View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19473_low_1 (Length: 1076)

Name: NF19473_low_1
Description: NF19473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19473_low_1
NF19473_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-1076)||(11901835-11902910)
chr5 (339-1076)||(11859979-11860719)
chr5 (334-1076)||(11827839-11828584)
chr5 (334-1066)||(12038739-12039474)
chr5 (339-1076)||(11731630-11732367)
chr5 (141-308)||(11859754-11859921)
chr5 (144-308)||(11827622-11827786)
chr5 (141-308)||(12038513-12038695)
chr5 (66-235)||(11731348-11731517)
chr5 (141-231)||(11974974-11975064)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1012; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1012; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1076
Target Start/End: Complemental strand, 11902910 - 11901835
Alignment:
Q  1 ttgtgaccgtagcaatgttgatgaagaaccaaagtgctggtggtgtttcaattttggcagcagaccaaatagcagaagtggagaggaagtttctacaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902910 ttgtgaccgtagcaatgttgatgaagaaccaaagtgctggtggtgtttcaattttggcagcagaccaaatagcagaagtggagaggaagtttctacaaga 11902811  T
Q  101 gctcaagtttatgtattacaaggatcttccaatgcttcacaagttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902810 gctcaagtttatgtattacaaggatcttccaatgcttcacaagttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagaga 11902711  T
Q  201 ttaattgaactctggactgctgaaggatttctcaccattccacaacaacaattttgtcgaccttatttcaatgactttgttccgttggttttccaacaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902710 ttaattgaactctggactgctgaaggatttctcaccattccacaacaacaattttgtcgaccttgtttcaatgactttgttccgttggttttccaacaag 11902611  T
Q  301 tggaagaaaaagaagatggtgttgtaagtagtcacttatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctctgaagaaaacatgac 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11902610 tggaagaaaaagaagaaggtgttgtaagtaatcactcatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctgtgaagaaaacatgac 11902511  T
Q  401 tgtgaattcgatgggggataaagttacaggtggaatgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagaatcgttgttcgat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  11902510 tgtgaattcgatgggggataaagttaaaggtggaatgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagacttgttgttcgat 11902411  T
Q  501 aaagcaaagaaactgagaaccattcttttgccgtacagcactaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacagcatcaacatgcgataagatct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11902410 aaagcaaagaaactgagaaccattcttttgccgtacagcactaacaaccctcgccttccacacgaggtgaagatgacaacatcaacatgcgataagatct 11902311  T
Q  601 tcaacaccttcaagtccctgcgtgtgctggatctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctaga 700  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902310 tcaacaccttcaagtccctacgtgtgctggatctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctaga 11902211  T
Q  701 tctttcccataacaacatagaaaagctacctagttccatcacaaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattg 800  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902210 tctttctcataacaacatagaaaagctacctagttccatcactaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattg 11902111  T
Q  801 ccaaaagacttggatggcctgagttgcctcaaccatcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctt 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902110 ccaaaagacttggatggcctgagttgcctcaaccatcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctt 11902011  T
Q  901 tacaaacattgccactctttgtggccagcaagaaacaagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccagttagaaat 1000  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  11902010 tacaaacattgtcactctttgtggccagcaagaaacaagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccggttggaaat 11901911  T
Q  1001 atcgcatctagaacaagtcatgttctctccatctaaggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaataaacaacac 1076  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901910 atcgcatctagaacaagtcatgttctctccatctaaggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaataaacaacac 11901835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 339 - 1076
Target Start/End: Original strand, 11859979 - 11860719
Alignment:
Q  339 tatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctctg---aagaaaacatgactgtgaattcgatgggggataaagttacaggtggaa 435  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | | |||   | |||||||| || ||| ||  ||||||||| |  |||  || |||||    
T  11859979 tatagaatgaatccgttgatgcataaactcgcaaggcaagaaatcgctggtaacgaaaacatcaccgtggatgtgatgggggaaagggttcaagatggaa 11860078  T
Q  436 tgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagaatcgttgttcgataaagcaaagaaactgagaaccattcttttgccgta 535  Q
    || |||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || | | ||||  | |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||    
T  11860079 tgctgcgagtttcgttcgattttgctttagatctttcatgtgagatccctgatttggtgtttcagaaagcaaagaaactaaggacctttcttttgccata 11860178  T
Q  536 cagcactaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacagcatcaacatgcgataagatcttcaacaccttcaagtcc---ctgcgtgtgctggat 632  Q
    || || ||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |   || || ||| |||||    
T  11860179 caacattaacaaccctcggcttccgtacgaggtaaaggtgacaacatcaacttgtgataagatcttcgacaccttcaagtgctcgctacgcgtgttggat 11860278  T
Q  633 ctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatagaaaagctaccta 732  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  11860279 ctacatgatttggggatcaagacggttccgagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatagagaagcttccta 11860378  T
Q  733 gttccatcacaaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattgccaaaagacttggatggcctgagttgcctcaa 832  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||    
T  11860379 gttgcataacaaatcttatccacttgcaaacattgaaactgtctcaatgtcatgtcctcaaggaattgccaaaagacatggacgatttgagttgcctcaa 11860478  T
Q  833 ccatcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctttacaaacattgccactctttgtggccagcaag 932  Q
     ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| || || |||||||||    
T  11860479 tcatcttgacttagagggatgcttggatctaactcaaatgccaagtgggataaataagcttacttctttgcaaacattgtcacttttcgtagccagcaag 11860578  T
Q  933 aaacaagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccagttagaaatatcgcatctagaacaagtcatgttctctccat 1032  Q
    |||||||   |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11860579 aaacaag---tcacgggaggactaagatcactcacagatcttaacaatctgagaggccacttggaaatttctcatcttgaacaagtcaagttctctccat 11860675  T
Q  1033 ctaaggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaataaacaacac 1076  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  11860676 caaaggaagctgctaaagatgattttttgaaaaataagcaacac 11860719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 334 - 1076
Target Start/End: Original strand, 11827839 - 11828584
Alignment:
Q  334 acttatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctctg---aagaaaacatgactgtgaattcgatgggggataaagttacagg 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |   |||   | |||||||| || ||| ||  ||||||||| | ||||   ||    
T  11827839 acttatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaagacaagaaattgctggtgacgaaaacatcaccgtggatgtgatgggggagagagttcgtgg 11827938  T
Q  431 tggaatgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagaatcgttgttcgataaagcaaagaaactgagaaccattcttttg 530  Q
     || | | |||||| ||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||| ||||  | | |||||||||||| || ||||||||||||    
T  11827939 cgggacgctgcgagtttcgttcaattttgctttagatctttcatgtgagatccctgattcggtgtttcagacagcaaagaaactaaggaccattcttttg 11828038  T
Q  531 ccgtacagcactaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacagcatcaacatgcgataagatcttcaacaccttcaagtcc---ctgcgtgtgc 627  Q
    || |||| || |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||| |||||||||||| |   || || |||     
T  11828039 ccatacaacattaacaaccctcgtcttccgcacgaggtaaagatgacaacgtcaacttgtgataagatcttcgacaccttcaagtactcgctacgcgtgt 11828138  T
Q  628 tggatctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatagaaaagct 727  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  11828139 tggatctacatgacttggggatcaagacagttccaagctctattgaggatgtgaagtacttgaggtatctagatctttcacataacaacatggagaagct 11828238  T
Q  728 acctagttccatcacaaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattgccaaaagacttggatggcctgagttgc 827  Q
     ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | || | ||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||    
T  11828239 tcctagttgcataacaaatcttatccacttgcaaacgttgaaactgtctcgatgtcatgtcctcaaagaattgccaaaagacatggatgatttgagttgc 11828338  T
Q  828 ctcaaccatcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctttacaaacattgccactctttgtggcca 927  Q
    || |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || || ||||    
T  11828339 cttaaccatcttgacttagatggatgcttggatctaactcaaatgccaagtggaataagtaagctcacttctttgcaaacattgtcacttttcgtagcca 11828438  T
Q  928 gcaagaaacaagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccagttagaaatatcgcatctagaacaagtcatgttctc 1027  Q
    ||||||||||||   |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||   |||||| |||||| ||| ||||||    
T  11828439 gcaagaaacaag---tcacgggaggactaagatcactcacagatcttaacaatctgaggggccacttggaaattatgcatctggaacaaatcaagttctc 11828535  T
Q  1028 tccatctaaggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaataaacaacac 1076  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11828536 tccatcaaaagaagctgctaaagatgattttttgaaaaataaacaacac 11828584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 334 - 1066
Target Start/End: Original strand, 12038739 - 12039474
Alignment:
Q  334 acttatatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctctgaa------gaaaacatgactgtgaattcgatgggggataaagttac 427  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||   ||       |||||||| || ||| |||||||||||||    |||      
T  12038739 acttatatagaataaacccgttaatgcataaacttgcaaggctagtcaccatcgacagtcgtgaaaacatcaccgtggattcgatgggggagggtgttca 12038838  T
Q  428 aggtggaatgttgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagaatcgttgttcgataaagcaaagaaactgagaaccattctt 527  Q
     | ||||||| | |||| ||| ||||||| |||||| ||| |||  |||||||||||||| |   |||| || ||||| || |||||||| |||||||||    
T  12038839 cgatggaatgctacgagtttcgtttgattatgctttagatttgttgtgtgggatcccagattgtgtgtttgagaaagctaaaaaactgaggaccattctt 12038938  T
Q  528 ttgccgtacagcactaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacagcatcaacatgcgataagatcttcaacaccttcaagtccctgcgtgtgc 627  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||  |  |||| |||     
T  12038939 ttgccatacaacactgacaaccctcggcttcctgacgaggtacagatgacaacatcaacctgtgataagatctttaacaccttcaaagctatgcgcgtgt 12039038  T
Q  628 tggatctacatgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatagaaaagct 727  Q
    | ||| | |||||||||||||| |||| | |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  12039039 tagatatgcatgacttggggatcaagacgattccgagctctattgaagaggtgaagtacttgaggtatctagatctttctcataacaacatagagaagct 12039138  T
Q  728 acctagttccatcacaaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattgccaaaagacttggatggcctgagttgc 827  Q
     ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||    
T  12039139 tcctagttgcatcacaactcttatccacttgcaaacgttgaaactttctcaatgtcattttctcaaggaattgccaaaagacatggatgatttgagttgc 12039238  T
Q  828 ctcaaccatcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctttacaaacattgccactctttgtggcca 927  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  12039239 ctcaaccatcttgacttagagggatgcttggatctaactcaaatgccaagtgggataaataagctcacttctttacaaacattgtcactctttgtagcta 12039338  T
Q  928 gcaagaaacaagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccagttagaaatatcgcatctagaacaagtcatgttctc 1027  Q
    |||||||| | |   | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||    
T  12039339 gcaagaaatacg---ttacaggaggactaagagaactcaccgatctcaacaaactgagaggtcacatggaaatttcgcatctggaacaagtcaagttctc 12039435  T
Q  1028 tccatctaaggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaa 1066  Q
     | ||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  12039436 gcaatccaaggaaattgctaaagatgaatttttgaaaaa 12039474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 339 - 1076
Target Start/End: Original strand, 11731630 - 11732367
Alignment:
Q  339 tatagaatgaatcggttaatgcataaactcgcaaggctagtcacctctgaagaaaacatgactgtgaattcgatgggggataaagttacaggtggaatgt 438  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||  |   ||  |||||||| |||||  |||| | ||| || ||||||  ||  ||||||     
T  11731630 tatagaatgaacaggttcatgcataaactcacaaggttagtggctagtggcgaaaacatcactgtagattcaaagggagaaaaagttgaagaaggaatgc 11731729  T
Q  439 tgcgagcttcatttgattttgctttggatctgtcatgtgggatcccagaatcgttgttcgataaagcaaagaaactgagaaccattcttttgccgtacag 538  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||   || ||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||     
T  11731730 tgcgagcttcgtttgattttggtttggatctttcgtgtgggattccagattcgatgtt---tatagcaaagaaactgaggaccattttattgccatacaa 11731826  T
Q  539 ---cactaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacagcatcaacatgcgataagatcttcaacaccttcaagtccctgcgtgtgctggatcta 635  Q
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||    
T  11731827 aaacattaacaaccctcggcttccacacgaggtgaagatgacgacgccaacctgtgataagatcttcaacaccttcaagtccatgcacgtgttggatcta 11731926  T
Q  636 catgacttggggattaagatggttccaacatctattgaggaggtgaagtacttgaggtatctagatctttcccataacaacatagaaaagctacctagtt 735  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  11731927 catgacttggggatcaagattgtaccaacctctattgaggagatgaaatacttgaggtttctagatctatcccacaacaacatagagaagcttcctagtt 11732026  T
Q  736 ccatcacaaagcttatccacttgcaaacattgaaattatcacaatgtcacatcctcaaggaattgccaaaagacttggatggcctgagttgcctcaacca 835  Q
     |||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | |||||  |||||||||||||||||||||||||| | |  |||| | |||||| |||    
T  11732027 gcatcacaaagcttatccatttgcaaaccttgaaactctcctactgtcatgtcctcaaggaattgccaaaagacttgaaggatctgactcgcctcagcca 11732126  T
Q  836 tcttgacattgagggatgcctggatctaactcacatgccaagtggtataaataagctcacttctttacaaacattgccactctttgtggccagcaagaaa 935  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||    
T  11732127 tcttaacattgagggttgcttggatctaactcacatgccaaccgggatagataaactcacttccttacaaacattgtcacttttcgtggccagcaagaaa 11732226  T
Q  936 caagtaatcactggaggactaagagaactcacggatcttaacaatctgagaggccagttagaaatatcgcatctagaacaagtcatgttctctccatcta 1035  Q
    || |    ||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||||| || |  | | |  | ||||| | |||||| || ||||||| |||||||||||| |    
T  11732227 catgctgacaccggaggactaagggaactcacaaatctcaacaacctcaaggacaaactggaaattttgcatctggagcaagtcaagttctctccatcca 11732326  T
Q  1036 aggaagctgctcaagatgaatttctgaaaaataaacaacac 1076  Q
    | ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11732327 acgaagcggctaaagatgaatttgtgaaaaataaacaacac 11732367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 141 - 308
Target Start/End: Original strand, 11859754 - 11859921
Alignment:
Q  141 aagttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagagattaattgaactctggactgctgaaggatttctcaccattc 240  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| | || ||    
T  11859754 aagttatgcttcgcatattgttcattgtttccagaagattatttgattgatgcagagagattgattcaactctggacggctgaagggtttcttatcaatc 11859853  T
Q  241 cacaacaacaattttgtcgaccttatttcaatgactttgttccgttggttttccaacaagtggaagaa 308  Q
    || ||||||||||| ||| | ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  11859854 cagaacaacaatttggtcaagcttgtttcaaagactttgttcctttggttttccatcaagcggaagaa 11859921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 144 - 308
Target Start/End: Original strand, 11827622 - 11827786
Alignment:
Q  144 ttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagagattaattgaactctggactgctgaaggatttctcaccattccac 243  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||| | || ||||     
T  11827622 ttatgctttgcatattgttcattgtttccagaagattatttgattgatgcagagagattgattcaactctggactggtgaagggtttcttatcaatccag 11827721  T
Q  244 aacaacaattttgtcgaccttatttcaatgactttgttccgttggttttccaacaagtggaagaa 308  Q
    ||||||||||| |||   ||| |||| | ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  11827722 aacaacaatttggtcatgcttgtttcgaagactttgttcctttggttttccatcaagcggaagaa 11827786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 141 - 308
Target Start/End: Original strand, 12038513 - 12038695
Alignment:
Q  141 aagttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagagattaattgaactctggactgctgaaggatttct-------- 232  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||            
T  12038513 aagttgtgctttgcatattgttcattgtttccagaagattatttaattgatgccgagagattaattcaactttggacggctgaaggatttctaacaattt 12038612  T
Q  233 -------caccattccacaacaacaattttgtcgaccttatttcaatgactttgttccgttggttttccaacaagtggaagaa 308  Q
           || || |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  12038613 cctcaaacaacaatccagaacaacaatttggtcgagcttgtttcaacgactttgttcctttggtttttcatcaagtggaagaa 12038695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 235
Target Start/End: Original strand, 11731348 - 11731517
Alignment:
Q  66 caaatagcagaagtggagaggaagtttctacaagagctcaagtttatgtattacaaggatcttccaatgcttcacaagttatgttttgcatattgttcat 165  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||  |||||| |||||||||| |    | | || || || ||||||| ||||||||    
T  11731348 caaatagaagacgtggagagggagtttctaaacgagctcaagtttagatattacgaggatcttcccacatgttataaattgtgctttgcattttgttcat 11731447  T
Q  166 tgtttccaagagattatttgattgatgctgagagattaattgaactctggactgctgaaggatttctcac 235  Q
    ||||||||  | || ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||||    
T  11731448 tgtttccagaacatcatttgattgatgccgagagattaattcaactttggtttgctgaaggatttatcac 11731517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11975064 - 11974974
Alignment:
Q  141 aagttatgttttgcatattgttcattgtttccaagagattatttgattgatgctgagagattaattgaactctggactgctgaaggatttc 231  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||||   |||| ||||||||||||  |||||||||||| | |||| ||| || ||||||||||    
T  11975064 aagttttgttttgaattttgttcattgtttcctcaagatcatttgattgatgtcgagagattaattcatctcttgacagcagaaggatttc 11974974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University