View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19470_high_2 (Length: 475)

Name: NF19470_high_2
Description: NF19470
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19470_high_2
NF19470_high_2
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-459)||(30395623-30396081)
chr2 (5-456)||(30384875-30385326)
chr2 (27-410)||(23783182-23783565)
chr2 (44-406)||(30476439-30476801)
chr2 (33-410)||(23768523-23768900)
chr2 (44-400)||(30431232-30431588)
chr2 (72-408)||(8378828-8379164)
chr2 (57-409)||(30484630-30484982)
chr2 (26-400)||(30425181-30425555)
chr2 (5-400)||(30437448-30437843)
chr2 (5-381)||(30469259-30469635)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (33-407)||(41626678-41627052)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (128-276)||(15865574-15865722)
chr8 (218-318)||(15844329-15844429)
chr8 (218-276)||(15851606-15851664)
chr8 (218-276)||(15858506-15858564)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (218-256)||(11019525-11019563)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 30395623 - 30396081
Alignment:
Q  1 tagattatactctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttacca 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395623 tagattataccctccagtaatgggacttgctagaaatgttgtgaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttacca 30395722  T
Q  101 attcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaa 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |    
T  30395723 attcttttgattcatcatgactgcaaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttccggaggaatttctaaagcaacaaatggta 30395822  T
Q  201 gagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaaca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30395823 gagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcattgtcaatgattttgcaaca 30395922  T
Q  301 tttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30395923 tttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaa 30396022  T
Q  401 acataaaaacctaataatagtatgctcttgaggtgtaaattttattatatagtattatt 459  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30396023 acataaaaacctaatcatagtatgctcttaaggtgtaaattttatcatatagtattatt 30396081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 5 - 456
Target Start/End: Original strand, 30384875 - 30385326
Alignment:
Q  5 ttatactctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattc 104  Q
    |||||| |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30384875 ttataccctcccgtaattggccttgctcgaaatgttgagaaagatgtgaaacttggaaatctaacactacctgctggagtggagattttcttaccaattc 30384974  T
Q  105 ttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  30384975 ttttgattcaccatgactgcgaactatggggtgatgatgctaaaatgttcaatcctgaaagattttttggaggaatttccaaagcaacaaatggaagagt 30385074  T
Q  205 ttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||     
T  30385075 ttcattttttccatttggatggggtcctcgaatttgcattggacaaaacttttctctaatggaagcaaaaatggcaatgacattgattttgcaacatttc 30385174  T
Q  305 tcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacat 404  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30385175 tcatttgaactttcaccgacctatgctcatgctccatcctcgatgattactcttcagccacaatatggcgctcatattattatacgcaaactggaaacat 30385274  T
Q  405 aaaaacctaataatagtatgctcttgaggtgtaaattttattatatagtatt 456  Q
    |||| | | || |||||| |||||  ||||||  |||||||| |||| ||||    
T  30385275 aaaaccattattatagtacgctctcaaggtgtgtattttattgtatactatt 30385326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 23783565 - 23783182
Alignment:
Q  27 ttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcga 126  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  ||||||| ||||||||| | | |||||| |||||||||||||||| || ||    
T  23783565 ttgctcgaaaagttgagaatgatataaaacttggagacttgacattatatgctggaatggaggtttacatgccaattgttttgattcaccatgattgtga 23783466  T
Q  127 actatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatgg 226  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || || ||| |||||| |||||| ||||||  |    
T  23783465 actatggggtgatgatgctaagattttcaatcctgagagattttctggtggaatttccaaagcaacaaacggtagattttcatattttccgtttggagcg 23783366  T
Q  227 ggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacct 326  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || |||||||  |  |||||||||||||||||||   ||| |    
T  23783365 ggtcctagaatctgcattggacaaaacttttccctgttggaagcaaagatggcaatggcattgattttaaagaatttttcatttgaactttctcaaacat 23783266  T
Q  327 atgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataaaaac 410  Q
    ||||||||||||||||    ||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  23783265 atgctcatgctccatctgtggtgctttctgttcagccacaacatggtgctcatgttattctacgcaaaatcaaaacataaaaac 23783182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 44 - 406
Target Start/End: Original strand, 30476439 - 30476801
Alignment:
Q  44 aaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatg 143  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||| || |||||| |  ||  |||||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  30476439 aaagatgtcaaacttggaaacctaacattaccagccggagtgcaaattaccttaccgatagttttggttcaccatgactccgaactatggggtgaagatg 30476538  T
Q  144 ctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcat 243  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30476539 ctaaggtgttcaatcctgagagattttctggaggaatttccaaagcaacaaatgggagattttcattttttccatttggagggggtccaagaatttgcat 30476638  T
Q  244 tggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatca 343  Q
    ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||  || | || ||||||||||||||  || | ||||||||||||||| |     
T  30476639 tggacaaaatttttccatgttggaagcaaagatggcaatggcaatgattttaaaaaaattctcatttgaactttctccatcttatgctcatgctccaacc 30476738  T
Q  344 actgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataa 406  Q
       |||||||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||| |||||||    
T  30476739 caagtgattacccttcagcctaaatatggtgttcatcttattctacgtaaagtggcaacataa 30476801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 33 - 410
Target Start/End: Original strand, 23768523 - 23768900
Alignment:
Q  33 gaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatg 132  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  ||||||| |||| |||| ||| || ||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  23768523 gaaaagttgagaatgatataaaacttggagacttgacattatatgctggaatggatgtttacttgccgattgttttgattcaccatgattgtgaactatg 23768622  T
Q  133 gggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtcca 232  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || || ||| |||||| |||||| ||||||   |||||     
T  23768623 gggtgatgatgctaagattttcaatcctgagagattttctggtggaatttccaaagcaacaaacggtagattttcatattttccgtttggagcaggtcct 23768722  T
Q  233 agaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctc 332  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||  |||||||||||||||||||   ||| |||||||    
T  23768723 agaatctgcattggacagaccttttctctattggaagcaaagatggcaatggcattgattttacagaatttttcatttgaactttctcaaacatatgctc 23768822  T
Q  333 atgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataaaaac 410  Q
    ||||||||||    ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  23768823 atgctccatctgtggtgcttactgttcagccacaacatggtgctcatgttattctacgcaaaatcaaaacataaaaac 23768900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 44 - 400
Target Start/End: Original strand, 30431232 - 30431588
Alignment:
Q  44 aaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatg 143  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||  ||||| |||||||||||   ||||||||||| || ||||    
T  30431232 aaagatatgacacttggaaacctaacattacctgcaggagtgcaggttttcttatcgataattttggttcaccatgacatagaactatggggtgaagatg 30431331  T
Q  144 ctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcat 243  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||| |||  |||  ||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||| ||    
T  30431332 ctaaggtgttcaatcccgagagattttcagaaggtgttttaaaagcaacaaatggaagaaattcatttattccatttgaagggggtcctagaatttgaat 30431431  T
Q  244 tggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatca 343  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||  || | ||||||||||| ||  |     
T  30431432 tggacaaaacttttccatgttggaagcaaagatggcaatagcaatgattttacaacgtttctcatttgaactttctccatcttatgctcatgccccggct 30431531  T
Q  344 actgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaa 400  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  30431532 acggtaattacgcttcagccacaatatggtgctcatataattctacgtaaagtggaa 30431588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 72 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8379164 - 8378828
Alignment:
Q  72 tacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttc 171  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||   ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  8379164 tacctgctggagtggaagttttcttaccaattattttgcttcaacataacaatgaactatggggtgatgatgcaaagatgttcaatcctgagagatttgc 8379065  T
Q  172 aggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagca 271  Q
     | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||  || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8379064 tgaaggaatttccaaagcaacaaatggtagatttatatattttccatttggagggggtcctagagtttgcatgggacaaaacttttccctattggaagca 8378965  T
Q  272 aagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatg 371  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |  |||||||||||  |||||||||||||| |||||      ||||| ||| |||||||| || | |    
T  8378964 aagatggcagtgtcaatgattttacaaaatttctattttgaactttctccaacctatgctcatactccaaatttagtgatgactattcagccagaaaagg 8378865  T
Q  372 gtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataaaa 408  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||    
T  8378864 gtgctcatgttattctacgcaaagtgaaagcataaaa 8378828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 57 - 409
Target Start/End: Original strand, 30484630 - 30484982
Alignment:
Q  57 ttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaa 156  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||  || ||  |||||||||  ||| |||||||||  ||   ||||||||||| || ||||||||  |||||||    
T  30484630 ttggaaacctaacattacctgccggagtccagattaccttaccaatagtttggattcaccacaaccatgaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaa 30484729  T
Q  157 tcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttt 256  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||| || ||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  30484730 tcctgagagatttgcagaaggagtttcaaaagcaacaaatggtagaaattcattttttccatttggagggggtcctagaatttgtattggacaaaacttt 30484829  T
Q  257 tccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactc 356  Q
    ||| |  ||||||||||||||||| |  || |||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |  | || ||||| |    
T  30484830 tccatgttggaagcaaagatggcaataacattgattttgcagcatttctcatttgaactttctccaacctatgctcatgctccagcttcagtaattaccc 30484929  T
Q  357 ttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataaaaa 409  Q
    || |||||||  ||||||||||||| ||| | || |||||||||| |||||||    
T  30484930 ttgagccacagcatggtgctcatatcattttgcgtaaagtggaaatataaaaa 30484982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 400
Target Start/End: Original strand, 30425181 - 30425555
Alignment:
Q  26 cttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcg 125  Q
    |||||| ||| |||| | |||||| ||| ||||||||||||  |||| || || |||||| ||||||||||| | ||  ||||| |||||||||||   |    
T  30425181 cttgctcgaagtgttcacaaagatgtgatacttggaaacctagcattgccagccggagtgcaggttttcttatcgataattttggttcaccatgacatag 30425280  T
Q  126 aactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatg 225  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||  |||  ||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  30425281 aactatggggtgatgatgctaaggtgttcaatcccgagagattttcagaaggtgttttaaaagcaacaaatggaagaaattcattttttccatttggagg 30425380  T
Q  226 gggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacc 325  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||| |||    || ||||||||  |||      
T  30425381 gggtcctagaatttgcattggacaaaacttttctatgttggaagcaaagatggcaatagcaatgattttacaacgtttcgacttcgaactttctccaagt 30425480  T
Q  326 tatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaa 400  Q
    ||||||||||| ||  | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  30425481 tatgctcatgccccggccacagtaattacgcttcagccacaatatggtgctcatataattctacgtaaagtggaa 30425555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 400
Target Start/End: Original strand, 30437448 - 30437843
Alignment:
Q  5 ttatactctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattc 104  Q
    |||||| | |||||||| | ||||||| ||| |||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||  |||||| ||      
T  30437448 ttatacccaccagtaatcgaacttgctcgaagtgttcacaaagatgtgaaacttggaaacctaacattacctgccggagtgcaaattaccttaccgatag 30437547  T
Q  105 ttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagt 204  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||  |||  ||||| || |||||||||      
T  30437548 ttttagttcaccatgactccgaactatggggtgacgatgctaaggtgttcaatcctgagagattttctgaaggtgttttgaaagcaacaaatggaagaaa 30437647  T
Q  205 ttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttt 304  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||  |  |||||||||| |||| |||     
T  30437648 ttcatttgttccatttggagggggtcctagaatttgcattggacagaacttttctatgttggaagcaaagatggcgatagcaatgattttacaacgtttc 30437747  T
Q  305 tcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaa 400  Q
    ||||| ||||||||  || | ||||||||||| ||  |  |  | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  30437748 tcattcgaactttctccatcttatgctcatgccccgactgcattaattacccttcaaccacaatacggtgctcatataattctacgtaaagtggaa 30437843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 381
Target Start/End: Original strand, 30469259 - 30469635
Alignment:
Q  5 ttatactctccagtaatgggacttgctagaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattc 104  Q
    |||||| | |||||||| | ||||||| |||  ||| | |||||| | ||||||||||||||  |||| || || |||||| ||||||||||| | ||      
T  30469259 ttatacccaccagtaatcgcacttgctcgaagagttcacaaagatgttaaacttggaaacctagcattgccagccggagtgcaggttttcttatcgataa 30469358  T
Q  105 ttttgattcaccatgactgcgaactatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagt 204  Q
    || || |||||||||||   ||||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| | |||  |||  ||||| ||||||||||||      
T  30469359 ttatggttcaccatgacatagaactatggggtgaagatgctaaggtgttcaatcccgagagattttctgaaggtgttttaaaagcaaccaatggaagaaa 30469458  T
Q  205 ttcattttttccatttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttt 304  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||| |||     
T  30469459 ttcattttttccatttgcagggggtcctagaatttgcattggacagaacttttccatgttggaagcaaagatggcaatagcaatgattttacaacgtttc 30469558  T
Q  305 tcatttgaactttcctcaacctatgctcatgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatat 381  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||| ||||| ||  | || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  30469559 tcatttgaactttctccaagttatgcccatgccccggctacggtaattacgcttcagccacagtatggtgctcatat 30469635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 33 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 41627052 - 41626678
Alignment:
Q  33 gaaatgttgagaaagatatgaaacttggaaacctgacattacctgctggagtggaggttttcttaccaattcttttgattcaccatgactgcgaactatg 132  Q
    |||| ||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||| | ||| | |||||||| || ||| ||||    
T  41627052 gaaacgttgaaaaaaatgtgaaacttggaaacctaacattatctgctggagtggaggttttcatgccaattatattgttgcaccatgattgtgaattatg 41626953  T
Q  133 gggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggggtcca 232  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41626952 gggtgatgatgctaaaatgttcaatcctgaaagattttctggaggaatttccaaagcaacgaacggtagagtttcattttttccatttggatggggtcct 41626853  T
Q  233 agaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaactttcctcaacctatgctc 332  Q
    || || |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||| || ||||| |||||| |||||||  || |||||||||    
T  41626852 aggatctgcattgggcaaaacttttctctattggaagcaaagatggcaatgacattgattttacagcatttctcatttcaactttctccagcctatgctc 41626753  T
Q  333 atgctccatcaactgtgattactcttcagccacaatatggtgctcatattattatacgcaaagtggaaacataaa 407  Q
    |||||||| | || || ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||    
T  41626752 atgctccagccacagtaattgctcttaagccacaatacggtgctcatattattcttcgtaaactggaaacataaa 41626678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15865722 - 15865574
Alignment:
Q  128 ctatggggcgatgatgctaaaatgttcaatcctgagagattttcaggaggaatttccaaagctaccaatggaagagtttcattttttccatttggatggg 227  Q
    |||||||| |||||||| ||   |||||| ||||| || ||| | | ||||||| | || ||||| || |||| |||||| | ||| || ||||||||||    
T  15865722 ctatggggtgatgatgcaaaggagttcaaacctgaaaggtttgctgaaggaattgcaaaggctacaaaaggaaaagtttcttatttcccttttggatggg 15865623  T
Q  228 gtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 276  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15865622 gtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttactagaagcaaagat 15865574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 15844429 - 15844329
Alignment:
Q  218 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagatggcactgtcaatgattttgcaacatttttcatttgaacttt 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | ||||||||||| ||| | ||| || |  ||||  |||| |||||||||||||    
T  15844429 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttaccttattagaagcaaagatagcaatatcattgttgctgcagaatttctcatttgaacttt 15844330  T
Q  318 c 318  Q
    |    
T  15844329 c 15844329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15851664 - 15851606
Alignment:
Q  218 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 276  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15851664 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttattagaagcaaagat 15851606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15858564 - 15858506
Alignment:
Q  218 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttttccctaatggaagcaaagat 276  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || || | |||||||||||    
T  15858564 tttggatggggtcctagaatttgtcttggacaaaactttgccttattagaagcaaagat 15858506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 256
Target Start/End: Original strand, 11019525 - 11019563
Alignment:
Q  218 tttggatggggtccaagaatttgcattggacaaaacttt 256  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  11019525 tttggatggggtccaagactttgtattggacaaaacttt 11019563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University