View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19474_high_1 (Length: 1056)

Name: NF19474_high_1
Description: NF19474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19474_high_1
NF19474_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (167-1038)||(33272836-33273707)
chr5 (16-98)||(33272690-33272772)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 167 - 1038
Target Start/End: Original strand, 33272836 - 33273707
Alignment:
Q  167 tatatgcctaaccaaataaaactagcttagaaaaaagatcaaggattttaaataccgggcatattaatggttgcgatccccttataatctttgatatgtg 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33272836 tatatgcctaaccaaataaaactagcttagaaaaaagatcaaggattttaaataccgggcatattaatggttgcgatccccttataatctttgatatgtg 33272935  T
Q  267 aaaatcaaagtgaaatacggtggatgcaacttcaatcacattgttttacaattttggcaacataaaaattgttatattgtgatctagattgcgattgtga 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33272936 aaaatcaaagtgaaatacggtggatgcaacttcaatcacattgttttacaattttggcaacataaaaattgttatattgtgatctagattgcgattgtga 33273035  T
Q  367 acctttatttataacccttagcagaaggtacactcttcgctaattgtcgacgaccatccctcgaaacactagttggatcaaccacatctcccaatcttcc 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273036 acctttatttataacccttagcagaaggtacactcttagctaattgtcgacgaccatccctcgaaacactagttggatcaaccacatctcccaatcttcc 33273135  T
Q  467 acatacaacaccatgcttgtggaaaaaccctttccttatcttcttcttctttgtccttttaacaccatcatccacacttgtactagcaatattgtcggtg 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33273136 acatacaacaccatgcttgtggaaaaaccctttccttatcttcttcttctttgtccttttaacaccatcatctacacttgtactagcaatattgtcggtg 33273235  T
Q  567 ctattaacaagtttattagactctataagtcgattcaagtgccttgaaatgctttgaacttcatatgcatcaagtagagatttctcattcttgtgaattt 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33273236 ctattaacaagtttattagactctataagtcgattcaagtgccttgaaatgctttgaacttcatatgcatcaagtagagatttctccttcttgtgaattt 33273335  T
Q  667 cttcctttaccattgatctcattgcttctaatttgtaacgagaaggtcttggttcacgatgaatattactccttgtaacataaaaattacttgaattagc 766  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273336 cttccttttccattgatctcattgcttctaatttgtaacgagaaggtcttggttcacgatgaatattactccttgtaacataaaaattacttgaattagc 33273435  T
Q  767 ttctccttcattacatgatccagaaccacgttgatgccatgcccatgcagctgctttcactatggctatgtcttcattgatgtgatcatctttaatagca 866  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273436 ttctccttcattacatgatccagaaccacgttgatgccatgcccatgcagctgctttcactatggctatgtcttcattgatgtgatcatctttaatagca 33273535  T
Q  867 ttattttgtttctttctttgagtgagagagtttagaaatgagagcttggaagccatgaaatgaatgtgtgggaaaattatgttccacgctataaggttag 966  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273536 ttattttgtttctttctttgagtgagagagtttagaaatgagagcttggaagccatgaaatgaatgtgtgggaaaattatgttccacgctataaggttag 33273635  T
Q  967 ggaaattaggttaggtatgtttgtatattatttattgttgaacacgtcgtatgttaaatatgtgatatcgat 1038  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273636 ggaaattaggttaggtatgtttgtatattatttattgttgaacacgtcgtatgttaaatatgtgatatcgat 33273707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 98
Target Start/End: Original strand, 33272690 - 33272772
Alignment:
Q  16 catatatatttaactcaaactttgaatgtatttatcaacaaatattctacaataactaacaataaagtataagcaatcccctt 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33272690 catatatatttaactcaaactttgaatgtatttatcaacaaatattctacaataactaacaataaagtataagcaatcccctt 33272772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University