View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19474_high_2 (Length: 852)

Name: NF19474_high_2
Description: NF19474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19474_high_2
NF19474_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-850)||(23713971-23714823)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 23714823 - 23713971
Alignment:
Q  1 taagtatatagtgtggttcaagaaaaaacataaagatttttctttcttactagtgtgttacagcgatgagaatgtaaagggaaaacataggttacaagtc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23714823 taagtatatagtgtggttcaagaaaaaacataaagatttttctttcttactagtgtgttacagcaatgcgaatgtaaagggaaaacatagattacaagtc 23714724  T
Q  101 agagagagacggatttcagacttgccccaaaagtgaatgcataatgaactttacacttgactagaatttggaatacaagaaattctgacattttttaatc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23714723 aaagagagacggatttcagacttgccccaaaagtgaatgtataatgaactttacacttgactagaatttggaatacaagaaattctgacattttttaatc 23714624  T
Q  201 agtaccgtagaattgtttcatttgttcaagagaagtttcaatagttcagagcctgtttgatataatgatgatcgcttgatgggctgctacgcgcactggt 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23714623 agtaccgtagacttgtttcatttgttcaagagaagtttcaatagttcagagcctgtttgatataatgatgatcgcttgatgggctgctacgtgcactggt 23714524  T
Q  301 aacttctaacctacagatggtaaagagatgatagttttcaaaggtagctcgttgggatggcagacaaccccgagctctaagcctaaaaggtaagtgggct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23714523 aacttctaacctacagatggtaaagagatgatagttttctaaggtagctcgttgggatggcagacaaccccgagctctaagcctaaaaggtaagtgggct 23714424  T
Q  401 tggctaagttgttacctggctgggacagccgagtcaaagacaaatagctcagaatttatgcat-gattcgacaggttaaattgatcaaaactagaaggnn 499  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||      
T  23714423 tgactaagttgttacccggctggaacagcagagtcaaagacaaatagctcagagtttatgcataaattcgacaggtttaattgatcaaaattagaaggaa 23714324  T
Q  500 nnnnncgt--aagtataaacttttgatttgctgtattttccgaaaaatatccaaataattagacttcctactgtaaatttaacaagtttggaggaattat 597  Q
         | |  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||    
T  23714323 aaaaacttaaaagtataaacttttgatttgctgcatattccgaaaaatatccaaataattagacttcctgctgtaaatttattaagtttgtaggaactat 23714224  T
Q  598 attgccatgattcaattcaaatgcacatgaaagctaagtagtaaactcaaatagttggtaagaactcaaagggtgtcaaattacctcagagatattgtca 697  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23714223 attgccataattcaattcaactgcacataaaagcaaagcagtaaactcaaatagttggtaagaaatcaaagggtgtcaaattacctcagatatattgtca 23714124  T
Q  698 tctattcgatcagagtgtggagatggaagagagtaaggactgcctttcaatatgtttttctccctttccctgttcgcgtccaacaaggcctgctctaata 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23714123 tctattcgatcagagtgtggagatggaagagagtaaggactgcctttcaatatgtttttctccctttccctgttcgcgtccaacaaggcctgctctaata 23714024  T
Q  798 aaactttagcctctggattaagctcgctgattatcttcaatgatgatgtccat 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23714023 aaactttagcctctggattaagctcgctgattatcttcaatgatgatggccat 23713971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University