatggttcgattc 1800224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8635498 - 8635312
Alignment:
Q  46 atttggttctctgaaaaacaagaggt--tgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcg-----gtttggataactatggttattaatgattcggt 138  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  8635498 atttggttttctggaaaataagaggtgttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcgattcggtttggataattgtggttattaatggttcggt 8635399  T
Q  139 ttggttaattaactattatcaaaataatagttcagttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggtt 227  Q
    | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||         | ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8635398 tcgattaattaactgttatcaaaataatggttcagttcaaaaatc--tgtgaaatggtttagttaattttgatatggttcgatttggtt 8635312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 256
Target Start/End: Original strand, 35258986 - 35259200
Alignment:
Q  42 tttcatttggttctctgaaaaacaagaggt--tgtgtaattgtgttatatggttatggt-----tcggttcggtttggataactatggttattaatgatt 134  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  35258986 tttcatttggttctctgaaaaataagaggtgttgtgaaattgtgttgtatcgttatggtttggttcggttcggtttggataactgtggttattaatggtt 35259085  T
Q  135 cggtttggttaattaactattatcaaaataatagttcagttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttt 234  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||        || ||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||| ||| |    
T  35259086 cggttcggttaattaactgttatcaaaataatggttcagttc--aaaaatttgtgaaatggttcagttaattttgatatgg-----ttcggttcggttat 35259178  T
Q  235 tggttaattttgcccaccccta 256  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  35259179 tggttaattttgcccaccccta 35259200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 174
Target Start/End: Original strand, 34441932 - 34442031
Alignment:
Q  70 gttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||     |||| |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  34441932 gttgtgtaattgtattatatggttatgcttcagttcggtttggataactatggttattaat-----ggttcggttaattaagtgttatcaaaataatggt 34442026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 256
Target Start/End: Original strand, 2737779 - 2737844
Alignment:
Q  191 aatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccaccccta 256  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||||||||    
T  2737779 aatggttcagttaattttaatttggttcggttcggttcagtttttagatatttttacccaccccta 2737844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 42545316 - 42545137
Alignment:
Q  43 ttcatttggttctctgaaaaacaagaggttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtt-----tggataactatggttattaatgattcgg 137  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42545316 ttcatttggttctctgaaaaataagttgttgtgtaactgtgttatatggttatggttcggttcggttcagtttggataattatggttattaatggttcgg 42545217  T
Q  138 tttggttaattaactattatcaaaataatagttcagttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcg 219  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||         | ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42545216 ttcggttaattaactgttatcaaaataatggttcagttcaaaaatc--tgtgaaatggttcagttaattttgatatggttcg 42545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 78 - 227
Target Start/End: Original strand, 7856 - 8008
Alignment:
Q  78 attgtgttatatggttatggttcggttcg-----gtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagttca 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7856 attgtgttatatggttatggttcggttcgattcggtttggataactgtcgttattaatgcttcggttcggttaattaactgttatcaaaataatagttca 7955  T
Q  173 gttcnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggtt 227  Q
    ||||        || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7956 gttc--ataaatttgtgaaatggttcagttaattttgatatggttcggttcggtt 8008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 255
Target Start/End: Original strand, 37486305 - 37486457
Alignment:
Q  96 ggttcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagttcagttcnnnnnnnnttatgaaatga 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||        || |||||||     
T  37486305 ggttcggttcggtttggataactgtggttattaatggttcggttcggttaattaactgctatcaaaataatggttcagttc--ataaacttgtgaaatgg 37486402  T
Q  196 ttcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccct 255  Q
    ||||||||||||||||||||     ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  37486403 ttcagttaattttgatatgg-----ttcggttcagttactggttaattttgcccacccct 37486457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 25638653 - 25638519
Alignment:
Q  49 tggttctctgaaaaacaagaggt--tgtgtaattgtgttatatggttatggttc-----ggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttg 141  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  25638653 tggttctctgaaaaataagaggtgttgtgtaattgtgttatatggttatggttaagtttggtttggtttggataactgtggttattaatggttcggttcg 25638554  T
Q  142 gttaattaactattatcaaaataatagttcagttc 176  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  25638553 gttaattaactgttataaaaataatggttcagttc 25638519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 25638501 - 25638458
Alignment:
Q  215 gttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctacc 258  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25638501 gttcggttcggttcagtttttggttatttttgcccacccctacc 25638458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 257
Target Start/End: Original strand, 53329434 - 53329498
Alignment:
Q  188 tgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctac 257  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     |||  |||||||||||||||||||||||    
T  53329434 tgaaatggtttagttaattttgatatggttcgattcg-----gttactggttaattttgcccacccctac 53329498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 257
Target Start/End: Original strand, 53333112 - 53333176
Alignment:
Q  188 tgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctac 257  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     |||  |||||||||||||||||||||||    
T  53333112 tgaaatggtttagttaattttgatatggttcgattcg-----gttactggttaattttgcccacccctac 53333176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 257
Target Start/End: Original strand, 53336795 - 53336859
Alignment:
Q  188 tgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctac 257  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     |||  |||||||||||||||||||||||    
T  53336795 tgaaatggtttagttaattttgatatggttcgattcg-----gttactggttaattttgcccacccctac 53336859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 259
Target Start/End: Original strand, 24133848 - 24134019
Alignment:
Q  76 taattgtgttatatggttatggttcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagttcagtt 175  Q
    |||||||||| |||||||||||||     |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||||    
T  24133848 taattgtgttgtatggttatggtt-----cggtttggataactgtggttattaatggttctgtttggttaattaaccattatcattgtaatggttcagtt 24133942  T
Q  176 cnnnnnnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctacct 259  Q
    |        || ||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  24133943 c--aaaaatttgtgaaatggttcagttaattttgatatgg-----ttcggttcggttattggttaattttgcccacctctacct 24134019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 86 - 257
Target Start/End: Original strand, 45369216 - 45369398
Alignment:
Q  86 atatggttatggttcggttcg-----gtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataatagttcagttcnnnn 180  Q
    |||||||||||||||||||||     |||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||        
T  45369216 atatggttatggttcggttcgatttggtttggataactgtgattattaatagttcggttcggttaattaactgttatcaaaataatggttcagttc--aa 45369313  T
Q  181 nnnnttatgaaatgattcagttaattttgatatggtt--------cgattcggttcagtttttggttaattttgcccacccctac 257  Q
        || ||||||| ||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  45369314 aaatttgtgaaatggttcagttaattttgatatggtttggttaaccgattcggttcggttattggttaattttgtcaacccctac 45369398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 32027559 - 32027489
Alignment:
Q  41 ttttcatttggttctctgaaaaacaagaggtt--gtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtt 109  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32027559 ttttcatttggttctctggaaaataagaggttttgtgtaattgtgttatatggttatggttcggttcggtt 32027489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 166
Target Start/End: Original strand, 11354347 - 11354425
Alignment:
Q  88 atggttatggttcggttcggtttggataactatggttattaatgattcggtttggttaattaactattatcaaaataat 166  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||| ||| ||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  11354347 atggttatggttcggttcgatttggataaccgtggtgattaatggttctgttcggttaattaactgttgtcaaaataat 11354425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 227
Target Start/End: Original strand, 31846568 - 31846605
Alignment:
Q  190 aaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggtt 227  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31846568 aaatggttcagttaattttgatatggttcggttcggtt 31846605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 227
Target Start/End: Original strand, 46401231 - 46401268
Alignment:
Q  190 aaatgattcagttaattttgatatggttcgattcggtt 227  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46401231 aaatggttcagttaattttgatatggttcggttcggtt 46401268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 256
Target Start/End: Original strand, 3324955 - 3325020
Alignment:
Q  191 aatgattcagttaattttgatatggttcgattcggttcagtttttggttaattttgcccaccccta 256  Q
    |||| |||||||||||||  | ||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  3324955 aatggttcagttaattttagtttggttcagttcggttcaatttttggatatttttgcccaccccta 3325020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University